# TARGET T0417 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0417.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2010 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.100 0.123 0.015 0.020 0.027 0.089 0.079 0.548 2 N 0.110 0.149 0.019 0.021 0.038 0.080 0.100 0.483 3 A 0.097 0.081 0.019 0.026 0.047 0.101 0.109 0.522 4 M 0.087 0.085 0.020 0.030 0.058 0.111 0.079 0.531 5 R 0.074 0.036 0.018 0.023 0.054 0.129 0.137 0.529 6 K 0.056 0.037 0.023 0.032 0.044 0.144 0.133 0.531 7 D 0.098 0.032 0.031 0.021 0.035 0.129 0.167 0.486 8 E 0.054 0.019 0.036 0.027 0.022 0.142 0.153 0.547 9 T 0.111 0.025 0.038 0.021 0.027 0.117 0.120 0.540 10 S 0.058 0.006 0.024 0.013 0.019 0.133 0.041 0.707 11 N 0.006 0.004 0.033 0.017 0.026 0.180 0.030 0.704 12 T 0.020 0.012 0.018 0.015 0.030 0.139 0.021 0.745 13 S 0.180 0.034 0.023 0.025 0.028 0.120 0.206 0.385 14 P 0.037 0.031 0.023 0.039 0.027 0.156 0.057 0.630 15 D 0.139 0.067 0.040 0.024 0.071 0.097 0.073 0.489 16 I 0.070 0.049 0.055 0.088 0.084 0.100 0.080 0.474 17 S 0.065 0.016 0.032 0.065 0.154 0.098 0.043 0.527 18 V 0.011 0.013 0.044 0.093 0.206 0.123 0.028 0.483 19 A 0.012 0.006 0.039 0.052 0.127 0.089 0.022 0.653 20 Q 0.127 0.023 0.026 0.106 0.080 0.100 0.139 0.400 21 P 0.209 0.009 0.012 0.013 0.016 0.085 0.074 0.581 22 A 0.146 0.005 0.020 0.015 0.028 0.089 0.062 0.636 23 S 0.070 0.003 0.018 0.011 0.030 0.105 0.024 0.739 24 A 0.025 0.001 0.011 0.030 0.052 0.122 0.018 0.742 25 L 0.011 0.002 0.054 0.084 0.216 0.128 0.048 0.457 26 R 0.007 0.002 0.107 0.152 0.346 0.068 0.046 0.272 27 Y 0.004 0.001 0.102 0.173 0.252 0.078 0.028 0.363 28 H 0.002 0.001 0.189 0.309 0.221 0.066 0.022 0.190 29 L 0.005 0.001 0.059 0.078 0.112 0.065 0.016 0.664 30 R 0.052 0.012 0.201 0.190 0.152 0.069 0.072 0.253 31 P 0.044 0.006 0.038 0.040 0.035 0.120 0.038 0.678 32 P 0.025 0.026 0.102 0.047 0.063 0.095 0.081 0.560 33 R 0.458 0.103 0.016 0.011 0.016 0.043 0.079 0.274 34 R 0.186 0.089 0.007 0.009 0.008 0.090 0.058 0.552 35 N 0.011 0.219 0.010 0.002 0.006 0.070 0.038 0.644 36 D 0.018 0.917 0.001 0.001 0.001 0.004 0.036 0.024 37 G 0.017 0.779 0.001 0.001 0.001 0.003 0.191 0.010 38 A 0.001 0.935 0.001 0.001 0.001 0.003 0.045 0.015 39 A 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 40 I 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 41 H 0.008 0.501 0.009 0.004 0.003 0.008 0.452 0.016 42 Q 0.019 0.389 0.026 0.009 0.009 0.016 0.483 0.048 43 L 0.197 0.134 0.129 0.017 0.008 0.041 0.302 0.171 44 V 0.352 0.024 0.031 0.010 0.005 0.066 0.088 0.424 45 S 0.028 0.006 0.033 0.002 0.006 0.112 0.016 0.797 46 E 0.006 0.004 0.044 0.003 0.007 0.136 0.010 0.788 47 C 0.024 0.007 0.022 0.009 0.007 0.135 0.024 0.772 48 P 0.163 0.038 0.024 0.011 0.011 0.115 0.043 0.596 49 P 0.113 0.024 0.018 0.002 0.004 0.099 0.060 0.678 50 L 0.039 0.036 0.032 0.004 0.005 0.114 0.100 0.669 51 D 0.136 0.232 0.019 0.005 0.006 0.079 0.096 0.427 52 L 0.113 0.262 0.007 0.004 0.005 0.072 0.058 0.479 53 N 0.033 0.624 0.004 0.005 0.006 0.040 0.054 0.233 54 S 0.029 0.829 0.003 0.003 0.005 0.014 0.053 0.064 55 L 0.021 0.832 0.004 0.009 0.008 0.012 0.064 0.051 56 Y 0.024 0.847 0.005 0.008 0.012 0.007 0.062 0.035 57 A 0.031 0.820 0.009 0.011 0.015 0.011 0.058 0.045 58 Y 0.060 0.746 0.012 0.019 0.023 0.015 0.068 0.056 59 L 0.126 0.524 0.014 0.027 0.037 0.030 0.073 0.169 60 L 0.144 0.310 0.029 0.030 0.053 0.049 0.096 0.289 61 L 0.167 0.086 0.033 0.036 0.043 0.092 0.088 0.454 62 C 0.192 0.034 0.019 0.021 0.030 0.101 0.053 0.552 63 E 0.069 0.016 0.012 0.008 0.014 0.086 0.025 0.769 64 H 0.095 0.008 0.011 0.009 0.012 0.107 0.054 0.704 65 H 0.048 0.010 0.023 0.014 0.018 0.148 0.081 0.658 66 A 0.022 0.005 0.049 0.014 0.036 0.151 0.046 0.677 67 H 0.012 0.011 0.073 0.067 0.128 0.153 0.074 0.481 68 T 0.003 0.005 0.133 0.151 0.342 0.092 0.048 0.227 69 C 0.003 0.003 0.122 0.168 0.335 0.073 0.055 0.240 70 V 0.003 0.005 0.075 0.307 0.468 0.018 0.062 0.063 71 V 0.002 0.001 0.067 0.282 0.505 0.023 0.025 0.095 72 A 0.001 0.001 0.059 0.453 0.413 0.019 0.035 0.021 73 E 0.005 0.001 0.055 0.139 0.343 0.071 0.044 0.343 74 S 0.634 0.001 0.017 0.040 0.064 0.041 0.114 0.090 75 P 0.018 0.001 0.002 0.006 0.009 0.144 0.010 0.810 76 G 0.001 0.001 0.002 0.012 0.021 0.134 0.008 0.822 77 G 0.003 0.003 0.016 0.170 0.291 0.085 0.057 0.375 78 R 0.003 0.009 0.105 0.464 0.307 0.020 0.038 0.053 79 I 0.007 0.005 0.039 0.239 0.290 0.057 0.039 0.326 80 D 0.001 0.003 0.048 0.363 0.442 0.025 0.035 0.083 81 G 0.005 0.007 0.043 0.262 0.607 0.009 0.042 0.025 82 F 0.013 0.010 0.059 0.359 0.366 0.030 0.044 0.118 83 V 0.011 0.014 0.098 0.320 0.347 0.044 0.057 0.109 84 S 0.014 0.012 0.063 0.215 0.464 0.036 0.042 0.153 85 A 0.021 0.006 0.078 0.206 0.324 0.073 0.040 0.253 86 Y 0.012 0.004 0.076 0.154 0.224 0.111 0.054 0.365 87 L 0.030 0.005 0.058 0.063 0.104 0.102 0.047 0.591 88 L 0.224 0.011 0.021 0.023 0.029 0.102 0.099 0.491 89 P 0.018 0.004 0.007 0.006 0.007 0.115 0.022 0.822 90 T 0.037 0.021 0.007 0.005 0.011 0.098 0.025 0.796 91 R 0.194 0.101 0.006 0.012 0.011 0.096 0.077 0.504 92 P 0.054 0.083 0.008 0.019 0.022 0.110 0.056 0.648 93 D 0.053 0.203 0.026 0.038 0.120 0.074 0.101 0.384 94 V 0.025 0.091 0.047 0.101 0.254 0.065 0.149 0.267 95 L 0.007 0.041 0.081 0.299 0.335 0.042 0.073 0.122 96 F 0.030 0.055 0.077 0.165 0.484 0.028 0.074 0.087 97 V 0.032 0.026 0.076 0.229 0.321 0.051 0.071 0.194 98 W 0.012 0.020 0.140 0.176 0.362 0.057 0.086 0.147 99 Q 0.007 0.024 0.150 0.158 0.396 0.046 0.074 0.145 100 V 0.004 0.009 0.132 0.253 0.269 0.061 0.047 0.225 101 A 0.002 0.008 0.166 0.306 0.302 0.053 0.050 0.112 102 V 0.020 0.022 0.101 0.137 0.148 0.087 0.049 0.436 103 H 0.249 0.094 0.045 0.061 0.052 0.070 0.186 0.243 104 S 0.227 0.077 0.023 0.016 0.016 0.091 0.111 0.438 105 R 0.131 0.127 0.012 0.009 0.013 0.078 0.051 0.580 106 A 0.200 0.062 0.015 0.006 0.009 0.099 0.060 0.549 107 R 0.075 0.135 0.011 0.010 0.009 0.081 0.076 0.603 108 G 0.031 0.209 0.004 0.002 0.005 0.063 0.112 0.574 109 H 0.011 0.642 0.005 0.010 0.005 0.034 0.104 0.188 110 R 0.005 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.016 111 L 0.007 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 112 G 0.002 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.002 113 R 0.007 0.505 0.004 0.001 0.001 0.002 0.476 0.004 114 A 0.014 0.694 0.007 0.001 0.001 0.007 0.233 0.042 115 M 0.009 0.910 0.003 0.001 0.001 0.004 0.056 0.018 116 L 0.003 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.009 117 G 0.006 0.937 0.001 0.001 0.001 0.003 0.037 0.015 118 H 0.007 0.871 0.002 0.001 0.001 0.005 0.086 0.029 119 I 0.014 0.861 0.004 0.001 0.001 0.006 0.097 0.017 120 L 0.010 0.830 0.006 0.001 0.001 0.012 0.096 0.045 121 E 0.022 0.805 0.004 0.001 0.001 0.014 0.042 0.112 122 R 0.049 0.632 0.020 0.001 0.001 0.030 0.105 0.161 123 Q 0.087 0.132 0.159 0.006 0.003 0.057 0.368 0.188 124 E 0.572 0.040 0.005 0.001 0.001 0.021 0.028 0.334 125 C 0.255 0.025 0.007 0.001 0.001 0.053 0.017 0.641 126 R 0.007 0.016 0.019 0.002 0.003 0.096 0.012 0.847 127 H 0.039 0.035 0.018 0.005 0.010 0.114 0.032 0.745 128 V 0.049 0.024 0.038 0.018 0.021 0.112 0.050 0.688 129 R 0.009 0.014 0.281 0.039 0.099 0.088 0.162 0.309 130 H 0.007 0.011 0.297 0.075 0.109 0.083 0.179 0.238 131 L 0.005 0.005 0.588 0.092 0.110 0.040 0.069 0.092 132 E 0.003 0.003 0.540 0.100 0.151 0.033 0.048 0.122 133 T 0.002 0.002 0.511 0.130 0.138 0.034 0.037 0.145 134 T 0.002 0.002 0.556 0.109 0.119 0.045 0.033 0.134 135 V 0.007 0.005 0.291 0.113 0.080 0.065 0.044 0.395 136 G 0.099 0.057 0.125 0.066 0.082 0.085 0.141 0.346 137 P 0.111 0.100 0.047 0.013 0.015 0.104 0.102 0.507 138 D 0.029 0.334 0.015 0.005 0.008 0.073 0.093 0.445 139 N 0.015 0.931 0.002 0.001 0.001 0.007 0.020 0.023 140 Q 0.019 0.905 0.001 0.001 0.001 0.005 0.047 0.021 141 A 0.004 0.200 0.006 0.001 0.001 0.015 0.743 0.030 142 S 0.002 0.910 0.002 0.001 0.001 0.005 0.069 0.010 143 R 0.011 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.006 144 R 0.003 0.945 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.019 145 T 0.013 0.835 0.004 0.001 0.001 0.009 0.096 0.042 146 F 0.068 0.806 0.010 0.002 0.002 0.014 0.060 0.039 147 A 0.124 0.504 0.007 0.002 0.003 0.029 0.075 0.257 148 G 0.063 0.350 0.004 0.003 0.002 0.042 0.034 0.502 149 L 0.205 0.189 0.024 0.004 0.006 0.071 0.132 0.370 150 A 0.130 0.011 0.078 0.011 0.008 0.087 0.177 0.497 151 G 0.306 0.004 0.007 0.001 0.002 0.041 0.014 0.624 152 E 0.078 0.004 0.016 0.004 0.007 0.092 0.018 0.782 153 R 0.005 0.002 0.055 0.006 0.024 0.129 0.011 0.768 154 G 0.012 0.004 0.062 0.057 0.112 0.132 0.052 0.569 155 A 0.002 0.001 0.081 0.082 0.059 0.109 0.018 0.648 156 H 0.048 0.004 0.403 0.131 0.177 0.037 0.071 0.129 157 V 0.122 0.002 0.050 0.031 0.036 0.079 0.047 0.632 158 S 0.017 0.003 0.106 0.049 0.071 0.115 0.026 0.613 159 E 0.025 0.005 0.022 0.033 0.072 0.110 0.018 0.716 160 Q 0.043 0.020 0.023 0.154 0.108 0.105 0.071 0.475 161 P 0.059 0.033 0.020 0.088 0.119 0.100 0.049 0.531 162 F 0.125 0.075 0.021 0.114 0.173 0.067 0.078 0.346 163 F 0.101 0.052 0.018 0.100 0.138 0.073 0.063 0.455 164 D 0.052 0.044 0.028 0.175 0.293 0.050 0.042 0.317 165 R 0.050 0.013 0.036 0.125 0.314 0.066 0.050 0.346 166 Q 0.080 0.006 0.035 0.167 0.210 0.066 0.073 0.363 167 A 0.317 0.004 0.010 0.040 0.056 0.062 0.024 0.487 168 F 0.223 0.010 0.017 0.017 0.043 0.080 0.027 0.583 169 G 0.014 0.003 0.003 0.008 0.010 0.110 0.008 0.844 170 G 0.028 0.025 0.006 0.027 0.034 0.133 0.044 0.701 171 A 0.058 0.109 0.015 0.054 0.052 0.100 0.062 0.551 172 D 0.094 0.364 0.010 0.026 0.030 0.058 0.076 0.342 173 H 0.022 0.621 0.011 0.025 0.029 0.040 0.073 0.178 174 D 0.032 0.829 0.005 0.010 0.018 0.007 0.070 0.029 175 D 0.019 0.793 0.006 0.027 0.021 0.010 0.087 0.036 176 E 0.043 0.696 0.015 0.031 0.042 0.014 0.095 0.064 177 M 0.089 0.416 0.040 0.063 0.083 0.031 0.167 0.113 178 L 0.132 0.226 0.069 0.070 0.097 0.055 0.118 0.234 179 L 0.103 0.024 0.041 0.049 0.082 0.100 0.088 0.512 180 R 0.027 0.019 0.044 0.047 0.093 0.114 0.030 0.625 181 I 0.021 0.006 0.048 0.027 0.045 0.127 0.030 0.696 182 G 0.147 0.013 0.041 0.044 0.032 0.117 0.081 0.526 183 P 0.102 0.005 0.022 0.010 0.016 0.090 0.038 0.716 184 F 0.015 0.001 0.038 0.011 0.020 0.115 0.018 0.783 185 T 0.006 0.001 0.027 0.014 0.023 0.131 0.024 0.776 186 H 0.032 0.001 0.025 0.019 0.018 0.117 0.027 0.761 187 P 0.306 0.004 0.012 0.009 0.013 0.072 0.050 0.535 188 P 0.025 0.002 0.012 0.007 0.011 0.111 0.018 0.815 189 H 0.018 0.003 0.010 0.012 0.026 0.114 0.016 0.802