# TARGET T0417 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0417.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2010 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.102 0.164 0.003 0.014 0.022 0.029 0.079 0.009 0.002 0.052 0.525 2 N 0.116 0.205 0.003 0.014 0.024 0.032 0.081 0.010 0.002 0.069 0.444 3 A 0.098 0.169 0.004 0.015 0.028 0.036 0.080 0.010 0.002 0.072 0.485 4 M 0.087 0.119 0.004 0.016 0.028 0.034 0.088 0.008 0.002 0.083 0.532 5 R 0.094 0.052 0.003 0.017 0.032 0.042 0.090 0.008 0.002 0.136 0.524 6 K 0.079 0.034 0.003 0.018 0.022 0.026 0.113 0.005 0.002 0.124 0.576 7 D 0.082 0.029 0.003 0.021 0.023 0.029 0.097 0.004 0.002 0.090 0.620 8 E 0.055 0.011 0.001 0.015 0.015 0.020 0.110 0.003 0.001 0.091 0.677 9 T 0.094 0.014 0.001 0.018 0.015 0.026 0.115 0.004 0.001 0.093 0.618 10 S 0.063 0.007 0.001 0.027 0.016 0.023 0.119 0.002 0.001 0.061 0.682 11 N 0.022 0.008 0.001 0.036 0.022 0.036 0.133 0.002 0.001 0.043 0.697 12 T 0.023 0.018 0.001 0.018 0.018 0.021 0.124 0.002 0.001 0.029 0.746 13 S 0.157 0.027 0.001 0.024 0.029 0.035 0.134 0.006 0.001 0.153 0.433 14 P 0.063 0.037 0.002 0.025 0.025 0.028 0.150 0.002 0.001 0.076 0.591 15 D 0.077 0.072 0.002 0.036 0.035 0.063 0.125 0.004 0.001 0.054 0.532 16 I 0.097 0.037 0.002 0.037 0.060 0.109 0.075 0.010 0.001 0.056 0.516 17 S 0.064 0.017 0.001 0.068 0.095 0.157 0.079 0.005 0.001 0.074 0.438 18 V 0.012 0.009 0.001 0.074 0.097 0.134 0.120 0.002 0.001 0.033 0.518 19 A 0.012 0.008 0.002 0.067 0.107 0.084 0.116 0.003 0.001 0.047 0.552 20 Q 0.155 0.019 0.007 0.036 0.068 0.077 0.128 0.012 0.003 0.076 0.419 21 P 0.261 0.027 0.004 0.014 0.023 0.024 0.086 0.008 0.002 0.030 0.522 22 A 0.228 0.018 0.003 0.019 0.016 0.026 0.111 0.006 0.001 0.039 0.532 23 S 0.087 0.014 0.002 0.023 0.020 0.046 0.149 0.003 0.001 0.043 0.612 24 A 0.024 0.006 0.002 0.033 0.035 0.058 0.137 0.002 0.001 0.048 0.656 25 L 0.015 0.006 0.001 0.075 0.146 0.189 0.149 0.002 0.001 0.037 0.380 26 R 0.007 0.002 0.001 0.096 0.152 0.277 0.089 0.001 0.001 0.037 0.338 27 Y 0.004 0.001 0.001 0.162 0.260 0.255 0.052 0.001 0.001 0.030 0.235 28 H 0.004 0.001 0.001 0.269 0.164 0.281 0.053 0.001 0.001 0.034 0.193 29 L 0.004 0.002 0.001 0.251 0.163 0.147 0.075 0.001 0.001 0.030 0.328 30 R 0.034 0.004 0.001 0.211 0.097 0.136 0.103 0.002 0.001 0.040 0.372 31 P 0.074 0.009 0.001 0.127 0.034 0.051 0.138 0.003 0.001 0.074 0.489 32 P 0.029 0.017 0.002 0.074 0.024 0.022 0.163 0.003 0.001 0.029 0.637 33 R 0.335 0.075 0.001 0.026 0.007 0.017 0.064 0.013 0.001 0.031 0.430 34 R 0.269 0.065 0.001 0.017 0.005 0.005 0.054 0.008 0.001 0.045 0.530 35 N 0.012 0.150 0.001 0.009 0.004 0.003 0.094 0.003 0.001 0.049 0.674 36 D 0.010 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.011 0.056 37 G 0.036 0.891 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.039 0.023 38 A 0.003 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.033 0.014 39 A 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 40 I 0.003 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 41 H 0.027 0.324 0.009 0.002 0.004 0.006 0.013 0.006 0.006 0.557 0.046 42 Q 0.031 0.360 0.088 0.007 0.010 0.007 0.033 0.005 0.029 0.339 0.091 43 L 0.278 0.182 0.071 0.015 0.013 0.012 0.052 0.022 0.035 0.098 0.222 44 V 0.361 0.022 0.011 0.015 0.006 0.018 0.046 0.016 0.009 0.051 0.446 45 S 0.033 0.002 0.001 0.015 0.006 0.011 0.087 0.002 0.001 0.021 0.820 46 E 0.015 0.003 0.001 0.018 0.007 0.011 0.177 0.002 0.001 0.019 0.747 47 C 0.056 0.003 0.001 0.012 0.005 0.006 0.161 0.004 0.001 0.033 0.719 48 P 0.091 0.005 0.001 0.021 0.007 0.007 0.120 0.003 0.001 0.024 0.722 49 P 0.029 0.008 0.001 0.019 0.004 0.006 0.086 0.001 0.001 0.020 0.826 50 L 0.046 0.018 0.001 0.029 0.008 0.012 0.125 0.003 0.001 0.062 0.694 51 D 0.119 0.134 0.002 0.029 0.008 0.012 0.094 0.007 0.001 0.055 0.540 52 L 0.106 0.315 0.001 0.011 0.006 0.006 0.046 0.007 0.001 0.030 0.472 53 N 0.051 0.559 0.001 0.006 0.007 0.007 0.036 0.006 0.001 0.034 0.293 54 S 0.019 0.842 0.001 0.003 0.003 0.004 0.014 0.003 0.001 0.023 0.088 55 L 0.014 0.887 0.003 0.002 0.004 0.004 0.010 0.004 0.001 0.025 0.047 56 Y 0.013 0.920 0.004 0.002 0.004 0.004 0.005 0.004 0.001 0.018 0.026 57 A 0.022 0.890 0.007 0.002 0.004 0.004 0.005 0.005 0.003 0.020 0.039 58 Y 0.039 0.836 0.011 0.003 0.005 0.007 0.009 0.008 0.006 0.025 0.052 59 L 0.095 0.566 0.018 0.008 0.013 0.019 0.027 0.015 0.011 0.078 0.150 60 L 0.088 0.266 0.028 0.014 0.022 0.025 0.060 0.017 0.013 0.123 0.344 61 L 0.141 0.090 0.027 0.017 0.021 0.027 0.069 0.022 0.017 0.111 0.458 62 C 0.153 0.032 0.016 0.015 0.015 0.021 0.076 0.013 0.013 0.054 0.590 63 E 0.066 0.015 0.006 0.010 0.010 0.013 0.092 0.006 0.004 0.034 0.743 64 H 0.082 0.012 0.004 0.010 0.009 0.011 0.144 0.005 0.002 0.087 0.633 65 H 0.055 0.011 0.005 0.020 0.011 0.013 0.211 0.002 0.002 0.123 0.548 66 A 0.015 0.010 0.001 0.036 0.023 0.035 0.164 0.001 0.001 0.057 0.657 67 H 0.005 0.011 0.001 0.083 0.061 0.123 0.135 0.001 0.001 0.052 0.527 68 T 0.002 0.002 0.001 0.101 0.180 0.569 0.030 0.001 0.001 0.025 0.091 69 C 0.002 0.001 0.001 0.107 0.190 0.592 0.014 0.001 0.001 0.036 0.059 70 V 0.001 0.001 0.001 0.134 0.447 0.349 0.008 0.001 0.001 0.016 0.044 71 V 0.001 0.001 0.001 0.173 0.383 0.332 0.019 0.001 0.001 0.023 0.069 72 A 0.001 0.001 0.001 0.099 0.265 0.524 0.027 0.001 0.001 0.027 0.057 73 E 0.010 0.001 0.001 0.040 0.194 0.398 0.089 0.001 0.001 0.037 0.231 74 S 0.691 0.002 0.001 0.013 0.047 0.080 0.015 0.001 0.001 0.056 0.093 75 P 0.120 0.001 0.001 0.009 0.013 0.016 0.097 0.001 0.001 0.021 0.724 76 G 0.002 0.001 0.001 0.006 0.004 0.013 0.115 0.001 0.001 0.017 0.841 77 G 0.001 0.001 0.001 0.009 0.047 0.086 0.216 0.001 0.001 0.060 0.579 78 R 0.003 0.002 0.001 0.035 0.194 0.491 0.055 0.001 0.001 0.047 0.172 79 I 0.003 0.002 0.001 0.040 0.335 0.418 0.024 0.001 0.001 0.032 0.146 80 D 0.001 0.004 0.001 0.067 0.453 0.360 0.019 0.001 0.001 0.041 0.054 81 G 0.001 0.005 0.001 0.097 0.186 0.609 0.021 0.001 0.001 0.042 0.040 82 F 0.001 0.007 0.001 0.084 0.300 0.526 0.013 0.001 0.001 0.032 0.036 83 V 0.002 0.004 0.001 0.029 0.382 0.530 0.009 0.001 0.001 0.017 0.025 84 S 0.017 0.007 0.001 0.066 0.238 0.515 0.030 0.001 0.001 0.041 0.083 85 A 0.017 0.005 0.001 0.157 0.214 0.285 0.047 0.001 0.001 0.057 0.215 86 Y 0.010 0.003 0.002 0.111 0.167 0.236 0.102 0.001 0.001 0.039 0.328 87 L 0.027 0.004 0.001 0.038 0.066 0.090 0.072 0.003 0.001 0.027 0.671 88 L 0.185 0.005 0.001 0.030 0.048 0.054 0.099 0.005 0.001 0.052 0.522 89 P 0.017 0.004 0.001 0.012 0.014 0.017 0.158 0.001 0.001 0.019 0.757 90 T 0.029 0.029 0.001 0.008 0.007 0.010 0.105 0.002 0.001 0.018 0.791 91 R 0.267 0.109 0.002 0.009 0.013 0.017 0.085 0.011 0.001 0.060 0.425 92 P 0.053 0.119 0.003 0.013 0.018 0.020 0.105 0.004 0.001 0.074 0.591 93 D 0.040 0.242 0.004 0.033 0.037 0.086 0.092 0.005 0.001 0.094 0.367 94 V 0.030 0.223 0.007 0.058 0.107 0.122 0.073 0.005 0.001 0.127 0.247 95 L 0.015 0.102 0.011 0.068 0.207 0.242 0.060 0.004 0.002 0.115 0.173 96 F 0.029 0.089 0.006 0.052 0.195 0.360 0.047 0.005 0.001 0.075 0.142 97 V 0.026 0.048 0.006 0.055 0.284 0.241 0.038 0.004 0.001 0.065 0.233 98 W 0.017 0.019 0.003 0.064 0.264 0.387 0.055 0.003 0.001 0.043 0.143 99 Q 0.013 0.007 0.001 0.065 0.142 0.429 0.053 0.003 0.001 0.052 0.235 100 V 0.003 0.007 0.001 0.149 0.372 0.172 0.044 0.001 0.001 0.022 0.230 101 A 0.003 0.007 0.002 0.201 0.171 0.333 0.093 0.001 0.001 0.027 0.161 102 V 0.014 0.075 0.006 0.089 0.093 0.098 0.106 0.007 0.001 0.030 0.482 103 H 0.503 0.183 0.004 0.036 0.031 0.034 0.032 0.032 0.003 0.041 0.100 104 S 0.416 0.219 0.004 0.022 0.012 0.015 0.035 0.009 0.002 0.040 0.225 105 R 0.119 0.113 0.006 0.023 0.009 0.014 0.086 0.009 0.002 0.080 0.540 106 A 0.188 0.036 0.015 0.018 0.013 0.028 0.081 0.024 0.007 0.108 0.483 107 R 0.157 0.036 0.003 0.010 0.014 0.012 0.067 0.008 0.002 0.031 0.660 108 G 0.022 0.075 0.001 0.011 0.021 0.017 0.064 0.005 0.001 0.017 0.766 109 H 0.012 0.235 0.001 0.011 0.034 0.027 0.134 0.004 0.001 0.041 0.500 110 R 0.025 0.759 0.001 0.007 0.011 0.018 0.026 0.005 0.001 0.051 0.096 111 L 0.009 0.918 0.002 0.003 0.005 0.002 0.006 0.002 0.001 0.013 0.041 112 G 0.009 0.943 0.002 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.001 0.012 0.023 113 R 0.022 0.907 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.032 0.025 114 A 0.018 0.749 0.003 0.002 0.002 0.002 0.009 0.005 0.003 0.145 0.062 115 M 0.008 0.945 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.020 0.017 116 L 0.014 0.930 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.015 0.030 117 G 0.012 0.900 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.031 0.042 118 H 0.011 0.934 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.020 0.025 119 I 0.012 0.931 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.026 0.020 120 L 0.016 0.885 0.006 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.006 0.044 0.031 121 E 0.011 0.936 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.013 0.028 122 R 0.063 0.616 0.039 0.003 0.001 0.001 0.015 0.008 0.014 0.144 0.095 123 Q 0.161 0.092 0.222 0.008 0.002 0.005 0.041 0.021 0.093 0.183 0.173 124 E 0.527 0.032 0.017 0.004 0.001 0.002 0.077 0.010 0.015 0.033 0.283 125 C 0.103 0.009 0.003 0.009 0.002 0.003 0.057 0.004 0.002 0.022 0.785 126 R 0.011 0.003 0.001 0.015 0.003 0.004 0.171 0.001 0.001 0.024 0.766 127 H 0.020 0.006 0.002 0.039 0.007 0.031 0.114 0.003 0.001 0.053 0.724 128 V 0.006 0.006 0.001 0.030 0.016 0.008 0.179 0.001 0.001 0.038 0.715 129 R 0.007 0.005 0.001 0.296 0.036 0.074 0.125 0.001 0.001 0.200 0.254 130 H 0.003 0.002 0.001 0.304 0.039 0.071 0.060 0.001 0.001 0.176 0.345 131 L 0.004 0.005 0.001 0.576 0.095 0.100 0.034 0.001 0.001 0.053 0.132 132 E 0.006 0.002 0.001 0.463 0.072 0.196 0.028 0.001 0.001 0.062 0.170 133 T 0.002 0.002 0.001 0.490 0.098 0.120 0.044 0.001 0.001 0.059 0.183 134 T 0.002 0.003 0.001 0.374 0.077 0.129 0.132 0.001 0.001 0.061 0.223 135 V 0.008 0.013 0.002 0.220 0.087 0.080 0.120 0.003 0.001 0.103 0.363 136 G 0.183 0.015 0.001 0.119 0.030 0.035 0.055 0.007 0.001 0.258 0.296 137 P 0.047 0.049 0.001 0.070 0.010 0.009 0.178 0.002 0.001 0.071 0.564 138 D 0.009 0.056 0.001 0.038 0.002 0.005 0.123 0.002 0.001 0.240 0.525 139 N 0.018 0.669 0.001 0.003 0.001 0.002 0.011 0.004 0.001 0.210 0.080 140 Q 0.030 0.866 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.070 0.023 141 A 0.005 0.045 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.922 0.019 142 S 0.009 0.887 0.008 0.002 0.001 0.001 0.011 0.001 0.003 0.059 0.017 143 R 0.016 0.949 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.015 144 R 0.018 0.885 0.013 0.001 0.002 0.002 0.005 0.006 0.004 0.033 0.030 145 T 0.034 0.808 0.011 0.001 0.002 0.003 0.016 0.008 0.008 0.037 0.072 146 F 0.047 0.884 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.004 0.013 0.031 147 A 0.061 0.738 0.012 0.002 0.001 0.001 0.019 0.017 0.011 0.044 0.094 148 G 0.045 0.729 0.012 0.002 0.001 0.003 0.017 0.008 0.011 0.043 0.128 149 L 0.161 0.332 0.034 0.006 0.005 0.004 0.035 0.019 0.014 0.170 0.220 150 A 0.167 0.045 0.128 0.014 0.007 0.009 0.058 0.024 0.045 0.190 0.312 151 G 0.538 0.021 0.010 0.008 0.003 0.008 0.083 0.008 0.009 0.032 0.279 152 E 0.046 0.003 0.001 0.011 0.007 0.010 0.050 0.003 0.001 0.012 0.857 153 R 0.007 0.005 0.001 0.029 0.015 0.015 0.175 0.001 0.001 0.014 0.738 154 G 0.018 0.003 0.001 0.052 0.029 0.158 0.112 0.002 0.001 0.062 0.562 155 A 0.007 0.002 0.001 0.040 0.067 0.037 0.159 0.001 0.001 0.033 0.653 156 H 0.048 0.005 0.001 0.134 0.075 0.153 0.087 0.002 0.001 0.045 0.450 157 V 0.038 0.001 0.001 0.073 0.041 0.069 0.068 0.001 0.001 0.038 0.672 158 S 0.008 0.003 0.001 0.095 0.050 0.071 0.095 0.001 0.001 0.019 0.660 159 E 0.007 0.008 0.001 0.044 0.036 0.092 0.079 0.001 0.001 0.017 0.716 160 Q 0.026 0.028 0.001 0.045 0.089 0.109 0.108 0.002 0.001 0.040 0.551 161 P 0.054 0.071 0.001 0.040 0.071 0.125 0.083 0.004 0.001 0.034 0.517 162 F 0.080 0.162 0.001 0.042 0.063 0.105 0.072 0.004 0.001 0.047 0.423 163 F 0.051 0.170 0.002 0.057 0.097 0.152 0.081 0.005 0.001 0.045 0.340 164 D 0.055 0.181 0.002 0.058 0.109 0.240 0.055 0.004 0.001 0.047 0.248 165 R 0.050 0.043 0.006 0.052 0.151 0.233 0.077 0.005 0.001 0.083 0.299 166 Q 0.124 0.016 0.011 0.027 0.099 0.187 0.108 0.008 0.003 0.084 0.334 167 A 0.464 0.004 0.002 0.010 0.017 0.027 0.036 0.004 0.001 0.030 0.404 168 F 0.099 0.001 0.001 0.008 0.011 0.009 0.068 0.001 0.001 0.013 0.790 169 G 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.099 0.001 0.001 0.006 0.876 170 G 0.011 0.011 0.001 0.009 0.027 0.036 0.160 0.001 0.001 0.028 0.717 171 A 0.030 0.072 0.001 0.027 0.097 0.138 0.095 0.004 0.001 0.033 0.504 172 D 0.019 0.283 0.001 0.018 0.057 0.071 0.043 0.003 0.001 0.032 0.472 173 H 0.014 0.655 0.001 0.023 0.059 0.045 0.025 0.002 0.001 0.034 0.141 174 D 0.011 0.770 0.002 0.011 0.020 0.046 0.014 0.002 0.001 0.054 0.068 175 D 0.019 0.868 0.004 0.005 0.014 0.016 0.009 0.002 0.001 0.029 0.034 176 E 0.042 0.688 0.015 0.009 0.033 0.045 0.015 0.006 0.004 0.060 0.083 177 M 0.148 0.377 0.032 0.016 0.028 0.057 0.036 0.015 0.010 0.121 0.160 178 L 0.210 0.129 0.019 0.027 0.034 0.070 0.065 0.017 0.009 0.084 0.336 179 L 0.085 0.017 0.004 0.032 0.036 0.040 0.093 0.005 0.002 0.075 0.609 180 R 0.023 0.005 0.002 0.041 0.030 0.045 0.127 0.003 0.002 0.044 0.677 181 I 0.015 0.003 0.001 0.021 0.020 0.020 0.116 0.002 0.001 0.029 0.773 182 G 0.085 0.005 0.001 0.030 0.027 0.035 0.134 0.005 0.001 0.050 0.627 183 P 0.112 0.003 0.001 0.028 0.012 0.020 0.098 0.002 0.001 0.032 0.692 184 F 0.044 0.002 0.001 0.041 0.013 0.024 0.084 0.001 0.001 0.028 0.763 185 T 0.022 0.001 0.001 0.030 0.011 0.021 0.111 0.001 0.001 0.025 0.778 186 H 0.025 0.001 0.001 0.017 0.009 0.015 0.094 0.001 0.001 0.025 0.813 187 P 0.063 0.001 0.001 0.013 0.010 0.012 0.121 0.001 0.001 0.028 0.751 188 P 0.025 0.002 0.001 0.009 0.008 0.010 0.108 0.001 0.001 0.017 0.820 189 H 0.032 0.006 0.001 0.015 0.013 0.025 0.128 0.001 0.001 0.027 0.753