# TARGET T0417 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0417.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5114 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.029 0.010 0.002 0.013 0.016 0.036 0.117 0.001 0.001 0.003 0.773 2 N 0.058 0.011 0.002 0.018 0.019 0.035 0.138 0.002 0.001 0.022 0.695 3 A 0.122 0.011 0.006 0.014 0.007 0.013 0.199 0.002 0.001 0.010 0.616 4 M 0.098 0.024 0.005 0.027 0.021 0.031 0.330 0.002 0.001 0.012 0.450 5 R 0.146 0.058 0.006 0.038 0.030 0.054 0.153 0.004 0.001 0.009 0.501 6 K 0.056 0.049 0.004 0.028 0.022 0.039 0.076 0.004 0.001 0.003 0.719 7 D 0.069 0.032 0.003 0.029 0.036 0.065 0.114 0.005 0.001 0.005 0.641 8 E 0.152 0.049 0.007 0.044 0.035 0.064 0.092 0.004 0.001 0.011 0.542 9 T 0.068 0.068 0.005 0.039 0.032 0.042 0.308 0.004 0.001 0.010 0.425 10 S 0.241 0.091 0.004 0.035 0.029 0.043 0.230 0.007 0.001 0.017 0.302 11 N 0.223 0.104 0.009 0.033 0.015 0.028 0.101 0.017 0.001 0.012 0.459 12 T 0.161 0.045 0.038 0.034 0.016 0.038 0.203 0.010 0.001 0.017 0.437 13 S 0.132 0.016 0.017 0.027 0.013 0.018 0.149 0.004 0.001 0.011 0.611 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.977 15 D 0.037 0.006 0.002 0.014 0.013 0.035 0.348 0.001 0.001 0.004 0.540 16 I 0.409 0.031 0.002 0.020 0.011 0.021 0.102 0.001 0.001 0.012 0.390 17 S 0.102 0.063 0.003 0.030 0.035 0.036 0.136 0.003 0.001 0.014 0.577 18 V 0.120 0.044 0.006 0.030 0.020 0.030 0.091 0.002 0.001 0.008 0.647 19 A 0.127 0.059 0.008 0.045 0.032 0.071 0.142 0.003 0.001 0.009 0.503 20 Q 0.095 0.029 0.006 0.034 0.040 0.052 0.142 0.003 0.001 0.005 0.595 21 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.989 22 A 0.021 0.013 0.001 0.030 0.045 0.112 0.137 0.001 0.001 0.002 0.639 23 S 0.159 0.041 0.001 0.023 0.027 0.029 0.135 0.002 0.001 0.010 0.572 24 A 0.230 0.051 0.003 0.028 0.041 0.067 0.045 0.003 0.001 0.007 0.526 25 L 0.136 0.047 0.005 0.047 0.097 0.114 0.118 0.003 0.001 0.007 0.428 26 R 0.115 0.019 0.004 0.046 0.084 0.083 0.124 0.002 0.001 0.007 0.515 27 Y 0.077 0.021 0.006 0.069 0.272 0.241 0.054 0.001 0.001 0.003 0.257 28 H 0.020 0.007 0.001 0.160 0.268 0.336 0.033 0.001 0.001 0.002 0.172 29 L 0.010 0.005 0.003 0.102 0.144 0.355 0.042 0.001 0.001 0.002 0.336 30 R 0.021 0.003 0.001 0.185 0.204 0.393 0.032 0.001 0.001 0.002 0.161 31 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.988 32 P 0.001 0.001 0.001 0.017 0.013 0.056 0.032 0.001 0.001 0.001 0.880 33 R 0.044 0.002 0.001 0.040 0.016 0.034 0.175 0.001 0.001 0.006 0.682 34 R 0.178 0.008 0.001 0.021 0.011 0.023 0.055 0.001 0.001 0.005 0.698 35 N 0.041 0.028 0.001 0.017 0.009 0.011 0.174 0.001 0.001 0.006 0.713 36 D 0.145 0.032 0.003 0.015 0.006 0.016 0.310 0.001 0.001 0.011 0.462 37 G 0.169 0.150 0.010 0.030 0.006 0.021 0.107 0.001 0.001 0.008 0.498 38 A 0.012 0.115 0.003 0.005 0.003 0.005 0.218 0.001 0.001 0.007 0.632 39 A 0.050 0.242 0.003 0.003 0.001 0.004 0.391 0.001 0.001 0.005 0.299 40 I 0.056 0.866 0.002 0.002 0.001 0.002 0.007 0.003 0.001 0.001 0.061 41 H 0.006 0.960 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.023 42 Q 0.011 0.939 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.038 43 L 0.046 0.915 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 0.020 44 V 0.045 0.906 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 0.024 45 S 0.078 0.717 0.012 0.004 0.005 0.006 0.007 0.051 0.001 0.001 0.119 46 E 0.244 0.330 0.033 0.007 0.002 0.004 0.009 0.130 0.001 0.001 0.239 47 C 0.299 0.159 0.099 0.017 0.003 0.007 0.026 0.054 0.001 0.002 0.335 48 P 0.009 0.003 0.006 0.003 0.001 0.001 0.022 0.003 0.001 0.001 0.952 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.984 50 L 0.098 0.009 0.001 0.027 0.011 0.029 0.152 0.001 0.001 0.003 0.669 51 D 0.110 0.024 0.001 0.017 0.006 0.009 0.112 0.001 0.001 0.005 0.714 52 L 0.111 0.038 0.004 0.028 0.009 0.017 0.107 0.001 0.001 0.005 0.679 53 N 0.093 0.066 0.003 0.025 0.010 0.016 0.345 0.001 0.001 0.007 0.434 54 S 0.105 0.093 0.002 0.018 0.008 0.017 0.111 0.001 0.001 0.017 0.627 55 L 0.031 0.135 0.008 0.009 0.004 0.008 0.178 0.001 0.001 0.005 0.621 56 Y 0.061 0.221 0.005 0.007 0.005 0.009 0.370 0.001 0.001 0.006 0.314 57 A 0.052 0.757 0.003 0.004 0.005 0.009 0.036 0.002 0.001 0.001 0.131 58 Y 0.014 0.900 0.002 0.002 0.003 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.064 59 L 0.014 0.920 0.002 0.002 0.004 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.048 60 L 0.019 0.944 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 0.022 61 L 0.025 0.936 0.002 0.001 0.003 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 0.020 62 C 0.040 0.873 0.005 0.003 0.007 0.007 0.003 0.015 0.001 0.001 0.046 63 E 0.094 0.719 0.010 0.004 0.008 0.010 0.008 0.047 0.001 0.001 0.099 64 H 0.206 0.447 0.023 0.010 0.009 0.015 0.012 0.072 0.001 0.001 0.205 65 H 0.156 0.187 0.061 0.022 0.019 0.026 0.047 0.043 0.001 0.004 0.437 66 A 0.089 0.038 0.035 0.027 0.016 0.020 0.066 0.015 0.001 0.006 0.689 67 H 0.115 0.024 0.024 0.046 0.045 0.059 0.090 0.008 0.001 0.008 0.582 68 T 0.132 0.009 0.009 0.082 0.115 0.116 0.079 0.003 0.001 0.008 0.447 69 C 0.040 0.004 0.010 0.096 0.145 0.197 0.079 0.002 0.001 0.004 0.423 70 V 0.014 0.001 0.001 0.180 0.351 0.407 0.014 0.001 0.001 0.002 0.031 71 V 0.003 0.001 0.001 0.094 0.357 0.477 0.012 0.001 0.001 0.001 0.056 72 A 0.001 0.001 0.001 0.075 0.295 0.612 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 73 E 0.001 0.001 0.001 0.055 0.373 0.500 0.009 0.001 0.001 0.001 0.060 74 S 0.002 0.001 0.001 0.014 0.355 0.594 0.007 0.001 0.001 0.001 0.029 75 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.037 0.001 0.001 0.001 0.945 76 G 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 0.019 0.387 0.001 0.001 0.003 0.573 77 G 0.388 0.002 0.001 0.014 0.032 0.040 0.030 0.001 0.001 0.251 0.242 78 R 0.277 0.005 0.012 0.020 0.033 0.029 0.244 0.001 0.001 0.010 0.370 79 I 0.027 0.001 0.001 0.014 0.067 0.079 0.144 0.001 0.001 0.001 0.665 80 D 0.021 0.001 0.001 0.026 0.233 0.636 0.014 0.001 0.001 0.001 0.068 81 G 0.012 0.003 0.001 0.077 0.273 0.429 0.046 0.001 0.001 0.003 0.157 82 F 0.010 0.007 0.001 0.133 0.336 0.341 0.034 0.001 0.001 0.003 0.137 83 V 0.002 0.007 0.001 0.056 0.432 0.462 0.010 0.001 0.001 0.001 0.029 84 S 0.002 0.006 0.001 0.050 0.333 0.549 0.015 0.001 0.001 0.001 0.043 85 A 0.007 0.013 0.001 0.059 0.333 0.483 0.016 0.001 0.001 0.002 0.085 86 Y 0.021 0.025 0.001 0.055 0.275 0.441 0.033 0.001 0.001 0.003 0.146 87 L 0.023 0.023 0.002 0.030 0.144 0.239 0.057 0.002 0.001 0.003 0.475 88 L 0.042 0.016 0.003 0.029 0.126 0.218 0.070 0.002 0.001 0.002 0.492 89 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.989 90 T 0.014 0.001 0.002 0.005 0.010 0.027 0.072 0.001 0.001 0.002 0.867 91 R 0.324 0.002 0.001 0.013 0.011 0.023 0.087 0.001 0.001 0.006 0.533 92 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.991 93 D 0.024 0.002 0.001 0.024 0.038 0.054 0.174 0.001 0.001 0.003 0.681 94 V 0.360 0.012 0.001 0.053 0.036 0.053 0.067 0.001 0.001 0.005 0.412 95 L 0.057 0.034 0.001 0.145 0.276 0.249 0.070 0.001 0.001 0.007 0.160 96 F 0.032 0.031 0.002 0.169 0.226 0.244 0.065 0.001 0.001 0.004 0.226 97 V 0.014 0.026 0.001 0.148 0.289 0.380 0.017 0.001 0.001 0.002 0.123 98 W 0.009 0.020 0.001 0.089 0.323 0.451 0.031 0.001 0.001 0.003 0.075 99 Q 0.019 0.028 0.003 0.101 0.259 0.389 0.039 0.001 0.001 0.004 0.158 100 V 0.012 0.018 0.001 0.088 0.335 0.450 0.020 0.001 0.001 0.002 0.073 101 A 0.014 0.032 0.002 0.093 0.340 0.387 0.033 0.001 0.001 0.003 0.095 102 V 0.018 0.054 0.004 0.057 0.261 0.408 0.031 0.002 0.001 0.003 0.164 103 H 0.015 0.048 0.002 0.036 0.246 0.495 0.036 0.001 0.001 0.001 0.119 104 S 0.007 0.012 0.001 0.011 0.026 0.074 0.022 0.001 0.001 0.002 0.845 105 R 0.013 0.017 0.003 0.014 0.026 0.068 0.215 0.001 0.001 0.005 0.637 106 A 0.402 0.062 0.005 0.014 0.012 0.022 0.207 0.003 0.001 0.014 0.259 107 R 0.225 0.368 0.007 0.016 0.017 0.024 0.085 0.008 0.001 0.015 0.236 108 G 0.200 0.185 0.023 0.016 0.009 0.024 0.059 0.014 0.001 0.016 0.453 109 H 0.272 0.110 0.067 0.016 0.007 0.012 0.103 0.007 0.001 0.006 0.401 110 R 0.044 0.061 0.012 0.009 0.006 0.008 0.098 0.004 0.001 0.006 0.753 111 L 0.039 0.145 0.039 0.020 0.010 0.024 0.193 0.002 0.001 0.003 0.526 112 G 0.026 0.340 0.005 0.032 0.005 0.029 0.091 0.001 0.001 0.002 0.468 113 R 0.014 0.556 0.001 0.008 0.003 0.011 0.052 0.001 0.001 0.001 0.352 114 A 0.010 0.791 0.001 0.001 0.002 0.002 0.031 0.001 0.001 0.001 0.161 115 M 0.009 0.896 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.088 116 L 0.004 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 117 G 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 118 H 0.006 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 119 I 0.011 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.015 120 L 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 121 E 0.004 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 122 R 0.019 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.022 123 Q 0.027 0.946 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.015 124 E 0.027 0.905 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 0.036 125 C 0.079 0.796 0.012 0.003 0.002 0.002 0.007 0.028 0.001 0.001 0.070 126 R 0.195 0.630 0.016 0.003 0.002 0.003 0.014 0.046 0.001 0.001 0.091 127 H 0.371 0.189 0.047 0.013 0.006 0.008 0.019 0.079 0.001 0.008 0.259 128 V 0.082 0.052 0.438 0.032 0.012 0.013 0.060 0.007 0.001 0.002 0.303 129 R 0.039 0.039 0.012 0.178 0.127 0.094 0.120 0.003 0.001 0.008 0.380 130 H 0.023 0.023 0.003 0.082 0.044 0.059 0.113 0.003 0.001 0.002 0.649 131 L 0.033 0.033 0.003 0.388 0.184 0.240 0.027 0.001 0.001 0.003 0.088 132 E 0.020 0.015 0.001 0.378 0.197 0.262 0.036 0.001 0.001 0.003 0.087 133 T 0.010 0.021 0.002 0.316 0.228 0.252 0.020 0.001 0.001 0.002 0.147 134 T 0.012 0.016 0.001 0.343 0.180 0.273 0.021 0.001 0.001 0.002 0.151 135 V 0.015 0.023 0.004 0.153 0.138 0.272 0.058 0.003 0.001 0.003 0.331 136 G 0.030 0.011 0.003 0.151 0.120 0.273 0.080 0.001 0.001 0.004 0.327 137 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.980 138 D 0.022 0.005 0.002 0.024 0.019 0.042 0.195 0.001 0.001 0.004 0.687 139 N 0.184 0.019 0.002 0.018 0.007 0.017 0.164 0.001 0.001 0.027 0.561 140 Q 0.207 0.070 0.012 0.026 0.007 0.016 0.163 0.001 0.001 0.019 0.479 141 A 0.038 0.099 0.005 0.010 0.005 0.008 0.316 0.001 0.001 0.009 0.509 142 S 0.071 0.275 0.003 0.006 0.004 0.013 0.362 0.001 0.001 0.005 0.262 143 R 0.077 0.725 0.002 0.005 0.001 0.005 0.026 0.003 0.001 0.002 0.154 144 R 0.016 0.856 0.007 0.002 0.002 0.002 0.023 0.002 0.001 0.001 0.091 145 T 0.013 0.912 0.004 0.001 0.002 0.002 0.011 0.002 0.001 0.001 0.053 146 F 0.013 0.952 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.024 147 A 0.011 0.963 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.014 148 G 0.071 0.855 0.004 0.001 0.002 0.001 0.003 0.026 0.001 0.001 0.038 149 L 0.178 0.705 0.012 0.002 0.001 0.002 0.002 0.062 0.001 0.001 0.035 150 A 0.159 0.482 0.046 0.017 0.006 0.009 0.009 0.059 0.001 0.002 0.211 151 G 0.047 0.132 0.149 0.021 0.010 0.011 0.040 0.029 0.001 0.002 0.557 152 E 0.179 0.154 0.039 0.067 0.054 0.057 0.096 0.010 0.001 0.004 0.340 153 R 0.038 0.091 0.005 0.031 0.026 0.031 0.085 0.007 0.001 0.002 0.684 154 G 0.075 0.059 0.012 0.066 0.068 0.143 0.083 0.005 0.001 0.006 0.483 155 A 0.117 0.032 0.011 0.062 0.062 0.079 0.099 0.003 0.001 0.004 0.531 156 H 0.063 0.030 0.004 0.072 0.126 0.144 0.102 0.002 0.001 0.004 0.453 157 V 0.044 0.041 0.004 0.084 0.111 0.177 0.075 0.002 0.001 0.003 0.459 158 S 0.043 0.041 0.002 0.084 0.128 0.205 0.077 0.002 0.001 0.004 0.414 159 E 0.049 0.023 0.003 0.036 0.041 0.112 0.098 0.003 0.001 0.007 0.629 160 Q 0.143 0.018 0.007 0.061 0.056 0.093 0.109 0.002 0.001 0.007 0.505 161 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.974 162 F 0.029 0.010 0.003 0.040 0.058 0.130 0.116 0.001 0.001 0.003 0.611 163 F 0.140 0.045 0.003 0.049 0.038 0.080 0.104 0.001 0.001 0.007 0.534 164 D 0.100 0.060 0.002 0.042 0.039 0.076 0.108 0.002 0.001 0.008 0.564 165 R 0.111 0.100 0.004 0.052 0.033 0.059 0.130 0.002 0.001 0.011 0.499 166 Q 0.086 0.137 0.004 0.036 0.038 0.049 0.279 0.003 0.001 0.009 0.360 167 A 0.181 0.228 0.008 0.033 0.038 0.060 0.180 0.007 0.001 0.010 0.255 168 F 0.159 0.324 0.013 0.043 0.046 0.084 0.052 0.013 0.001 0.007 0.260 169 G 0.098 0.199 0.025 0.048 0.056 0.084 0.080 0.016 0.001 0.007 0.387 170 G 0.138 0.130 0.022 0.045 0.059 0.081 0.072 0.017 0.001 0.007 0.428 171 A 0.131 0.097 0.014 0.043 0.042 0.078 0.097 0.014 0.001 0.005 0.479 172 D 0.113 0.066 0.015 0.043 0.033 0.063 0.153 0.010 0.001 0.006 0.500 173 H 0.086 0.038 0.008 0.035 0.019 0.043 0.144 0.005 0.001 0.007 0.616 174 D 0.032 0.020 0.005 0.017 0.010 0.017 0.204 0.002 0.001 0.006 0.688 175 D 0.074 0.029 0.004 0.018 0.011 0.024 0.197 0.002 0.001 0.014 0.628 176 E 0.189 0.084 0.009 0.025 0.025 0.035 0.352 0.002 0.001 0.019 0.261 177 M 0.194 0.146 0.006 0.021 0.037 0.047 0.219 0.005 0.001 0.014 0.312 178 L 0.204 0.228 0.014 0.046 0.064 0.109 0.084 0.006 0.001 0.007 0.238 179 L 0.081 0.220 0.013 0.068 0.192 0.192 0.045 0.006 0.001 0.003 0.182 180 R 0.037 0.097 0.007 0.080 0.281 0.266 0.023 0.007 0.001 0.002 0.200 181 I 0.035 0.045 0.007 0.052 0.112 0.264 0.022 0.006 0.001 0.001 0.457 182 G 0.060 0.017 0.002 0.107 0.173 0.319 0.058 0.002 0.001 0.003 0.259 183 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.992 184 F 0.012 0.004 0.001 0.049 0.064 0.157 0.076 0.001 0.001 0.002 0.634 185 T 0.124 0.004 0.001 0.022 0.008 0.018 0.076 0.001 0.001 0.005 0.740 186 H 0.083 0.003 0.002 0.014 0.010 0.020 0.052 0.001 0.001 0.003 0.814 187 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.985 188 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.992 189 H 0.045 0.003 0.001 0.018 0.027 0.060 0.071 0.001 0.001 0.002 0.774