# TARGET T0417 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0417.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5114 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.113 0.052 0.002 0.018 0.010 0.020 0.117 0.011 0.001 0.042 0.614 2 N 0.119 0.043 0.002 0.019 0.017 0.031 0.116 0.007 0.001 0.057 0.587 3 A 0.054 0.024 0.004 0.026 0.034 0.042 0.128 0.005 0.001 0.063 0.619 4 M 0.055 0.023 0.002 0.034 0.030 0.043 0.121 0.005 0.001 0.049 0.636 5 R 0.113 0.018 0.002 0.022 0.030 0.041 0.119 0.007 0.001 0.127 0.520 6 K 0.026 0.011 0.001 0.021 0.022 0.033 0.141 0.003 0.001 0.078 0.662 7 D 0.056 0.014 0.002 0.019 0.019 0.033 0.131 0.005 0.001 0.076 0.644 8 E 0.061 0.012 0.002 0.023 0.030 0.039 0.146 0.006 0.001 0.074 0.607 9 T 0.071 0.008 0.001 0.021 0.019 0.036 0.126 0.005 0.001 0.072 0.640 10 S 0.032 0.004 0.001 0.021 0.024 0.038 0.139 0.002 0.001 0.056 0.684 11 N 0.008 0.004 0.001 0.017 0.017 0.030 0.146 0.001 0.001 0.032 0.743 12 T 0.048 0.014 0.001 0.019 0.032 0.031 0.138 0.004 0.001 0.043 0.671 13 S 0.177 0.023 0.002 0.013 0.020 0.025 0.137 0.008 0.001 0.115 0.480 14 P 0.027 0.017 0.001 0.014 0.014 0.023 0.144 0.003 0.001 0.041 0.716 15 D 0.103 0.040 0.004 0.019 0.018 0.033 0.118 0.009 0.002 0.053 0.602 16 I 0.167 0.025 0.003 0.024 0.033 0.033 0.124 0.011 0.001 0.058 0.522 17 S 0.115 0.014 0.002 0.020 0.016 0.033 0.104 0.004 0.001 0.069 0.624 18 V 0.016 0.009 0.001 0.025 0.028 0.046 0.113 0.002 0.001 0.035 0.725 19 A 0.015 0.010 0.001 0.024 0.027 0.040 0.122 0.002 0.001 0.049 0.710 20 Q 0.062 0.021 0.005 0.018 0.071 0.047 0.130 0.007 0.002 0.097 0.540 21 P 0.232 0.028 0.002 0.015 0.020 0.026 0.099 0.009 0.001 0.045 0.522 22 A 0.178 0.015 0.004 0.015 0.019 0.033 0.108 0.005 0.001 0.042 0.580 23 S 0.040 0.012 0.002 0.031 0.029 0.075 0.147 0.004 0.001 0.027 0.633 24 A 0.033 0.005 0.002 0.031 0.032 0.078 0.129 0.004 0.001 0.063 0.622 25 L 0.011 0.003 0.001 0.078 0.195 0.233 0.087 0.002 0.001 0.050 0.339 26 R 0.004 0.002 0.001 0.120 0.070 0.271 0.049 0.001 0.001 0.063 0.420 27 Y 0.002 0.001 0.001 0.100 0.385 0.269 0.028 0.001 0.001 0.044 0.170 28 H 0.001 0.001 0.001 0.163 0.234 0.375 0.022 0.001 0.001 0.049 0.155 29 L 0.002 0.001 0.001 0.110 0.257 0.238 0.039 0.001 0.001 0.038 0.313 30 R 0.025 0.003 0.001 0.177 0.219 0.229 0.048 0.002 0.001 0.064 0.231 31 P 0.051 0.006 0.001 0.040 0.036 0.057 0.128 0.002 0.001 0.089 0.589 32 P 0.008 0.009 0.001 0.036 0.014 0.022 0.120 0.002 0.001 0.027 0.760 33 R 0.383 0.077 0.001 0.010 0.009 0.010 0.056 0.009 0.001 0.040 0.404 34 R 0.105 0.095 0.001 0.014 0.007 0.009 0.150 0.005 0.001 0.052 0.563 35 N 0.005 0.138 0.001 0.005 0.005 0.003 0.060 0.001 0.001 0.056 0.726 36 D 0.013 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.013 0.013 37 G 0.019 0.882 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.080 0.010 38 A 0.004 0.895 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.070 0.021 39 A 0.011 0.937 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.019 0.022 40 I 0.012 0.949 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.012 0.010 41 H 0.014 0.285 0.004 0.004 0.002 0.005 0.019 0.002 0.002 0.586 0.078 42 Q 0.045 0.408 0.017 0.007 0.003 0.006 0.067 0.006 0.009 0.257 0.176 43 L 0.207 0.141 0.090 0.010 0.007 0.009 0.064 0.100 0.027 0.094 0.252 44 V 0.491 0.008 0.013 0.005 0.005 0.006 0.069 0.005 0.004 0.040 0.354 45 S 0.012 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.063 0.001 0.001 0.008 0.907 46 E 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.101 0.001 0.001 0.006 0.875 47 C 0.052 0.004 0.002 0.008 0.007 0.006 0.175 0.002 0.001 0.033 0.710 48 P 0.032 0.008 0.001 0.007 0.003 0.003 0.147 0.002 0.001 0.018 0.779 49 P 0.141 0.048 0.001 0.024 0.003 0.005 0.111 0.006 0.001 0.071 0.590 50 L 0.055 0.059 0.001 0.024 0.005 0.007 0.135 0.003 0.001 0.111 0.600 51 D 0.035 0.119 0.001 0.031 0.005 0.008 0.118 0.002 0.001 0.062 0.619 52 L 0.025 0.283 0.001 0.028 0.011 0.009 0.088 0.003 0.001 0.050 0.502 53 N 0.023 0.825 0.001 0.003 0.003 0.003 0.019 0.004 0.001 0.020 0.099 54 S 0.019 0.928 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.002 0.001 0.009 0.031 55 L 0.011 0.934 0.002 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.008 0.033 56 Y 0.015 0.934 0.002 0.002 0.002 0.003 0.005 0.002 0.001 0.008 0.026 57 A 0.020 0.935 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.009 0.020 58 Y 0.024 0.894 0.003 0.002 0.003 0.005 0.008 0.003 0.001 0.016 0.041 59 L 0.034 0.768 0.008 0.005 0.006 0.009 0.018 0.004 0.001 0.036 0.111 60 L 0.081 0.582 0.016 0.008 0.012 0.017 0.034 0.016 0.003 0.072 0.159 61 L 0.157 0.324 0.017 0.009 0.017 0.020 0.053 0.023 0.005 0.076 0.300 62 C 0.133 0.116 0.014 0.009 0.019 0.020 0.067 0.012 0.007 0.064 0.539 63 E 0.120 0.034 0.013 0.010 0.015 0.021 0.078 0.007 0.006 0.058 0.639 64 H 0.188 0.008 0.005 0.008 0.011 0.015 0.091 0.004 0.002 0.061 0.606 65 H 0.070 0.003 0.002 0.009 0.007 0.011 0.115 0.002 0.001 0.026 0.755 66 A 0.015 0.002 0.001 0.018 0.009 0.021 0.133 0.001 0.001 0.017 0.783 67 H 0.007 0.001 0.001 0.052 0.025 0.064 0.151 0.001 0.001 0.044 0.653 68 T 0.002 0.002 0.001 0.142 0.128 0.336 0.060 0.002 0.001 0.063 0.264 69 C 0.002 0.001 0.001 0.177 0.140 0.334 0.028 0.001 0.001 0.072 0.244 70 V 0.001 0.001 0.001 0.145 0.355 0.403 0.009 0.001 0.001 0.026 0.060 71 V 0.001 0.001 0.001 0.165 0.270 0.379 0.014 0.001 0.001 0.057 0.114 72 A 0.001 0.001 0.001 0.093 0.336 0.472 0.014 0.001 0.001 0.023 0.061 73 E 0.005 0.001 0.001 0.053 0.175 0.311 0.067 0.001 0.001 0.060 0.326 74 S 0.664 0.001 0.001 0.009 0.021 0.025 0.038 0.005 0.001 0.071 0.165 75 P 0.224 0.001 0.001 0.003 0.005 0.008 0.064 0.002 0.001 0.039 0.654 76 G 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.075 0.001 0.001 0.005 0.906 77 G 0.004 0.003 0.001 0.016 0.144 0.141 0.091 0.001 0.001 0.028 0.572 78 R 0.004 0.004 0.001 0.020 0.332 0.293 0.053 0.001 0.001 0.044 0.249 79 I 0.003 0.004 0.001 0.024 0.319 0.331 0.035 0.001 0.001 0.034 0.250 80 D 0.003 0.004 0.001 0.042 0.313 0.389 0.031 0.001 0.001 0.054 0.162 81 G 0.001 0.003 0.001 0.086 0.267 0.532 0.014 0.001 0.001 0.033 0.062 82 F 0.005 0.005 0.001 0.092 0.303 0.419 0.021 0.001 0.001 0.048 0.105 83 V 0.004 0.003 0.002 0.104 0.360 0.405 0.015 0.001 0.001 0.033 0.073 84 S 0.012 0.002 0.001 0.088 0.327 0.396 0.022 0.002 0.001 0.043 0.106 85 A 0.015 0.002 0.001 0.084 0.250 0.305 0.049 0.002 0.001 0.049 0.243 86 Y 0.007 0.002 0.001 0.099 0.140 0.264 0.091 0.001 0.001 0.051 0.344 87 L 0.028 0.003 0.001 0.043 0.071 0.141 0.101 0.003 0.001 0.077 0.531 88 L 0.130 0.002 0.001 0.020 0.049 0.051 0.110 0.003 0.001 0.099 0.534 89 P 0.016 0.002 0.001 0.014 0.014 0.029 0.124 0.001 0.001 0.032 0.767 90 T 0.054 0.010 0.001 0.010 0.008 0.016 0.119 0.002 0.001 0.031 0.748 91 R 0.176 0.032 0.001 0.011 0.030 0.031 0.121 0.009 0.001 0.069 0.520 92 P 0.027 0.024 0.001 0.012 0.018 0.031 0.140 0.002 0.001 0.048 0.696 93 D 0.014 0.033 0.001 0.048 0.132 0.253 0.101 0.002 0.001 0.057 0.357 94 V 0.012 0.019 0.001 0.071 0.129 0.355 0.076 0.002 0.001 0.050 0.284 95 L 0.003 0.011 0.002 0.134 0.250 0.383 0.037 0.001 0.001 0.031 0.148 96 F 0.005 0.012 0.001 0.103 0.272 0.431 0.021 0.001 0.001 0.047 0.107 97 V 0.011 0.010 0.002 0.095 0.241 0.287 0.040 0.003 0.001 0.105 0.206 98 W 0.006 0.008 0.002 0.175 0.232 0.359 0.034 0.002 0.001 0.063 0.119 99 Q 0.011 0.008 0.001 0.138 0.136 0.415 0.034 0.002 0.001 0.074 0.181 100 V 0.005 0.004 0.001 0.158 0.338 0.288 0.025 0.001 0.001 0.054 0.128 101 A 0.004 0.006 0.002 0.157 0.260 0.319 0.035 0.001 0.001 0.056 0.158 102 V 0.014 0.034 0.003 0.132 0.175 0.171 0.071 0.005 0.001 0.040 0.353 103 H 0.332 0.161 0.009 0.033 0.039 0.038 0.051 0.038 0.008 0.071 0.221 104 S 0.233 0.087 0.014 0.018 0.011 0.019 0.092 0.021 0.010 0.091 0.405 105 R 0.224 0.061 0.003 0.016 0.007 0.019 0.081 0.006 0.002 0.059 0.522 106 A 0.117 0.066 0.003 0.033 0.015 0.019 0.104 0.004 0.001 0.082 0.556 107 R 0.033 0.243 0.002 0.022 0.007 0.012 0.104 0.004 0.001 0.063 0.510 108 G 0.017 0.566 0.001 0.007 0.007 0.012 0.038 0.003 0.001 0.062 0.287 109 H 0.011 0.707 0.001 0.012 0.012 0.012 0.031 0.001 0.001 0.073 0.140 110 R 0.004 0.888 0.001 0.012 0.005 0.008 0.012 0.001 0.001 0.026 0.042 111 L 0.004 0.953 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.015 0.016 112 G 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 113 R 0.004 0.831 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.146 0.011 114 A 0.003 0.822 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.147 0.016 115 M 0.004 0.937 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.043 0.007 116 L 0.003 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.014 0.005 117 G 0.002 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.047 0.016 118 H 0.003 0.940 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.033 0.014 119 I 0.013 0.909 0.011 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.001 0.036 0.012 120 L 0.014 0.829 0.018 0.001 0.001 0.001 0.013 0.009 0.003 0.069 0.043 121 E 0.038 0.798 0.009 0.001 0.001 0.001 0.014 0.008 0.002 0.029 0.099 122 R 0.063 0.721 0.016 0.003 0.001 0.002 0.027 0.014 0.005 0.059 0.088 123 Q 0.062 0.074 0.365 0.005 0.003 0.003 0.044 0.018 0.137 0.168 0.122 124 E 0.564 0.042 0.003 0.003 0.001 0.003 0.043 0.010 0.003 0.021 0.306 125 C 0.048 0.018 0.001 0.004 0.002 0.003 0.045 0.002 0.001 0.016 0.860 126 R 0.038 0.015 0.008 0.023 0.007 0.008 0.138 0.001 0.001 0.016 0.744 127 H 0.027 0.031 0.002 0.014 0.007 0.022 0.094 0.005 0.001 0.052 0.744 128 V 0.038 0.014 0.001 0.016 0.025 0.016 0.132 0.005 0.001 0.028 0.724 129 R 0.007 0.010 0.001 0.368 0.045 0.121 0.074 0.001 0.001 0.152 0.220 130 H 0.008 0.008 0.001 0.187 0.045 0.164 0.076 0.002 0.001 0.235 0.273 131 L 0.007 0.005 0.002 0.428 0.117 0.118 0.042 0.003 0.001 0.075 0.201 132 E 0.010 0.003 0.001 0.279 0.142 0.253 0.035 0.002 0.001 0.086 0.187 133 T 0.009 0.001 0.001 0.212 0.170 0.216 0.041 0.001 0.001 0.065 0.284 134 T 0.003 0.002 0.001 0.211 0.121 0.250 0.078 0.001 0.001 0.048 0.285 135 V 0.007 0.012 0.002 0.184 0.074 0.091 0.110 0.002 0.001 0.041 0.475 136 G 0.396 0.073 0.002 0.027 0.024 0.021 0.055 0.022 0.001 0.149 0.229 137 P 0.069 0.166 0.002 0.016 0.009 0.011 0.108 0.007 0.001 0.048 0.562 138 D 0.013 0.079 0.002 0.011 0.002 0.005 0.069 0.002 0.001 0.413 0.405 139 N 0.022 0.444 0.002 0.005 0.004 0.004 0.033 0.008 0.001 0.393 0.085 140 Q 0.038 0.798 0.002 0.002 0.002 0.001 0.016 0.006 0.001 0.079 0.056 141 A 0.003 0.158 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.782 0.043 142 S 0.004 0.918 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.044 0.020 143 R 0.019 0.905 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.001 0.042 0.018 144 R 0.011 0.867 0.011 0.002 0.002 0.003 0.008 0.003 0.002 0.039 0.054 145 T 0.064 0.794 0.012 0.004 0.002 0.003 0.020 0.012 0.004 0.025 0.062 146 F 0.251 0.180 0.106 0.013 0.005 0.009 0.063 0.022 0.045 0.144 0.162 147 A 0.256 0.060 0.019 0.011 0.005 0.009 0.090 0.007 0.009 0.046 0.488 148 G 0.085 0.032 0.002 0.012 0.002 0.006 0.089 0.003 0.001 0.017 0.751 149 L 0.130 0.019 0.006 0.012 0.009 0.010 0.137 0.003 0.001 0.030 0.643 150 A 0.025 0.020 0.002 0.017 0.007 0.014 0.129 0.002 0.001 0.029 0.755 151 G 0.038 0.028 0.001 0.022 0.014 0.024 0.106 0.004 0.001 0.025 0.738 152 E 0.103 0.050 0.003 0.065 0.043 0.045 0.104 0.007 0.001 0.065 0.515 153 R 0.056 0.051 0.002 0.054 0.027 0.045 0.100 0.006 0.001 0.057 0.602 154 G 0.034 0.030 0.002 0.090 0.033 0.081 0.098 0.004 0.001 0.078 0.549 155 A 0.017 0.022 0.004 0.076 0.096 0.170 0.086 0.003 0.002 0.082 0.442 156 H 0.050 0.016 0.003 0.060 0.110 0.135 0.078 0.005 0.001 0.066 0.475 157 V 0.122 0.009 0.002 0.048 0.064 0.070 0.083 0.003 0.001 0.083 0.515 158 S 0.014 0.008 0.001 0.047 0.039 0.071 0.120 0.002 0.001 0.032 0.665 159 E 0.022 0.021 0.001 0.019 0.022 0.038 0.093 0.002 0.001 0.023 0.758 160 Q 0.110 0.070 0.003 0.018 0.060 0.040 0.114 0.009 0.001 0.060 0.513 161 P 0.060 0.081 0.002 0.031 0.032 0.040 0.118 0.005 0.001 0.047 0.583 162 F 0.076 0.147 0.004 0.032 0.035 0.055 0.100 0.006 0.001 0.046 0.498 163 F 0.102 0.188 0.004 0.025 0.031 0.030 0.098 0.010 0.001 0.039 0.472 164 D 0.129 0.379 0.005 0.020 0.019 0.031 0.066 0.019 0.001 0.035 0.295 165 R 0.118 0.300 0.005 0.027 0.026 0.046 0.067 0.010 0.002 0.055 0.344 166 Q 0.097 0.194 0.015 0.034 0.042 0.060 0.079 0.011 0.003 0.067 0.399 167 A 0.169 0.112 0.005 0.039 0.033 0.056 0.090 0.014 0.002 0.047 0.433 168 F 0.112 0.062 0.009 0.038 0.035 0.049 0.095 0.009 0.003 0.053 0.534 169 G 0.077 0.041 0.003 0.035 0.029 0.051 0.103 0.005 0.001 0.034 0.620 170 G 0.090 0.033 0.002 0.021 0.018 0.035 0.103 0.006 0.001 0.050 0.642 171 A 0.056 0.029 0.003 0.025 0.032 0.034 0.119 0.005 0.001 0.048 0.650 172 D 0.091 0.062 0.002 0.022 0.014 0.022 0.091 0.005 0.001 0.034 0.656 173 H 0.125 0.077 0.003 0.013 0.021 0.019 0.098 0.007 0.001 0.031 0.606 174 D 0.100 0.109 0.004 0.012 0.011 0.013 0.100 0.008 0.001 0.046 0.595 175 D 0.150 0.270 0.003 0.013 0.019 0.034 0.090 0.023 0.001 0.041 0.356 176 E 0.101 0.151 0.007 0.025 0.041 0.073 0.091 0.012 0.002 0.069 0.428 177 M 0.057 0.058 0.008 0.044 0.091 0.171 0.075 0.007 0.002 0.074 0.415 178 L 0.040 0.022 0.002 0.058 0.071 0.180 0.080 0.006 0.001 0.069 0.472 179 L 0.017 0.006 0.002 0.053 0.162 0.157 0.066 0.002 0.001 0.075 0.459 180 R 0.007 0.005 0.001 0.054 0.136 0.215 0.066 0.001 0.001 0.049 0.466 181 I 0.014 0.005 0.001 0.034 0.063 0.081 0.087 0.002 0.001 0.064 0.648 182 G 0.073 0.005 0.004 0.035 0.102 0.097 0.103 0.008 0.002 0.104 0.467 183 P 0.084 0.002 0.001 0.011 0.012 0.024 0.088 0.003 0.001 0.052 0.723 184 F 0.019 0.001 0.001 0.010 0.010 0.017 0.109 0.001 0.001 0.033 0.800 185 T 0.007 0.001 0.001 0.010 0.011 0.014 0.116 0.001 0.001 0.023 0.818 186 H 0.037 0.001 0.001 0.007 0.008 0.009 0.127 0.001 0.001 0.043 0.767 187 P 0.066 0.002 0.001 0.007 0.010 0.008 0.131 0.002 0.001 0.038 0.734 188 P 0.036 0.004 0.001 0.007 0.004 0.007 0.118 0.001 0.001 0.023 0.799 189 H 0.038 0.008 0.001 0.010 0.010 0.011 0.138 0.002 0.001 0.033 0.750