# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 827 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.002 0.008 0.610 0.006 0.013 0.004 0.001 0.001 0.005 0.216 0.083 0.035 0.017 2 K 0.004 0.008 0.412 0.020 0.066 0.008 0.001 0.001 0.006 0.232 0.164 0.011 0.068 3 S 0.016 0.009 0.291 0.043 0.043 0.005 0.006 0.001 0.017 0.198 0.246 0.098 0.027 4 V 0.102 0.015 0.169 0.019 0.031 0.002 0.028 0.005 0.047 0.068 0.023 0.053 0.439 5 V 0.174 0.009 0.080 0.024 0.001 0.001 0.034 0.005 0.024 0.011 0.001 0.567 0.070 6 T 0.260 0.009 0.029 0.011 0.001 0.001 0.045 0.007 0.028 0.004 0.001 0.112 0.492 7 L 0.236 0.013 0.059 0.016 0.001 0.001 0.034 0.007 0.025 0.006 0.002 0.352 0.248 8 K 0.111 0.035 0.155 0.014 0.007 0.001 0.011 0.003 0.034 0.026 0.011 0.175 0.417 9 T 0.012 0.013 0.340 0.022 0.036 0.002 0.004 0.001 0.018 0.151 0.108 0.115 0.177 10 T 0.001 0.002 0.070 0.028 0.026 0.001 0.001 0.001 0.003 0.091 0.752 0.017 0.008 11 D 0.001 0.002 0.019 0.023 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.854 0.002 0.003 12 G 0.004 0.012 0.152 0.005 0.028 0.001 0.001 0.001 0.005 0.239 0.239 0.297 0.016 13 W 0.016 0.049 0.211 0.003 0.005 0.001 0.003 0.001 0.009 0.022 0.002 0.009 0.671 14 I 0.005 0.015 0.059 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.029 0.001 0.864 0.011 15 P 0.009 0.014 0.191 0.003 0.002 0.001 0.005 0.001 0.020 0.016 0.004 0.007 0.727 16 V 0.001 0.010 0.530 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.059 0.001 0.378 0.013 17 P 0.001 0.003 0.887 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.013 0.018 0.006 0.004 0.061 18 F 0.002 0.010 0.318 0.017 0.297 0.019 0.001 0.001 0.020 0.128 0.093 0.029 0.064 19 S 0.003 0.008 0.261 0.033 0.270 0.014 0.002 0.001 0.024 0.198 0.108 0.048 0.030 20 K 0.027 0.007 0.218 0.022 0.082 0.012 0.013 0.009 0.067 0.139 0.057 0.162 0.184 21 V 0.143 0.013 0.118 0.016 0.013 0.008 0.052 0.029 0.131 0.016 0.009 0.057 0.396 22 M 0.489 0.004 0.012 0.049 0.002 0.001 0.052 0.020 0.019 0.004 0.001 0.319 0.028 23 Y 0.592 0.001 0.008 0.012 0.002 0.003 0.063 0.028 0.023 0.002 0.002 0.054 0.211 24 L 0.647 0.002 0.009 0.019 0.001 0.003 0.055 0.026 0.016 0.002 0.003 0.126 0.091 25 E 0.574 0.009 0.022 0.024 0.003 0.004 0.024 0.014 0.031 0.007 0.009 0.123 0.155 26 A 0.209 0.008 0.113 0.013 0.007 0.006 0.012 0.004 0.017 0.035 0.043 0.159 0.374 27 K 0.050 0.008 0.092 0.080 0.011 0.004 0.004 0.001 0.008 0.135 0.313 0.142 0.152 28 D 0.008 0.002 0.036 0.093 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.176 0.624 0.022 0.029 29 K 0.024 0.003 0.078 0.098 0.005 0.001 0.003 0.001 0.005 0.284 0.380 0.086 0.032 30 K 0.276 0.010 0.126 0.014 0.003 0.001 0.023 0.003 0.030 0.047 0.006 0.097 0.366 31 T 0.621 0.003 0.012 0.013 0.001 0.001 0.096 0.013 0.024 0.003 0.001 0.123 0.092 32 Y 0.691 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.139 0.034 0.008 0.001 0.001 0.066 0.047 33 V 0.711 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.139 0.027 0.006 0.001 0.001 0.038 0.074 34 N 0.591 0.002 0.010 0.024 0.001 0.001 0.065 0.027 0.035 0.001 0.001 0.119 0.125 35 A 0.236 0.003 0.071 0.018 0.002 0.001 0.016 0.004 0.039 0.020 0.009 0.136 0.443 36 E 0.031 0.008 0.125 0.071 0.012 0.004 0.005 0.002 0.032 0.215 0.229 0.152 0.115 37 E 0.016 0.012 0.104 0.036 0.029 0.004 0.002 0.001 0.009 0.301 0.361 0.034 0.092 38 L 0.025 0.015 0.209 0.025 0.025 0.008 0.002 0.001 0.006 0.278 0.164 0.193 0.048 39 T 0.095 0.036 0.182 0.018 0.028 0.009 0.010 0.001 0.013 0.074 0.088 0.050 0.393 40 G 0.173 0.027 0.110 0.027 0.013 0.011 0.015 0.001 0.013 0.047 0.031 0.381 0.150 41 T 0.159 0.018 0.133 0.037 0.011 0.017 0.016 0.003 0.013 0.027 0.017 0.090 0.460 42 H 0.121 0.010 0.142 0.022 0.014 0.037 0.015 0.003 0.024 0.042 0.023 0.344 0.203 43 K 0.092 0.017 0.165 0.017 0.029 0.084 0.012 0.002 0.034 0.046 0.057 0.078 0.366 44 Y 0.045 0.027 0.231 0.010 0.016 0.134 0.006 0.001 0.011 0.103 0.041 0.270 0.105 45 S 0.010 0.017 0.587 0.004 0.020 0.160 0.002 0.001 0.008 0.059 0.033 0.023 0.078 46 L 0.001 0.001 0.032 0.001 0.042 0.895 0.001 0.001 0.001 0.010 0.011 0.001 0.006 47 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 48 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.045 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 49 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 50 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.036 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 51 Y 0.001 0.001 0.005 0.001 0.130 0.711 0.001 0.001 0.001 0.002 0.147 0.001 0.001 52 L 0.001 0.002 0.036 0.001 0.026 0.534 0.001 0.001 0.001 0.031 0.362 0.002 0.003 53 L 0.001 0.008 0.313 0.001 0.010 0.091 0.001 0.001 0.001 0.495 0.070 0.009 0.001 54 P 0.001 0.003 0.734 0.001 0.011 0.026 0.001 0.001 0.001 0.148 0.076 0.001 0.001 55 K 0.001 0.002 0.306 0.001 0.094 0.085 0.001 0.001 0.001 0.198 0.312 0.001 0.001 56 D 0.001 0.002 0.146 0.002 0.198 0.092 0.001 0.001 0.003 0.196 0.359 0.001 0.001 57 S 0.001 0.010 0.194 0.005 0.247 0.121 0.001 0.004 0.036 0.203 0.164 0.007 0.007 58 F 0.003 0.018 0.181 0.005 0.075 0.144 0.006 0.053 0.366 0.040 0.055 0.015 0.039 59 I 0.035 0.038 0.099 0.022 0.032 0.132 0.029 0.118 0.301 0.043 0.025 0.051 0.075 60 R 0.075 0.031 0.118 0.034 0.018 0.121 0.037 0.062 0.152 0.045 0.031 0.186 0.089 61 C 0.058 0.016 0.196 0.013 0.033 0.105 0.026 0.033 0.100 0.040 0.084 0.055 0.240 62 H 0.033 0.007 0.308 0.131 0.022 0.037 0.009 0.008 0.086 0.103 0.103 0.081 0.071 63 R 0.028 0.005 0.153 0.093 0.062 0.070 0.004 0.002 0.029 0.206 0.189 0.066 0.094 64 S 0.105 0.009 0.181 0.038 0.101 0.074 0.016 0.013 0.040 0.106 0.111 0.056 0.151 65 F 0.175 0.009 0.073 0.030 0.020 0.035 0.070 0.038 0.089 0.042 0.023 0.321 0.076 66 I 0.376 0.008 0.018 0.006 0.006 0.014 0.113 0.052 0.056 0.006 0.008 0.037 0.300 67 V 0.373 0.045 0.032 0.025 0.002 0.019 0.088 0.062 0.019 0.010 0.008 0.272 0.046 68 N 0.044 0.006 0.481 0.010 0.005 0.024 0.010 0.006 0.041 0.028 0.011 0.032 0.303 69 V 0.009 0.003 0.111 0.016 0.096 0.539 0.001 0.001 0.007 0.043 0.119 0.012 0.043 70 N 0.004 0.002 0.025 0.022 0.160 0.529 0.001 0.001 0.002 0.054 0.190 0.006 0.008 71 H 0.031 0.010 0.057 0.006 0.228 0.396 0.004 0.001 0.006 0.072 0.085 0.057 0.046 72 I 0.023 0.004 0.057 0.005 0.068 0.662 0.003 0.005 0.013 0.016 0.034 0.011 0.099 73 K 0.142 0.009 0.029 0.056 0.058 0.484 0.009 0.005 0.012 0.014 0.033 0.108 0.043 74 A 0.154 0.005 0.033 0.007 0.075 0.361 0.011 0.003 0.017 0.008 0.070 0.088 0.168 75 I 0.187 0.013 0.068 0.013 0.016 0.183 0.010 0.003 0.011 0.025 0.078 0.054 0.340 76 Y 0.063 0.026 0.278 0.020 0.011 0.040 0.002 0.001 0.008 0.083 0.033 0.383 0.053 77 P 0.006 0.015 0.218 0.002 0.083 0.070 0.001 0.001 0.005 0.088 0.353 0.007 0.152 78 D 0.001 0.010 0.174 0.005 0.032 0.017 0.001 0.001 0.002 0.184 0.547 0.020 0.008 79 T 0.001 0.008 0.133 0.006 0.035 0.008 0.001 0.001 0.002 0.250 0.535 0.009 0.014 80 H 0.001 0.005 0.093 0.016 0.012 0.002 0.001 0.001 0.002 0.212 0.634 0.007 0.015 81 S 0.016 0.013 0.202 0.062 0.012 0.001 0.003 0.001 0.006 0.253 0.312 0.075 0.043 82 T 0.150 0.013 0.182 0.043 0.006 0.001 0.016 0.001 0.035 0.065 0.020 0.067 0.400 83 F 0.597 0.003 0.025 0.025 0.001 0.001 0.042 0.002 0.016 0.005 0.001 0.169 0.116 84 L 0.830 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.036 0.003 0.002 0.001 0.001 0.062 0.056 85 L 0.833 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.048 0.003 0.001 0.001 0.001 0.063 0.049 86 S 0.852 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 0.036 0.081 87 M 0.440 0.003 0.025 0.009 0.001 0.001 0.011 0.002 0.014 0.003 0.003 0.242 0.245 88 D 0.048 0.006 0.096 0.057 0.009 0.001 0.010 0.001 0.017 0.092 0.255 0.080 0.329 89 N 0.001 0.001 0.007 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.836 0.037 0.003 90 G 0.001 0.007 0.061 0.027 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.259 0.602 0.008 0.027 91 E 0.002 0.013 0.173 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.012 0.654 0.020 92 R 0.009 0.059 0.047 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.002 0.867 93 V 0.001 0.006 0.063 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.896 0.003 94 P 0.004 0.008 0.402 0.001 0.004 0.001 0.004 0.001 0.009 0.008 0.005 0.004 0.550 95 V 0.003 0.027 0.685 0.006 0.012 0.004 0.002 0.001 0.009 0.066 0.018 0.130 0.037 96 S 0.001 0.005 0.870 0.004 0.016 0.013 0.001 0.001 0.008 0.032 0.017 0.008 0.025 97 Q 0.001 0.003 0.038 0.002 0.249 0.606 0.001 0.001 0.001 0.031 0.043 0.004 0.022 98 S 0.001 0.007 0.039 0.001 0.148 0.723 0.001 0.001 0.001 0.021 0.046 0.008 0.004 99 Y 0.001 0.002 0.050 0.001 0.042 0.875 0.001 0.001 0.001 0.010 0.012 0.002 0.005 100 A 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 101 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 103 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 104 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 105 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 106 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.007 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 107 L 0.001 0.001 0.034 0.001 0.019 0.632 0.001 0.001 0.002 0.033 0.274 0.003 0.001 108 G 0.001 0.003 0.105 0.001 0.003 0.039 0.001 0.001 0.002 0.067 0.778 0.001 0.002 109 F 0.001 0.005 0.843 0.001 0.005 0.022 0.001 0.001 0.005 0.097 0.014 0.005 0.002