# TARGET T0417 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0417.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2010 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.340 0.137 0.062 0.116 0.090 0.064 0.078 0.049 0.032 0.020 0.012 2 N 0.220 0.127 0.064 0.133 0.106 0.084 0.103 0.063 0.049 0.031 0.019 3 A 0.165 0.114 0.062 0.134 0.117 0.097 0.116 0.076 0.059 0.038 0.022 4 M 0.138 0.116 0.075 0.156 0.128 0.101 0.111 0.072 0.051 0.033 0.019 5 R 0.088 0.118 0.090 0.166 0.135 0.112 0.115 0.073 0.050 0.034 0.018 6 K 0.124 0.128 0.082 0.175 0.139 0.105 0.103 0.064 0.040 0.026 0.013 7 D 0.217 0.146 0.082 0.153 0.107 0.084 0.086 0.054 0.035 0.024 0.012 8 E 0.189 0.129 0.075 0.154 0.116 0.093 0.099 0.062 0.042 0.027 0.015 9 T 0.182 0.145 0.071 0.139 0.107 0.090 0.100 0.066 0.049 0.034 0.018 10 S 0.148 0.141 0.069 0.152 0.124 0.100 0.105 0.067 0.047 0.030 0.017 11 N 0.218 0.122 0.071 0.136 0.111 0.090 0.097 0.065 0.044 0.029 0.016 12 T 0.162 0.118 0.069 0.144 0.115 0.105 0.112 0.071 0.051 0.033 0.019 13 S 0.094 0.141 0.056 0.142 0.122 0.107 0.120 0.085 0.064 0.043 0.027 14 P 0.157 0.099 0.042 0.114 0.112 0.091 0.119 0.100 0.078 0.054 0.035 15 D 0.298 0.151 0.076 0.163 0.102 0.067 0.062 0.037 0.023 0.014 0.007 16 I 0.096 0.087 0.067 0.168 0.139 0.126 0.125 0.079 0.057 0.037 0.020 17 S 0.062 0.073 0.041 0.103 0.110 0.126 0.160 0.119 0.098 0.066 0.042 18 V 0.060 0.053 0.046 0.110 0.117 0.104 0.157 0.130 0.104 0.071 0.048 19 A 0.093 0.061 0.071 0.110 0.107 0.113 0.156 0.103 0.086 0.064 0.034 20 Q 0.108 0.190 0.115 0.216 0.138 0.082 0.066 0.036 0.026 0.015 0.009 21 P 0.165 0.114 0.046 0.113 0.107 0.090 0.129 0.098 0.066 0.044 0.028 22 A 0.363 0.192 0.061 0.126 0.081 0.053 0.050 0.030 0.020 0.014 0.008 23 S 0.293 0.226 0.080 0.170 0.096 0.053 0.041 0.021 0.011 0.006 0.003 24 A 0.279 0.166 0.056 0.144 0.106 0.068 0.067 0.048 0.031 0.021 0.013 25 L 0.054 0.050 0.028 0.069 0.085 0.113 0.192 0.148 0.123 0.084 0.054 26 R 0.133 0.204 0.137 0.263 0.135 0.060 0.034 0.017 0.009 0.005 0.002 27 Y 0.028 0.015 0.024 0.036 0.051 0.095 0.168 0.156 0.177 0.150 0.101 28 H 0.076 0.139 0.072 0.244 0.177 0.092 0.091 0.055 0.031 0.015 0.009 29 L 0.010 0.011 0.015 0.020 0.029 0.043 0.103 0.125 0.214 0.228 0.200 30 R 0.056 0.067 0.086 0.188 0.189 0.142 0.122 0.071 0.042 0.023 0.014 31 P 0.252 0.188 0.112 0.183 0.100 0.057 0.055 0.027 0.015 0.007 0.004 32 P 0.030 0.018 0.017 0.036 0.058 0.053 0.132 0.183 0.170 0.149 0.156 33 R 0.122 0.325 0.078 0.186 0.102 0.066 0.060 0.027 0.018 0.012 0.004 34 R 0.245 0.125 0.136 0.217 0.122 0.067 0.047 0.020 0.012 0.006 0.003 35 N 0.563 0.200 0.067 0.090 0.041 0.019 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 36 D 0.016 0.118 0.027 0.080 0.090 0.098 0.178 0.149 0.113 0.086 0.046 37 G 0.064 0.047 0.024 0.074 0.145 0.182 0.219 0.118 0.069 0.038 0.020 38 A 0.683 0.070 0.151 0.073 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 39 A 0.007 0.025 0.039 0.146 0.152 0.253 0.261 0.067 0.033 0.013 0.005 40 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.034 0.170 0.243 0.539 41 H 0.002 0.003 0.036 0.068 0.174 0.238 0.276 0.119 0.049 0.026 0.008 42 Q 0.001 0.015 0.746 0.158 0.050 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 43 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.032 0.104 0.121 0.244 0.280 0.210 44 V 0.002 0.004 0.006 0.017 0.026 0.055 0.157 0.168 0.239 0.228 0.099 45 S 0.016 0.040 0.331 0.185 0.133 0.113 0.089 0.041 0.028 0.017 0.007 46 E 0.045 0.067 0.232 0.197 0.161 0.124 0.104 0.040 0.016 0.009 0.005 47 C 0.019 0.021 0.014 0.019 0.025 0.058 0.142 0.154 0.201 0.194 0.153 48 P 0.237 0.134 0.040 0.118 0.121 0.084 0.099 0.075 0.046 0.027 0.019 49 P 0.340 0.199 0.098 0.137 0.076 0.046 0.044 0.025 0.017 0.011 0.007 50 L 0.088 0.054 0.031 0.081 0.100 0.119 0.180 0.121 0.102 0.070 0.054 51 D 0.375 0.255 0.054 0.122 0.070 0.042 0.037 0.021 0.013 0.007 0.004 52 L 0.073 0.070 0.042 0.124 0.123 0.129 0.152 0.110 0.082 0.058 0.036 53 N 0.122 0.098 0.051 0.119 0.114 0.110 0.142 0.095 0.070 0.052 0.027 54 S 0.128 0.143 0.083 0.214 0.140 0.096 0.088 0.049 0.032 0.019 0.008 55 L 0.051 0.044 0.055 0.097 0.102 0.141 0.178 0.116 0.101 0.077 0.038 56 Y 0.043 0.056 0.062 0.155 0.147 0.140 0.164 0.098 0.069 0.046 0.022 57 A 0.015 0.024 0.044 0.080 0.098 0.129 0.184 0.146 0.128 0.104 0.049 58 Y 0.006 0.012 0.028 0.053 0.075 0.133 0.213 0.146 0.152 0.127 0.055 59 L 0.009 0.015 0.048 0.081 0.101 0.150 0.211 0.130 0.120 0.096 0.039 60 L 0.014 0.022 0.080 0.093 0.098 0.166 0.207 0.111 0.100 0.077 0.031 61 L 0.006 0.013 0.028 0.045 0.054 0.111 0.194 0.137 0.177 0.156 0.078 62 C 0.006 0.007 0.011 0.017 0.028 0.068 0.155 0.136 0.220 0.216 0.137 63 E 0.095 0.154 0.165 0.220 0.142 0.086 0.067 0.032 0.020 0.012 0.007 64 H 0.101 0.121 0.094 0.148 0.123 0.129 0.128 0.068 0.041 0.030 0.017 65 H 0.147 0.132 0.041 0.123 0.114 0.115 0.133 0.084 0.052 0.037 0.023 66 A 0.170 0.128 0.049 0.141 0.117 0.103 0.117 0.078 0.048 0.032 0.017 67 H 0.030 0.042 0.044 0.114 0.134 0.142 0.176 0.120 0.092 0.068 0.039 68 T 0.006 0.016 0.018 0.051 0.074 0.112 0.195 0.155 0.163 0.134 0.076 69 C 0.001 0.002 0.004 0.009 0.019 0.047 0.101 0.127 0.236 0.250 0.206 70 V 0.001 0.002 0.006 0.013 0.023 0.035 0.095 0.147 0.216 0.244 0.218 71 V 0.001 0.001 0.004 0.009 0.016 0.024 0.059 0.101 0.211 0.280 0.295 72 A 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.015 0.042 0.081 0.223 0.285 0.339 73 E 0.004 0.010 0.015 0.055 0.087 0.130 0.218 0.159 0.159 0.099 0.064 74 S 0.011 0.052 0.044 0.077 0.087 0.120 0.175 0.119 0.125 0.101 0.088 75 P 0.201 0.272 0.052 0.161 0.111 0.073 0.064 0.030 0.017 0.009 0.008 76 G 0.815 0.109 0.010 0.032 0.013 0.007 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 77 G 0.269 0.118 0.029 0.104 0.085 0.085 0.103 0.069 0.058 0.045 0.036 78 R 0.036 0.152 0.051 0.224 0.191 0.154 0.094 0.045 0.027 0.016 0.011 79 I 0.003 0.005 0.009 0.012 0.022 0.050 0.103 0.128 0.227 0.214 0.227 80 D 0.006 0.018 0.025 0.093 0.135 0.130 0.197 0.159 0.110 0.070 0.055 81 G 0.002 0.003 0.009 0.015 0.018 0.027 0.073 0.114 0.233 0.286 0.222 82 F 0.001 0.002 0.004 0.015 0.031 0.058 0.119 0.150 0.213 0.216 0.192 83 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.007 0.028 0.096 0.205 0.294 0.356 84 S 0.001 0.003 0.009 0.025 0.048 0.050 0.105 0.168 0.202 0.204 0.185 85 A 0.001 0.002 0.006 0.008 0.014 0.026 0.068 0.114 0.241 0.272 0.248 86 Y 0.007 0.011 0.020 0.067 0.095 0.135 0.202 0.158 0.146 0.104 0.056 87 L 0.012 0.018 0.028 0.048 0.055 0.092 0.174 0.148 0.179 0.151 0.097 88 L 0.028 0.047 0.038 0.094 0.097 0.127 0.182 0.119 0.117 0.086 0.065 89 P 0.161 0.111 0.055 0.121 0.108 0.100 0.138 0.076 0.061 0.041 0.028 90 T 0.292 0.199 0.067 0.131 0.088 0.067 0.063 0.035 0.026 0.019 0.014 91 R 0.161 0.154 0.040 0.127 0.108 0.102 0.111 0.069 0.054 0.044 0.030 92 P 0.253 0.138 0.032 0.104 0.089 0.082 0.095 0.073 0.059 0.046 0.031 93 D 0.191 0.147 0.055 0.158 0.119 0.095 0.090 0.059 0.041 0.027 0.017 94 V 0.050 0.053 0.038 0.112 0.117 0.135 0.162 0.113 0.099 0.073 0.048 95 L 0.024 0.030 0.030 0.079 0.094 0.112 0.157 0.131 0.137 0.114 0.091 96 F 0.009 0.018 0.024 0.064 0.090 0.130 0.204 0.147 0.142 0.104 0.066 97 V 0.007 0.013 0.023 0.054 0.076 0.086 0.146 0.141 0.178 0.164 0.114 98 W 0.003 0.006 0.011 0.026 0.042 0.067 0.150 0.159 0.219 0.199 0.117 99 Q 0.008 0.023 0.028 0.095 0.110 0.121 0.169 0.136 0.135 0.110 0.064 100 V 0.002 0.002 0.005 0.008 0.014 0.032 0.080 0.122 0.222 0.263 0.251 101 A 0.009 0.011 0.019 0.055 0.088 0.093 0.162 0.175 0.157 0.130 0.101 102 V 0.001 0.002 0.005 0.005 0.009 0.017 0.053 0.091 0.224 0.294 0.300 103 H 0.012 0.040 0.038 0.130 0.172 0.164 0.186 0.099 0.081 0.049 0.029 104 S 0.222 0.183 0.130 0.184 0.099 0.068 0.060 0.026 0.017 0.008 0.004 105 R 0.356 0.125 0.067 0.184 0.120 0.060 0.052 0.021 0.009 0.004 0.003 106 A 0.051 0.046 0.032 0.046 0.051 0.069 0.129 0.120 0.141 0.165 0.151 107 R 0.029 0.094 0.054 0.166 0.188 0.154 0.131 0.078 0.052 0.036 0.018 108 G 0.126 0.160 0.123 0.148 0.105 0.101 0.102 0.056 0.039 0.028 0.012 109 H 0.090 0.065 0.115 0.190 0.152 0.139 0.120 0.059 0.038 0.022 0.012 110 R 0.186 0.160 0.100 0.208 0.125 0.087 0.072 0.035 0.014 0.008 0.004 111 L 0.003 0.006 0.007 0.015 0.029 0.044 0.099 0.160 0.216 0.225 0.198 112 G 0.005 0.011 0.013 0.031 0.063 0.093 0.196 0.179 0.172 0.156 0.081 113 R 0.044 0.049 0.284 0.275 0.163 0.094 0.054 0.019 0.011 0.005 0.002 114 A 0.029 0.032 0.113 0.170 0.179 0.170 0.187 0.073 0.026 0.013 0.008 115 M 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.012 0.041 0.079 0.226 0.296 0.335 116 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.020 0.057 0.167 0.157 0.230 0.213 0.148 117 G 0.020 0.025 0.618 0.200 0.085 0.030 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 118 H 0.005 0.011 0.075 0.122 0.174 0.225 0.282 0.073 0.020 0.009 0.004 119 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.030 0.178 0.320 0.459 120 L 0.001 0.001 0.005 0.016 0.065 0.187 0.382 0.156 0.102 0.064 0.022 121 E 0.001 0.012 0.862 0.092 0.023 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 122 R 0.001 0.003 0.028 0.036 0.069 0.250 0.418 0.115 0.048 0.025 0.007 123 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.034 0.058 0.239 0.374 0.283 124 E 0.013 0.056 0.221 0.246 0.223 0.107 0.083 0.032 0.012 0.006 0.002 125 C 0.013 0.035 0.459 0.127 0.108 0.111 0.078 0.031 0.017 0.014 0.006 126 R 0.071 0.066 0.091 0.105 0.120 0.169 0.207 0.097 0.043 0.021 0.011 127 H 0.263 0.255 0.067 0.153 0.083 0.051 0.063 0.038 0.015 0.008 0.004 128 V 0.006 0.003 0.010 0.012 0.025 0.045 0.092 0.114 0.197 0.237 0.259 129 R 0.063 0.124 0.204 0.237 0.170 0.090 0.068 0.026 0.011 0.005 0.002 130 H 0.008 0.031 0.115 0.183 0.174 0.182 0.150 0.070 0.044 0.027 0.015 131 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.014 0.045 0.076 0.217 0.260 0.379 132 E 0.023 0.048 0.046 0.228 0.235 0.130 0.135 0.076 0.045 0.021 0.014 133 T 0.008 0.004 0.023 0.013 0.018 0.030 0.077 0.112 0.204 0.240 0.270 134 T 0.027 0.062 0.056 0.215 0.235 0.140 0.130 0.068 0.036 0.017 0.014 135 V 0.007 0.006 0.007 0.009 0.014 0.019 0.069 0.131 0.219 0.236 0.283 136 G 0.066 0.147 0.090 0.230 0.196 0.114 0.073 0.037 0.023 0.014 0.011 137 P 0.277 0.154 0.077 0.146 0.104 0.072 0.075 0.045 0.028 0.015 0.008 138 D 0.384 0.263 0.042 0.123 0.068 0.040 0.037 0.020 0.011 0.006 0.004 139 N 0.044 0.040 0.018 0.056 0.074 0.103 0.184 0.137 0.150 0.108 0.086 140 Q 0.412 0.156 0.112 0.162 0.083 0.033 0.021 0.011 0.005 0.003 0.001 141 A 0.035 0.069 0.074 0.165 0.160 0.159 0.166 0.081 0.049 0.026 0.016 142 S 0.002 0.004 0.007 0.012 0.022 0.029 0.076 0.131 0.223 0.228 0.266 143 R 0.019 0.018 0.049 0.114 0.170 0.184 0.230 0.109 0.062 0.033 0.012 144 R 0.017 0.046 0.417 0.243 0.129 0.072 0.044 0.017 0.009 0.004 0.003 145 T 0.003 0.004 0.017 0.019 0.035 0.060 0.151 0.160 0.209 0.183 0.160 146 F 0.002 0.002 0.006 0.011 0.020 0.039 0.126 0.148 0.251 0.243 0.153 147 A 0.020 0.057 0.377 0.220 0.141 0.083 0.053 0.022 0.015 0.008 0.004 148 G 0.033 0.047 0.275 0.191 0.168 0.116 0.094 0.042 0.018 0.010 0.006 149 L 0.038 0.030 0.039 0.055 0.068 0.079 0.180 0.190 0.141 0.104 0.078 150 A 0.052 0.052 0.047 0.085 0.096 0.085 0.153 0.150 0.120 0.092 0.068 151 G 0.123 0.097 0.193 0.200 0.157 0.077 0.072 0.040 0.022 0.012 0.008 152 E 0.152 0.176 0.174 0.158 0.109 0.086 0.074 0.032 0.020 0.013 0.007 153 R 0.117 0.113 0.057 0.120 0.120 0.112 0.143 0.096 0.065 0.035 0.022 154 G 0.643 0.146 0.028 0.073 0.038 0.019 0.023 0.015 0.008 0.004 0.003 155 A 0.058 0.023 0.026 0.038 0.045 0.052 0.104 0.109 0.182 0.177 0.185 156 H 0.108 0.194 0.117 0.239 0.163 0.078 0.048 0.025 0.015 0.008 0.004 157 V 0.040 0.072 0.052 0.122 0.125 0.136 0.152 0.115 0.088 0.060 0.037 158 S 0.073 0.066 0.041 0.102 0.117 0.120 0.158 0.127 0.091 0.060 0.045 159 E 0.286 0.154 0.073 0.167 0.097 0.066 0.071 0.039 0.025 0.015 0.007 160 Q 0.106 0.070 0.058 0.134 0.116 0.131 0.140 0.083 0.077 0.054 0.031 161 P 0.125 0.095 0.049 0.104 0.100 0.098 0.143 0.100 0.086 0.063 0.036 162 F 0.048 0.054 0.048 0.125 0.125 0.135 0.172 0.115 0.089 0.062 0.028 163 F 0.054 0.063 0.077 0.128 0.122 0.143 0.155 0.100 0.077 0.056 0.026 164 D 0.075 0.101 0.096 0.209 0.154 0.112 0.106 0.067 0.041 0.025 0.013 165 R 0.040 0.034 0.039 0.084 0.099 0.119 0.174 0.143 0.118 0.095 0.055 166 Q 0.043 0.037 0.046 0.085 0.098 0.127 0.177 0.126 0.120 0.091 0.051 167 A 0.065 0.098 0.105 0.159 0.131 0.120 0.130 0.074 0.057 0.040 0.021 168 F 0.048 0.040 0.039 0.066 0.077 0.117 0.184 0.126 0.133 0.104 0.067 169 G 0.290 0.201 0.070 0.140 0.090 0.059 0.065 0.037 0.025 0.015 0.009 170 G 0.221 0.157 0.065 0.151 0.112 0.082 0.084 0.055 0.037 0.023 0.014 171 A 0.252 0.144 0.054 0.131 0.108 0.085 0.089 0.059 0.037 0.025 0.016 172 D 0.155 0.104 0.060 0.146 0.125 0.113 0.124 0.077 0.049 0.031 0.017 173 H 0.097 0.103 0.066 0.147 0.137 0.127 0.132 0.085 0.053 0.036 0.019 174 D 0.022 0.058 0.040 0.080 0.092 0.113 0.171 0.133 0.128 0.105 0.059 175 D 0.048 0.047 0.049 0.131 0.165 0.158 0.177 0.101 0.067 0.037 0.020 176 E 0.237 0.091 0.139 0.180 0.117 0.073 0.083 0.043 0.022 0.011 0.005 177 M 0.010 0.017 0.034 0.081 0.094 0.143 0.225 0.130 0.134 0.086 0.046 178 L 0.001 0.002 0.004 0.007 0.013 0.022 0.064 0.099 0.230 0.274 0.284 179 L 0.005 0.014 0.067 0.093 0.132 0.153 0.172 0.117 0.109 0.096 0.043 180 R 0.009 0.029 0.180 0.140 0.128 0.161 0.142 0.080 0.065 0.047 0.019 181 I 0.014 0.027 0.033 0.073 0.083 0.137 0.207 0.160 0.121 0.097 0.047 182 G 0.059 0.035 0.022 0.043 0.049 0.087 0.171 0.141 0.177 0.137 0.080 183 P 0.360 0.205 0.086 0.146 0.075 0.042 0.039 0.021 0.013 0.008 0.004 184 F 0.141 0.100 0.052 0.108 0.100 0.124 0.150 0.082 0.068 0.049 0.026 185 T 0.400 0.254 0.039 0.096 0.065 0.043 0.044 0.027 0.016 0.010 0.007 186 H 0.262 0.185 0.041 0.125 0.094 0.080 0.083 0.057 0.035 0.023 0.015 187 P 0.284 0.235 0.051 0.117 0.084 0.065 0.065 0.041 0.027 0.019 0.012 188 P 0.401 0.253 0.043 0.127 0.071 0.039 0.031 0.017 0.010 0.005 0.003 189 H 0.549 0.159 0.034 0.088 0.056 0.035 0.034 0.021 0.013 0.007 0.005