# TARGET T0417 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0417.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2010 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.055 0.031 0.003 0.034 0.026 0.035 0.185 0.002 0.001 0.004 0.625 2 N 0.057 0.048 0.003 0.033 0.024 0.033 0.111 0.002 0.001 0.005 0.684 3 A 0.079 0.076 0.005 0.039 0.026 0.040 0.201 0.002 0.001 0.009 0.523 4 M 0.092 0.096 0.005 0.033 0.020 0.039 0.288 0.003 0.001 0.009 0.415 5 R 0.159 0.170 0.014 0.042 0.038 0.076 0.167 0.006 0.001 0.011 0.316 6 K 0.132 0.177 0.009 0.035 0.031 0.052 0.088 0.008 0.001 0.005 0.464 7 D 0.101 0.121 0.008 0.022 0.022 0.041 0.063 0.008 0.001 0.004 0.611 8 E 0.140 0.088 0.008 0.024 0.014 0.033 0.108 0.006 0.001 0.006 0.573 9 T 0.108 0.063 0.009 0.023 0.017 0.025 0.282 0.005 0.001 0.009 0.458 10 S 0.204 0.068 0.014 0.017 0.015 0.017 0.118 0.007 0.001 0.010 0.529 11 N 0.134 0.081 0.035 0.023 0.016 0.022 0.159 0.007 0.001 0.014 0.509 12 T 0.162 0.052 0.039 0.032 0.014 0.027 0.179 0.008 0.001 0.014 0.473 13 S 0.098 0.049 0.020 0.031 0.046 0.035 0.238 0.004 0.001 0.010 0.469 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.994 15 D 0.014 0.007 0.002 0.043 0.026 0.087 0.187 0.001 0.001 0.002 0.632 16 I 0.329 0.025 0.004 0.027 0.024 0.032 0.102 0.001 0.001 0.012 0.444 17 S 0.140 0.121 0.004 0.062 0.051 0.061 0.089 0.003 0.001 0.003 0.465 18 V 0.135 0.090 0.022 0.080 0.083 0.142 0.056 0.005 0.001 0.006 0.380 19 A 0.104 0.106 0.010 0.106 0.062 0.139 0.060 0.009 0.001 0.006 0.398 20 Q 0.056 0.051 0.008 0.045 0.164 0.120 0.099 0.006 0.001 0.005 0.445 21 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 22 A 0.014 0.004 0.003 0.031 0.045 0.199 0.130 0.001 0.001 0.002 0.571 23 S 0.257 0.011 0.003 0.012 0.018 0.027 0.096 0.001 0.001 0.015 0.559 24 A 0.288 0.032 0.008 0.019 0.026 0.032 0.069 0.002 0.001 0.009 0.514 25 L 0.225 0.023 0.015 0.032 0.055 0.083 0.106 0.002 0.001 0.013 0.446 26 R 0.103 0.012 0.005 0.068 0.091 0.126 0.131 0.001 0.001 0.007 0.456 27 Y 0.072 0.007 0.007 0.107 0.177 0.208 0.030 0.001 0.001 0.002 0.388 28 H 0.012 0.005 0.003 0.212 0.242 0.255 0.055 0.001 0.001 0.001 0.214 29 L 0.010 0.002 0.006 0.140 0.149 0.325 0.024 0.001 0.001 0.002 0.342 30 R 0.009 0.002 0.002 0.181 0.219 0.326 0.056 0.001 0.001 0.001 0.205 31 P 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.970 32 P 0.002 0.001 0.001 0.024 0.011 0.049 0.007 0.001 0.001 0.001 0.907 33 R 0.027 0.001 0.001 0.059 0.018 0.045 0.187 0.001 0.001 0.004 0.660 34 R 0.375 0.004 0.001 0.025 0.010 0.019 0.036 0.001 0.001 0.006 0.523 35 N 0.075 0.020 0.002 0.038 0.013 0.031 0.285 0.001 0.001 0.006 0.531 36 D 0.190 0.018 0.003 0.007 0.006 0.011 0.367 0.001 0.001 0.014 0.384 37 G 0.127 0.076 0.002 0.008 0.002 0.005 0.127 0.001 0.001 0.005 0.648 38 A 0.005 0.033 0.001 0.001 0.001 0.003 0.473 0.001 0.001 0.003 0.481 39 A 0.054 0.085 0.001 0.001 0.001 0.001 0.705 0.001 0.001 0.001 0.151 40 I 0.008 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.023 41 H 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 42 Q 0.003 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.022 43 L 0.010 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.010 44 V 0.005 0.982 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.003 45 S 0.015 0.936 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.014 46 E 0.214 0.572 0.027 0.003 0.001 0.001 0.003 0.130 0.001 0.001 0.050 47 C 0.356 0.335 0.141 0.003 0.001 0.002 0.004 0.081 0.001 0.001 0.076 48 P 0.019 0.014 0.014 0.003 0.003 0.003 0.021 0.004 0.001 0.001 0.918 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 50 L 0.080 0.016 0.007 0.022 0.019 0.047 0.090 0.002 0.001 0.003 0.714 51 D 0.237 0.027 0.003 0.009 0.006 0.007 0.130 0.002 0.001 0.009 0.571 52 L 0.150 0.061 0.009 0.015 0.007 0.013 0.066 0.001 0.001 0.004 0.674 53 N 0.060 0.059 0.007 0.022 0.017 0.032 0.329 0.001 0.001 0.015 0.459 54 S 0.144 0.082 0.003 0.009 0.007 0.009 0.212 0.002 0.001 0.014 0.519 55 L 0.084 0.303 0.007 0.011 0.008 0.015 0.147 0.002 0.001 0.007 0.416 56 Y 0.046 0.334 0.008 0.010 0.011 0.018 0.292 0.002 0.001 0.004 0.276 57 A 0.037 0.619 0.005 0.007 0.012 0.017 0.094 0.003 0.001 0.002 0.204 58 Y 0.019 0.835 0.004 0.005 0.014 0.019 0.019 0.003 0.001 0.001 0.081 59 L 0.020 0.869 0.003 0.004 0.010 0.017 0.010 0.004 0.001 0.001 0.062 60 L 0.026 0.866 0.003 0.004 0.009 0.016 0.010 0.007 0.001 0.001 0.058 61 L 0.058 0.804 0.006 0.004 0.014 0.027 0.010 0.016 0.001 0.001 0.062 62 C 0.093 0.697 0.017 0.005 0.015 0.031 0.010 0.030 0.001 0.001 0.100 63 E 0.137 0.474 0.031 0.007 0.016 0.034 0.023 0.044 0.001 0.002 0.231 64 H 0.234 0.237 0.045 0.010 0.018 0.029 0.039 0.048 0.001 0.004 0.337 65 H 0.281 0.085 0.067 0.009 0.023 0.032 0.034 0.021 0.001 0.004 0.444 66 A 0.061 0.019 0.032 0.026 0.022 0.032 0.074 0.004 0.001 0.004 0.726 67 H 0.094 0.007 0.020 0.057 0.094 0.104 0.103 0.002 0.001 0.009 0.510 68 T 0.067 0.007 0.005 0.130 0.168 0.121 0.098 0.001 0.001 0.006 0.399 69 C 0.019 0.006 0.003 0.159 0.194 0.309 0.060 0.001 0.001 0.002 0.247 70 V 0.003 0.002 0.001 0.182 0.345 0.401 0.018 0.001 0.001 0.001 0.047 71 V 0.001 0.001 0.001 0.131 0.269 0.533 0.006 0.001 0.001 0.001 0.059 72 A 0.001 0.001 0.001 0.107 0.454 0.409 0.004 0.001 0.001 0.001 0.024 73 E 0.001 0.001 0.001 0.023 0.333 0.503 0.013 0.001 0.001 0.001 0.127 74 S 0.001 0.001 0.001 0.013 0.435 0.492 0.013 0.001 0.001 0.001 0.045 75 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.074 0.009 0.001 0.001 0.001 0.898 76 G 0.002 0.001 0.001 0.016 0.002 0.007 0.374 0.001 0.001 0.004 0.593 77 G 0.854 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.013 0.001 0.001 0.089 0.038 78 R 0.529 0.001 0.002 0.014 0.024 0.014 0.159 0.001 0.001 0.006 0.250 79 I 0.005 0.001 0.001 0.035 0.248 0.335 0.040 0.001 0.001 0.001 0.334 80 D 0.001 0.001 0.001 0.030 0.287 0.652 0.007 0.001 0.001 0.001 0.022 81 G 0.001 0.001 0.001 0.058 0.367 0.539 0.009 0.001 0.001 0.001 0.025 82 F 0.002 0.001 0.001 0.074 0.309 0.565 0.011 0.001 0.001 0.001 0.039 83 V 0.001 0.002 0.001 0.102 0.337 0.525 0.008 0.001 0.001 0.001 0.024 84 S 0.001 0.002 0.001 0.031 0.376 0.546 0.008 0.001 0.001 0.001 0.034 85 A 0.003 0.007 0.001 0.055 0.293 0.576 0.011 0.001 0.001 0.001 0.054 86 Y 0.007 0.010 0.002 0.033 0.278 0.525 0.035 0.001 0.001 0.002 0.107 87 L 0.014 0.009 0.003 0.044 0.168 0.437 0.048 0.002 0.001 0.003 0.273 88 L 0.026 0.013 0.007 0.032 0.190 0.265 0.078 0.003 0.001 0.004 0.382 89 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.974 90 T 0.034 0.002 0.004 0.014 0.012 0.041 0.106 0.001 0.001 0.003 0.784 91 R 0.340 0.003 0.004 0.004 0.008 0.010 0.048 0.001 0.001 0.006 0.577 92 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.990 93 D 0.039 0.002 0.001 0.012 0.022 0.040 0.114 0.001 0.001 0.001 0.768 94 V 0.226 0.019 0.003 0.020 0.028 0.041 0.111 0.001 0.001 0.005 0.547 95 L 0.081 0.095 0.005 0.084 0.150 0.240 0.094 0.001 0.001 0.003 0.248 96 F 0.026 0.071 0.007 0.103 0.249 0.298 0.056 0.001 0.001 0.002 0.187 97 V 0.014 0.094 0.002 0.134 0.216 0.337 0.022 0.001 0.001 0.001 0.178 98 W 0.009 0.101 0.002 0.123 0.249 0.411 0.021 0.001 0.001 0.001 0.083 99 Q 0.017 0.071 0.002 0.087 0.265 0.431 0.029 0.002 0.001 0.001 0.095 100 V 0.041 0.140 0.007 0.098 0.189 0.327 0.026 0.003 0.001 0.001 0.168 101 A 0.024 0.104 0.007 0.098 0.260 0.377 0.026 0.005 0.001 0.001 0.098 102 V 0.038 0.122 0.010 0.065 0.180 0.269 0.062 0.008 0.001 0.003 0.243 103 H 0.033 0.075 0.010 0.069 0.208 0.361 0.055 0.006 0.001 0.003 0.181 104 S 0.009 0.015 0.002 0.014 0.031 0.076 0.049 0.001 0.001 0.001 0.802 105 R 0.047 0.026 0.007 0.023 0.020 0.062 0.243 0.002 0.001 0.008 0.563 106 A 0.369 0.088 0.008 0.020 0.013 0.024 0.133 0.005 0.001 0.012 0.328 107 R 0.208 0.275 0.016 0.013 0.014 0.022 0.101 0.009 0.001 0.007 0.335 108 G 0.256 0.157 0.015 0.012 0.010 0.020 0.070 0.011 0.001 0.009 0.440 109 H 0.210 0.127 0.032 0.023 0.011 0.018 0.111 0.005 0.001 0.007 0.456 110 R 0.078 0.058 0.004 0.012 0.019 0.024 0.173 0.003 0.001 0.003 0.626 111 L 0.036 0.151 0.032 0.022 0.012 0.018 0.164 0.002 0.001 0.003 0.560 112 G 0.021 0.319 0.003 0.039 0.030 0.099 0.119 0.002 0.001 0.002 0.365 113 R 0.025 0.380 0.004 0.018 0.009 0.025 0.090 0.002 0.001 0.002 0.445 114 A 0.016 0.786 0.002 0.013 0.002 0.004 0.030 0.001 0.001 0.001 0.147 115 M 0.016 0.908 0.001 0.002 0.001 0.002 0.010 0.002 0.001 0.001 0.060 116 L 0.012 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.042 117 G 0.011 0.925 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.054 118 H 0.017 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.056 119 I 0.016 0.936 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.037 120 L 0.008 0.954 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.031 121 E 0.015 0.894 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.080 122 R 0.044 0.903 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.036 123 Q 0.017 0.950 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.015 124 E 0.013 0.897 0.008 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 0.061 125 C 0.073 0.798 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.001 0.001 0.091 126 R 0.152 0.697 0.014 0.002 0.001 0.001 0.008 0.031 0.001 0.001 0.094 127 H 0.303 0.277 0.042 0.003 0.003 0.004 0.029 0.043 0.001 0.002 0.293 128 V 0.123 0.164 0.461 0.021 0.009 0.011 0.019 0.011 0.001 0.003 0.178 129 R 0.032 0.077 0.009 0.060 0.103 0.117 0.053 0.006 0.001 0.002 0.542 130 H 0.043 0.042 0.010 0.072 0.064 0.069 0.062 0.003 0.001 0.003 0.634 131 L 0.053 0.061 0.008 0.322 0.172 0.219 0.022 0.002 0.001 0.002 0.140 132 E 0.009 0.022 0.004 0.158 0.244 0.346 0.042 0.001 0.001 0.001 0.174 133 T 0.006 0.015 0.002 0.229 0.322 0.327 0.012 0.001 0.001 0.001 0.086 134 T 0.006 0.010 0.002 0.198 0.273 0.372 0.019 0.001 0.001 0.001 0.119 135 V 0.007 0.013 0.004 0.108 0.274 0.399 0.029 0.001 0.001 0.002 0.162 136 G 0.006 0.006 0.003 0.040 0.356 0.325 0.059 0.001 0.001 0.002 0.202 137 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.030 0.004 0.001 0.001 0.001 0.956 138 D 0.008 0.004 0.001 0.012 0.018 0.071 0.326 0.001 0.001 0.002 0.559 139 N 0.243 0.018 0.002 0.004 0.005 0.010 0.240 0.001 0.001 0.020 0.458 140 Q 0.072 0.118 0.003 0.002 0.002 0.003 0.138 0.001 0.001 0.004 0.658 141 A 0.010 0.109 0.001 0.001 0.001 0.003 0.469 0.001 0.001 0.002 0.404 142 S 0.063 0.383 0.001 0.002 0.002 0.004 0.273 0.002 0.001 0.002 0.267 143 R 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 144 R 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 145 T 0.006 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.013 146 F 0.012 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.006 147 A 0.011 0.960 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.013 148 G 0.044 0.844 0.012 0.001 0.001 0.001 0.005 0.029 0.001 0.001 0.065 149 L 0.093 0.794 0.023 0.001 0.001 0.001 0.006 0.031 0.001 0.001 0.051 150 A 0.052 0.704 0.021 0.002 0.002 0.003 0.014 0.029 0.001 0.001 0.173 151 G 0.078 0.457 0.075 0.007 0.007 0.011 0.033 0.048 0.001 0.002 0.281 152 E 0.173 0.626 0.030 0.007 0.004 0.004 0.009 0.029 0.001 0.002 0.116 153 R 0.093 0.613 0.030 0.028 0.015 0.014 0.032 0.022 0.001 0.003 0.150 154 G 0.233 0.098 0.027 0.042 0.057 0.084 0.060 0.039 0.001 0.011 0.349 155 A 0.083 0.061 0.327 0.137 0.054 0.056 0.046 0.007 0.001 0.010 0.219 156 H 0.012 0.005 0.003 0.119 0.149 0.154 0.036 0.001 0.001 0.001 0.520 157 V 0.007 0.004 0.003 0.058 0.083 0.101 0.034 0.001 0.001 0.001 0.709 158 S 0.024 0.009 0.003 0.167 0.141 0.301 0.042 0.001 0.001 0.007 0.305 159 E 0.049 0.005 0.005 0.058 0.034 0.113 0.093 0.001 0.001 0.012 0.633 160 Q 0.084 0.006 0.005 0.088 0.079 0.066 0.160 0.001 0.001 0.008 0.503 161 P 0.004 0.001 0.001 0.004 0.008 0.013 0.007 0.001 0.001 0.001 0.964 162 F 0.015 0.005 0.002 0.035 0.097 0.240 0.119 0.001 0.001 0.003 0.483 163 F 0.051 0.010 0.001 0.022 0.051 0.081 0.111 0.001 0.001 0.007 0.665 164 D 0.070 0.028 0.002 0.031 0.086 0.125 0.083 0.001 0.001 0.005 0.567 165 R 0.110 0.045 0.006 0.044 0.098 0.180 0.092 0.002 0.001 0.010 0.412 166 Q 0.070 0.058 0.005 0.052 0.163 0.228 0.129 0.003 0.001 0.007 0.285 167 A 0.036 0.040 0.005 0.045 0.124 0.209 0.062 0.003 0.001 0.004 0.473 168 F 0.058 0.070 0.013 0.042 0.144 0.266 0.076 0.004 0.001 0.008 0.319 169 G 0.073 0.018 0.004 0.024 0.023 0.040 0.131 0.002 0.001 0.009 0.677 170 G 0.241 0.009 0.015 0.017 0.018 0.027 0.109 0.002 0.001 0.014 0.549 171 A 0.145 0.006 0.007 0.014 0.015 0.015 0.163 0.001 0.001 0.003 0.632 172 D 0.021 0.004 0.003 0.012 0.020 0.028 0.101 0.001 0.001 0.001 0.808 173 H 0.062 0.025 0.008 0.023 0.083 0.146 0.119 0.001 0.001 0.008 0.524 174 D 0.045 0.043 0.003 0.021 0.041 0.066 0.325 0.001 0.001 0.011 0.443 175 D 0.052 0.076 0.003 0.016 0.029 0.050 0.181 0.001 0.001 0.005 0.589 176 E 0.023 0.208 0.002 0.017 0.038 0.080 0.396 0.001 0.001 0.004 0.232 177 M 0.039 0.431 0.002 0.027 0.051 0.077 0.228 0.002 0.001 0.002 0.142 178 L 0.011 0.812 0.003 0.009 0.051 0.066 0.010 0.003 0.001 0.001 0.034 179 L 0.010 0.848 0.004 0.007 0.043 0.059 0.004 0.006 0.001 0.001 0.019 180 R 0.039 0.698 0.004 0.010 0.057 0.106 0.005 0.021 0.001 0.001 0.059 181 I 0.142 0.376 0.018 0.009 0.057 0.171 0.010 0.050 0.001 0.001 0.165 182 G 0.161 0.135 0.035 0.021 0.076 0.174 0.037 0.031 0.001 0.002 0.329 183 P 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.979 184 F 0.030 0.005 0.007 0.019 0.015 0.032 0.081 0.001 0.001 0.001 0.810 185 T 0.236 0.009 0.015 0.013 0.012 0.019 0.073 0.002 0.001 0.013 0.609 186 H 0.207 0.007 0.012 0.013 0.010 0.019 0.052 0.001 0.001 0.003 0.676 187 P 0.005 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.022 0.001 0.001 0.001 0.962 188 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.992 189 H 0.018 0.001 0.001 0.016 0.009 0.021 0.074 0.001 0.001 0.001 0.861