# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 827 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.003 0.003 0.023 0.037 0.052 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.017 0.028 0.249 0.265 0.266 0.001 2 K 0.007 0.006 0.030 0.026 0.149 0.001 0.026 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.028 0.057 0.231 0.024 0.088 0.311 0.002 3 S 0.016 0.023 0.258 0.115 0.064 0.005 0.140 0.004 0.001 0.001 0.004 0.004 0.007 0.010 0.182 0.022 0.024 0.028 0.031 0.055 0.007 4 V 0.043 0.101 0.028 0.025 0.354 0.001 0.040 0.002 0.001 0.001 0.024 0.017 0.029 0.034 0.026 0.197 0.008 0.011 0.020 0.009 0.031 5 V 0.121 0.158 0.302 0.088 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.011 0.036 0.032 0.152 0.008 0.001 0.001 0.003 0.002 0.046 6 T 0.162 0.212 0.013 0.022 0.342 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.029 0.053 0.039 0.004 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 7 L 0.189 0.273 0.083 0.098 0.089 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.017 0.041 0.041 0.117 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 8 K 0.153 0.219 0.033 0.085 0.300 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.021 0.042 0.022 0.042 0.021 0.002 0.004 0.005 0.006 0.026 9 T 0.114 0.077 0.215 0.220 0.165 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.004 0.083 0.031 0.012 0.006 0.016 0.035 0.003 10 T 0.016 0.032 0.145 0.190 0.166 0.001 0.131 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 0.003 0.001 0.075 0.010 0.109 0.038 0.017 0.052 0.001 11 D 0.009 0.009 0.067 0.016 0.060 0.001 0.681 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.013 0.003 0.070 0.018 0.006 0.040 0.001 12 G 0.010 0.010 0.283 0.119 0.077 0.001 0.100 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.008 0.015 0.244 0.036 0.077 0.001 13 W 0.020 0.016 0.013 0.003 0.882 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.007 0.006 0.011 0.009 0.005 0.008 0.001 14 I 0.017 0.012 0.667 0.172 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.081 0.001 0.001 0.003 0.008 0.015 0.001 15 P 0.007 0.008 0.001 0.004 0.934 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.001 0.002 0.014 0.003 0.003 0.005 0.002 0.001 16 V 0.014 0.010 0.399 0.231 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.219 0.002 0.001 0.004 0.023 0.076 0.002 17 P 0.003 0.002 0.002 0.011 0.582 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.011 0.006 0.055 0.234 0.001 18 F 0.005 0.010 0.051 0.185 0.026 0.001 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.191 0.019 0.385 0.015 0.033 0.048 0.002 19 S 0.024 0.027 0.058 0.042 0.098 0.008 0.495 0.045 0.001 0.001 0.004 0.004 0.006 0.003 0.021 0.019 0.062 0.021 0.018 0.042 0.001 20 K 0.134 0.128 0.081 0.063 0.141 0.009 0.212 0.057 0.001 0.001 0.006 0.008 0.009 0.009 0.043 0.006 0.019 0.040 0.015 0.015 0.004 21 V 0.186 0.206 0.043 0.076 0.259 0.002 0.019 0.042 0.001 0.001 0.010 0.008 0.022 0.016 0.015 0.042 0.013 0.013 0.011 0.006 0.010 22 M 0.273 0.475 0.060 0.060 0.035 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.004 0.003 0.013 0.004 0.042 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.008 23 Y 0.360 0.435 0.011 0.034 0.067 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.010 0.008 0.030 0.008 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 24 L 0.255 0.397 0.028 0.072 0.090 0.001 0.003 0.007 0.002 0.001 0.011 0.012 0.035 0.030 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 25 E 0.197 0.335 0.033 0.070 0.186 0.001 0.004 0.008 0.002 0.001 0.010 0.015 0.032 0.016 0.019 0.012 0.002 0.003 0.004 0.003 0.046 26 A 0.254 0.188 0.064 0.156 0.180 0.001 0.003 0.005 0.003 0.003 0.008 0.008 0.018 0.013 0.036 0.017 0.005 0.008 0.010 0.010 0.009 27 K 0.091 0.097 0.105 0.292 0.206 0.001 0.024 0.001 0.001 0.013 0.002 0.003 0.004 0.003 0.065 0.010 0.027 0.012 0.016 0.024 0.002 28 D 0.063 0.100 0.097 0.151 0.106 0.001 0.239 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.003 0.002 0.050 0.010 0.032 0.036 0.025 0.073 0.003 29 K 0.087 0.088 0.108 0.112 0.181 0.001 0.128 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.003 0.025 0.037 0.036 0.079 0.023 0.067 0.015 30 K 0.145 0.279 0.085 0.037 0.296 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.016 0.011 0.027 0.022 0.003 0.012 0.003 0.004 0.030 31 T 0.306 0.412 0.040 0.026 0.094 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 0.025 0.016 0.017 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 32 Y 0.318 0.368 0.011 0.027 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.019 0.057 0.036 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 33 V 0.327 0.405 0.010 0.031 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.025 0.060 0.044 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 34 N 0.270 0.454 0.008 0.023 0.078 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.020 0.050 0.030 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 35 A 0.369 0.318 0.032 0.060 0.093 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.012 0.021 0.017 0.036 0.016 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 36 E 0.112 0.119 0.131 0.190 0.216 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.010 0.007 0.134 0.020 0.015 0.005 0.007 0.017 0.003 37 E 0.057 0.120 0.086 0.089 0.193 0.001 0.224 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.007 0.002 0.072 0.014 0.042 0.024 0.014 0.043 0.002 38 L 0.052 0.040 0.251 0.150 0.136 0.001 0.084 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.042 0.011 0.036 0.097 0.030 0.058 0.002 39 T 0.040 0.052 0.101 0.068 0.537 0.001 0.048 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.001 0.017 0.009 0.039 0.021 0.014 0.039 0.002 40 G 0.065 0.077 0.186 0.146 0.244 0.002 0.039 0.009 0.001 0.001 0.004 0.004 0.012 0.003 0.067 0.012 0.022 0.040 0.027 0.037 0.004 41 T 0.099 0.078 0.074 0.090 0.439 0.002 0.023 0.009 0.001 0.001 0.008 0.008 0.023 0.006 0.056 0.010 0.019 0.012 0.016 0.024 0.003 42 H 0.088 0.101 0.180 0.217 0.136 0.003 0.024 0.018 0.002 0.001 0.009 0.006 0.023 0.007 0.067 0.013 0.019 0.019 0.028 0.038 0.004 43 K 0.045 0.050 0.031 0.047 0.385 0.004 0.075 0.043 0.003 0.001 0.010 0.010 0.025 0.008 0.043 0.026 0.076 0.048 0.039 0.028 0.002 44 Y 0.028 0.029 0.261 0.153 0.042 0.008 0.061 0.067 0.004 0.001 0.009 0.007 0.019 0.011 0.113 0.009 0.052 0.031 0.028 0.065 0.001 45 S 0.016 0.015 0.012 0.019 0.413 0.004 0.038 0.082 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.010 0.044 0.025 0.052 0.093 0.165 0.001 46 L 0.005 0.007 0.036 0.058 0.025 0.002 0.010 0.153 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.073 0.006 0.517 0.020 0.032 0.046 0.001 47 Q 0.003 0.003 0.008 0.010 0.018 0.011 0.075 0.705 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.122 0.005 0.007 0.019 0.001 48 E 0.006 0.005 0.003 0.004 0.010 0.027 0.092 0.771 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.025 0.027 0.015 0.007 0.001 49 F 0.001 0.002 0.003 0.004 0.008 0.005 0.022 0.804 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.108 0.010 0.011 0.006 0.001 50 E 0.004 0.003 0.008 0.005 0.008 0.011 0.052 0.786 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.089 0.005 0.009 0.005 0.001 51 Y 0.004 0.004 0.010 0.013 0.016 0.061 0.312 0.406 0.013 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.096 0.021 0.015 0.012 0.001 52 L 0.002 0.002 0.008 0.010 0.033 0.020 0.354 0.095 0.015 0.008 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.007 0.201 0.128 0.065 0.037 0.001 53 L 0.001 0.001 0.020 0.013 0.004 0.001 0.013 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.055 0.063 0.349 0.454 0.001 54 P 0.001 0.001 0.003 0.003 0.018 0.001 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.192 0.031 0.120 0.597 0.001 55 K 0.001 0.001 0.004 0.005 0.006 0.001 0.099 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.755 0.019 0.024 0.064 0.001 56 D 0.001 0.001 0.020 0.008 0.013 0.004 0.625 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.008 0.107 0.051 0.046 0.059 0.001 57 S 0.004 0.004 0.047 0.028 0.079 0.009 0.257 0.094 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.007 0.033 0.022 0.225 0.066 0.040 0.072 0.001 58 F 0.028 0.036 0.089 0.064 0.142 0.006 0.148 0.097 0.003 0.001 0.008 0.006 0.018 0.016 0.032 0.049 0.083 0.085 0.053 0.035 0.003 59 I 0.080 0.094 0.099 0.054 0.146 0.006 0.044 0.118 0.003 0.001 0.011 0.012 0.034 0.014 0.096 0.018 0.064 0.025 0.044 0.028 0.008 60 R 0.125 0.119 0.112 0.134 0.128 0.007 0.030 0.093 0.004 0.001 0.016 0.013 0.037 0.020 0.043 0.019 0.044 0.010 0.018 0.019 0.009 61 C 0.089 0.098 0.029 0.066 0.220 0.007 0.060 0.061 0.008 0.003 0.013 0.013 0.027 0.051 0.064 0.041 0.076 0.023 0.029 0.017 0.006 62 H 0.079 0.071 0.075 0.117 0.067 0.005 0.071 0.043 0.005 0.003 0.010 0.011 0.019 0.040 0.157 0.033 0.067 0.029 0.050 0.041 0.007 63 R 0.050 0.060 0.048 0.063 0.120 0.007 0.062 0.033 0.006 0.003 0.011 0.010 0.019 0.046 0.066 0.124 0.113 0.056 0.040 0.056 0.008 64 S 0.123 0.124 0.034 0.022 0.120 0.008 0.123 0.040 0.004 0.002 0.013 0.013 0.026 0.054 0.101 0.041 0.055 0.034 0.031 0.022 0.010 65 F 0.085 0.121 0.087 0.063 0.055 0.009 0.033 0.054 0.010 0.001 0.027 0.021 0.071 0.102 0.106 0.044 0.028 0.022 0.021 0.017 0.024 66 I 0.067 0.086 0.022 0.028 0.190 0.006 0.020 0.056 0.011 0.001 0.023 0.023 0.049 0.124 0.054 0.121 0.030 0.018 0.043 0.012 0.017 67 V 0.055 0.078 0.073 0.050 0.031 0.005 0.018 0.047 0.026 0.001 0.030 0.032 0.087 0.175 0.205 0.016 0.019 0.010 0.014 0.018 0.011 68 N 0.109 0.092 0.020 0.034 0.245 0.005 0.022 0.074 0.017 0.001 0.014 0.017 0.035 0.061 0.024 0.086 0.020 0.019 0.040 0.056 0.009 69 V 0.024 0.042 0.033 0.072 0.053 0.003 0.015 0.090 0.007 0.002 0.005 0.006 0.014 0.025 0.162 0.023 0.366 0.012 0.020 0.024 0.003 70 N 0.027 0.034 0.028 0.036 0.039 0.019 0.203 0.324 0.004 0.003 0.004 0.004 0.009 0.013 0.041 0.019 0.129 0.017 0.018 0.027 0.001 71 H 0.046 0.046 0.022 0.023 0.054 0.025 0.138 0.385 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.006 0.024 0.008 0.034 0.087 0.054 0.034 0.001 72 I 0.028 0.034 0.020 0.026 0.104 0.008 0.031 0.467 0.006 0.006 0.003 0.002 0.006 0.005 0.017 0.015 0.136 0.036 0.032 0.016 0.002 73 K 0.045 0.039 0.090 0.081 0.043 0.020 0.072 0.366 0.009 0.010 0.003 0.002 0.006 0.003 0.054 0.005 0.108 0.007 0.018 0.018 0.002 74 A 0.055 0.084 0.042 0.108 0.139 0.023 0.251 0.113 0.011 0.007 0.004 0.002 0.009 0.005 0.011 0.010 0.062 0.024 0.019 0.017 0.003 75 I 0.053 0.062 0.043 0.076 0.182 0.008 0.111 0.042 0.009 0.004 0.004 0.004 0.010 0.007 0.023 0.019 0.073 0.134 0.074 0.055 0.006 76 Y 0.024 0.020 0.168 0.091 0.077 0.002 0.012 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.010 0.041 0.061 0.158 0.291 0.002 77 P 0.012 0.013 0.027 0.037 0.421 0.002 0.021 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.020 0.186 0.033 0.066 0.134 0.003 78 D 0.012 0.017 0.128 0.106 0.091 0.004 0.185 0.013 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.073 0.004 0.166 0.056 0.048 0.083 0.001 79 T 0.006 0.006 0.141 0.179 0.090 0.001 0.195 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.009 0.136 0.030 0.068 0.119 0.001 80 H 0.011 0.018 0.086 0.092 0.147 0.001 0.269 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.014 0.125 0.066 0.032 0.121 0.002 81 S 0.069 0.075 0.195 0.079 0.199 0.001 0.151 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.002 0.018 0.008 0.030 0.090 0.017 0.048 0.005 82 T 0.156 0.266 0.100 0.055 0.327 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.020 0.003 0.011 0.006 0.004 0.004 0.003 0.006 0.010 83 F 0.313 0.497 0.032 0.028 0.091 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.012 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 84 L 0.358 0.513 0.010 0.028 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.017 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 85 L 0.396 0.447 0.014 0.037 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.022 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 86 S 0.262 0.562 0.011 0.019 0.101 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.017 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 87 M 0.429 0.357 0.015 0.053 0.095 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.016 0.002 0.009 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 88 D 0.163 0.076 0.263 0.252 0.146 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.001 0.065 0.004 0.004 0.001 0.003 0.010 0.001 89 N 0.015 0.037 0.087 0.166 0.093 0.001 0.350 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.004 0.052 0.025 0.017 0.094 0.001 90 G 0.011 0.010 0.020 0.005 0.076 0.001 0.601 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.003 0.077 0.149 0.007 0.028 0.001 91 E 0.006 0.004 0.688 0.087 0.033 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.009 0.045 0.021 0.076 0.001 92 R 0.002 0.005 0.002 0.001 0.966 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.003 0.002 0.003 0.001 93 V 0.016 0.010 0.407 0.249 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.001 0.241 0.002 0.001 0.003 0.017 0.026 0.002 94 P 0.012 0.012 0.005 0.033 0.748 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.002 0.005 0.046 0.011 0.008 0.035 0.060 0.002 95 V 0.031 0.034 0.180 0.180 0.055 0.002 0.012 0.025 0.001 0.001 0.006 0.005 0.015 0.008 0.302 0.012 0.064 0.013 0.022 0.031 0.002 96 S 0.012 0.020 0.029 0.047 0.141 0.007 0.142 0.165 0.003 0.001 0.006 0.005 0.012 0.006 0.038 0.034 0.055 0.036 0.075 0.167 0.001 97 Q 0.004 0.003 0.021 0.023 0.021 0.004 0.045 0.282 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 0.007 0.418 0.047 0.036 0.057 0.001 98 S 0.001 0.001 0.005 0.005 0.011 0.005 0.075 0.719 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.114 0.026 0.010 0.018 0.001 99 Y 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.020 0.880 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.043 0.014 0.016 0.013 0.001 100 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.827 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.164 0.001 0.001 0.001 0.001 101 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 102 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 103 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 104 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 105 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.969 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 106 L 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.013 0.167 0.152 0.302 0.260 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.007 0.004 0.002 0.001 107 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.822 0.027 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.018 0.015 0.052 0.001 108 G 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.003 0.026 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.832 0.043 0.051 0.001 109 F 0.001 0.002 0.013 0.006 0.046 0.003 0.014 0.013 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.064 0.123 0.067 0.300 0.326 0.001