# TARGET T0417 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0417.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2010 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.054 0.041 0.029 0.023 0.044 0.075 0.009 0.726 2 N 0.070 0.052 0.029 0.026 0.046 0.132 0.013 0.631 3 A 0.125 0.056 0.027 0.026 0.039 0.186 0.016 0.525 4 M 0.138 0.089 0.033 0.027 0.042 0.184 0.018 0.470 5 R 0.128 0.120 0.038 0.043 0.069 0.138 0.016 0.447 6 K 0.067 0.087 0.030 0.019 0.033 0.085 0.010 0.669 7 D 0.074 0.082 0.025 0.022 0.039 0.081 0.016 0.661 8 E 0.184 0.068 0.021 0.015 0.025 0.098 0.025 0.565 9 T 0.142 0.083 0.021 0.026 0.029 0.268 0.029 0.402 10 S 0.199 0.052 0.016 0.012 0.015 0.118 0.033 0.555 11 N 0.202 0.051 0.040 0.020 0.022 0.134 0.028 0.502 12 T 0.180 0.042 0.041 0.018 0.027 0.184 0.029 0.480 13 S 0.151 0.030 0.041 0.038 0.045 0.193 0.013 0.490 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 15 D 0.023 0.009 0.028 0.038 0.079 0.229 0.004 0.590 16 I 0.320 0.023 0.031 0.046 0.047 0.112 0.008 0.413 17 S 0.132 0.124 0.048 0.074 0.090 0.123 0.010 0.399 18 V 0.150 0.111 0.074 0.094 0.143 0.064 0.013 0.349 19 A 0.098 0.114 0.078 0.111 0.207 0.048 0.015 0.329 20 Q 0.072 0.054 0.056 0.119 0.171 0.099 0.013 0.416 21 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.997 22 A 0.017 0.011 0.029 0.051 0.104 0.122 0.006 0.660 23 S 0.215 0.009 0.014 0.033 0.032 0.106 0.015 0.575 24 A 0.349 0.022 0.022 0.022 0.032 0.092 0.032 0.429 25 L 0.240 0.027 0.080 0.111 0.104 0.089 0.021 0.328 26 R 0.073 0.014 0.076 0.117 0.118 0.140 0.009 0.453 27 Y 0.031 0.008 0.097 0.257 0.249 0.024 0.004 0.330 28 H 0.023 0.004 0.147 0.272 0.322 0.053 0.003 0.176 29 L 0.006 0.002 0.126 0.176 0.280 0.017 0.001 0.391 30 R 0.004 0.001 0.207 0.190 0.392 0.046 0.001 0.159 31 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 32 P 0.001 0.001 0.008 0.005 0.034 0.012 0.001 0.939 33 R 0.081 0.001 0.023 0.025 0.061 0.151 0.002 0.657 34 R 0.117 0.004 0.019 0.015 0.033 0.063 0.003 0.746 35 N 0.059 0.007 0.007 0.003 0.006 0.302 0.005 0.610 36 D 0.258 0.013 0.004 0.001 0.003 0.261 0.023 0.437 37 G 0.370 0.087 0.009 0.001 0.003 0.080 0.020 0.429 38 A 0.006 0.082 0.003 0.001 0.001 0.431 0.002 0.476 39 A 0.011 0.133 0.001 0.001 0.001 0.540 0.001 0.312 40 I 0.016 0.903 0.006 0.001 0.001 0.014 0.001 0.059 41 H 0.004 0.977 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 42 Q 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 43 L 0.005 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 44 V 0.010 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 45 S 0.037 0.903 0.007 0.002 0.001 0.003 0.029 0.018 46 E 0.277 0.449 0.018 0.003 0.002 0.004 0.180 0.067 47 C 0.461 0.158 0.076 0.006 0.005 0.012 0.146 0.137 48 P 0.011 0.009 0.025 0.005 0.003 0.028 0.004 0.915 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 50 L 0.058 0.004 0.058 0.023 0.028 0.124 0.002 0.703 51 D 0.137 0.007 0.015 0.018 0.013 0.102 0.003 0.706 52 L 0.108 0.027 0.026 0.009 0.020 0.098 0.005 0.708 53 N 0.084 0.037 0.020 0.008 0.012 0.392 0.009 0.438 54 S 0.093 0.045 0.008 0.004 0.007 0.260 0.011 0.572 55 L 0.073 0.191 0.017 0.005 0.011 0.145 0.011 0.547 56 Y 0.030 0.274 0.015 0.007 0.011 0.304 0.005 0.354 57 A 0.031 0.587 0.009 0.007 0.013 0.154 0.005 0.194 58 Y 0.020 0.896 0.008 0.004 0.011 0.010 0.003 0.049 59 L 0.012 0.934 0.009 0.003 0.006 0.004 0.002 0.029 60 L 0.015 0.932 0.004 0.003 0.005 0.006 0.005 0.030 61 L 0.043 0.906 0.004 0.003 0.006 0.003 0.012 0.023 62 C 0.069 0.833 0.015 0.008 0.011 0.005 0.021 0.038 63 E 0.099 0.625 0.028 0.022 0.019 0.020 0.052 0.133 64 H 0.197 0.274 0.030 0.019 0.021 0.034 0.069 0.356 65 H 0.139 0.102 0.041 0.021 0.022 0.064 0.039 0.572 66 A 0.049 0.028 0.035 0.021 0.021 0.060 0.019 0.767 67 H 0.147 0.027 0.093 0.057 0.055 0.104 0.031 0.486 68 T 0.203 0.017 0.122 0.114 0.088 0.081 0.016 0.359 69 C 0.026 0.011 0.141 0.262 0.315 0.037 0.005 0.203 70 V 0.008 0.002 0.084 0.425 0.422 0.024 0.001 0.034 71 V 0.003 0.002 0.062 0.421 0.397 0.009 0.001 0.105 72 A 0.001 0.001 0.038 0.384 0.557 0.002 0.001 0.019 73 E 0.002 0.001 0.052 0.247 0.451 0.035 0.001 0.211 74 S 0.001 0.001 0.013 0.495 0.460 0.013 0.001 0.017 75 P 0.003 0.001 0.022 0.032 0.101 0.059 0.002 0.781 76 G 0.004 0.001 0.004 0.009 0.012 0.716 0.010 0.245 77 G 0.750 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.217 0.021 78 R 0.133 0.004 0.039 0.031 0.020 0.637 0.008 0.128 79 I 0.003 0.001 0.031 0.123 0.279 0.056 0.001 0.507 80 D 0.003 0.001 0.017 0.218 0.722 0.014 0.001 0.025 81 G 0.002 0.001 0.021 0.430 0.478 0.019 0.001 0.049 82 F 0.003 0.005 0.084 0.315 0.487 0.038 0.001 0.068 83 V 0.003 0.005 0.032 0.412 0.524 0.008 0.001 0.017 84 S 0.002 0.009 0.050 0.295 0.609 0.005 0.001 0.029 85 A 0.006 0.018 0.068 0.279 0.565 0.008 0.002 0.054 86 Y 0.028 0.019 0.065 0.204 0.458 0.025 0.010 0.193 87 L 0.034 0.019 0.047 0.155 0.351 0.038 0.010 0.346 88 L 0.038 0.013 0.051 0.107 0.197 0.084 0.012 0.499 89 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.991 90 T 0.041 0.007 0.027 0.020 0.053 0.121 0.009 0.721 91 R 0.203 0.004 0.012 0.012 0.017 0.080 0.008 0.664 92 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 93 D 0.028 0.006 0.021 0.037 0.072 0.152 0.003 0.681 94 V 0.264 0.027 0.047 0.049 0.075 0.085 0.007 0.444 95 L 0.102 0.115 0.072 0.132 0.204 0.055 0.006 0.315 96 F 0.043 0.129 0.117 0.201 0.290 0.050 0.005 0.165 97 V 0.029 0.141 0.100 0.212 0.328 0.032 0.005 0.154 98 W 0.011 0.101 0.064 0.285 0.451 0.016 0.004 0.069 99 Q 0.019 0.111 0.070 0.241 0.382 0.035 0.008 0.133 100 V 0.030 0.111 0.081 0.287 0.363 0.019 0.010 0.098 101 A 0.021 0.068 0.087 0.354 0.391 0.011 0.005 0.062 102 V 0.018 0.069 0.095 0.229 0.384 0.026 0.007 0.172 103 H 0.019 0.039 0.061 0.242 0.425 0.044 0.005 0.163 104 S 0.003 0.006 0.007 0.011 0.024 0.017 0.001 0.931 105 R 0.025 0.017 0.013 0.013 0.030 0.264 0.012 0.627 106 A 0.404 0.033 0.008 0.006 0.008 0.282 0.034 0.224 107 R 0.264 0.267 0.021 0.012 0.016 0.120 0.033 0.266 108 G 0.118 0.199 0.030 0.009 0.023 0.081 0.017 0.523 109 H 0.089 0.178 0.039 0.016 0.022 0.093 0.009 0.555 110 R 0.038 0.180 0.016 0.010 0.016 0.160 0.004 0.576 111 L 0.029 0.344 0.017 0.007 0.015 0.108 0.003 0.476 112 G 0.016 0.776 0.022 0.003 0.009 0.048 0.002 0.124 113 R 0.019 0.819 0.007 0.001 0.002 0.025 0.002 0.126 114 A 0.005 0.955 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.032 115 M 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 116 L 0.011 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 117 G 0.010 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 118 H 0.006 0.965 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.022 119 I 0.010 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 120 L 0.007 0.978 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 121 E 0.012 0.973 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 122 R 0.015 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 123 Q 0.028 0.946 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.014 124 E 0.033 0.924 0.010 0.001 0.001 0.002 0.013 0.017 125 C 0.064 0.840 0.014 0.001 0.001 0.003 0.021 0.055 126 R 0.074 0.711 0.015 0.003 0.001 0.019 0.058 0.119 127 H 0.435 0.208 0.032 0.004 0.003 0.012 0.086 0.221 128 V 0.059 0.157 0.504 0.019 0.013 0.014 0.011 0.222 129 R 0.027 0.086 0.227 0.291 0.095 0.064 0.007 0.203 130 H 0.044 0.045 0.089 0.032 0.065 0.038 0.005 0.683 131 L 0.037 0.065 0.394 0.186 0.222 0.020 0.004 0.072 132 E 0.013 0.037 0.386 0.247 0.217 0.026 0.004 0.070 133 T 0.009 0.019 0.390 0.269 0.222 0.011 0.002 0.077 134 T 0.009 0.012 0.403 0.157 0.302 0.024 0.004 0.089 135 V 0.013 0.006 0.260 0.172 0.325 0.032 0.004 0.187 136 G 0.010 0.004 0.218 0.144 0.255 0.094 0.003 0.272 137 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 138 D 0.022 0.004 0.034 0.024 0.088 0.241 0.005 0.583 139 N 0.330 0.007 0.011 0.006 0.011 0.104 0.011 0.520 140 Q 0.162 0.029 0.010 0.004 0.007 0.162 0.007 0.619 141 A 0.013 0.020 0.002 0.001 0.002 0.299 0.002 0.662 142 S 0.038 0.151 0.006 0.002 0.006 0.388 0.004 0.405 143 R 0.044 0.705 0.011 0.002 0.004 0.061 0.003 0.171 144 R 0.009 0.889 0.006 0.001 0.001 0.020 0.001 0.074 145 T 0.007 0.970 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 146 F 0.010 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 147 A 0.020 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 148 G 0.041 0.910 0.002 0.001 0.001 0.002 0.026 0.018 149 L 0.130 0.713 0.005 0.001 0.001 0.009 0.060 0.080 150 A 0.059 0.732 0.049 0.008 0.004 0.015 0.026 0.108 151 G 0.089 0.331 0.070 0.014 0.012 0.029 0.041 0.414 152 E 0.279 0.261 0.063 0.016 0.006 0.092 0.043 0.240 153 R 0.219 0.248 0.069 0.012 0.010 0.060 0.122 0.261 154 G 0.404 0.038 0.175 0.011 0.019 0.024 0.101 0.228 155 A 0.030 0.006 0.793 0.034 0.014 0.031 0.002 0.091 156 H 0.004 0.003 0.182 0.288 0.139 0.063 0.001 0.319 157 V 0.005 0.002 0.064 0.041 0.107 0.025 0.001 0.756 158 S 0.010 0.006 0.154 0.122 0.208 0.126 0.002 0.372 159 E 0.037 0.004 0.048 0.040 0.089 0.077 0.007 0.698 160 Q 0.124 0.007 0.044 0.057 0.084 0.103 0.006 0.575 161 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.991 162 F 0.021 0.005 0.021 0.079 0.204 0.118 0.004 0.548 163 F 0.112 0.010 0.023 0.047 0.089 0.098 0.005 0.616 164 D 0.081 0.032 0.026 0.081 0.135 0.077 0.007 0.561 165 R 0.125 0.062 0.043 0.094 0.163 0.071 0.010 0.433 166 Q 0.085 0.111 0.050 0.129 0.184 0.092 0.010 0.338 167 A 0.076 0.142 0.036 0.076 0.141 0.118 0.017 0.393 168 F 0.116 0.138 0.053 0.055 0.101 0.106 0.030 0.401 169 G 0.086 0.041 0.030 0.016 0.028 0.086 0.034 0.678 170 G 0.152 0.031 0.051 0.022 0.030 0.124 0.032 0.558 171 A 0.074 0.024 0.037 0.020 0.024 0.181 0.011 0.628 172 D 0.039 0.029 0.027 0.044 0.066 0.152 0.006 0.637 173 H 0.077 0.068 0.035 0.039 0.075 0.242 0.007 0.456 174 D 0.049 0.177 0.026 0.050 0.064 0.226 0.005 0.403 175 D 0.028 0.295 0.017 0.016 0.033 0.071 0.005 0.535 176 E 0.013 0.366 0.006 0.008 0.019 0.300 0.004 0.284 177 M 0.044 0.623 0.003 0.007 0.012 0.239 0.006 0.065 178 L 0.025 0.946 0.004 0.003 0.007 0.002 0.003 0.010 179 L 0.015 0.941 0.017 0.004 0.007 0.001 0.003 0.011 180 R 0.066 0.769 0.010 0.018 0.021 0.005 0.024 0.087 181 I 0.165 0.496 0.010 0.019 0.041 0.009 0.069 0.191 182 G 0.202 0.179 0.055 0.052 0.052 0.054 0.103 0.302 183 P 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 184 F 0.027 0.007 0.057 0.029 0.025 0.062 0.005 0.789 185 T 0.140 0.005 0.023 0.017 0.018 0.043 0.006 0.748 186 H 0.133 0.008 0.031 0.017 0.032 0.058 0.006 0.715 187 P 0.005 0.001 0.004 0.002 0.004 0.009 0.001 0.976 188 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 189 H 0.011 0.001 0.005 0.006 0.015 0.026 0.001 0.935