# TARGET T0417 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0417.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2010 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.087 0.162 0.057 0.023 0.163 0.033 0.063 0.180 0.113 0.081 0.038 2 N 0.099 0.125 0.063 0.033 0.149 0.035 0.051 0.137 0.103 0.143 0.061 3 A 0.101 0.161 0.056 0.022 0.187 0.020 0.042 0.140 0.108 0.112 0.050 4 M 0.100 0.184 0.075 0.023 0.185 0.023 0.042 0.127 0.086 0.103 0.053 5 R 0.104 0.228 0.096 0.023 0.198 0.019 0.036 0.105 0.062 0.075 0.054 6 K 0.079 0.217 0.091 0.027 0.167 0.028 0.048 0.135 0.081 0.084 0.043 7 D 0.088 0.199 0.093 0.023 0.182 0.020 0.036 0.156 0.085 0.076 0.043 8 E 0.074 0.117 0.044 0.014 0.126 0.019 0.047 0.231 0.166 0.121 0.040 9 T 0.088 0.154 0.058 0.020 0.147 0.023 0.041 0.195 0.125 0.107 0.042 10 S 0.076 0.116 0.042 0.024 0.123 0.038 0.055 0.226 0.151 0.107 0.044 11 N 0.087 0.102 0.047 0.023 0.149 0.025 0.066 0.188 0.113 0.156 0.044 12 T 0.083 0.167 0.089 0.029 0.138 0.024 0.056 0.104 0.071 0.181 0.058 13 S 0.079 0.349 0.207 0.018 0.207 0.008 0.009 0.037 0.022 0.024 0.040 14 P 0.046 0.261 0.059 0.013 0.116 0.022 0.066 0.233 0.125 0.038 0.020 15 D 0.107 0.085 0.030 0.008 0.131 0.016 0.040 0.163 0.139 0.213 0.068 16 I 0.098 0.230 0.018 0.006 0.293 0.012 0.027 0.145 0.101 0.044 0.025 17 S 0.142 0.080 0.024 0.012 0.232 0.028 0.052 0.181 0.105 0.103 0.043 18 V 0.162 0.100 0.025 0.011 0.273 0.017 0.041 0.117 0.090 0.110 0.055 19 A 0.111 0.170 0.067 0.032 0.243 0.029 0.053 0.077 0.050 0.110 0.059 20 Q 0.072 0.289 0.302 0.026 0.184 0.007 0.012 0.029 0.018 0.024 0.037 21 P 0.092 0.234 0.100 0.015 0.192 0.015 0.038 0.130 0.105 0.044 0.035 22 A 0.064 0.126 0.053 0.023 0.097 0.036 0.083 0.206 0.192 0.088 0.030 23 S 0.058 0.096 0.053 0.033 0.092 0.041 0.098 0.162 0.152 0.167 0.047 24 A 0.173 0.077 0.038 0.022 0.162 0.022 0.044 0.080 0.078 0.216 0.088 25 L 0.116 0.268 0.054 0.030 0.286 0.044 0.044 0.043 0.037 0.045 0.033 26 R 0.278 0.095 0.015 0.009 0.485 0.011 0.015 0.014 0.013 0.026 0.039 27 Y 0.296 0.096 0.006 0.003 0.551 0.004 0.006 0.005 0.004 0.008 0.021 28 H 0.160 0.135 0.024 0.002 0.630 0.004 0.005 0.002 0.002 0.003 0.033 29 L 0.299 0.164 0.034 0.006 0.408 0.004 0.004 0.004 0.005 0.012 0.062 30 R 0.056 0.407 0.258 0.033 0.168 0.012 0.016 0.005 0.009 0.009 0.027 31 P 0.059 0.410 0.306 0.008 0.165 0.003 0.007 0.007 0.009 0.006 0.019 32 P 0.060 0.342 0.129 0.019 0.138 0.016 0.079 0.068 0.088 0.034 0.026 33 R 0.045 0.338 0.277 0.015 0.151 0.012 0.030 0.033 0.033 0.028 0.039 34 R 0.066 0.129 0.038 0.015 0.094 0.019 0.052 0.212 0.205 0.123 0.046 35 N 0.016 0.063 0.103 0.044 0.039 0.106 0.109 0.205 0.140 0.151 0.025 36 D 0.112 0.259 0.074 0.008 0.147 0.007 0.012 0.134 0.044 0.168 0.035 37 G 0.006 0.010 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 0.565 0.347 0.049 0.008 38 A 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.876 0.102 0.005 0.001 39 A 0.002 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.905 0.057 0.018 0.001 40 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.937 0.045 0.011 0.001 41 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.902 0.087 0.002 0.001 42 Q 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.947 0.026 0.004 0.001 43 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.867 0.078 0.035 0.001 44 V 0.008 0.009 0.003 0.002 0.009 0.005 0.019 0.661 0.260 0.018 0.006 45 S 0.002 0.009 0.004 0.003 0.007 0.018 0.076 0.589 0.219 0.070 0.003 46 E 0.021 0.067 0.053 0.007 0.043 0.017 0.150 0.208 0.137 0.284 0.013 47 C 0.072 0.303 0.184 0.035 0.130 0.010 0.031 0.040 0.051 0.085 0.059 48 P 0.029 0.294 0.334 0.050 0.063 0.017 0.050 0.057 0.049 0.030 0.026 49 P 0.076 0.284 0.131 0.010 0.166 0.008 0.033 0.094 0.076 0.076 0.046 50 L 0.038 0.240 0.056 0.016 0.125 0.038 0.113 0.152 0.128 0.068 0.025 51 D 0.120 0.205 0.108 0.012 0.261 0.010 0.022 0.109 0.054 0.053 0.046 52 L 0.024 0.036 0.013 0.004 0.038 0.008 0.020 0.369 0.356 0.114 0.019 53 N 0.023 0.070 0.035 0.012 0.041 0.025 0.040 0.441 0.151 0.142 0.020 54 S 0.036 0.084 0.024 0.005 0.057 0.005 0.011 0.570 0.107 0.081 0.019 55 L 0.006 0.013 0.005 0.001 0.009 0.002 0.006 0.823 0.113 0.018 0.004 56 Y 0.003 0.005 0.002 0.001 0.003 0.002 0.005 0.893 0.075 0.010 0.002 57 A 0.003 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.005 0.914 0.054 0.012 0.001 58 Y 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.909 0.060 0.013 0.001 59 L 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.900 0.070 0.006 0.001 60 L 0.004 0.005 0.002 0.001 0.005 0.002 0.022 0.866 0.078 0.015 0.001 61 L 0.012 0.009 0.004 0.002 0.014 0.006 0.034 0.685 0.147 0.081 0.006 62 C 0.030 0.039 0.017 0.006 0.052 0.015 0.050 0.494 0.195 0.085 0.017 63 E 0.024 0.048 0.032 0.014 0.041 0.033 0.168 0.364 0.158 0.098 0.018 64 H 0.092 0.122 0.096 0.024 0.131 0.023 0.059 0.104 0.082 0.210 0.058 65 H 0.129 0.142 0.056 0.026 0.161 0.021 0.039 0.108 0.144 0.116 0.056 66 A 0.097 0.069 0.039 0.032 0.100 0.056 0.096 0.129 0.169 0.152 0.062 67 H 0.149 0.156 0.042 0.026 0.284 0.034 0.084 0.050 0.040 0.091 0.046 68 T 0.350 0.080 0.010 0.008 0.419 0.015 0.015 0.010 0.007 0.039 0.046 69 C 0.149 0.115 0.005 0.002 0.702 0.005 0.005 0.003 0.002 0.002 0.010 70 V 0.285 0.044 0.004 0.001 0.648 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 71 V 0.260 0.126 0.019 0.002 0.530 0.002 0.003 0.003 0.002 0.003 0.050 72 A 0.207 0.172 0.033 0.001 0.495 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.083 73 E 0.188 0.255 0.040 0.033 0.280 0.026 0.027 0.021 0.017 0.064 0.051 74 S 0.005 0.091 0.739 0.136 0.013 0.004 0.003 0.004 0.003 0.001 0.002 75 P 0.005 0.012 0.011 0.035 0.008 0.095 0.264 0.432 0.119 0.014 0.005 76 G 0.003 0.296 0.253 0.143 0.010 0.049 0.129 0.037 0.031 0.041 0.008 77 G 0.018 0.008 0.013 0.018 0.006 0.004 0.003 0.006 0.010 0.605 0.309 78 R 0.045 0.506 0.034 0.002 0.360 0.004 0.007 0.013 0.009 0.010 0.012 79 I 0.450 0.052 0.006 0.002 0.426 0.004 0.006 0.011 0.006 0.009 0.027 80 D 0.187 0.092 0.051 0.104 0.229 0.113 0.075 0.034 0.023 0.041 0.051 81 G 0.155 0.106 0.087 0.108 0.369 0.039 0.013 0.025 0.015 0.032 0.051 82 F 0.263 0.091 0.004 0.004 0.556 0.005 0.010 0.027 0.012 0.011 0.018 83 V 0.248 0.086 0.016 0.004 0.564 0.005 0.010 0.013 0.005 0.007 0.043 84 S 0.342 0.088 0.017 0.005 0.453 0.005 0.007 0.016 0.006 0.006 0.055 85 A 0.290 0.102 0.021 0.020 0.317 0.028 0.053 0.052 0.030 0.035 0.052 86 Y 0.214 0.174 0.046 0.013 0.373 0.012 0.031 0.036 0.026 0.027 0.047 87 L 0.167 0.219 0.090 0.018 0.260 0.014 0.025 0.035 0.033 0.053 0.087 88 L 0.060 0.382 0.208 0.028 0.176 0.014 0.018 0.028 0.028 0.020 0.039 89 P 0.063 0.180 0.088 0.041 0.103 0.040 0.115 0.132 0.130 0.075 0.034 90 T 0.036 0.161 0.160 0.074 0.071 0.038 0.102 0.097 0.097 0.133 0.031 91 R 0.077 0.218 0.224 0.066 0.131 0.015 0.021 0.061 0.066 0.076 0.044 92 P 0.051 0.175 0.073 0.024 0.119 0.032 0.064 0.203 0.188 0.047 0.025 93 D 0.073 0.100 0.039 0.020 0.117 0.035 0.082 0.193 0.143 0.146 0.052 94 V 0.170 0.130 0.017 0.007 0.331 0.009 0.018 0.104 0.072 0.089 0.054 95 L 0.175 0.166 0.016 0.007 0.423 0.012 0.025 0.093 0.031 0.024 0.027 96 F 0.257 0.099 0.018 0.005 0.477 0.006 0.014 0.054 0.015 0.015 0.040 97 V 0.392 0.064 0.009 0.009 0.345 0.011 0.016 0.057 0.021 0.024 0.051 98 W 0.134 0.157 0.042 0.023 0.382 0.042 0.062 0.081 0.028 0.017 0.033 99 Q 0.329 0.058 0.011 0.008 0.443 0.007 0.013 0.045 0.021 0.024 0.041 100 V 0.225 0.128 0.010 0.005 0.481 0.009 0.031 0.052 0.017 0.012 0.029 101 A 0.218 0.137 0.027 0.001 0.543 0.002 0.006 0.016 0.003 0.004 0.044 102 V 0.208 0.315 0.063 0.009 0.202 0.009 0.015 0.035 0.011 0.041 0.093 103 H 0.044 0.485 0.171 0.006 0.237 0.004 0.003 0.022 0.006 0.003 0.018 104 S 0.011 0.025 0.006 0.002 0.018 0.006 0.014 0.562 0.339 0.013 0.004 105 R 0.005 0.008 0.009 0.002 0.009 0.006 0.094 0.614 0.207 0.041 0.004 106 A 0.057 0.039 0.019 0.010 0.050 0.018 0.061 0.428 0.110 0.181 0.028 107 R 0.017 0.145 0.107 0.066 0.031 0.076 0.100 0.247 0.077 0.099 0.035 108 G 0.018 0.045 0.066 0.104 0.017 0.041 0.022 0.191 0.075 0.331 0.089 109 H 0.017 0.153 0.095 0.028 0.045 0.017 0.027 0.423 0.093 0.083 0.019 110 R 0.024 0.046 0.056 0.022 0.028 0.020 0.017 0.599 0.082 0.078 0.029 111 L 0.014 0.039 0.019 0.004 0.013 0.005 0.008 0.729 0.110 0.049 0.008 112 G 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.945 0.040 0.004 0.001 113 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.032 0.001 0.001 114 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.008 0.001 0.001 115 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.017 0.004 0.001 116 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.028 0.001 0.001 117 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.012 0.001 0.001 118 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.989 0.007 0.001 0.001 119 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.032 0.004 0.001 120 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.041 0.001 0.001 121 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.984 0.012 0.001 0.001 122 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.969 0.021 0.002 0.001 123 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.925 0.061 0.004 0.001 124 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.853 0.112 0.017 0.001 125 C 0.004 0.006 0.005 0.002 0.005 0.004 0.101 0.777 0.069 0.024 0.002 126 R 0.006 0.538 0.202 0.023 0.027 0.018 0.072 0.068 0.025 0.016 0.006 127 H 0.044 0.009 0.010 0.013 0.012 0.009 0.009 0.035 0.032 0.512 0.316 128 V 0.132 0.274 0.027 0.007 0.343 0.008 0.012 0.068 0.057 0.040 0.032 129 R 0.124 0.128 0.031 0.020 0.259 0.058 0.161 0.121 0.047 0.026 0.025 130 H 0.407 0.056 0.015 0.011 0.353 0.011 0.021 0.023 0.015 0.036 0.052 131 L 0.227 0.116 0.007 0.005 0.588 0.008 0.010 0.011 0.006 0.006 0.015 132 E 0.258 0.078 0.016 0.003 0.579 0.006 0.005 0.007 0.004 0.005 0.038 133 T 0.286 0.107 0.011 0.003 0.517 0.004 0.005 0.008 0.005 0.007 0.047 134 T 0.236 0.173 0.030 0.002 0.464 0.004 0.012 0.011 0.005 0.010 0.053 135 V 0.135 0.344 0.102 0.009 0.264 0.007 0.011 0.018 0.009 0.021 0.080 136 G 0.028 0.368 0.425 0.033 0.080 0.006 0.006 0.021 0.010 0.006 0.018 137 P 0.015 0.063 0.032 0.014 0.023 0.041 0.146 0.468 0.152 0.034 0.012 138 D 0.017 0.136 0.085 0.020 0.029 0.032 0.060 0.252 0.125 0.219 0.025 139 N 0.032 0.090 0.040 0.014 0.058 0.010 0.013 0.482 0.106 0.120 0.035 140 Q 0.003 0.022 0.007 0.002 0.007 0.003 0.005 0.802 0.129 0.017 0.003 141 A 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.878 0.091 0.015 0.001 142 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.036 0.005 0.001 143 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.043 0.002 0.001 144 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.984 0.011 0.001 0.001 145 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.945 0.042 0.008 0.001 146 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.845 0.138 0.011 0.001 147 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.853 0.119 0.010 0.001 148 G 0.003 0.007 0.006 0.001 0.004 0.002 0.056 0.813 0.072 0.035 0.001 149 L 0.024 0.021 0.010 0.004 0.021 0.005 0.048 0.688 0.085 0.084 0.010 150 A 0.033 0.155 0.037 0.013 0.099 0.014 0.042 0.480 0.080 0.034 0.013 151 G 0.020 0.016 0.033 0.011 0.017 0.016 0.043 0.632 0.112 0.068 0.034 152 E 0.024 0.045 0.038 0.015 0.034 0.034 0.117 0.559 0.073 0.045 0.015 153 R 0.012 0.611 0.155 0.047 0.036 0.027 0.039 0.029 0.014 0.018 0.012 154 G 0.031 0.016 0.021 0.063 0.015 0.019 0.010 0.025 0.026 0.460 0.314 155 A 0.093 0.373 0.086 0.011 0.285 0.009 0.013 0.034 0.026 0.038 0.033 156 H 0.204 0.228 0.056 0.009 0.357 0.013 0.018 0.028 0.019 0.020 0.048 157 V 0.203 0.153 0.082 0.031 0.225 0.046 0.038 0.048 0.049 0.057 0.069 158 S 0.098 0.238 0.090 0.051 0.242 0.043 0.050 0.066 0.043 0.047 0.031 159 E 0.119 0.109 0.096 0.067 0.129 0.038 0.047 0.065 0.058 0.189 0.083 160 Q 0.063 0.383 0.174 0.019 0.238 0.008 0.012 0.028 0.019 0.023 0.033 161 P 0.125 0.282 0.089 0.017 0.244 0.015 0.025 0.078 0.045 0.035 0.044 162 F 0.134 0.176 0.072 0.017 0.205 0.024 0.045 0.130 0.087 0.058 0.051 163 F 0.121 0.141 0.060 0.023 0.175 0.041 0.059 0.179 0.090 0.070 0.040 164 D 0.118 0.123 0.055 0.018 0.179 0.026 0.045 0.210 0.092 0.087 0.047 165 R 0.098 0.116 0.032 0.011 0.206 0.016 0.035 0.225 0.120 0.095 0.047 166 Q 0.127 0.159 0.073 0.013 0.252 0.013 0.032 0.166 0.061 0.056 0.047 167 A 0.146 0.094 0.072 0.031 0.135 0.037 0.053 0.225 0.061 0.072 0.073 168 F 0.020 0.168 0.117 0.147 0.046 0.148 0.108 0.126 0.047 0.055 0.020 169 G 0.010 0.078 0.101 0.422 0.016 0.072 0.064 0.056 0.031 0.115 0.036 170 G 0.026 0.052 0.130 0.105 0.023 0.015 0.009 0.046 0.050 0.450 0.093 171 A 0.065 0.288 0.078 0.008 0.192 0.017 0.049 0.119 0.089 0.052 0.042 172 D 0.127 0.208 0.068 0.013 0.172 0.018 0.027 0.129 0.056 0.098 0.083 173 H 0.042 0.217 0.078 0.023 0.110 0.037 0.044 0.215 0.099 0.109 0.028 174 D 0.144 0.161 0.049 0.007 0.233 0.008 0.009 0.243 0.051 0.068 0.028 175 D 0.009 0.016 0.005 0.001 0.017 0.002 0.004 0.647 0.269 0.027 0.005 176 E 0.004 0.005 0.002 0.001 0.004 0.002 0.012 0.866 0.092 0.010 0.002 177 M 0.006 0.009 0.003 0.001 0.007 0.003 0.011 0.810 0.113 0.032 0.004 178 L 0.011 0.007 0.002 0.002 0.015 0.008 0.016 0.659 0.188 0.083 0.006 179 L 0.013 0.024 0.009 0.004 0.032 0.014 0.054 0.555 0.211 0.077 0.007 180 R 0.056 0.081 0.057 0.008 0.127 0.013 0.110 0.332 0.097 0.094 0.025 181 I 0.105 0.175 0.081 0.017 0.137 0.019 0.080 0.135 0.076 0.134 0.039 182 G 0.078 0.237 0.239 0.070 0.120 0.018 0.023 0.036 0.044 0.074 0.061 183 P 0.072 0.197 0.102 0.043 0.112 0.028 0.066 0.133 0.137 0.073 0.038 184 F 0.038 0.156 0.067 0.026 0.094 0.034 0.120 0.149 0.179 0.108 0.029 185 T 0.059 0.143 0.099 0.052 0.111 0.024 0.073 0.080 0.106 0.204 0.049 186 H 0.043 0.262 0.346 0.067 0.104 0.009 0.023 0.029 0.034 0.056 0.026 187 P 0.027 0.322 0.434 0.038 0.079 0.007 0.014 0.023 0.025 0.015 0.015 188 P 0.036 0.280 0.146 0.033 0.093 0.028 0.100 0.128 0.100 0.036 0.020 189 H 0.061 0.145 0.093 0.028 0.104 0.028 0.066 0.143 0.130 0.148 0.051