# TARGET T0417 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0417.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5114 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.037 0.166 0.113 0.077 0.072 0.058 0.072 0.155 0.153 0.073 0.023 2 N 0.051 0.103 0.078 0.044 0.105 0.024 0.043 0.130 0.146 0.220 0.056 3 A 0.061 0.150 0.055 0.012 0.136 0.012 0.042 0.187 0.159 0.148 0.038 4 M 0.074 0.197 0.087 0.012 0.197 0.015 0.037 0.128 0.086 0.123 0.044 5 R 0.123 0.286 0.144 0.011 0.265 0.008 0.012 0.053 0.033 0.038 0.027 6 K 0.044 0.341 0.124 0.019 0.131 0.030 0.036 0.136 0.087 0.033 0.020 7 D 0.114 0.177 0.083 0.013 0.250 0.013 0.038 0.149 0.079 0.055 0.028 8 E 0.050 0.053 0.017 0.005 0.064 0.010 0.043 0.362 0.273 0.095 0.029 9 T 0.065 0.094 0.043 0.018 0.111 0.023 0.051 0.266 0.157 0.133 0.038 10 S 0.048 0.229 0.078 0.039 0.136 0.036 0.065 0.169 0.091 0.081 0.028 11 N 0.057 0.077 0.055 0.028 0.098 0.017 0.040 0.111 0.094 0.345 0.078 12 T 0.041 0.382 0.212 0.012 0.167 0.007 0.014 0.040 0.044 0.062 0.018 13 S 0.096 0.370 0.174 0.008 0.246 0.005 0.008 0.036 0.027 0.012 0.017 14 P 0.025 0.222 0.078 0.014 0.076 0.036 0.090 0.219 0.202 0.027 0.012 15 D 0.134 0.110 0.044 0.011 0.193 0.010 0.050 0.139 0.093 0.151 0.067 16 I 0.089 0.213 0.055 0.009 0.185 0.013 0.020 0.126 0.143 0.097 0.048 17 S 0.076 0.197 0.083 0.019 0.225 0.025 0.048 0.148 0.086 0.062 0.032 18 V 0.100 0.127 0.032 0.011 0.193 0.013 0.049 0.175 0.131 0.126 0.044 19 A 0.098 0.228 0.090 0.019 0.243 0.015 0.030 0.078 0.057 0.094 0.047 20 Q 0.067 0.434 0.172 0.006 0.243 0.004 0.008 0.025 0.014 0.013 0.014 21 P 0.152 0.308 0.075 0.009 0.244 0.011 0.023 0.076 0.047 0.021 0.033 22 A 0.078 0.125 0.057 0.030 0.113 0.062 0.099 0.179 0.166 0.060 0.031 23 S 0.080 0.081 0.051 0.043 0.091 0.060 0.136 0.147 0.091 0.170 0.050 24 A 0.207 0.119 0.056 0.028 0.219 0.018 0.023 0.049 0.047 0.147 0.088 25 L 0.099 0.153 0.051 0.030 0.222 0.090 0.098 0.064 0.059 0.087 0.046 26 R 0.257 0.106 0.012 0.007 0.466 0.009 0.034 0.015 0.020 0.030 0.045 27 Y 0.239 0.070 0.006 0.002 0.651 0.003 0.003 0.003 0.004 0.005 0.015 28 H 0.165 0.086 0.004 0.001 0.703 0.003 0.008 0.004 0.003 0.004 0.018 29 L 0.363 0.078 0.009 0.003 0.369 0.002 0.004 0.003 0.005 0.024 0.141 30 R 0.076 0.299 0.226 0.025 0.298 0.013 0.011 0.004 0.004 0.016 0.028 31 P 0.091 0.445 0.156 0.012 0.220 0.005 0.011 0.014 0.016 0.011 0.019 32 P 0.068 0.282 0.101 0.031 0.156 0.036 0.079 0.050 0.075 0.085 0.036 33 R 0.105 0.320 0.187 0.019 0.225 0.010 0.015 0.029 0.022 0.030 0.038 34 R 0.029 0.052 0.021 0.011 0.041 0.027 0.063 0.381 0.267 0.070 0.035 35 N 0.017 0.062 0.051 0.032 0.030 0.048 0.107 0.393 0.090 0.148 0.022 36 D 0.060 0.176 0.063 0.018 0.070 0.009 0.009 0.205 0.043 0.281 0.065 37 G 0.008 0.009 0.003 0.002 0.012 0.003 0.003 0.756 0.171 0.028 0.006 38 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.912 0.074 0.003 0.001 39 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.927 0.041 0.021 0.001 40 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.036 0.002 0.001 41 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.911 0.087 0.001 0.001 42 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.947 0.040 0.002 0.001 43 L 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.059 0.846 0.069 0.010 0.002 44 V 0.009 0.015 0.006 0.003 0.018 0.005 0.017 0.571 0.302 0.047 0.007 45 S 0.006 0.023 0.008 0.004 0.011 0.010 0.128 0.560 0.203 0.039 0.008 46 E 0.022 0.074 0.058 0.012 0.046 0.012 0.167 0.163 0.115 0.292 0.041 47 C 0.067 0.331 0.187 0.012 0.189 0.006 0.013 0.025 0.030 0.091 0.049 48 P 0.031 0.350 0.200 0.028 0.079 0.025 0.036 0.085 0.083 0.051 0.032 49 P 0.100 0.256 0.125 0.017 0.185 0.008 0.028 0.086 0.083 0.074 0.038 50 L 0.043 0.187 0.060 0.012 0.103 0.022 0.047 0.223 0.203 0.070 0.029 51 D 0.083 0.151 0.094 0.014 0.166 0.015 0.037 0.242 0.082 0.076 0.040 52 L 0.029 0.094 0.030 0.008 0.057 0.015 0.045 0.437 0.169 0.094 0.021 53 N 0.044 0.131 0.080 0.020 0.076 0.015 0.022 0.369 0.077 0.129 0.037 54 S 0.018 0.047 0.016 0.003 0.040 0.004 0.007 0.701 0.121 0.032 0.009 55 L 0.004 0.010 0.003 0.001 0.007 0.003 0.009 0.867 0.083 0.011 0.003 56 Y 0.004 0.008 0.003 0.001 0.006 0.001 0.004 0.901 0.056 0.013 0.003 57 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.930 0.056 0.004 0.001 58 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.935 0.057 0.002 0.001 59 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.938 0.044 0.003 0.001 60 L 0.005 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.017 0.896 0.059 0.010 0.002 61 L 0.008 0.008 0.003 0.001 0.011 0.003 0.015 0.784 0.141 0.020 0.005 62 C 0.011 0.020 0.008 0.003 0.020 0.008 0.051 0.703 0.142 0.028 0.007 63 E 0.029 0.045 0.022 0.006 0.042 0.013 0.114 0.503 0.127 0.080 0.018 64 H 0.104 0.066 0.031 0.017 0.098 0.023 0.066 0.255 0.129 0.159 0.053 65 H 0.086 0.084 0.056 0.035 0.103 0.050 0.062 0.196 0.140 0.140 0.048 66 A 0.076 0.069 0.046 0.033 0.088 0.049 0.141 0.179 0.131 0.148 0.041 67 H 0.151 0.137 0.053 0.022 0.197 0.028 0.058 0.050 0.049 0.170 0.086 68 T 0.176 0.157 0.020 0.009 0.413 0.024 0.079 0.021 0.017 0.043 0.041 69 C 0.291 0.048 0.003 0.001 0.625 0.003 0.006 0.002 0.002 0.003 0.015 70 V 0.223 0.053 0.003 0.001 0.709 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 71 V 0.314 0.033 0.002 0.001 0.600 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.047 72 A 0.295 0.111 0.014 0.003 0.476 0.002 0.002 0.001 0.001 0.010 0.086 73 E 0.108 0.233 0.031 0.017 0.503 0.014 0.013 0.002 0.003 0.030 0.045 74 S 0.046 0.126 0.734 0.026 0.053 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 75 P 0.002 0.003 0.006 0.031 0.003 0.072 0.318 0.322 0.238 0.003 0.002 76 G 0.005 0.159 0.082 0.491 0.008 0.055 0.078 0.016 0.026 0.071 0.008 77 G 0.010 0.008 0.019 0.091 0.008 0.010 0.002 0.004 0.008 0.570 0.270 78 R 0.042 0.512 0.122 0.004 0.283 0.002 0.004 0.005 0.005 0.011 0.012 79 I 0.493 0.075 0.012 0.009 0.258 0.019 0.011 0.007 0.008 0.010 0.098 80 D 0.141 0.094 0.063 0.237 0.123 0.133 0.083 0.024 0.022 0.028 0.052 81 G 0.124 0.237 0.168 0.046 0.247 0.031 0.030 0.029 0.020 0.036 0.032 82 F 0.338 0.098 0.014 0.004 0.475 0.004 0.007 0.010 0.009 0.011 0.030 83 V 0.246 0.124 0.015 0.004 0.531 0.009 0.007 0.007 0.007 0.008 0.043 84 S 0.264 0.112 0.016 0.008 0.452 0.019 0.031 0.013 0.012 0.013 0.059 85 A 0.273 0.141 0.028 0.011 0.428 0.008 0.010 0.009 0.013 0.023 0.056 86 Y 0.173 0.178 0.040 0.018 0.408 0.017 0.029 0.023 0.020 0.034 0.062 87 L 0.182 0.241 0.078 0.014 0.278 0.011 0.022 0.017 0.033 0.050 0.076 88 L 0.078 0.352 0.202 0.022 0.252 0.013 0.014 0.011 0.013 0.018 0.026 89 P 0.075 0.282 0.144 0.034 0.134 0.031 0.068 0.087 0.095 0.028 0.022 90 T 0.058 0.080 0.069 0.045 0.060 0.061 0.167 0.088 0.135 0.192 0.044 91 R 0.081 0.256 0.262 0.036 0.201 0.016 0.015 0.023 0.021 0.058 0.031 92 P 0.057 0.131 0.057 0.053 0.071 0.057 0.090 0.173 0.196 0.083 0.033 93 D 0.052 0.113 0.069 0.034 0.111 0.036 0.084 0.138 0.097 0.215 0.050 94 V 0.262 0.118 0.012 0.005 0.345 0.007 0.026 0.088 0.045 0.043 0.050 95 L 0.201 0.119 0.013 0.002 0.587 0.007 0.009 0.030 0.010 0.007 0.014 96 F 0.241 0.114 0.010 0.004 0.529 0.011 0.018 0.029 0.006 0.009 0.029 97 V 0.498 0.043 0.007 0.004 0.294 0.005 0.006 0.025 0.010 0.015 0.093 98 W 0.114 0.162 0.050 0.029 0.297 0.062 0.062 0.107 0.037 0.043 0.037 99 Q 0.280 0.104 0.014 0.005 0.443 0.004 0.013 0.046 0.030 0.021 0.040 100 V 0.219 0.134 0.019 0.007 0.390 0.014 0.020 0.060 0.045 0.029 0.063 101 A 0.204 0.129 0.020 0.006 0.432 0.013 0.051 0.064 0.018 0.024 0.038 102 V 0.165 0.241 0.044 0.016 0.245 0.017 0.025 0.036 0.028 0.097 0.087 103 H 0.078 0.319 0.231 0.012 0.297 0.005 0.003 0.022 0.010 0.008 0.015 104 S 0.005 0.013 0.004 0.002 0.011 0.010 0.043 0.510 0.389 0.011 0.002 105 R 0.010 0.021 0.013 0.003 0.014 0.006 0.085 0.532 0.210 0.098 0.007 106 A 0.043 0.016 0.008 0.011 0.032 0.022 0.030 0.303 0.136 0.327 0.074 107 R 0.017 0.385 0.109 0.058 0.041 0.040 0.073 0.173 0.053 0.039 0.012 108 G 0.010 0.005 0.009 0.025 0.006 0.016 0.012 0.095 0.041 0.663 0.117 109 H 0.015 0.443 0.204 0.015 0.094 0.010 0.015 0.114 0.045 0.038 0.006 110 R 0.033 0.064 0.037 0.013 0.035 0.034 0.041 0.431 0.091 0.163 0.057 111 L 0.017 0.058 0.028 0.007 0.021 0.004 0.008 0.725 0.085 0.038 0.011 112 G 0.002 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.916 0.062 0.004 0.001 113 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.046 0.001 0.001 114 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.020 0.001 0.001 115 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.011 0.001 0.001 116 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.023 0.001 0.001 117 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.016 0.001 0.001 118 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.008 0.001 0.001 119 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.019 0.001 0.001 120 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.051 0.001 0.001 121 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.963 0.031 0.001 0.001 122 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.934 0.041 0.005 0.001 123 Q 0.005 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.016 0.827 0.115 0.022 0.004 124 E 0.005 0.012 0.003 0.002 0.006 0.004 0.041 0.753 0.130 0.037 0.007 125 C 0.021 0.017 0.011 0.006 0.026 0.012 0.073 0.529 0.142 0.123 0.038 126 R 0.026 0.336 0.175 0.021 0.067 0.038 0.095 0.127 0.056 0.046 0.014 127 H 0.083 0.034 0.018 0.014 0.056 0.015 0.031 0.079 0.040 0.446 0.185 128 V 0.354 0.099 0.016 0.009 0.268 0.007 0.010 0.060 0.049 0.043 0.085 129 R 0.060 0.123 0.044 0.025 0.181 0.168 0.150 0.131 0.051 0.041 0.025 130 H 0.333 0.061 0.010 0.005 0.490 0.005 0.016 0.023 0.014 0.019 0.023 131 L 0.260 0.068 0.008 0.003 0.604 0.004 0.004 0.013 0.007 0.006 0.021 132 E 0.246 0.092 0.008 0.003 0.541 0.013 0.023 0.020 0.009 0.009 0.036 133 T 0.299 0.111 0.019 0.004 0.459 0.004 0.006 0.011 0.007 0.015 0.066 134 T 0.202 0.137 0.038 0.021 0.385 0.021 0.043 0.036 0.012 0.037 0.067 135 V 0.124 0.312 0.088 0.031 0.265 0.020 0.025 0.020 0.019 0.042 0.054 136 G 0.096 0.207 0.254 0.101 0.145 0.037 0.020 0.032 0.019 0.038 0.051 137 P 0.033 0.084 0.049 0.028 0.068 0.025 0.068 0.382 0.191 0.045 0.028 138 D 0.041 0.112 0.054 0.032 0.053 0.045 0.066 0.229 0.110 0.219 0.039 139 N 0.063 0.110 0.062 0.017 0.138 0.013 0.011 0.317 0.104 0.120 0.044 140 Q 0.006 0.014 0.006 0.002 0.010 0.006 0.015 0.737 0.173 0.027 0.004 141 A 0.004 0.010 0.005 0.001 0.006 0.002 0.009 0.853 0.076 0.030 0.004 142 S 0.005 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.886 0.077 0.015 0.002 143 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.912 0.082 0.002 0.001 144 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.951 0.040 0.002 0.001 145 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.919 0.055 0.007 0.001 146 F 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.011 0.816 0.136 0.019 0.003 147 A 0.003 0.028 0.008 0.003 0.007 0.010 0.078 0.730 0.122 0.011 0.002 148 G 0.017 0.012 0.017 0.009 0.014 0.012 0.093 0.278 0.075 0.410 0.063 149 L 0.061 0.300 0.150 0.019 0.159 0.017 0.041 0.083 0.047 0.086 0.037 150 A 0.059 0.109 0.054 0.057 0.066 0.078 0.074 0.091 0.073 0.248 0.091 151 G 0.065 0.123 0.141 0.079 0.093 0.025 0.036 0.108 0.075 0.187 0.068 152 E 0.126 0.193 0.116 0.030 0.236 0.019 0.028 0.095 0.048 0.060 0.050 153 R 0.082 0.184 0.085 0.062 0.153 0.073 0.073 0.114 0.083 0.049 0.042 154 G 0.080 0.082 0.091 0.134 0.089 0.064 0.054 0.086 0.083 0.154 0.082 155 A 0.097 0.226 0.104 0.026 0.232 0.016 0.024 0.075 0.057 0.094 0.049 156 H 0.192 0.188 0.032 0.006 0.413 0.008 0.014 0.045 0.027 0.029 0.047 157 V 0.214 0.148 0.044 0.016 0.298 0.024 0.026 0.065 0.040 0.038 0.085 158 S 0.112 0.164 0.096 0.045 0.191 0.069 0.090 0.098 0.047 0.042 0.045 159 E 0.073 0.154 0.107 0.077 0.096 0.052 0.067 0.065 0.061 0.188 0.060 160 Q 0.073 0.267 0.239 0.048 0.178 0.016 0.014 0.038 0.031 0.062 0.035 161 P 0.075 0.237 0.091 0.018 0.172 0.021 0.043 0.142 0.097 0.061 0.043 162 F 0.139 0.141 0.057 0.020 0.171 0.021 0.046 0.146 0.088 0.104 0.067 163 F 0.075 0.170 0.078 0.049 0.144 0.053 0.042 0.187 0.084 0.074 0.044 164 D 0.083 0.147 0.099 0.033 0.151 0.027 0.031 0.206 0.091 0.096 0.038 165 R 0.052 0.067 0.025 0.008 0.090 0.014 0.033 0.387 0.207 0.094 0.023 166 Q 0.062 0.094 0.040 0.009 0.126 0.017 0.046 0.387 0.125 0.070 0.023 167 A 0.102 0.086 0.029 0.010 0.126 0.015 0.057 0.341 0.111 0.082 0.040 168 F 0.090 0.108 0.053 0.039 0.128 0.043 0.068 0.215 0.097 0.105 0.054 169 G 0.044 0.158 0.113 0.103 0.080 0.065 0.076 0.160 0.072 0.096 0.033 170 G 0.070 0.089 0.071 0.054 0.097 0.021 0.036 0.111 0.078 0.282 0.091 171 A 0.065 0.207 0.111 0.031 0.164 0.024 0.034 0.139 0.096 0.092 0.037 172 D 0.056 0.121 0.077 0.030 0.102 0.034 0.064 0.236 0.125 0.113 0.042 173 H 0.056 0.111 0.077 0.029 0.087 0.026 0.050 0.233 0.148 0.145 0.039 174 D 0.067 0.143 0.088 0.023 0.127 0.024 0.030 0.226 0.125 0.113 0.035 175 D 0.040 0.067 0.033 0.012 0.070 0.018 0.039 0.386 0.206 0.105 0.024 176 E 0.053 0.082 0.030 0.009 0.095 0.015 0.046 0.385 0.164 0.094 0.025 177 M 0.080 0.127 0.033 0.008 0.165 0.016 0.051 0.287 0.115 0.084 0.034 178 L 0.195 0.101 0.014 0.005 0.334 0.010 0.033 0.154 0.073 0.042 0.038 179 L 0.136 0.205 0.044 0.006 0.418 0.017 0.026 0.066 0.032 0.027 0.022 180 R 0.264 0.120 0.035 0.006 0.410 0.009 0.027 0.031 0.010 0.026 0.061 181 I 0.126 0.246 0.089 0.045 0.190 0.030 0.040 0.028 0.036 0.095 0.074 182 G 0.043 0.219 0.236 0.201 0.101 0.048 0.030 0.032 0.034 0.034 0.022 183 P 0.113 0.144 0.055 0.036 0.198 0.013 0.029 0.079 0.136 0.118 0.079 184 F 0.094 0.146 0.053 0.019 0.166 0.024 0.060 0.123 0.144 0.110 0.062 185 T 0.075 0.168 0.103 0.032 0.150 0.032 0.081 0.077 0.075 0.153 0.055 186 H 0.057 0.318 0.294 0.041 0.147 0.014 0.017 0.018 0.024 0.046 0.025 187 P 0.056 0.336 0.272 0.036 0.145 0.018 0.019 0.039 0.036 0.022 0.020 188 P 0.076 0.172 0.073 0.024 0.121 0.023 0.081 0.153 0.146 0.085 0.044 189 H 0.097 0.168 0.072 0.023 0.158 0.023 0.051 0.137 0.102 0.108 0.059