# TARGET T0417 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0417.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5114 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.095 0.101 0.013 0.015 0.022 0.079 0.041 0.633 2 N 0.144 0.136 0.015 0.016 0.026 0.079 0.055 0.529 3 A 0.050 0.070 0.027 0.042 0.042 0.119 0.074 0.576 4 M 0.086 0.055 0.020 0.019 0.028 0.111 0.058 0.623 5 R 0.131 0.037 0.024 0.025 0.031 0.112 0.153 0.487 6 K 0.038 0.019 0.017 0.013 0.022 0.120 0.117 0.653 7 D 0.084 0.028 0.023 0.019 0.035 0.108 0.144 0.558 8 E 0.050 0.014 0.025 0.028 0.041 0.140 0.079 0.624 9 T 0.070 0.013 0.027 0.023 0.042 0.118 0.083 0.625 10 S 0.083 0.013 0.018 0.020 0.028 0.145 0.045 0.649 11 N 0.020 0.008 0.020 0.016 0.026 0.147 0.032 0.732 12 T 0.068 0.021 0.015 0.010 0.017 0.127 0.037 0.705 13 S 0.181 0.036 0.026 0.019 0.020 0.128 0.120 0.469 14 P 0.061 0.037 0.025 0.016 0.020 0.126 0.065 0.650 15 D 0.107 0.049 0.029 0.016 0.032 0.091 0.074 0.601 16 I 0.154 0.037 0.021 0.025 0.033 0.105 0.039 0.587 17 S 0.102 0.035 0.021 0.030 0.045 0.094 0.057 0.615 18 V 0.031 0.023 0.016 0.021 0.042 0.118 0.028 0.721 19 A 0.030 0.013 0.029 0.037 0.058 0.130 0.054 0.649 20 Q 0.082 0.018 0.025 0.060 0.045 0.098 0.079 0.592 21 P 0.221 0.027 0.019 0.024 0.039 0.092 0.068 0.508 22 A 0.069 0.008 0.027 0.020 0.031 0.109 0.040 0.696 23 S 0.112 0.007 0.018 0.020 0.037 0.092 0.028 0.685 24 A 0.062 0.006 0.019 0.018 0.035 0.097 0.063 0.699 25 L 0.011 0.003 0.066 0.063 0.154 0.142 0.033 0.528 26 R 0.008 0.001 0.094 0.091 0.288 0.062 0.043 0.413 27 Y 0.004 0.001 0.099 0.261 0.225 0.054 0.024 0.331 28 H 0.003 0.001 0.206 0.183 0.384 0.042 0.017 0.164 29 L 0.004 0.001 0.077 0.155 0.250 0.045 0.016 0.454 30 R 0.033 0.008 0.141 0.252 0.190 0.071 0.049 0.256 31 P 0.066 0.016 0.055 0.061 0.069 0.110 0.071 0.552 32 P 0.064 0.024 0.034 0.031 0.025 0.112 0.052 0.658 33 R 0.343 0.107 0.014 0.006 0.007 0.057 0.115 0.350 34 R 0.249 0.231 0.005 0.003 0.004 0.082 0.047 0.380 35 N 0.027 0.212 0.004 0.003 0.003 0.066 0.043 0.642 36 D 0.015 0.927 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.037 37 G 0.013 0.951 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.011 38 A 0.005 0.940 0.002 0.001 0.001 0.003 0.034 0.014 39 A 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 40 I 0.016 0.944 0.003 0.001 0.001 0.002 0.028 0.006 41 H 0.016 0.396 0.023 0.003 0.003 0.009 0.525 0.027 42 Q 0.020 0.449 0.030 0.004 0.004 0.022 0.349 0.122 43 L 0.331 0.199 0.081 0.006 0.008 0.048 0.182 0.145 44 V 0.468 0.036 0.039 0.011 0.008 0.065 0.075 0.298 45 S 0.022 0.003 0.005 0.001 0.002 0.042 0.012 0.913 46 E 0.010 0.005 0.006 0.001 0.003 0.106 0.008 0.863 47 C 0.033 0.008 0.018 0.009 0.007 0.217 0.026 0.681 48 P 0.110 0.018 0.010 0.004 0.004 0.129 0.021 0.704 49 P 0.186 0.043 0.014 0.003 0.005 0.079 0.084 0.585 50 L 0.109 0.070 0.022 0.006 0.006 0.115 0.122 0.549 51 D 0.102 0.191 0.015 0.006 0.008 0.100 0.062 0.516 52 L 0.042 0.240 0.010 0.004 0.006 0.093 0.025 0.579 53 N 0.043 0.758 0.004 0.002 0.004 0.028 0.025 0.136 54 S 0.024 0.902 0.002 0.001 0.002 0.010 0.019 0.040 55 L 0.010 0.915 0.003 0.002 0.003 0.009 0.023 0.035 56 Y 0.009 0.928 0.002 0.002 0.003 0.005 0.036 0.015 57 A 0.005 0.956 0.002 0.002 0.002 0.003 0.021 0.010 58 Y 0.008 0.940 0.004 0.003 0.005 0.003 0.022 0.014 59 L 0.028 0.806 0.013 0.013 0.013 0.012 0.068 0.047 60 L 0.072 0.533 0.032 0.024 0.023 0.031 0.167 0.118 61 L 0.155 0.276 0.026 0.029 0.025 0.045 0.191 0.253 62 C 0.119 0.091 0.017 0.025 0.023 0.063 0.119 0.543 63 E 0.075 0.018 0.011 0.015 0.019 0.072 0.069 0.722 64 H 0.164 0.004 0.008 0.009 0.010 0.077 0.076 0.653 65 H 0.171 0.005 0.007 0.006 0.010 0.078 0.052 0.671 66 A 0.025 0.002 0.015 0.004 0.013 0.131 0.018 0.793 67 H 0.011 0.002 0.071 0.022 0.075 0.156 0.026 0.636 68 T 0.003 0.001 0.124 0.117 0.318 0.070 0.063 0.304 69 C 0.001 0.001 0.166 0.207 0.432 0.024 0.029 0.141 70 V 0.001 0.001 0.132 0.458 0.387 0.003 0.007 0.014 71 V 0.001 0.001 0.112 0.485 0.322 0.007 0.007 0.067 72 A 0.001 0.001 0.118 0.414 0.435 0.005 0.007 0.022 73 E 0.004 0.001 0.087 0.238 0.358 0.035 0.025 0.253 74 S 0.859 0.001 0.008 0.024 0.017 0.014 0.032 0.045 75 P 0.311 0.002 0.003 0.009 0.012 0.054 0.011 0.599 76 G 0.008 0.002 0.005 0.002 0.027 0.092 0.004 0.861 77 G 0.005 0.004 0.031 0.041 0.205 0.130 0.028 0.557 78 R 0.005 0.010 0.030 0.480 0.228 0.047 0.033 0.167 79 I 0.009 0.025 0.067 0.296 0.247 0.039 0.044 0.272 80 D 0.004 0.014 0.144 0.233 0.357 0.024 0.097 0.128 81 G 0.003 0.023 0.188 0.290 0.412 0.007 0.052 0.024 82 F 0.012 0.031 0.156 0.198 0.448 0.015 0.049 0.091 83 V 0.010 0.012 0.102 0.434 0.369 0.011 0.024 0.038 84 S 0.022 0.014 0.070 0.206 0.484 0.033 0.041 0.130 85 A 0.043 0.007 0.041 0.152 0.298 0.078 0.054 0.327 86 Y 0.011 0.002 0.030 0.260 0.297 0.075 0.044 0.280 87 L 0.021 0.001 0.013 0.058 0.108 0.097 0.034 0.668 88 L 0.127 0.003 0.012 0.073 0.080 0.111 0.053 0.540 89 P 0.024 0.001 0.005 0.011 0.017 0.104 0.017 0.820 90 T 0.062 0.004 0.004 0.004 0.007 0.075 0.016 0.829 91 R 0.205 0.028 0.007 0.012 0.016 0.111 0.051 0.570 92 P 0.027 0.029 0.020 0.015 0.035 0.144 0.046 0.683 93 D 0.020 0.058 0.067 0.093 0.278 0.071 0.077 0.335 94 V 0.007 0.035 0.072 0.147 0.322 0.060 0.092 0.265 95 L 0.003 0.024 0.180 0.284 0.349 0.032 0.039 0.091 96 F 0.014 0.040 0.134 0.211 0.449 0.021 0.050 0.080 97 V 0.011 0.037 0.117 0.248 0.356 0.029 0.082 0.119 98 W 0.008 0.017 0.079 0.236 0.503 0.029 0.035 0.093 99 Q 0.009 0.008 0.036 0.286 0.536 0.021 0.036 0.068 100 V 0.010 0.018 0.048 0.290 0.372 0.047 0.026 0.188 101 A 0.003 0.018 0.055 0.249 0.501 0.034 0.020 0.121 102 V 0.010 0.041 0.056 0.167 0.194 0.072 0.044 0.416 103 H 0.306 0.317 0.028 0.070 0.048 0.029 0.129 0.073 104 S 0.175 0.213 0.040 0.039 0.040 0.065 0.112 0.316 105 R 0.260 0.100 0.021 0.010 0.020 0.079 0.047 0.463 106 A 0.259 0.051 0.022 0.015 0.015 0.078 0.092 0.468 107 R 0.058 0.067 0.007 0.009 0.018 0.115 0.027 0.700 108 G 0.037 0.109 0.008 0.006 0.017 0.063 0.051 0.710 109 H 0.016 0.297 0.021 0.040 0.035 0.118 0.045 0.429 110 R 0.020 0.637 0.021 0.019 0.026 0.040 0.054 0.183 111 L 0.011 0.948 0.003 0.003 0.002 0.004 0.012 0.017 112 G 0.006 0.939 0.002 0.001 0.001 0.001 0.043 0.007 113 R 0.006 0.823 0.004 0.001 0.001 0.002 0.154 0.009 114 A 0.003 0.771 0.003 0.001 0.001 0.003 0.208 0.010 115 M 0.004 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.003 116 L 0.004 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.004 117 G 0.003 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.011 118 H 0.008 0.946 0.002 0.001 0.001 0.003 0.033 0.008 119 I 0.032 0.871 0.007 0.001 0.001 0.004 0.079 0.008 120 L 0.026 0.880 0.008 0.001 0.001 0.005 0.050 0.031 121 E 0.018 0.843 0.014 0.001 0.001 0.007 0.025 0.092 122 R 0.097 0.645 0.037 0.001 0.001 0.027 0.068 0.123 123 Q 0.159 0.081 0.171 0.005 0.002 0.044 0.361 0.177 124 E 0.434 0.067 0.008 0.001 0.001 0.029 0.047 0.413 125 C 0.080 0.022 0.011 0.001 0.001 0.046 0.024 0.816 126 R 0.009 0.012 0.029 0.004 0.005 0.155 0.022 0.765 127 H 0.098 0.054 0.020 0.005 0.009 0.073 0.068 0.673 128 V 0.079 0.055 0.035 0.010 0.008 0.124 0.060 0.628 129 R 0.014 0.025 0.225 0.028 0.077 0.111 0.206 0.314 130 H 0.006 0.011 0.153 0.038 0.098 0.055 0.410 0.230 131 L 0.008 0.012 0.375 0.148 0.144 0.046 0.110 0.156 132 E 0.012 0.008 0.331 0.147 0.250 0.035 0.056 0.161 133 T 0.010 0.006 0.215 0.152 0.208 0.067 0.071 0.270 134 T 0.010 0.006 0.267 0.117 0.181 0.091 0.053 0.275 135 V 0.021 0.008 0.070 0.072 0.092 0.110 0.049 0.578 136 G 0.219 0.063 0.060 0.040 0.040 0.122 0.127 0.330 137 P 0.113 0.107 0.020 0.012 0.018 0.126 0.047 0.557 138 D 0.027 0.089 0.011 0.004 0.005 0.078 0.070 0.714 139 N 0.056 0.721 0.005 0.003 0.002 0.024 0.095 0.093 140 Q 0.088 0.789 0.003 0.001 0.002 0.024 0.019 0.073 141 A 0.033 0.430 0.005 0.005 0.006 0.029 0.346 0.146 142 S 0.009 0.823 0.001 0.001 0.002 0.008 0.134 0.023 143 R 0.008 0.925 0.001 0.001 0.002 0.007 0.036 0.020 144 R 0.006 0.868 0.013 0.010 0.009 0.010 0.050 0.035 145 T 0.072 0.742 0.017 0.005 0.012 0.019 0.092 0.041 146 F 0.270 0.378 0.042 0.012 0.011 0.031 0.174 0.083 147 A 0.088 0.180 0.056 0.019 0.025 0.071 0.100 0.461 148 G 0.089 0.063 0.014 0.005 0.008 0.081 0.033 0.706 149 L 0.104 0.063 0.022 0.011 0.013 0.123 0.053 0.610 150 A 0.031 0.045 0.048 0.014 0.025 0.129 0.047 0.662 151 G 0.073 0.046 0.025 0.012 0.024 0.100 0.047 0.674 152 E 0.123 0.076 0.049 0.050 0.037 0.097 0.089 0.481 153 R 0.058 0.055 0.038 0.020 0.035 0.096 0.046 0.652 154 G 0.040 0.029 0.046 0.038 0.075 0.096 0.128 0.548 155 A 0.017 0.023 0.072 0.110 0.135 0.098 0.117 0.428 156 H 0.041 0.023 0.069 0.099 0.179 0.083 0.063 0.442 157 V 0.093 0.016 0.039 0.113 0.119 0.094 0.053 0.474 158 S 0.022 0.013 0.030 0.058 0.087 0.091 0.057 0.642 159 E 0.047 0.022 0.014 0.021 0.041 0.107 0.031 0.717 160 Q 0.100 0.047 0.023 0.050 0.049 0.127 0.076 0.529 161 P 0.047 0.070 0.018 0.022 0.030 0.131 0.037 0.645 162 F 0.085 0.150 0.023 0.023 0.042 0.104 0.069 0.505 163 F 0.083 0.225 0.019 0.028 0.031 0.092 0.066 0.457 164 D 0.109 0.463 0.015 0.019 0.030 0.043 0.082 0.239 165 R 0.067 0.330 0.027 0.027 0.046 0.081 0.081 0.342 166 Q 0.049 0.201 0.058 0.067 0.095 0.088 0.109 0.335 167 A 0.136 0.152 0.040 0.049 0.075 0.100 0.076 0.372 168 F 0.133 0.087 0.039 0.056 0.086 0.103 0.100 0.396 169 G 0.058 0.048 0.026 0.040 0.079 0.107 0.073 0.568 170 G 0.073 0.041 0.023 0.043 0.065 0.117 0.068 0.570 171 A 0.057 0.032 0.017 0.036 0.044 0.133 0.054 0.628 172 D 0.089 0.050 0.013 0.021 0.030 0.120 0.059 0.618 173 H 0.083 0.056 0.011 0.013 0.019 0.121 0.061 0.635 174 D 0.115 0.086 0.014 0.015 0.020 0.107 0.095 0.548 175 D 0.189 0.142 0.014 0.020 0.030 0.083 0.099 0.422 176 E 0.084 0.042 0.025 0.032 0.064 0.103 0.073 0.576 177 M 0.039 0.020 0.049 0.090 0.186 0.096 0.075 0.444 178 L 0.020 0.006 0.046 0.079 0.194 0.091 0.044 0.520 179 L 0.021 0.003 0.067 0.190 0.209 0.093 0.032 0.385 180 R 0.014 0.002 0.051 0.114 0.199 0.088 0.034 0.499 181 I 0.026 0.002 0.044 0.076 0.104 0.084 0.039 0.625 182 G 0.075 0.004 0.046 0.154 0.145 0.094 0.070 0.412 183 P 0.048 0.002 0.017 0.025 0.039 0.082 0.027 0.761 184 F 0.047 0.002 0.020 0.055 0.066 0.112 0.032 0.665 185 T 0.024 0.002 0.008 0.014 0.025 0.086 0.020 0.821 186 H 0.075 0.003 0.011 0.020 0.028 0.120 0.037 0.707 187 P 0.079 0.005 0.014 0.025 0.029 0.126 0.039 0.684 188 P 0.046 0.005 0.011 0.014 0.025 0.102 0.032 0.765 189 H 0.049 0.008 0.020 0.020 0.036 0.110 0.036 0.723