# TARGET T0417 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0417.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5114 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.018 0.010 0.024 0.020 0.036 0.082 0.004 0.807 2 N 0.038 0.017 0.022 0.021 0.036 0.096 0.009 0.760 3 A 0.104 0.014 0.019 0.014 0.023 0.198 0.011 0.617 4 M 0.124 0.026 0.028 0.020 0.031 0.254 0.015 0.502 5 R 0.162 0.072 0.050 0.047 0.074 0.163 0.011 0.420 6 K 0.030 0.040 0.037 0.031 0.053 0.076 0.006 0.728 7 D 0.028 0.045 0.024 0.037 0.064 0.071 0.007 0.724 8 E 0.131 0.037 0.042 0.031 0.064 0.087 0.016 0.592 9 T 0.115 0.036 0.026 0.029 0.047 0.365 0.016 0.366 10 S 0.219 0.047 0.041 0.034 0.052 0.173 0.021 0.413 11 N 0.093 0.066 0.033 0.028 0.043 0.162 0.015 0.560 12 T 0.148 0.034 0.050 0.023 0.049 0.189 0.038 0.469 13 S 0.090 0.023 0.027 0.029 0.041 0.190 0.008 0.591 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 15 D 0.016 0.008 0.014 0.024 0.066 0.255 0.005 0.612 16 I 0.329 0.020 0.023 0.016 0.030 0.093 0.012 0.477 17 S 0.098 0.065 0.024 0.045 0.052 0.134 0.009 0.573 18 V 0.116 0.025 0.022 0.016 0.038 0.080 0.011 0.691 19 A 0.182 0.077 0.048 0.036 0.070 0.146 0.020 0.421 20 Q 0.101 0.035 0.027 0.072 0.078 0.109 0.013 0.566 21 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 22 A 0.016 0.012 0.020 0.055 0.157 0.120 0.005 0.614 23 S 0.198 0.022 0.015 0.032 0.038 0.131 0.021 0.542 24 A 0.280 0.055 0.027 0.040 0.074 0.070 0.022 0.430 25 L 0.325 0.036 0.055 0.068 0.075 0.114 0.016 0.310 26 R 0.117 0.017 0.062 0.064 0.065 0.092 0.017 0.567 27 Y 0.149 0.019 0.100 0.175 0.202 0.058 0.014 0.284 28 H 0.071 0.006 0.164 0.245 0.308 0.037 0.011 0.158 29 L 0.009 0.003 0.068 0.079 0.169 0.019 0.004 0.649 30 R 0.008 0.003 0.180 0.288 0.390 0.025 0.003 0.104 31 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 32 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.992 33 R 0.086 0.001 0.022 0.015 0.038 0.234 0.003 0.602 34 R 0.224 0.006 0.025 0.009 0.023 0.057 0.004 0.651 35 N 0.061 0.018 0.015 0.006 0.011 0.182 0.002 0.705 36 D 0.174 0.021 0.006 0.002 0.003 0.305 0.008 0.481 37 G 0.204 0.156 0.013 0.003 0.007 0.091 0.008 0.518 38 A 0.018 0.188 0.008 0.002 0.006 0.262 0.004 0.512 39 A 0.028 0.230 0.001 0.001 0.002 0.438 0.003 0.297 40 I 0.016 0.932 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.042 41 H 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 42 Q 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 43 L 0.031 0.942 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.015 44 V 0.045 0.924 0.002 0.001 0.003 0.001 0.006 0.017 45 S 0.070 0.829 0.006 0.003 0.003 0.004 0.030 0.056 46 E 0.230 0.351 0.025 0.003 0.003 0.009 0.216 0.162 47 C 0.251 0.204 0.054 0.009 0.009 0.022 0.086 0.365 48 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 50 L 0.072 0.002 0.034 0.010 0.023 0.094 0.005 0.759 51 D 0.244 0.006 0.013 0.005 0.005 0.070 0.004 0.652 52 L 0.195 0.023 0.029 0.007 0.014 0.074 0.002 0.656 53 N 0.088 0.041 0.015 0.006 0.011 0.351 0.003 0.486 54 S 0.094 0.078 0.011 0.005 0.010 0.139 0.006 0.657 55 L 0.041 0.220 0.006 0.004 0.008 0.224 0.004 0.493 56 Y 0.043 0.491 0.003 0.004 0.007 0.209 0.006 0.236 57 A 0.012 0.933 0.001 0.002 0.003 0.012 0.001 0.036 58 Y 0.003 0.977 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.012 59 L 0.005 0.980 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.008 60 L 0.005 0.986 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 61 L 0.010 0.973 0.001 0.002 0.004 0.001 0.003 0.006 62 C 0.020 0.949 0.002 0.004 0.004 0.002 0.007 0.013 63 E 0.073 0.836 0.005 0.006 0.005 0.005 0.029 0.042 64 H 0.151 0.627 0.015 0.012 0.012 0.011 0.049 0.123 65 H 0.134 0.286 0.026 0.028 0.032 0.050 0.067 0.378 66 A 0.083 0.080 0.037 0.028 0.030 0.085 0.070 0.587 67 H 0.147 0.035 0.049 0.044 0.031 0.094 0.075 0.525 68 T 0.178 0.009 0.132 0.079 0.068 0.134 0.033 0.368 69 C 0.034 0.002 0.148 0.164 0.229 0.094 0.006 0.324 70 V 0.005 0.001 0.179 0.377 0.368 0.019 0.001 0.050 71 V 0.002 0.001 0.094 0.418 0.408 0.009 0.001 0.069 72 A 0.001 0.001 0.167 0.383 0.429 0.003 0.001 0.017 73 E 0.002 0.001 0.090 0.335 0.521 0.009 0.001 0.043 74 S 0.001 0.001 0.037 0.282 0.623 0.011 0.001 0.046 75 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.004 0.001 0.987 76 G 0.005 0.001 0.004 0.017 0.041 0.534 0.008 0.391 77 G 0.685 0.001 0.003 0.008 0.003 0.032 0.077 0.192 78 R 0.333 0.001 0.094 0.021 0.029 0.371 0.007 0.145 79 I 0.004 0.001 0.052 0.113 0.107 0.082 0.002 0.640 80 D 0.008 0.001 0.112 0.219 0.561 0.043 0.001 0.056 81 G 0.005 0.001 0.136 0.304 0.407 0.037 0.001 0.108 82 F 0.006 0.001 0.242 0.212 0.455 0.026 0.001 0.057 83 V 0.003 0.003 0.144 0.371 0.422 0.018 0.001 0.038 84 S 0.006 0.004 0.117 0.243 0.533 0.033 0.002 0.064 85 A 0.008 0.005 0.084 0.251 0.513 0.031 0.003 0.104 86 Y 0.024 0.008 0.093 0.277 0.416 0.041 0.008 0.132 87 L 0.045 0.008 0.061 0.152 0.243 0.067 0.018 0.406 88 L 0.057 0.011 0.046 0.142 0.218 0.072 0.009 0.446 89 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.992 90 T 0.016 0.004 0.008 0.022 0.049 0.091 0.010 0.801 91 R 0.244 0.005 0.015 0.017 0.019 0.096 0.016 0.589 92 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 93 D 0.022 0.005 0.027 0.048 0.066 0.168 0.006 0.658 94 V 0.244 0.009 0.076 0.036 0.057 0.108 0.010 0.461 95 L 0.066 0.027 0.162 0.225 0.200 0.078 0.007 0.236 96 F 0.052 0.012 0.157 0.239 0.295 0.085 0.007 0.153 97 V 0.029 0.017 0.167 0.192 0.341 0.055 0.004 0.196 98 W 0.009 0.012 0.141 0.297 0.418 0.043 0.003 0.077 99 Q 0.014 0.013 0.071 0.254 0.390 0.051 0.005 0.201 100 V 0.017 0.020 0.134 0.286 0.431 0.025 0.006 0.080 101 A 0.026 0.016 0.095 0.285 0.395 0.045 0.006 0.133 102 V 0.017 0.029 0.078 0.257 0.329 0.032 0.005 0.251 103 H 0.016 0.034 0.077 0.162 0.468 0.045 0.005 0.192 104 S 0.007 0.019 0.012 0.024 0.074 0.027 0.003 0.833 105 R 0.040 0.072 0.011 0.020 0.054 0.128 0.014 0.661 106 A 0.430 0.174 0.009 0.010 0.014 0.127 0.032 0.204 107 R 0.304 0.411 0.023 0.016 0.012 0.052 0.051 0.132 108 G 0.347 0.215 0.042 0.013 0.012 0.021 0.061 0.288 109 H 0.186 0.171 0.168 0.016 0.018 0.065 0.023 0.352 110 R 0.022 0.078 0.023 0.007 0.011 0.082 0.006 0.771 111 L 0.051 0.257 0.055 0.016 0.032 0.143 0.007 0.440 112 G 0.046 0.340 0.043 0.012 0.026 0.188 0.009 0.336 113 R 0.023 0.614 0.017 0.003 0.008 0.049 0.003 0.283 114 A 0.008 0.840 0.002 0.002 0.002 0.035 0.002 0.110 115 M 0.012 0.924 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.051 116 L 0.010 0.950 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.032 117 G 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 118 H 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 119 I 0.014 0.948 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.029 120 L 0.006 0.963 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 121 E 0.004 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.022 122 R 0.012 0.962 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 123 Q 0.013 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 124 E 0.030 0.878 0.006 0.003 0.004 0.008 0.014 0.057 125 C 0.082 0.795 0.014 0.004 0.003 0.009 0.027 0.068 126 R 0.126 0.681 0.022 0.009 0.004 0.012 0.052 0.094 127 H 0.215 0.152 0.034 0.013 0.007 0.025 0.107 0.446 128 V 0.110 0.047 0.260 0.030 0.036 0.079 0.021 0.418 129 R 0.022 0.035 0.173 0.142 0.091 0.094 0.010 0.433 130 H 0.019 0.015 0.109 0.051 0.079 0.068 0.006 0.652 131 L 0.027 0.020 0.486 0.155 0.182 0.044 0.005 0.080 132 E 0.017 0.018 0.427 0.215 0.195 0.037 0.003 0.089 133 T 0.007 0.015 0.329 0.239 0.255 0.018 0.004 0.132 134 T 0.011 0.009 0.326 0.182 0.261 0.030 0.006 0.174 135 V 0.017 0.012 0.210 0.116 0.216 0.038 0.008 0.383 136 G 0.016 0.006 0.128 0.095 0.207 0.104 0.005 0.438 137 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 138 D 0.014 0.004 0.019 0.012 0.031 0.188 0.004 0.728 139 N 0.317 0.011 0.010 0.005 0.006 0.144 0.012 0.495 140 Q 0.127 0.091 0.022 0.008 0.019 0.157 0.005 0.571 141 A 0.041 0.060 0.005 0.003 0.008 0.320 0.003 0.561 142 S 0.065 0.189 0.004 0.002 0.004 0.519 0.006 0.210 143 R 0.041 0.875 0.002 0.002 0.002 0.010 0.003 0.065 144 R 0.014 0.842 0.004 0.002 0.003 0.029 0.005 0.101 145 T 0.019 0.913 0.003 0.002 0.005 0.011 0.003 0.045 146 F 0.011 0.965 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.015 147 A 0.012 0.958 0.001 0.002 0.004 0.002 0.004 0.016 148 G 0.063 0.857 0.004 0.003 0.002 0.002 0.029 0.041 149 L 0.211 0.631 0.017 0.006 0.005 0.005 0.063 0.062 150 A 0.214 0.265 0.039 0.026 0.017 0.021 0.081 0.337 151 G 0.062 0.105 0.140 0.034 0.031 0.042 0.039 0.547 152 E 0.142 0.066 0.119 0.047 0.069 0.130 0.021 0.405 153 R 0.019 0.026 0.050 0.025 0.026 0.054 0.005 0.795 154 G 0.034 0.046 0.084 0.087 0.093 0.091 0.013 0.552 155 A 0.088 0.031 0.126 0.071 0.079 0.090 0.010 0.505 156 H 0.064 0.034 0.057 0.137 0.159 0.089 0.009 0.452 157 V 0.059 0.022 0.053 0.096 0.181 0.077 0.005 0.507 158 S 0.038 0.044 0.056 0.165 0.234 0.078 0.009 0.376 159 E 0.055 0.033 0.045 0.051 0.115 0.064 0.023 0.613 160 Q 0.105 0.023 0.040 0.065 0.084 0.136 0.013 0.535 161 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 162 F 0.032 0.015 0.033 0.051 0.106 0.152 0.006 0.605 163 F 0.159 0.032 0.048 0.038 0.054 0.140 0.011 0.517 164 D 0.086 0.078 0.040 0.054 0.090 0.081 0.009 0.562 165 R 0.117 0.064 0.053 0.032 0.079 0.113 0.008 0.534 166 Q 0.108 0.107 0.034 0.033 0.052 0.334 0.017 0.315 167 A 0.209 0.184 0.051 0.044 0.074 0.176 0.030 0.232 168 F 0.119 0.335 0.046 0.064 0.088 0.057 0.016 0.276 169 G 0.094 0.176 0.067 0.067 0.120 0.061 0.025 0.391 170 G 0.097 0.092 0.050 0.054 0.104 0.066 0.021 0.516 171 A 0.187 0.066 0.035 0.048 0.094 0.087 0.024 0.458 172 D 0.147 0.046 0.038 0.038 0.065 0.105 0.020 0.540 173 H 0.140 0.031 0.036 0.029 0.045 0.097 0.018 0.604 174 D 0.056 0.022 0.023 0.016 0.028 0.199 0.011 0.645 175 D 0.067 0.024 0.019 0.013 0.026 0.123 0.013 0.716 176 E 0.086 0.042 0.031 0.019 0.035 0.427 0.012 0.348 177 M 0.090 0.086 0.041 0.037 0.047 0.250 0.016 0.435 178 L 0.149 0.095 0.067 0.048 0.086 0.173 0.016 0.366 179 L 0.099 0.153 0.127 0.160 0.147 0.064 0.013 0.236 180 R 0.045 0.069 0.153 0.156 0.260 0.048 0.018 0.252 181 I 0.025 0.052 0.111 0.128 0.258 0.026 0.014 0.386 182 G 0.026 0.015 0.081 0.166 0.204 0.051 0.007 0.450 183 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 184 F 0.028 0.003 0.036 0.049 0.126 0.134 0.008 0.616 185 T 0.260 0.003 0.013 0.010 0.015 0.081 0.018 0.599 186 H 0.168 0.009 0.021 0.021 0.034 0.059 0.011 0.676 187 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 188 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 189 H 0.026 0.002 0.011 0.023 0.057 0.083 0.003 0.796