# TARGET T0417 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0417.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2010 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.314 0.193 0.217 0.123 0.064 0.024 0.026 0.008 0.021 0.008 0.002 2 N 0.221 0.147 0.207 0.219 0.058 0.044 0.056 0.013 0.025 0.007 0.003 3 A 0.291 0.177 0.242 0.128 0.055 0.030 0.037 0.009 0.023 0.005 0.002 4 M 0.244 0.242 0.289 0.112 0.033 0.028 0.022 0.003 0.021 0.002 0.002 5 R 0.178 0.244 0.367 0.060 0.047 0.043 0.022 0.003 0.029 0.004 0.002 6 K 0.321 0.190 0.313 0.079 0.035 0.026 0.011 0.002 0.017 0.003 0.003 7 D 0.286 0.153 0.273 0.096 0.057 0.051 0.030 0.012 0.029 0.009 0.003 8 E 0.526 0.111 0.182 0.102 0.023 0.026 0.012 0.003 0.012 0.003 0.002 9 T 0.390 0.191 0.174 0.153 0.033 0.020 0.015 0.002 0.020 0.002 0.001 10 S 0.395 0.153 0.167 0.162 0.040 0.018 0.032 0.008 0.018 0.005 0.002 11 N 0.223 0.145 0.204 0.206 0.071 0.043 0.064 0.016 0.017 0.006 0.004 12 T 0.148 0.251 0.244 0.259 0.034 0.023 0.018 0.003 0.017 0.001 0.002 13 S 0.008 0.202 0.396 0.004 0.057 0.021 0.008 0.001 0.299 0.005 0.001 14 P 0.369 0.004 0.556 0.016 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.038 15 D 0.394 0.106 0.149 0.206 0.031 0.031 0.040 0.029 0.012 0.002 0.001 16 I 0.263 0.362 0.207 0.092 0.038 0.011 0.007 0.001 0.018 0.001 0.001 17 S 0.200 0.342 0.288 0.069 0.030 0.035 0.011 0.002 0.019 0.001 0.002 18 V 0.162 0.453 0.182 0.104 0.036 0.029 0.013 0.001 0.019 0.001 0.002 19 A 0.100 0.377 0.278 0.107 0.050 0.035 0.017 0.002 0.030 0.001 0.002 20 Q 0.007 0.235 0.415 0.002 0.050 0.022 0.004 0.001 0.262 0.003 0.001 21 P 0.149 0.003 0.763 0.009 0.002 0.018 0.001 0.001 0.002 0.004 0.050 22 A 0.388 0.113 0.261 0.124 0.021 0.021 0.029 0.018 0.019 0.006 0.002 23 S 0.214 0.130 0.249 0.242 0.059 0.017 0.040 0.021 0.016 0.009 0.002 24 A 0.083 0.228 0.210 0.224 0.093 0.033 0.072 0.024 0.023 0.007 0.003 25 L 0.047 0.395 0.343 0.066 0.098 0.018 0.012 0.002 0.015 0.002 0.001 26 R 0.043 0.474 0.247 0.060 0.107 0.019 0.022 0.002 0.021 0.001 0.004 27 Y 0.001 0.693 0.126 0.007 0.155 0.005 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 28 H 0.002 0.737 0.164 0.003 0.042 0.027 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 29 L 0.003 0.499 0.387 0.005 0.006 0.080 0.006 0.001 0.014 0.001 0.001 30 R 0.003 0.505 0.245 0.001 0.040 0.033 0.002 0.001 0.169 0.003 0.001 31 P 0.006 0.001 0.930 0.001 0.002 0.025 0.001 0.001 0.002 0.003 0.030 32 P 0.177 0.042 0.595 0.052 0.013 0.079 0.007 0.008 0.010 0.005 0.014 33 R 0.041 0.217 0.511 0.026 0.080 0.038 0.003 0.001 0.077 0.005 0.001 34 R 0.470 0.026 0.400 0.049 0.004 0.026 0.002 0.001 0.004 0.002 0.015 35 N 0.609 0.029 0.050 0.247 0.018 0.015 0.009 0.012 0.005 0.004 0.001 36 D 0.289 0.042 0.120 0.396 0.041 0.034 0.029 0.002 0.042 0.004 0.001 37 G 0.957 0.001 0.019 0.014 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 38 A 0.978 0.004 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 A 0.989 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 I 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 H 0.996 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 Q 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 V 0.963 0.002 0.004 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 S 0.805 0.005 0.007 0.160 0.004 0.002 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 46 E 0.607 0.014 0.022 0.328 0.003 0.004 0.016 0.002 0.004 0.001 0.001 47 C 0.218 0.088 0.375 0.082 0.016 0.018 0.062 0.005 0.131 0.004 0.002 48 P 0.102 0.011 0.803 0.008 0.007 0.016 0.008 0.001 0.024 0.012 0.008 49 P 0.435 0.005 0.476 0.036 0.002 0.018 0.003 0.001 0.001 0.003 0.020 50 L 0.243 0.138 0.392 0.135 0.031 0.033 0.006 0.008 0.011 0.003 0.001 51 D 0.095 0.111 0.472 0.060 0.029 0.155 0.017 0.004 0.050 0.005 0.002 52 L 0.695 0.035 0.154 0.077 0.006 0.020 0.004 0.001 0.004 0.002 0.003 53 N 0.560 0.054 0.096 0.193 0.022 0.032 0.019 0.008 0.011 0.005 0.001 54 S 0.816 0.026 0.072 0.050 0.016 0.007 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 55 L 0.966 0.005 0.013 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 Y 0.970 0.007 0.005 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 A 0.980 0.006 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 Y 0.984 0.003 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 L 0.988 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 L 0.966 0.006 0.004 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.834 0.011 0.020 0.121 0.003 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 62 C 0.674 0.039 0.061 0.170 0.013 0.011 0.014 0.003 0.014 0.001 0.001 63 E 0.576 0.030 0.063 0.274 0.006 0.013 0.028 0.002 0.005 0.001 0.001 64 H 0.261 0.071 0.090 0.360 0.027 0.027 0.112 0.025 0.020 0.005 0.001 65 H 0.203 0.135 0.340 0.136 0.029 0.025 0.083 0.011 0.030 0.007 0.001 66 A 0.220 0.121 0.322 0.152 0.030 0.028 0.093 0.014 0.011 0.007 0.003 67 H 0.076 0.366 0.303 0.104 0.078 0.033 0.020 0.005 0.013 0.002 0.001 68 T 0.044 0.496 0.278 0.081 0.060 0.023 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 69 C 0.007 0.704 0.082 0.010 0.179 0.006 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 70 V 0.002 0.856 0.083 0.001 0.035 0.012 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 71 V 0.003 0.880 0.064 0.003 0.029 0.009 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 72 A 0.005 0.709 0.121 0.006 0.111 0.022 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 73 E 0.018 0.683 0.187 0.023 0.035 0.027 0.003 0.001 0.021 0.001 0.002 74 S 0.003 0.196 0.351 0.001 0.047 0.017 0.003 0.001 0.376 0.005 0.001 75 P 0.423 0.005 0.452 0.032 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.004 0.076 76 G 0.020 0.005 0.023 0.078 0.018 0.002 0.408 0.406 0.003 0.037 0.001 77 G 0.007 0.004 0.031 0.010 0.041 0.002 0.078 0.713 0.001 0.113 0.001 78 R 0.033 0.343 0.497 0.039 0.018 0.048 0.010 0.001 0.007 0.001 0.001 79 I 0.028 0.432 0.402 0.016 0.007 0.102 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 80 D 0.126 0.363 0.272 0.130 0.040 0.043 0.005 0.001 0.017 0.002 0.001 81 G 0.033 0.140 0.068 0.016 0.681 0.012 0.007 0.017 0.007 0.019 0.001 82 F 0.043 0.691 0.116 0.010 0.105 0.018 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 83 V 0.020 0.778 0.094 0.005 0.073 0.009 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 84 S 0.040 0.650 0.140 0.017 0.095 0.022 0.005 0.001 0.030 0.001 0.001 85 A 0.047 0.541 0.152 0.046 0.162 0.020 0.010 0.002 0.018 0.001 0.001 86 Y 0.063 0.607 0.159 0.030 0.067 0.031 0.014 0.001 0.027 0.001 0.001 87 L 0.085 0.373 0.385 0.035 0.024 0.057 0.013 0.001 0.026 0.001 0.002 88 L 0.032 0.318 0.371 0.007 0.031 0.042 0.010 0.001 0.184 0.003 0.001 89 P 0.418 0.007 0.457 0.035 0.007 0.014 0.003 0.001 0.002 0.008 0.048 90 T 0.195 0.107 0.201 0.355 0.028 0.038 0.036 0.017 0.018 0.003 0.002 91 R 0.036 0.174 0.409 0.014 0.055 0.020 0.012 0.001 0.271 0.007 0.001 92 P 0.483 0.003 0.462 0.016 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 93 D 0.598 0.058 0.096 0.133 0.014 0.021 0.051 0.020 0.006 0.001 0.001 94 V 0.273 0.361 0.213 0.088 0.032 0.013 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 95 L 0.320 0.302 0.240 0.060 0.020 0.036 0.010 0.001 0.009 0.001 0.001 96 F 0.126 0.557 0.110 0.041 0.105 0.026 0.012 0.001 0.021 0.001 0.001 97 V 0.156 0.522 0.228 0.015 0.014 0.050 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 98 W 0.328 0.253 0.091 0.235 0.060 0.016 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 99 Q 0.078 0.494 0.138 0.027 0.197 0.015 0.020 0.002 0.029 0.001 0.001 100 V 0.129 0.730 0.071 0.008 0.011 0.031 0.010 0.001 0.009 0.001 0.001 101 A 0.063 0.465 0.298 0.014 0.101 0.041 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 102 V 0.118 0.474 0.185 0.049 0.013 0.120 0.004 0.001 0.037 0.001 0.001 103 H 0.051 0.173 0.386 0.008 0.050 0.092 0.008 0.001 0.225 0.006 0.001 104 S 0.908 0.001 0.065 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 105 R 0.727 0.013 0.022 0.219 0.003 0.003 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 106 A 0.566 0.047 0.050 0.256 0.018 0.012 0.030 0.005 0.013 0.002 0.001 107 R 0.418 0.085 0.161 0.204 0.025 0.006 0.070 0.004 0.020 0.004 0.001 108 G 0.126 0.008 0.063 0.026 0.052 0.023 0.038 0.310 0.004 0.348 0.002 109 H 0.519 0.026 0.089 0.332 0.010 0.008 0.008 0.003 0.003 0.002 0.001 110 R 0.686 0.017 0.068 0.038 0.031 0.014 0.044 0.067 0.005 0.029 0.001 111 L 0.955 0.011 0.016 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 G 0.989 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 H 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 E 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 R 0.977 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 Q 0.956 0.003 0.009 0.026 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 124 E 0.968 0.002 0.005 0.021 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 125 C 0.798 0.006 0.011 0.176 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 126 R 0.382 0.010 0.025 0.504 0.004 0.003 0.061 0.007 0.003 0.001 0.001 127 H 0.031 0.009 0.020 0.051 0.022 0.008 0.691 0.152 0.005 0.011 0.001 128 V 0.112 0.149 0.650 0.038 0.005 0.036 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 129 R 0.300 0.214 0.250 0.191 0.009 0.021 0.008 0.001 0.005 0.001 0.001 130 H 0.049 0.604 0.089 0.041 0.169 0.025 0.007 0.001 0.015 0.001 0.001 131 L 0.037 0.754 0.122 0.008 0.049 0.019 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 132 E 0.104 0.592 0.202 0.018 0.038 0.028 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 133 T 0.057 0.664 0.091 0.034 0.113 0.014 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 134 T 0.038 0.629 0.155 0.027 0.090 0.031 0.006 0.001 0.022 0.001 0.001 135 V 0.053 0.578 0.231 0.045 0.014 0.037 0.009 0.001 0.033 0.001 0.001 136 G 0.013 0.099 0.485 0.003 0.097 0.060 0.009 0.001 0.179 0.053 0.001 137 P 0.571 0.002 0.347 0.035 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.033 138 D 0.309 0.015 0.046 0.498 0.017 0.018 0.036 0.051 0.004 0.005 0.001 139 N 0.352 0.026 0.096 0.383 0.036 0.023 0.044 0.016 0.016 0.009 0.001 140 Q 0.926 0.006 0.036 0.024 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 141 A 0.960 0.008 0.011 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 S 0.993 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 F 0.993 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 A 0.981 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 G 0.946 0.001 0.002 0.039 0.002 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 149 L 0.683 0.008 0.022 0.274 0.001 0.004 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 150 A 0.606 0.015 0.066 0.179 0.005 0.007 0.100 0.008 0.009 0.004 0.001 151 G 0.234 0.008 0.046 0.065 0.048 0.006 0.058 0.309 0.002 0.222 0.002 152 E 0.428 0.070 0.139 0.311 0.009 0.020 0.006 0.004 0.009 0.001 0.002 153 R 0.099 0.110 0.105 0.599 0.018 0.007 0.044 0.001 0.015 0.001 0.001 154 G 0.033 0.042 0.075 0.019 0.197 0.010 0.185 0.335 0.008 0.096 0.001 155 A 0.022 0.448 0.328 0.023 0.145 0.018 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 156 H 0.008 0.594 0.281 0.009 0.049 0.034 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 157 V 0.025 0.654 0.215 0.011 0.016 0.041 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 158 S 0.114 0.409 0.240 0.082 0.060 0.035 0.028 0.002 0.021 0.004 0.003 159 E 0.072 0.220 0.219 0.082 0.095 0.058 0.185 0.035 0.021 0.010 0.003 160 Q 0.018 0.543 0.275 0.004 0.086 0.011 0.003 0.001 0.057 0.002 0.001 161 P 0.068 0.022 0.781 0.008 0.006 0.080 0.002 0.001 0.004 0.004 0.025 162 F 0.197 0.339 0.230 0.085 0.056 0.048 0.007 0.004 0.032 0.002 0.001 163 F 0.396 0.220 0.239 0.067 0.030 0.017 0.008 0.002 0.016 0.003 0.002 164 D 0.332 0.126 0.127 0.210 0.092 0.031 0.040 0.017 0.016 0.007 0.002 165 R 0.217 0.252 0.169 0.159 0.106 0.031 0.028 0.007 0.028 0.002 0.002 166 Q 0.133 0.459 0.278 0.036 0.037 0.020 0.006 0.001 0.029 0.001 0.001 167 A 0.261 0.247 0.344 0.046 0.020 0.039 0.009 0.001 0.024 0.003 0.005 168 F 0.210 0.172 0.203 0.290 0.023 0.019 0.040 0.003 0.034 0.003 0.004 169 G 0.022 0.008 0.055 0.030 0.058 0.005 0.192 0.366 0.006 0.256 0.002 170 G 0.032 0.014 0.109 0.023 0.068 0.011 0.076 0.399 0.005 0.262 0.003 171 A 0.236 0.164 0.465 0.068 0.025 0.018 0.006 0.003 0.005 0.005 0.004 172 D 0.279 0.117 0.270 0.148 0.049 0.091 0.020 0.007 0.010 0.005 0.002 173 H 0.528 0.151 0.134 0.107 0.038 0.024 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 174 D 0.730 0.063 0.119 0.034 0.010 0.026 0.004 0.001 0.011 0.002 0.001 175 D 0.966 0.005 0.009 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 176 E 0.978 0.009 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 177 M 0.967 0.012 0.005 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 178 L 0.871 0.033 0.029 0.047 0.007 0.005 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 179 L 0.798 0.081 0.043 0.045 0.005 0.010 0.010 0.001 0.008 0.001 0.001 180 R 0.669 0.109 0.098 0.054 0.015 0.020 0.014 0.001 0.020 0.001 0.001 181 I 0.394 0.077 0.179 0.295 0.006 0.014 0.016 0.001 0.017 0.001 0.002 182 G 0.049 0.031 0.331 0.015 0.133 0.026 0.049 0.038 0.108 0.219 0.002 183 P 0.518 0.005 0.375 0.044 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.004 0.041 184 F 0.283 0.112 0.206 0.250 0.033 0.025 0.038 0.023 0.022 0.004 0.004 185 T 0.150 0.165 0.311 0.224 0.028 0.035 0.044 0.005 0.028 0.002 0.007 186 H 0.023 0.213 0.553 0.016 0.038 0.026 0.012 0.001 0.109 0.006 0.002 187 P 0.015 0.010 0.906 0.002 0.005 0.024 0.001 0.001 0.019 0.009 0.009 188 P 0.300 0.006 0.608 0.031 0.002 0.018 0.001 0.001 0.002 0.003 0.029 189 H 0.174 0.125 0.325 0.132 0.053 0.043 0.055 0.050 0.030 0.011 0.002