# TARGET T0417 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0417.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5114 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.330 0.091 0.262 0.159 0.042 0.040 0.031 0.012 0.017 0.012 0.004 2 N 0.145 0.142 0.214 0.213 0.069 0.044 0.094 0.015 0.051 0.011 0.002 3 A 0.442 0.070 0.298 0.101 0.017 0.028 0.018 0.007 0.010 0.004 0.006 4 M 0.278 0.232 0.280 0.115 0.024 0.033 0.013 0.003 0.018 0.002 0.002 5 R 0.163 0.185 0.456 0.066 0.035 0.040 0.012 0.002 0.035 0.003 0.003 6 K 0.317 0.111 0.331 0.110 0.027 0.038 0.029 0.006 0.022 0.005 0.003 7 D 0.131 0.178 0.311 0.129 0.055 0.067 0.045 0.008 0.068 0.006 0.001 8 E 0.535 0.082 0.212 0.085 0.016 0.041 0.010 0.004 0.007 0.003 0.004 9 T 0.384 0.164 0.180 0.168 0.034 0.028 0.016 0.003 0.017 0.005 0.001 10 S 0.348 0.147 0.193 0.149 0.057 0.023 0.034 0.009 0.028 0.009 0.002 11 N 0.215 0.077 0.260 0.211 0.031 0.048 0.107 0.015 0.024 0.008 0.003 12 T 0.167 0.236 0.280 0.172 0.042 0.046 0.018 0.006 0.026 0.006 0.001 13 S 0.053 0.166 0.595 0.008 0.042 0.021 0.005 0.001 0.101 0.007 0.002 14 P 0.403 0.007 0.488 0.018 0.003 0.015 0.003 0.001 0.002 0.001 0.058 15 D 0.224 0.095 0.224 0.230 0.027 0.056 0.074 0.024 0.038 0.003 0.003 16 I 0.200 0.222 0.397 0.093 0.020 0.026 0.010 0.002 0.027 0.001 0.002 17 S 0.252 0.143 0.410 0.086 0.028 0.038 0.015 0.003 0.017 0.003 0.005 18 V 0.330 0.206 0.265 0.091 0.040 0.037 0.008 0.002 0.014 0.003 0.004 19 A 0.219 0.188 0.338 0.111 0.025 0.056 0.011 0.001 0.045 0.002 0.005 20 Q 0.028 0.202 0.518 0.005 0.041 0.022 0.005 0.001 0.175 0.002 0.001 21 P 0.125 0.005 0.805 0.007 0.001 0.019 0.002 0.001 0.003 0.001 0.032 22 A 0.410 0.112 0.317 0.088 0.021 0.022 0.007 0.005 0.014 0.002 0.002 23 S 0.279 0.138 0.221 0.189 0.061 0.041 0.031 0.010 0.022 0.007 0.002 24 A 0.151 0.195 0.267 0.133 0.103 0.039 0.055 0.015 0.023 0.018 0.001 25 L 0.289 0.177 0.302 0.125 0.041 0.027 0.018 0.003 0.009 0.004 0.004 26 R 0.068 0.391 0.203 0.133 0.072 0.034 0.054 0.007 0.035 0.002 0.001 27 Y 0.010 0.770 0.119 0.016 0.056 0.009 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 28 H 0.008 0.763 0.163 0.006 0.021 0.024 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 29 L 0.017 0.553 0.278 0.022 0.022 0.083 0.002 0.001 0.021 0.001 0.003 30 R 0.003 0.494 0.180 0.001 0.094 0.011 0.001 0.001 0.214 0.001 0.001 31 P 0.008 0.003 0.946 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.008 0.001 0.026 32 P 0.084 0.012 0.821 0.021 0.002 0.033 0.002 0.002 0.006 0.001 0.017 33 R 0.058 0.401 0.405 0.022 0.069 0.016 0.001 0.001 0.024 0.002 0.001 34 R 0.453 0.032 0.402 0.046 0.014 0.018 0.003 0.001 0.003 0.002 0.026 35 N 0.420 0.042 0.103 0.314 0.024 0.031 0.034 0.016 0.010 0.005 0.001 36 D 0.152 0.078 0.201 0.332 0.033 0.078 0.045 0.003 0.072 0.004 0.001 37 G 0.951 0.003 0.030 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 A 0.990 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 A 0.989 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 H 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 Q 0.989 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 L 0.948 0.002 0.003 0.041 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 V 0.819 0.014 0.015 0.136 0.001 0.005 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 45 S 0.681 0.015 0.033 0.219 0.007 0.007 0.033 0.003 0.002 0.001 0.001 46 E 0.318 0.027 0.054 0.528 0.008 0.016 0.038 0.005 0.005 0.001 0.001 47 C 0.040 0.140 0.500 0.024 0.034 0.014 0.011 0.001 0.229 0.005 0.001 48 P 0.038 0.003 0.935 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.013 49 P 0.181 0.008 0.747 0.018 0.002 0.020 0.002 0.002 0.005 0.001 0.016 50 L 0.327 0.133 0.377 0.088 0.023 0.026 0.004 0.004 0.014 0.001 0.002 51 D 0.243 0.096 0.378 0.109 0.035 0.071 0.025 0.007 0.025 0.005 0.005 52 L 0.453 0.103 0.190 0.170 0.020 0.033 0.012 0.002 0.011 0.003 0.002 53 N 0.268 0.084 0.195 0.259 0.040 0.066 0.040 0.004 0.039 0.005 0.001 54 S 0.811 0.025 0.091 0.038 0.012 0.012 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 55 L 0.948 0.007 0.020 0.017 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 Y 0.942 0.012 0.011 0.023 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 A 0.985 0.004 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 Y 0.990 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 L 0.985 0.002 0.002 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 L 0.966 0.005 0.003 0.018 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.912 0.012 0.009 0.054 0.002 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 62 C 0.846 0.018 0.016 0.095 0.006 0.008 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 63 E 0.718 0.023 0.033 0.180 0.008 0.010 0.020 0.002 0.004 0.001 0.001 64 H 0.417 0.063 0.115 0.283 0.015 0.028 0.052 0.005 0.020 0.002 0.001 65 H 0.330 0.092 0.281 0.145 0.021 0.037 0.053 0.005 0.031 0.003 0.001 66 A 0.417 0.049 0.242 0.198 0.019 0.017 0.035 0.010 0.005 0.005 0.002 67 H 0.113 0.147 0.191 0.259 0.072 0.030 0.121 0.040 0.018 0.008 0.001 68 T 0.031 0.436 0.287 0.087 0.061 0.022 0.039 0.004 0.028 0.002 0.001 69 C 0.005 0.776 0.133 0.008 0.060 0.006 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 70 V 0.002 0.855 0.085 0.002 0.045 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 71 V 0.001 0.922 0.047 0.001 0.018 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 72 A 0.001 0.910 0.042 0.001 0.036 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 73 E 0.003 0.829 0.083 0.003 0.045 0.020 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 74 S 0.002 0.228 0.484 0.001 0.041 0.019 0.002 0.001 0.219 0.004 0.001 75 P 0.410 0.005 0.488 0.023 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.060 76 G 0.016 0.003 0.015 0.089 0.019 0.002 0.275 0.527 0.003 0.050 0.001 77 G 0.006 0.002 0.016 0.012 0.033 0.003 0.101 0.721 0.002 0.105 0.001 78 R 0.029 0.378 0.491 0.037 0.030 0.012 0.011 0.001 0.009 0.002 0.001 79 I 0.023 0.375 0.520 0.015 0.013 0.038 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 80 D 0.031 0.589 0.202 0.032 0.082 0.031 0.004 0.001 0.027 0.001 0.001 81 G 0.019 0.268 0.089 0.008 0.561 0.011 0.007 0.012 0.009 0.017 0.001 82 F 0.027 0.653 0.174 0.008 0.077 0.038 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 83 V 0.015 0.838 0.058 0.007 0.058 0.015 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 84 S 0.023 0.771 0.063 0.012 0.106 0.014 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 85 A 0.040 0.641 0.093 0.024 0.149 0.026 0.007 0.001 0.018 0.001 0.001 86 Y 0.034 0.676 0.123 0.024 0.080 0.028 0.010 0.001 0.023 0.001 0.001 87 L 0.074 0.278 0.419 0.050 0.030 0.091 0.015 0.001 0.040 0.001 0.002 88 L 0.026 0.277 0.430 0.009 0.034 0.029 0.007 0.001 0.185 0.001 0.001 89 P 0.189 0.014 0.712 0.024 0.004 0.025 0.004 0.001 0.005 0.001 0.022 90 T 0.206 0.137 0.232 0.283 0.033 0.052 0.022 0.011 0.019 0.003 0.002 91 R 0.022 0.193 0.401 0.012 0.089 0.016 0.010 0.001 0.243 0.011 0.001 92 P 0.312 0.003 0.603 0.017 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.053 93 D 0.266 0.132 0.191 0.227 0.035 0.039 0.055 0.037 0.013 0.003 0.001 94 V 0.086 0.615 0.183 0.056 0.025 0.012 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 95 L 0.029 0.732 0.101 0.010 0.106 0.012 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 96 F 0.034 0.761 0.101 0.007 0.043 0.041 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 97 V 0.080 0.624 0.173 0.020 0.023 0.047 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 98 W 0.204 0.439 0.076 0.054 0.184 0.021 0.009 0.001 0.010 0.001 0.001 99 Q 0.114 0.519 0.082 0.036 0.173 0.036 0.018 0.002 0.020 0.001 0.001 100 V 0.066 0.807 0.068 0.006 0.034 0.010 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 101 A 0.124 0.422 0.149 0.017 0.031 0.187 0.006 0.001 0.065 0.001 0.001 102 V 0.096 0.433 0.185 0.124 0.029 0.093 0.004 0.001 0.036 0.001 0.001 103 H 0.091 0.240 0.314 0.043 0.082 0.065 0.009 0.001 0.153 0.002 0.001 104 S 0.850 0.006 0.107 0.018 0.004 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 105 R 0.823 0.017 0.029 0.105 0.007 0.005 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 106 A 0.637 0.047 0.050 0.238 0.007 0.008 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 107 R 0.348 0.092 0.143 0.314 0.015 0.017 0.056 0.001 0.013 0.001 0.001 108 G 0.057 0.002 0.014 0.013 0.040 0.005 0.093 0.553 0.001 0.222 0.001 109 H 0.445 0.038 0.181 0.270 0.015 0.011 0.023 0.001 0.011 0.002 0.001 110 R 0.438 0.013 0.079 0.050 0.050 0.045 0.109 0.164 0.005 0.048 0.001 111 L 0.876 0.025 0.035 0.043 0.005 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 112 G 0.983 0.002 0.006 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 M 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 H 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 E 0.984 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 R 0.960 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 Q 0.947 0.002 0.003 0.042 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 124 E 0.909 0.002 0.008 0.071 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 125 C 0.698 0.013 0.019 0.239 0.003 0.009 0.013 0.001 0.004 0.001 0.001 126 R 0.411 0.014 0.044 0.461 0.007 0.005 0.050 0.004 0.004 0.001 0.001 127 H 0.044 0.012 0.024 0.148 0.027 0.014 0.578 0.137 0.004 0.011 0.001 128 V 0.082 0.294 0.506 0.069 0.011 0.018 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 129 R 0.247 0.255 0.285 0.087 0.058 0.038 0.013 0.001 0.012 0.002 0.002 130 H 0.030 0.623 0.107 0.030 0.163 0.019 0.007 0.001 0.018 0.001 0.001 131 L 0.015 0.804 0.113 0.006 0.033 0.018 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 132 E 0.018 0.752 0.121 0.007 0.048 0.035 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 133 T 0.011 0.798 0.056 0.006 0.110 0.009 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 134 T 0.028 0.609 0.171 0.015 0.062 0.062 0.005 0.001 0.046 0.001 0.001 135 V 0.026 0.626 0.185 0.046 0.058 0.033 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 136 G 0.022 0.200 0.343 0.007 0.248 0.032 0.009 0.006 0.057 0.076 0.001 137 P 0.485 0.022 0.402 0.022 0.009 0.029 0.003 0.001 0.003 0.003 0.022 138 D 0.329 0.038 0.053 0.393 0.021 0.038 0.084 0.025 0.012 0.006 0.002 139 N 0.103 0.075 0.111 0.322 0.047 0.049 0.176 0.019 0.090 0.007 0.001 140 Q 0.755 0.014 0.160 0.040 0.003 0.015 0.006 0.001 0.002 0.001 0.003 141 A 0.897 0.008 0.026 0.053 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 S 0.909 0.014 0.018 0.039 0.010 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 143 R 0.986 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 R 0.983 0.002 0.004 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 T 0.950 0.006 0.005 0.034 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 F 0.926 0.014 0.016 0.025 0.003 0.007 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 147 A 0.914 0.004 0.025 0.044 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 148 G 0.847 0.006 0.015 0.097 0.005 0.003 0.012 0.011 0.001 0.004 0.001 149 L 0.411 0.017 0.073 0.475 0.004 0.005 0.011 0.001 0.005 0.001 0.001 150 A 0.090 0.005 0.043 0.099 0.025 0.006 0.518 0.155 0.003 0.058 0.001 151 G 0.165 0.043 0.200 0.054 0.104 0.014 0.067 0.202 0.007 0.145 0.001 152 E 0.169 0.332 0.366 0.050 0.035 0.029 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 153 R 0.176 0.161 0.391 0.134 0.030 0.060 0.019 0.002 0.020 0.002 0.005 154 G 0.142 0.042 0.100 0.067 0.150 0.029 0.108 0.258 0.013 0.089 0.001 155 A 0.184 0.324 0.212 0.099 0.118 0.023 0.013 0.003 0.021 0.003 0.001 156 H 0.114 0.434 0.245 0.052 0.059 0.056 0.013 0.002 0.023 0.002 0.001 157 V 0.123 0.530 0.215 0.039 0.030 0.036 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 158 S 0.257 0.287 0.215 0.092 0.085 0.034 0.009 0.001 0.016 0.003 0.001 159 E 0.218 0.149 0.177 0.244 0.070 0.057 0.043 0.009 0.026 0.006 0.002 160 Q 0.036 0.244 0.332 0.010 0.069 0.028 0.021 0.003 0.251 0.006 0.001 161 P 0.356 0.008 0.563 0.022 0.002 0.022 0.003 0.001 0.002 0.001 0.020 162 F 0.318 0.201 0.174 0.163 0.063 0.030 0.019 0.012 0.015 0.004 0.001 163 F 0.396 0.200 0.186 0.078 0.051 0.043 0.011 0.002 0.029 0.002 0.001 164 D 0.427 0.059 0.146 0.196 0.022 0.071 0.051 0.005 0.018 0.003 0.003 165 R 0.631 0.087 0.057 0.142 0.039 0.019 0.013 0.003 0.006 0.002 0.001 166 Q 0.546 0.164 0.131 0.078 0.029 0.025 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 167 A 0.483 0.168 0.169 0.089 0.025 0.036 0.010 0.001 0.016 0.001 0.001 168 F 0.277 0.247 0.137 0.206 0.049 0.032 0.018 0.001 0.031 0.001 0.001 169 G 0.173 0.064 0.156 0.152 0.189 0.018 0.105 0.056 0.010 0.076 0.001 170 G 0.127 0.045 0.149 0.079 0.147 0.030 0.105 0.151 0.012 0.156 0.001 171 A 0.189 0.261 0.348 0.077 0.056 0.028 0.012 0.002 0.017 0.008 0.001 172 D 0.285 0.117 0.270 0.143 0.049 0.068 0.031 0.009 0.015 0.009 0.003 173 H 0.290 0.134 0.205 0.155 0.075 0.038 0.038 0.019 0.026 0.018 0.001 174 D 0.425 0.058 0.174 0.192 0.031 0.040 0.038 0.010 0.021 0.008 0.004 175 D 0.402 0.063 0.131 0.251 0.024 0.034 0.057 0.014 0.014 0.007 0.003 176 E 0.521 0.111 0.153 0.131 0.025 0.019 0.020 0.005 0.010 0.003 0.002 177 M 0.352 0.176 0.239 0.117 0.033 0.029 0.024 0.005 0.019 0.002 0.003 178 L 0.167 0.182 0.468 0.080 0.018 0.038 0.018 0.002 0.024 0.001 0.003 179 L 0.071 0.437 0.361 0.041 0.024 0.022 0.009 0.001 0.032 0.001 0.001 180 R 0.044 0.520 0.320 0.019 0.029 0.037 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 181 I 0.041 0.496 0.269 0.067 0.038 0.059 0.003 0.001 0.025 0.001 0.002 182 G 0.010 0.085 0.270 0.002 0.291 0.014 0.011 0.011 0.098 0.209 0.001 183 P 0.248 0.005 0.652 0.015 0.003 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.061 184 F 0.203 0.138 0.219 0.250 0.047 0.027 0.046 0.035 0.019 0.012 0.003 185 T 0.181 0.229 0.260 0.212 0.040 0.036 0.013 0.004 0.018 0.002 0.005 186 H 0.021 0.234 0.507 0.014 0.046 0.020 0.009 0.001 0.142 0.005 0.002 187 P 0.020 0.007 0.938 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.011 0.001 0.012 188 P 0.226 0.006 0.698 0.017 0.001 0.017 0.002 0.002 0.003 0.001 0.026 189 H 0.272 0.163 0.334 0.112 0.042 0.026 0.012 0.013 0.022 0.004 0.002