# TARGET T0417 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0417.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5114 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.779 0.166 0.038 0.012 0.004 0.001 0.001 2 N 0.705 0.202 0.063 0.024 0.005 0.001 0.001 3 A 0.423 0.233 0.188 0.109 0.036 0.009 0.001 4 M 0.323 0.225 0.199 0.160 0.071 0.021 0.001 5 R 0.437 0.272 0.154 0.085 0.037 0.013 0.001 6 K 0.405 0.238 0.168 0.119 0.049 0.019 0.002 7 D 0.445 0.241 0.143 0.094 0.052 0.021 0.003 8 E 0.313 0.190 0.175 0.162 0.101 0.049 0.009 9 T 0.349 0.220 0.161 0.130 0.084 0.047 0.009 10 S 0.288 0.212 0.172 0.154 0.100 0.062 0.012 11 N 0.327 0.212 0.151 0.140 0.098 0.059 0.013 12 T 0.282 0.201 0.164 0.155 0.117 0.068 0.012 13 S 0.355 0.224 0.159 0.127 0.084 0.043 0.008 14 P 0.387 0.233 0.161 0.118 0.065 0.031 0.006 15 D 0.386 0.245 0.164 0.115 0.057 0.028 0.005 16 I 0.258 0.171 0.185 0.196 0.125 0.056 0.009 17 S 0.475 0.283 0.125 0.068 0.033 0.014 0.002 18 V 0.258 0.227 0.190 0.176 0.098 0.045 0.006 19 A 0.210 0.174 0.186 0.196 0.152 0.074 0.008 20 Q 0.247 0.232 0.203 0.167 0.099 0.046 0.005 21 P 0.325 0.247 0.196 0.135 0.066 0.028 0.004 22 A 0.260 0.211 0.212 0.182 0.096 0.035 0.004 23 S 0.373 0.316 0.158 0.087 0.045 0.019 0.002 24 A 0.138 0.156 0.198 0.239 0.171 0.083 0.014 25 L 0.163 0.246 0.224 0.192 0.119 0.051 0.006 26 R 0.091 0.249 0.279 0.218 0.106 0.050 0.007 27 Y 0.018 0.031 0.062 0.154 0.335 0.338 0.063 28 H 0.020 0.112 0.220 0.318 0.208 0.109 0.013 29 L 0.012 0.023 0.038 0.111 0.248 0.455 0.113 30 R 0.018 0.094 0.208 0.305 0.262 0.108 0.006 31 P 0.081 0.236 0.245 0.233 0.146 0.055 0.004 32 P 0.039 0.086 0.197 0.312 0.254 0.103 0.008 33 R 0.140 0.240 0.264 0.201 0.120 0.033 0.002 34 R 0.308 0.314 0.220 0.111 0.038 0.008 0.001 35 N 0.415 0.400 0.117 0.048 0.016 0.003 0.001 36 D 0.135 0.216 0.223 0.247 0.132 0.044 0.003 37 G 0.053 0.108 0.226 0.307 0.225 0.078 0.004 38 A 0.323 0.404 0.181 0.068 0.019 0.005 0.001 39 A 0.040 0.130 0.292 0.323 0.164 0.047 0.006 40 I 0.010 0.019 0.029 0.075 0.287 0.487 0.093 41 H 0.011 0.071 0.212 0.376 0.228 0.097 0.006 42 Q 0.080 0.327 0.291 0.191 0.081 0.028 0.003 43 L 0.006 0.021 0.064 0.215 0.395 0.278 0.021 44 V 0.017 0.056 0.140 0.300 0.345 0.135 0.006 45 S 0.213 0.406 0.234 0.100 0.039 0.009 0.001 46 E 0.351 0.382 0.161 0.081 0.021 0.004 0.001 47 C 0.199 0.189 0.231 0.230 0.124 0.027 0.001 48 P 0.395 0.295 0.179 0.091 0.032 0.007 0.001 49 P 0.531 0.269 0.119 0.055 0.020 0.005 0.001 50 L 0.364 0.217 0.198 0.147 0.058 0.015 0.001 51 D 0.522 0.272 0.124 0.055 0.021 0.007 0.001 52 L 0.318 0.211 0.186 0.159 0.084 0.036 0.005 53 N 0.370 0.222 0.152 0.121 0.086 0.041 0.007 54 S 0.301 0.238 0.180 0.141 0.081 0.048 0.010 55 L 0.273 0.223 0.184 0.149 0.100 0.058 0.014 56 Y 0.157 0.177 0.178 0.189 0.159 0.109 0.031 57 A 0.105 0.120 0.132 0.185 0.213 0.187 0.058 58 Y 0.091 0.146 0.179 0.218 0.194 0.140 0.031 59 L 0.091 0.152 0.181 0.213 0.198 0.135 0.030 60 L 0.050 0.078 0.110 0.203 0.280 0.229 0.051 61 L 0.056 0.094 0.131 0.214 0.268 0.204 0.034 62 C 0.120 0.196 0.246 0.224 0.142 0.064 0.008 63 E 0.255 0.291 0.216 0.148 0.063 0.024 0.003 64 H 0.150 0.168 0.219 0.235 0.159 0.063 0.007 65 H 0.160 0.205 0.237 0.207 0.135 0.049 0.006 66 A 0.239 0.298 0.205 0.132 0.086 0.035 0.005 67 H 0.056 0.147 0.215 0.250 0.208 0.107 0.018 68 T 0.005 0.021 0.060 0.168 0.335 0.350 0.061 69 C 0.001 0.005 0.019 0.061 0.217 0.514 0.184 70 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.038 0.426 0.531 71 V 0.001 0.002 0.006 0.020 0.067 0.311 0.594 72 A 0.001 0.001 0.003 0.008 0.042 0.335 0.611 73 E 0.002 0.017 0.080 0.218 0.308 0.284 0.091 74 S 0.010 0.052 0.128 0.247 0.372 0.178 0.012 75 P 0.124 0.339 0.214 0.159 0.123 0.039 0.002 76 G 0.356 0.354 0.138 0.086 0.048 0.016 0.001 77 G 0.176 0.234 0.288 0.206 0.071 0.023 0.002 78 R 0.074 0.182 0.339 0.273 0.087 0.039 0.006 79 I 0.020 0.025 0.051 0.118 0.299 0.389 0.098 80 D 0.020 0.039 0.072 0.147 0.217 0.332 0.172 81 G 0.005 0.009 0.015 0.028 0.090 0.357 0.496 82 F 0.004 0.007 0.014 0.032 0.073 0.208 0.661 83 V 0.001 0.002 0.004 0.008 0.037 0.203 0.744 84 S 0.004 0.012 0.020 0.050 0.104 0.252 0.557 85 A 0.007 0.014 0.021 0.056 0.146 0.378 0.378 86 Y 0.014 0.048 0.077 0.148 0.256 0.336 0.122 87 L 0.032 0.086 0.143 0.213 0.262 0.222 0.042 88 L 0.074 0.147 0.207 0.250 0.205 0.105 0.013 89 P 0.292 0.265 0.218 0.144 0.058 0.021 0.002 90 T 0.473 0.263 0.140 0.078 0.033 0.012 0.001 91 R 0.434 0.263 0.153 0.099 0.038 0.011 0.002 92 P 0.271 0.292 0.206 0.138 0.067 0.023 0.003 93 D 0.156 0.285 0.201 0.197 0.114 0.043 0.005 94 V 0.021 0.076 0.152 0.279 0.265 0.186 0.021 95 L 0.010 0.017 0.033 0.081 0.228 0.477 0.154 96 F 0.007 0.026 0.073 0.143 0.205 0.338 0.208 97 V 0.003 0.006 0.014 0.040 0.112 0.308 0.517 98 W 0.001 0.007 0.019 0.040 0.123 0.375 0.435 99 Q 0.003 0.017 0.043 0.101 0.210 0.335 0.291 100 V 0.001 0.005 0.011 0.031 0.120 0.445 0.388 101 A 0.003 0.016 0.046 0.136 0.208 0.379 0.211 102 V 0.004 0.013 0.029 0.097 0.223 0.419 0.215 103 H 0.022 0.080 0.156 0.263 0.265 0.183 0.031 104 S 0.151 0.279 0.235 0.178 0.109 0.044 0.004 105 R 0.183 0.325 0.240 0.167 0.060 0.023 0.002 106 A 0.064 0.085 0.171 0.270 0.295 0.106 0.008 107 R 0.148 0.238 0.232 0.199 0.124 0.054 0.006 108 G 0.203 0.261 0.197 0.160 0.117 0.055 0.007 109 H 0.128 0.209 0.248 0.239 0.119 0.052 0.005 110 R 0.139 0.235 0.236 0.199 0.137 0.047 0.006 111 L 0.026 0.047 0.101 0.199 0.303 0.251 0.072 112 G 0.012 0.031 0.051 0.108 0.271 0.415 0.112 113 R 0.032 0.149 0.287 0.291 0.153 0.077 0.010 114 A 0.021 0.103 0.255 0.324 0.209 0.072 0.015 115 M 0.001 0.004 0.008 0.026 0.158 0.577 0.226 116 L 0.002 0.013 0.043 0.162 0.317 0.386 0.078 117 G 0.030 0.196 0.305 0.266 0.126 0.069 0.009 118 H 0.007 0.045 0.201 0.345 0.299 0.091 0.012 119 I 0.001 0.003 0.005 0.016 0.142 0.640 0.194 120 L 0.005 0.046 0.168 0.383 0.283 0.105 0.010 121 E 0.071 0.347 0.295 0.192 0.068 0.026 0.002 122 R 0.012 0.069 0.227 0.378 0.255 0.056 0.002 123 Q 0.015 0.029 0.070 0.184 0.418 0.269 0.015 124 E 0.089 0.316 0.338 0.175 0.067 0.014 0.001 125 C 0.286 0.347 0.213 0.119 0.028 0.006 0.001 126 R 0.241 0.326 0.248 0.139 0.039 0.007 0.001 127 H 0.147 0.296 0.260 0.196 0.077 0.023 0.002 128 V 0.021 0.045 0.116 0.236 0.380 0.185 0.019 129 R 0.041 0.208 0.267 0.273 0.153 0.054 0.004 130 H 0.015 0.080 0.203 0.305 0.242 0.133 0.023 131 L 0.001 0.003 0.006 0.021 0.122 0.542 0.304 132 E 0.004 0.032 0.100 0.278 0.265 0.241 0.080 133 T 0.003 0.009 0.018 0.048 0.154 0.458 0.310 134 T 0.009 0.049 0.127 0.197 0.263 0.256 0.099 135 V 0.006 0.017 0.032 0.091 0.263 0.441 0.150 136 G 0.032 0.125 0.214 0.253 0.221 0.128 0.028 137 P 0.111 0.213 0.255 0.234 0.124 0.056 0.007 138 D 0.197 0.283 0.205 0.153 0.100 0.052 0.010 139 N 0.051 0.073 0.146 0.245 0.296 0.165 0.024 140 Q 0.188 0.279 0.235 0.169 0.088 0.036 0.005 141 A 0.085 0.188 0.244 0.222 0.167 0.078 0.017 142 S 0.021 0.043 0.053 0.125 0.277 0.365 0.117 143 R 0.019 0.075 0.189 0.295 0.249 0.153 0.021 144 R 0.031 0.112 0.249 0.310 0.162 0.110 0.025 145 T 0.009 0.017 0.041 0.104 0.274 0.423 0.132 146 F 0.011 0.019 0.029 0.094 0.211 0.423 0.213 147 A 0.051 0.161 0.241 0.244 0.167 0.109 0.026 148 G 0.057 0.151 0.239 0.301 0.158 0.080 0.015 149 L 0.055 0.075 0.116 0.208 0.277 0.235 0.035 150 A 0.178 0.202 0.185 0.193 0.150 0.080 0.012 151 G 0.236 0.238 0.200 0.164 0.101 0.052 0.009 152 E 0.281 0.259 0.176 0.148 0.092 0.038 0.006 153 R 0.258 0.227 0.200 0.164 0.098 0.046 0.007 154 G 0.293 0.232 0.192 0.155 0.084 0.038 0.006 155 A 0.289 0.215 0.181 0.160 0.103 0.046 0.006 156 H 0.207 0.229 0.207 0.186 0.113 0.052 0.006 157 V 0.143 0.149 0.186 0.230 0.186 0.096 0.010 158 S 0.256 0.238 0.207 0.163 0.091 0.040 0.004 159 E 0.401 0.265 0.158 0.109 0.046 0.019 0.003 160 Q 0.451 0.253 0.142 0.092 0.043 0.017 0.003 161 P 0.248 0.265 0.211 0.167 0.072 0.033 0.005 162 F 0.105 0.112 0.159 0.223 0.233 0.144 0.023 163 F 0.118 0.155 0.188 0.230 0.173 0.115 0.021 164 D 0.189 0.219 0.197 0.175 0.123 0.080 0.018 165 R 0.154 0.191 0.207 0.219 0.131 0.078 0.020 166 Q 0.144 0.166 0.157 0.191 0.181 0.127 0.034 167 A 0.085 0.113 0.129 0.197 0.224 0.196 0.056 168 F 0.087 0.094 0.105 0.183 0.228 0.231 0.073 169 G 0.117 0.144 0.154 0.196 0.192 0.159 0.039 170 G 0.145 0.180 0.206 0.209 0.148 0.091 0.021 171 A 0.181 0.169 0.176 0.194 0.159 0.099 0.021 172 D 0.315 0.232 0.184 0.140 0.079 0.041 0.009 173 H 0.423 0.216 0.149 0.111 0.060 0.033 0.007 174 D 0.427 0.237 0.140 0.099 0.057 0.032 0.008 175 D 0.310 0.210 0.153 0.150 0.102 0.061 0.015 176 E 0.264 0.225 0.184 0.151 0.098 0.063 0.015 177 M 0.158 0.173 0.170 0.189 0.163 0.116 0.030 178 L 0.101 0.107 0.131 0.184 0.205 0.198 0.074 179 L 0.071 0.069 0.085 0.147 0.215 0.287 0.126 180 R 0.095 0.138 0.160 0.192 0.190 0.165 0.059 181 I 0.084 0.094 0.107 0.159 0.224 0.251 0.080 182 G 0.143 0.193 0.177 0.191 0.162 0.111 0.023 183 P 0.141 0.148 0.185 0.216 0.179 0.113 0.018 184 F 0.233 0.194 0.209 0.194 0.122 0.044 0.004 185 T 0.577 0.272 0.090 0.039 0.016 0.005 0.001 186 H 0.613 0.228 0.089 0.048 0.017 0.005 0.001 187 P 0.762 0.168 0.045 0.018 0.006 0.002 0.001 188 P 0.755 0.163 0.053 0.022 0.006 0.002 0.001 189 H 0.721 0.169 0.068 0.029 0.009 0.003 0.001