# TARGET T0417 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0417.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5114 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.460 0.211 0.052 0.098 0.067 0.038 0.034 0.020 0.011 0.006 0.003 2 N 0.588 0.179 0.044 0.085 0.047 0.022 0.016 0.009 0.005 0.003 0.001 3 A 0.204 0.113 0.047 0.126 0.113 0.098 0.118 0.071 0.056 0.035 0.020 4 M 0.090 0.101 0.058 0.145 0.143 0.118 0.142 0.085 0.062 0.036 0.020 5 R 0.089 0.121 0.110 0.166 0.134 0.118 0.117 0.064 0.043 0.026 0.013 6 K 0.150 0.125 0.107 0.170 0.138 0.102 0.095 0.051 0.032 0.020 0.010 7 D 0.331 0.145 0.072 0.136 0.095 0.071 0.066 0.036 0.024 0.015 0.008 8 E 0.165 0.096 0.056 0.143 0.120 0.112 0.117 0.073 0.056 0.038 0.022 9 T 0.180 0.106 0.069 0.134 0.109 0.096 0.111 0.071 0.061 0.041 0.023 10 S 0.145 0.110 0.068 0.143 0.130 0.100 0.118 0.072 0.057 0.037 0.020 11 N 0.174 0.117 0.064 0.121 0.095 0.096 0.110 0.071 0.070 0.051 0.030 12 T 0.174 0.103 0.045 0.119 0.105 0.103 0.128 0.076 0.068 0.048 0.031 13 S 0.161 0.112 0.045 0.121 0.106 0.096 0.117 0.082 0.072 0.052 0.036 14 P 0.221 0.125 0.052 0.115 0.105 0.097 0.102 0.066 0.054 0.038 0.024 15 D 0.254 0.188 0.064 0.157 0.112 0.069 0.066 0.037 0.026 0.019 0.010 16 I 0.055 0.037 0.022 0.068 0.081 0.118 0.163 0.165 0.129 0.091 0.069 17 S 0.395 0.246 0.083 0.132 0.063 0.030 0.021 0.012 0.008 0.006 0.003 18 V 0.166 0.088 0.053 0.145 0.125 0.115 0.125 0.079 0.050 0.035 0.018 19 A 0.171 0.106 0.054 0.112 0.099 0.096 0.114 0.080 0.079 0.059 0.032 20 Q 0.113 0.142 0.071 0.151 0.128 0.122 0.124 0.060 0.045 0.030 0.014 21 P 0.232 0.136 0.088 0.142 0.107 0.082 0.091 0.051 0.035 0.023 0.013 22 A 0.239 0.110 0.055 0.110 0.107 0.096 0.102 0.063 0.053 0.041 0.023 23 S 0.222 0.266 0.075 0.185 0.108 0.055 0.046 0.019 0.014 0.007 0.004 24 A 0.098 0.055 0.034 0.093 0.098 0.113 0.147 0.117 0.105 0.079 0.062 25 L 0.123 0.120 0.081 0.185 0.144 0.132 0.105 0.046 0.033 0.021 0.010 26 R 0.058 0.101 0.077 0.321 0.206 0.117 0.071 0.024 0.015 0.007 0.004 27 Y 0.004 0.004 0.006 0.008 0.011 0.020 0.067 0.130 0.218 0.262 0.269 28 H 0.035 0.104 0.070 0.288 0.245 0.102 0.084 0.034 0.021 0.012 0.005 29 L 0.003 0.007 0.016 0.020 0.014 0.027 0.062 0.079 0.220 0.279 0.273 30 R 0.035 0.046 0.047 0.177 0.220 0.146 0.165 0.063 0.051 0.033 0.017 31 P 0.198 0.237 0.096 0.191 0.111 0.049 0.050 0.027 0.020 0.014 0.007 32 P 0.014 0.014 0.010 0.038 0.040 0.074 0.135 0.149 0.186 0.168 0.170 33 R 0.092 0.306 0.068 0.170 0.144 0.068 0.073 0.032 0.024 0.017 0.007 34 R 0.277 0.144 0.072 0.153 0.131 0.075 0.075 0.037 0.019 0.011 0.006 35 N 0.556 0.157 0.084 0.115 0.047 0.019 0.011 0.005 0.003 0.002 0.001 36 D 0.013 0.050 0.019 0.054 0.056 0.090 0.202 0.178 0.170 0.107 0.061 37 G 0.016 0.031 0.022 0.073 0.114 0.174 0.259 0.160 0.081 0.048 0.023 38 A 0.497 0.095 0.273 0.094 0.018 0.012 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 39 A 0.002 0.010 0.032 0.152 0.188 0.281 0.216 0.078 0.028 0.008 0.003 40 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.027 0.051 0.197 0.317 0.398 41 H 0.001 0.003 0.030 0.070 0.131 0.319 0.288 0.072 0.049 0.025 0.013 42 Q 0.001 0.009 0.597 0.190 0.129 0.036 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 43 L 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.015 0.113 0.260 0.232 0.197 0.174 44 V 0.005 0.007 0.032 0.030 0.022 0.038 0.141 0.138 0.204 0.241 0.141 45 S 0.017 0.027 0.225 0.199 0.182 0.124 0.105 0.056 0.031 0.024 0.009 46 E 0.063 0.087 0.151 0.206 0.187 0.148 0.108 0.029 0.013 0.006 0.002 47 C 0.080 0.034 0.025 0.038 0.035 0.055 0.142 0.154 0.183 0.175 0.080 48 P 0.317 0.222 0.040 0.085 0.067 0.078 0.087 0.048 0.030 0.017 0.009 49 P 0.300 0.225 0.110 0.115 0.069 0.047 0.049 0.032 0.024 0.018 0.011 50 L 0.180 0.104 0.039 0.097 0.112 0.136 0.133 0.088 0.058 0.034 0.020 51 D 0.478 0.255 0.056 0.090 0.052 0.023 0.020 0.011 0.008 0.005 0.003 52 L 0.113 0.082 0.044 0.111 0.125 0.123 0.146 0.115 0.068 0.045 0.028 53 N 0.124 0.126 0.083 0.125 0.121 0.104 0.122 0.075 0.058 0.041 0.019 54 S 0.106 0.104 0.097 0.187 0.152 0.125 0.124 0.052 0.030 0.016 0.006 55 L 0.163 0.082 0.123 0.155 0.118 0.114 0.115 0.059 0.040 0.023 0.010 56 Y 0.024 0.032 0.056 0.128 0.135 0.159 0.196 0.109 0.086 0.052 0.024 57 A 0.006 0.011 0.038 0.051 0.061 0.098 0.196 0.162 0.176 0.126 0.075 58 Y 0.006 0.014 0.097 0.118 0.140 0.153 0.198 0.107 0.086 0.056 0.024 59 L 0.005 0.015 0.144 0.131 0.131 0.141 0.179 0.101 0.081 0.050 0.022 60 L 0.002 0.006 0.041 0.039 0.045 0.079 0.203 0.190 0.180 0.137 0.076 61 L 0.003 0.008 0.045 0.040 0.040 0.065 0.177 0.174 0.195 0.163 0.090 62 C 0.005 0.013 0.090 0.084 0.103 0.118 0.203 0.143 0.117 0.086 0.038 63 E 0.041 0.056 0.199 0.190 0.169 0.111 0.126 0.048 0.032 0.021 0.008 64 H 0.061 0.041 0.060 0.090 0.085 0.127 0.218 0.116 0.095 0.066 0.043 65 H 0.209 0.119 0.068 0.124 0.095 0.086 0.115 0.066 0.054 0.037 0.027 66 A 0.282 0.184 0.081 0.158 0.101 0.066 0.061 0.028 0.020 0.011 0.007 67 H 0.127 0.102 0.059 0.141 0.145 0.135 0.121 0.068 0.055 0.028 0.018 68 T 0.022 0.032 0.023 0.064 0.092 0.153 0.209 0.137 0.128 0.083 0.056 69 C 0.004 0.009 0.013 0.032 0.048 0.087 0.167 0.184 0.188 0.162 0.106 70 V 0.001 0.003 0.007 0.013 0.020 0.029 0.098 0.270 0.211 0.200 0.149 71 V 0.001 0.003 0.008 0.013 0.011 0.018 0.072 0.125 0.228 0.285 0.236 72 A 0.001 0.001 0.004 0.005 0.005 0.013 0.052 0.083 0.213 0.251 0.373 73 E 0.006 0.010 0.021 0.079 0.097 0.152 0.244 0.147 0.111 0.070 0.065 74 S 0.015 0.021 0.020 0.071 0.100 0.139 0.203 0.154 0.119 0.088 0.070 75 P 0.172 0.403 0.050 0.167 0.103 0.043 0.031 0.014 0.008 0.005 0.003 76 G 0.754 0.140 0.011 0.042 0.028 0.008 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 77 G 0.265 0.123 0.027 0.111 0.116 0.100 0.091 0.056 0.047 0.038 0.026 78 R 0.065 0.158 0.048 0.252 0.196 0.118 0.090 0.033 0.024 0.011 0.006 79 I 0.004 0.004 0.005 0.008 0.012 0.028 0.098 0.182 0.220 0.200 0.240 80 D 0.009 0.024 0.024 0.077 0.126 0.140 0.178 0.120 0.133 0.108 0.061 81 G 0.002 0.006 0.010 0.016 0.024 0.038 0.104 0.181 0.236 0.192 0.191 82 F 0.002 0.003 0.009 0.015 0.021 0.037 0.101 0.112 0.205 0.277 0.218 83 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.007 0.031 0.108 0.214 0.245 0.385 84 S 0.002 0.006 0.013 0.037 0.051 0.064 0.139 0.176 0.211 0.157 0.144 85 A 0.002 0.003 0.006 0.009 0.010 0.022 0.070 0.090 0.218 0.258 0.313 86 Y 0.008 0.010 0.017 0.055 0.058 0.102 0.211 0.167 0.180 0.098 0.093 87 L 0.018 0.019 0.020 0.061 0.064 0.116 0.204 0.182 0.156 0.097 0.062 88 L 0.024 0.034 0.026 0.083 0.091 0.121 0.184 0.152 0.118 0.099 0.067 89 P 0.205 0.125 0.050 0.137 0.106 0.096 0.104 0.065 0.050 0.037 0.024 90 T 0.345 0.153 0.043 0.104 0.077 0.066 0.068 0.044 0.039 0.036 0.025 91 R 0.227 0.157 0.043 0.137 0.110 0.084 0.086 0.052 0.042 0.033 0.029 92 P 0.266 0.138 0.032 0.113 0.107 0.087 0.092 0.059 0.047 0.032 0.026 93 D 0.123 0.136 0.050 0.156 0.155 0.129 0.109 0.056 0.043 0.026 0.016 94 V 0.027 0.029 0.029 0.094 0.116 0.156 0.191 0.136 0.102 0.067 0.053 95 L 0.003 0.006 0.011 0.023 0.034 0.060 0.135 0.201 0.191 0.194 0.142 96 F 0.002 0.011 0.028 0.066 0.082 0.102 0.173 0.210 0.144 0.112 0.071 97 V 0.001 0.001 0.007 0.004 0.005 0.010 0.035 0.086 0.196 0.342 0.314 98 W 0.002 0.004 0.018 0.033 0.039 0.109 0.199 0.158 0.185 0.153 0.098 99 Q 0.003 0.009 0.032 0.062 0.063 0.123 0.177 0.154 0.168 0.130 0.079 100 V 0.001 0.001 0.005 0.005 0.008 0.016 0.057 0.142 0.224 0.285 0.256 101 A 0.009 0.022 0.053 0.070 0.062 0.078 0.141 0.141 0.167 0.166 0.090 102 V 0.001 0.004 0.013 0.012 0.010 0.029 0.082 0.117 0.194 0.281 0.257 103 H 0.009 0.025 0.039 0.105 0.124 0.152 0.222 0.131 0.093 0.061 0.039 104 S 0.180 0.148 0.129 0.155 0.120 0.066 0.074 0.048 0.036 0.031 0.013 105 R 0.243 0.123 0.076 0.206 0.163 0.086 0.057 0.022 0.012 0.008 0.004 106 A 0.073 0.050 0.044 0.061 0.046 0.063 0.128 0.118 0.148 0.141 0.129 107 R 0.026 0.054 0.041 0.132 0.130 0.148 0.192 0.118 0.083 0.052 0.025 108 G 0.236 0.184 0.184 0.129 0.072 0.048 0.054 0.031 0.029 0.021 0.010 109 H 0.038 0.033 0.041 0.119 0.159 0.240 0.190 0.073 0.054 0.035 0.017 110 R 0.209 0.142 0.093 0.168 0.103 0.090 0.096 0.044 0.029 0.018 0.010 111 L 0.002 0.006 0.011 0.026 0.036 0.059 0.155 0.194 0.205 0.184 0.123 112 G 0.002 0.002 0.014 0.009 0.014 0.022 0.085 0.127 0.237 0.236 0.252 113 R 0.009 0.019 0.160 0.225 0.228 0.173 0.118 0.031 0.020 0.015 0.005 114 A 0.006 0.017 0.098 0.163 0.168 0.216 0.209 0.075 0.030 0.013 0.006 115 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.025 0.089 0.215 0.348 0.315 116 L 0.001 0.001 0.010 0.010 0.013 0.045 0.191 0.187 0.233 0.188 0.121 117 G 0.009 0.015 0.541 0.193 0.105 0.063 0.038 0.017 0.010 0.007 0.002 118 H 0.001 0.005 0.037 0.061 0.100 0.284 0.389 0.079 0.030 0.011 0.003 119 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.042 0.186 0.350 0.403 120 L 0.001 0.003 0.023 0.031 0.055 0.174 0.328 0.162 0.118 0.069 0.036 121 E 0.006 0.018 0.693 0.149 0.071 0.031 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 122 R 0.003 0.008 0.037 0.047 0.063 0.177 0.395 0.132 0.077 0.041 0.019 123 Q 0.005 0.003 0.013 0.007 0.006 0.013 0.068 0.122 0.238 0.286 0.239 124 E 0.023 0.050 0.205 0.191 0.185 0.137 0.117 0.047 0.024 0.015 0.005 125 C 0.018 0.037 0.235 0.140 0.113 0.145 0.141 0.066 0.051 0.031 0.021 126 R 0.187 0.096 0.105 0.137 0.122 0.095 0.130 0.052 0.038 0.027 0.011 127 H 0.239 0.197 0.070 0.147 0.094 0.083 0.086 0.034 0.027 0.014 0.008 128 V 0.017 0.013 0.021 0.029 0.034 0.056 0.093 0.126 0.188 0.178 0.244 129 R 0.052 0.106 0.098 0.216 0.166 0.150 0.120 0.042 0.027 0.016 0.007 130 H 0.024 0.065 0.090 0.205 0.175 0.143 0.121 0.070 0.053 0.033 0.021 131 L 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.014 0.053 0.160 0.218 0.255 0.284 132 E 0.016 0.047 0.059 0.189 0.178 0.129 0.148 0.082 0.071 0.052 0.028 133 T 0.001 0.002 0.008 0.008 0.008 0.016 0.047 0.092 0.217 0.306 0.296 134 T 0.021 0.044 0.054 0.176 0.184 0.130 0.168 0.080 0.071 0.048 0.023 135 V 0.005 0.008 0.009 0.015 0.015 0.031 0.086 0.150 0.221 0.247 0.213 136 G 0.078 0.129 0.045 0.224 0.190 0.123 0.095 0.047 0.031 0.023 0.013 137 P 0.269 0.152 0.057 0.106 0.095 0.068 0.089 0.059 0.049 0.036 0.020 138 D 0.221 0.332 0.048 0.169 0.112 0.047 0.034 0.016 0.011 0.007 0.003 139 N 0.049 0.026 0.016 0.054 0.060 0.099 0.177 0.151 0.154 0.115 0.100 140 Q 0.286 0.202 0.096 0.185 0.102 0.050 0.038 0.019 0.011 0.008 0.003 141 A 0.040 0.100 0.076 0.216 0.173 0.150 0.131 0.052 0.036 0.018 0.008 142 S 0.005 0.004 0.008 0.015 0.021 0.035 0.113 0.148 0.245 0.205 0.202 143 R 0.005 0.013 0.041 0.111 0.151 0.215 0.224 0.093 0.073 0.051 0.022 144 R 0.005 0.026 0.202 0.247 0.207 0.124 0.103 0.048 0.022 0.011 0.004 145 T 0.001 0.001 0.007 0.007 0.008 0.021 0.096 0.155 0.234 0.234 0.238 146 F 0.001 0.002 0.012 0.014 0.014 0.030 0.118 0.135 0.238 0.222 0.213 147 A 0.004 0.012 0.163 0.207 0.230 0.143 0.121 0.055 0.034 0.022 0.008 148 G 0.008 0.017 0.079 0.097 0.126 0.192 0.252 0.109 0.066 0.037 0.018 149 L 0.010 0.010 0.017 0.021 0.020 0.038 0.126 0.181 0.224 0.222 0.132 150 A 0.163 0.138 0.056 0.093 0.076 0.092 0.137 0.094 0.071 0.052 0.029 151 G 0.222 0.145 0.110 0.134 0.097 0.070 0.073 0.051 0.042 0.034 0.022 152 E 0.191 0.150 0.061 0.137 0.114 0.096 0.098 0.058 0.046 0.033 0.018 153 R 0.116 0.099 0.036 0.105 0.095 0.098 0.140 0.107 0.091 0.066 0.047 154 G 0.208 0.144 0.064 0.153 0.117 0.097 0.089 0.053 0.037 0.023 0.015 155 A 0.110 0.085 0.078 0.145 0.119 0.126 0.125 0.074 0.066 0.046 0.026 156 H 0.081 0.081 0.065 0.164 0.138 0.124 0.141 0.078 0.064 0.041 0.022 157 V 0.029 0.033 0.034 0.065 0.068 0.089 0.158 0.148 0.149 0.129 0.098 158 S 0.089 0.125 0.097 0.173 0.146 0.108 0.105 0.064 0.044 0.031 0.018 159 E 0.308 0.195 0.097 0.153 0.095 0.048 0.046 0.025 0.017 0.011 0.006 160 Q 0.239 0.100 0.048 0.122 0.114 0.098 0.111 0.068 0.051 0.032 0.018 161 P 0.255 0.148 0.060 0.144 0.107 0.086 0.086 0.044 0.036 0.022 0.011 162 F 0.067 0.056 0.049 0.101 0.094 0.118 0.170 0.115 0.104 0.077 0.049 163 F 0.044 0.051 0.049 0.098 0.110 0.132 0.171 0.133 0.101 0.069 0.042 164 D 0.093 0.108 0.094 0.157 0.130 0.109 0.114 0.072 0.058 0.042 0.023 165 R 0.082 0.062 0.065 0.136 0.132 0.129 0.139 0.094 0.075 0.053 0.034 166 Q 0.075 0.054 0.058 0.121 0.115 0.129 0.151 0.101 0.092 0.067 0.037 167 A 0.029 0.039 0.052 0.112 0.104 0.114 0.159 0.139 0.116 0.086 0.049 168 F 0.017 0.025 0.038 0.063 0.061 0.085 0.154 0.166 0.168 0.138 0.086 169 G 0.059 0.064 0.072 0.121 0.109 0.107 0.152 0.103 0.098 0.075 0.040 170 G 0.106 0.111 0.073 0.151 0.124 0.110 0.125 0.072 0.063 0.043 0.022 171 A 0.102 0.062 0.038 0.087 0.082 0.104 0.151 0.110 0.116 0.090 0.058 172 D 0.206 0.187 0.063 0.150 0.121 0.077 0.079 0.046 0.035 0.024 0.013 173 H 0.265 0.184 0.063 0.126 0.097 0.071 0.077 0.048 0.033 0.022 0.014 174 D 0.347 0.193 0.063 0.122 0.089 0.058 0.052 0.030 0.022 0.015 0.008 175 D 0.157 0.114 0.051 0.145 0.127 0.131 0.127 0.065 0.043 0.025 0.013 176 E 0.148 0.103 0.083 0.193 0.146 0.122 0.091 0.048 0.033 0.022 0.011 177 M 0.036 0.041 0.057 0.134 0.139 0.166 0.178 0.113 0.072 0.040 0.022 178 L 0.014 0.027 0.051 0.090 0.099 0.097 0.150 0.144 0.140 0.112 0.076 179 L 0.003 0.007 0.019 0.024 0.028 0.053 0.117 0.164 0.217 0.215 0.152 180 R 0.024 0.053 0.130 0.237 0.211 0.106 0.102 0.052 0.040 0.031 0.012 181 I 0.011 0.014 0.021 0.030 0.033 0.054 0.125 0.154 0.211 0.200 0.147 182 G 0.125 0.118 0.048 0.130 0.115 0.100 0.127 0.075 0.076 0.055 0.031 183 P 0.123 0.091 0.039 0.090 0.080 0.076 0.132 0.104 0.108 0.094 0.063 184 F 0.124 0.104 0.040 0.147 0.148 0.119 0.114 0.081 0.059 0.038 0.026 185 T 0.320 0.229 0.061 0.128 0.093 0.047 0.047 0.030 0.021 0.015 0.008 186 H 0.294 0.178 0.044 0.124 0.099 0.072 0.073 0.050 0.032 0.022 0.013 187 P 0.388 0.152 0.044 0.094 0.075 0.068 0.066 0.045 0.032 0.023 0.013 188 P 0.359 0.192 0.058 0.135 0.091 0.062 0.048 0.025 0.016 0.010 0.004 189 H 0.313 0.123 0.055 0.107 0.094 0.090 0.089 0.053 0.038 0.024 0.012