# TARGET T0417 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0417.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2010 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.683 0.177 0.090 0.035 0.011 0.004 0.001 2 N 0.643 0.195 0.106 0.038 0.014 0.005 0.001 3 A 0.452 0.246 0.153 0.093 0.040 0.014 0.001 4 M 0.373 0.241 0.176 0.124 0.062 0.022 0.002 5 R 0.381 0.243 0.163 0.132 0.060 0.020 0.002 6 K 0.458 0.245 0.146 0.096 0.041 0.013 0.001 7 D 0.470 0.235 0.139 0.096 0.044 0.015 0.002 8 E 0.490 0.224 0.139 0.092 0.039 0.014 0.002 9 T 0.445 0.229 0.152 0.104 0.049 0.019 0.002 10 S 0.411 0.241 0.156 0.111 0.055 0.024 0.003 11 N 0.359 0.230 0.168 0.131 0.073 0.034 0.005 12 T 0.336 0.226 0.173 0.138 0.082 0.039 0.006 13 S 0.279 0.215 0.175 0.165 0.103 0.053 0.010 14 P 0.281 0.201 0.162 0.157 0.115 0.069 0.016 15 D 0.300 0.236 0.182 0.150 0.081 0.042 0.010 16 I 0.236 0.208 0.189 0.179 0.117 0.058 0.013 17 S 0.198 0.190 0.185 0.187 0.141 0.084 0.015 18 V 0.173 0.148 0.170 0.201 0.186 0.109 0.013 19 A 0.245 0.222 0.203 0.179 0.104 0.043 0.005 20 Q 0.362 0.291 0.178 0.109 0.043 0.015 0.002 21 P 0.331 0.237 0.195 0.134 0.079 0.022 0.002 22 A 0.525 0.278 0.110 0.067 0.016 0.004 0.001 23 S 0.600 0.246 0.097 0.038 0.015 0.003 0.001 24 A 0.294 0.341 0.188 0.117 0.042 0.017 0.001 25 L 0.062 0.111 0.177 0.265 0.283 0.094 0.008 26 R 0.098 0.293 0.279 0.233 0.066 0.026 0.005 27 Y 0.019 0.046 0.101 0.190 0.346 0.269 0.029 28 H 0.020 0.084 0.196 0.321 0.240 0.119 0.020 29 L 0.007 0.010 0.028 0.075 0.284 0.488 0.108 30 R 0.029 0.132 0.218 0.292 0.205 0.110 0.015 31 P 0.076 0.259 0.291 0.215 0.100 0.051 0.008 32 P 0.020 0.042 0.083 0.256 0.362 0.214 0.023 33 R 0.116 0.285 0.264 0.213 0.082 0.036 0.003 34 R 0.213 0.309 0.221 0.173 0.068 0.016 0.001 35 N 0.352 0.354 0.188 0.076 0.022 0.007 0.001 36 D 0.062 0.108 0.160 0.238 0.293 0.127 0.010 37 G 0.063 0.161 0.268 0.312 0.138 0.053 0.005 38 A 0.325 0.357 0.219 0.069 0.021 0.007 0.001 39 A 0.026 0.130 0.262 0.325 0.205 0.047 0.005 40 I 0.005 0.009 0.021 0.067 0.264 0.538 0.095 41 H 0.017 0.089 0.189 0.283 0.274 0.128 0.020 42 Q 0.047 0.255 0.296 0.275 0.090 0.029 0.007 43 L 0.008 0.021 0.051 0.144 0.368 0.357 0.051 44 V 0.021 0.060 0.113 0.243 0.302 0.218 0.044 45 S 0.135 0.308 0.241 0.189 0.086 0.035 0.006 46 E 0.162 0.274 0.246 0.184 0.098 0.031 0.004 47 C 0.093 0.117 0.159 0.247 0.226 0.141 0.016 48 P 0.263 0.276 0.207 0.154 0.070 0.028 0.004 49 P 0.384 0.300 0.171 0.087 0.041 0.016 0.002 50 L 0.219 0.175 0.178 0.222 0.142 0.058 0.007 51 D 0.407 0.295 0.157 0.088 0.034 0.015 0.003 52 L 0.272 0.202 0.171 0.176 0.121 0.052 0.007 53 N 0.309 0.204 0.174 0.155 0.096 0.052 0.011 54 S 0.294 0.250 0.186 0.138 0.075 0.045 0.012 55 L 0.172 0.163 0.178 0.194 0.157 0.108 0.029 56 Y 0.135 0.154 0.173 0.196 0.170 0.132 0.039 57 A 0.108 0.123 0.143 0.178 0.188 0.180 0.081 58 Y 0.075 0.080 0.101 0.155 0.212 0.263 0.115 59 L 0.092 0.123 0.168 0.203 0.189 0.155 0.070 60 L 0.097 0.133 0.167 0.199 0.185 0.164 0.055 61 L 0.094 0.097 0.143 0.192 0.234 0.191 0.048 62 C 0.108 0.105 0.131 0.201 0.235 0.180 0.040 63 E 0.264 0.279 0.222 0.133 0.065 0.030 0.006 64 H 0.258 0.268 0.182 0.148 0.090 0.045 0.009 65 H 0.167 0.216 0.205 0.205 0.121 0.068 0.018 66 A 0.141 0.228 0.232 0.185 0.119 0.076 0.020 67 H 0.026 0.080 0.146 0.228 0.279 0.197 0.045 68 T 0.007 0.022 0.055 0.131 0.278 0.360 0.146 69 C 0.002 0.006 0.019 0.040 0.130 0.464 0.339 70 V 0.003 0.008 0.018 0.043 0.109 0.433 0.386 71 V 0.002 0.004 0.011 0.028 0.093 0.456 0.407 72 A 0.002 0.004 0.013 0.055 0.208 0.530 0.189 73 E 0.014 0.093 0.231 0.319 0.202 0.124 0.018 74 S 0.034 0.127 0.240 0.321 0.199 0.072 0.006 75 P 0.356 0.396 0.152 0.069 0.023 0.005 0.001 76 G 0.443 0.346 0.113 0.078 0.015 0.004 0.001 77 G 0.223 0.208 0.347 0.124 0.081 0.017 0.001 78 R 0.050 0.230 0.296 0.271 0.113 0.036 0.003 79 I 0.003 0.010 0.032 0.082 0.280 0.485 0.107 80 D 0.006 0.018 0.042 0.091 0.160 0.441 0.243 81 G 0.002 0.005 0.009 0.031 0.095 0.364 0.496 82 F 0.002 0.004 0.009 0.023 0.069 0.231 0.664 83 V 0.001 0.001 0.002 0.006 0.024 0.204 0.762 84 S 0.003 0.008 0.015 0.052 0.121 0.275 0.525 85 A 0.005 0.010 0.018 0.041 0.116 0.346 0.464 86 Y 0.017 0.041 0.083 0.161 0.219 0.296 0.184 87 L 0.025 0.044 0.090 0.172 0.273 0.298 0.098 88 L 0.067 0.100 0.147 0.207 0.251 0.189 0.038 89 P 0.230 0.225 0.215 0.173 0.097 0.049 0.010 90 T 0.488 0.279 0.130 0.064 0.026 0.010 0.002 91 R 0.324 0.224 0.167 0.153 0.089 0.038 0.006 92 P 0.408 0.230 0.161 0.114 0.054 0.027 0.005 93 D 0.360 0.262 0.168 0.114 0.059 0.031 0.007 94 V 0.100 0.140 0.181 0.226 0.193 0.129 0.031 95 L 0.036 0.068 0.110 0.160 0.254 0.291 0.081 96 F 0.021 0.044 0.077 0.148 0.215 0.296 0.199 97 V 0.011 0.020 0.038 0.068 0.143 0.346 0.374 98 W 0.003 0.009 0.017 0.048 0.136 0.381 0.405 99 Q 0.006 0.015 0.042 0.093 0.183 0.298 0.363 100 V 0.002 0.004 0.009 0.016 0.058 0.405 0.506 101 A 0.006 0.015 0.051 0.137 0.244 0.366 0.181 102 V 0.006 0.010 0.029 0.088 0.310 0.414 0.143 103 H 0.029 0.103 0.216 0.288 0.228 0.117 0.020 104 S 0.335 0.326 0.214 0.082 0.028 0.013 0.002 105 R 0.270 0.371 0.204 0.108 0.035 0.012 0.001 106 A 0.065 0.106 0.178 0.276 0.276 0.095 0.004 107 R 0.087 0.209 0.236 0.248 0.157 0.058 0.004 108 G 0.197 0.294 0.244 0.168 0.070 0.025 0.002 109 H 0.177 0.298 0.231 0.190 0.081 0.021 0.002 110 R 0.098 0.244 0.315 0.198 0.107 0.035 0.003 111 L 0.009 0.021 0.048 0.135 0.310 0.391 0.085 112 G 0.007 0.036 0.087 0.196 0.297 0.310 0.067 113 R 0.017 0.155 0.276 0.317 0.161 0.063 0.010 114 A 0.009 0.071 0.190 0.339 0.283 0.095 0.014 115 M 0.001 0.003 0.008 0.028 0.166 0.564 0.230 116 L 0.002 0.011 0.039 0.136 0.319 0.402 0.092 117 G 0.030 0.226 0.343 0.267 0.099 0.029 0.006 118 H 0.010 0.102 0.251 0.362 0.203 0.063 0.009 119 I 0.004 0.009 0.018 0.070 0.320 0.512 0.066 120 L 0.017 0.080 0.197 0.343 0.270 0.085 0.008 121 E 0.194 0.452 0.232 0.091 0.025 0.006 0.001 122 R 0.064 0.200 0.271 0.287 0.141 0.035 0.002 123 Q 0.067 0.087 0.133 0.268 0.300 0.135 0.010 124 E 0.299 0.394 0.193 0.084 0.023 0.006 0.001 125 C 0.346 0.282 0.185 0.123 0.054 0.010 0.001 126 R 0.290 0.299 0.205 0.145 0.047 0.013 0.001 127 H 0.384 0.321 0.194 0.068 0.023 0.009 0.001 128 V 0.055 0.097 0.176 0.293 0.260 0.110 0.009 129 R 0.090 0.242 0.234 0.243 0.130 0.054 0.006 130 H 0.049 0.142 0.228 0.256 0.201 0.103 0.021 131 L 0.008 0.014 0.024 0.059 0.179 0.545 0.171 132 E 0.019 0.067 0.148 0.306 0.247 0.152 0.060 133 T 0.017 0.041 0.054 0.098 0.196 0.396 0.197 134 T 0.026 0.091 0.200 0.293 0.215 0.132 0.044 135 V 0.010 0.016 0.030 0.094 0.295 0.430 0.124 136 G 0.047 0.141 0.231 0.292 0.187 0.087 0.016 137 P 0.232 0.280 0.238 0.131 0.067 0.043 0.008 138 D 0.117 0.218 0.239 0.212 0.131 0.067 0.016 139 N 0.046 0.073 0.125 0.231 0.278 0.203 0.044 140 Q 0.164 0.309 0.246 0.160 0.077 0.038 0.007 141 A 0.051 0.138 0.219 0.260 0.211 0.101 0.021 142 S 0.009 0.016 0.033 0.083 0.239 0.473 0.146 143 R 0.020 0.082 0.186 0.266 0.255 0.152 0.039 144 R 0.028 0.147 0.242 0.301 0.183 0.077 0.022 145 T 0.008 0.018 0.041 0.104 0.272 0.443 0.116 146 F 0.009 0.025 0.060 0.166 0.357 0.321 0.062 147 A 0.045 0.263 0.314 0.244 0.090 0.037 0.006 148 G 0.060 0.186 0.238 0.277 0.166 0.067 0.006 149 L 0.078 0.106 0.157 0.257 0.264 0.125 0.012 150 A 0.123 0.178 0.216 0.288 0.148 0.044 0.003 151 G 0.663 0.217 0.095 0.019 0.005 0.001 0.001 152 E 0.648 0.247 0.080 0.019 0.004 0.001 0.001 153 R 0.343 0.286 0.171 0.119 0.061 0.017 0.002 154 G 0.210 0.339 0.188 0.153 0.081 0.027 0.002 155 A 0.087 0.068 0.134 0.211 0.306 0.179 0.015 156 H 0.122 0.260 0.240 0.242 0.103 0.031 0.003 157 V 0.082 0.142 0.196 0.221 0.245 0.102 0.012 158 S 0.128 0.173 0.202 0.249 0.163 0.074 0.012 159 E 0.314 0.302 0.186 0.128 0.046 0.021 0.004 160 Q 0.203 0.265 0.216 0.178 0.099 0.035 0.004 161 P 0.134 0.165 0.191 0.221 0.173 0.103 0.012 162 F 0.136 0.191 0.211 0.223 0.150 0.078 0.011 163 F 0.212 0.231 0.215 0.193 0.100 0.042 0.007 164 D 0.257 0.285 0.194 0.145 0.076 0.037 0.006 165 R 0.173 0.176 0.190 0.213 0.156 0.079 0.012 166 Q 0.242 0.215 0.189 0.169 0.113 0.060 0.011 167 A 0.223 0.240 0.208 0.188 0.098 0.038 0.005 168 F 0.193 0.165 0.176 0.229 0.163 0.067 0.007 169 G 0.435 0.258 0.174 0.082 0.033 0.015 0.002 170 G 0.462 0.255 0.144 0.082 0.040 0.014 0.003 171 A 0.428 0.314 0.116 0.091 0.034 0.014 0.002 172 D 0.318 0.208 0.164 0.153 0.104 0.046 0.007 173 H 0.260 0.222 0.183 0.169 0.098 0.056 0.011 174 D 0.122 0.139 0.160 0.199 0.197 0.140 0.043 175 D 0.105 0.139 0.147 0.192 0.183 0.164 0.069 176 E 0.107 0.138 0.151 0.191 0.178 0.158 0.077 177 M 0.069 0.091 0.126 0.174 0.207 0.210 0.122 178 L 0.032 0.032 0.047 0.084 0.176 0.375 0.254 179 L 0.058 0.079 0.123 0.186 0.235 0.214 0.106 180 R 0.096 0.156 0.176 0.197 0.180 0.146 0.049 181 I 0.102 0.128 0.185 0.226 0.208 0.126 0.025 182 G 0.119 0.134 0.160 0.218 0.218 0.132 0.019 183 P 0.286 0.298 0.222 0.116 0.055 0.020 0.002 184 F 0.318 0.264 0.194 0.148 0.060 0.016 0.001 185 T 0.535 0.310 0.105 0.038 0.010 0.002 0.001 186 H 0.536 0.266 0.127 0.056 0.013 0.002 0.001 187 P 0.678 0.222 0.074 0.021 0.004 0.001 0.001 188 P 0.816 0.149 0.026 0.007 0.001 0.001 0.001 189 H 0.816 0.145 0.031 0.007 0.001 0.001 0.001