# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 827 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.025 0.019 0.062 0.116 0.019 0.080 0.026 0.004 0.275 0.162 0.027 0.019 0.028 0.007 0.003 0.128 2 K 0.581 0.090 0.055 0.159 0.001 0.028 0.001 0.015 0.002 0.001 0.020 0.026 0.010 0.001 0.007 0.003 3 S 0.007 0.522 0.111 0.291 0.001 0.016 0.001 0.002 0.022 0.001 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.014 4 V 0.026 0.015 0.229 0.724 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 5 V 0.003 0.001 0.566 0.419 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 T 0.001 0.004 0.012 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.001 0.003 0.003 0.964 0.007 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 K 0.001 0.087 0.009 0.589 0.143 0.150 0.001 0.016 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 T 0.001 0.021 0.001 0.064 0.171 0.645 0.002 0.038 0.004 0.002 0.050 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 10 T 0.001 0.156 0.003 0.021 0.203 0.044 0.012 0.089 0.008 0.014 0.404 0.033 0.001 0.008 0.002 0.001 11 D 0.007 0.190 0.008 0.030 0.001 0.006 0.001 0.291 0.112 0.008 0.008 0.074 0.001 0.001 0.257 0.004 12 G 0.042 0.028 0.136 0.038 0.001 0.002 0.001 0.001 0.153 0.017 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.575 13 W 0.452 0.006 0.500 0.035 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 14 I 0.004 0.011 0.574 0.401 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 P 0.001 0.010 0.030 0.950 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 V 0.001 0.003 0.008 0.982 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 P 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 F 0.001 0.008 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 S 0.001 0.153 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.831 0.001 0.001 0.001 0.001 20 K 0.023 0.049 0.355 0.145 0.001 0.006 0.010 0.001 0.037 0.004 0.003 0.007 0.029 0.001 0.005 0.329 21 V 0.058 0.003 0.825 0.052 0.002 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.018 0.001 0.001 0.002 22 M 0.007 0.310 0.167 0.475 0.001 0.017 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.003 0.007 0.001 0.001 0.002 23 Y 0.001 0.006 0.016 0.935 0.004 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 24 L 0.004 0.018 0.125 0.810 0.017 0.010 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 25 E 0.001 0.020 0.019 0.824 0.037 0.074 0.002 0.009 0.002 0.001 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 26 A 0.002 0.014 0.005 0.074 0.672 0.160 0.011 0.016 0.002 0.004 0.024 0.003 0.004 0.009 0.001 0.001 27 K 0.003 0.081 0.005 0.056 0.120 0.048 0.008 0.495 0.008 0.004 0.104 0.020 0.005 0.008 0.033 0.001 28 D 0.007 0.176 0.015 0.069 0.019 0.033 0.015 0.082 0.287 0.086 0.023 0.046 0.006 0.014 0.058 0.064 29 K 0.316 0.192 0.116 0.075 0.001 0.005 0.003 0.010 0.086 0.007 0.003 0.004 0.004 0.001 0.027 0.152 30 K 0.124 0.060 0.674 0.102 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 31 T 0.022 0.003 0.761 0.209 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 Y 0.001 0.007 0.095 0.897 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 V 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 N 0.001 0.014 0.004 0.570 0.013 0.397 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 A 0.001 0.017 0.001 0.070 0.054 0.758 0.001 0.004 0.001 0.001 0.095 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 E 0.001 0.494 0.001 0.033 0.057 0.041 0.002 0.032 0.002 0.002 0.234 0.100 0.001 0.001 0.001 0.001 37 E 0.004 0.256 0.016 0.066 0.009 0.039 0.005 0.179 0.087 0.009 0.038 0.177 0.004 0.001 0.107 0.004 38 L 0.025 0.035 0.226 0.049 0.023 0.029 0.088 0.007 0.104 0.068 0.047 0.027 0.035 0.012 0.007 0.219 39 T 0.475 0.061 0.233 0.067 0.001 0.015 0.003 0.036 0.005 0.002 0.011 0.013 0.020 0.001 0.047 0.011 40 G 0.025 0.028 0.391 0.196 0.011 0.132 0.006 0.003 0.036 0.030 0.027 0.027 0.038 0.003 0.002 0.045 41 T 0.112 0.152 0.141 0.441 0.012 0.053 0.005 0.005 0.003 0.001 0.014 0.022 0.030 0.001 0.002 0.006 42 H 0.007 0.027 0.072 0.477 0.007 0.293 0.005 0.010 0.002 0.003 0.029 0.018 0.044 0.001 0.001 0.003 43 K 0.016 0.208 0.107 0.394 0.007 0.089 0.003 0.009 0.010 0.003 0.048 0.031 0.060 0.001 0.001 0.012 44 Y 0.010 0.026 0.064 0.702 0.002 0.029 0.002 0.004 0.003 0.004 0.040 0.062 0.049 0.001 0.001 0.003 45 S 0.001 0.005 0.013 0.021 0.001 0.792 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.047 0.105 0.001 0.001 0.001 46 L 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.889 0.007 0.089 0.001 0.001 0.001 47 Q 0.001 0.021 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.863 0.103 0.001 0.001 0.001 48 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.001 0.007 49 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.982 0.002 0.001 0.001 50 E 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.972 0.005 0.003 0.001 51 Y 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.952 0.002 0.006 0.024 52 L 0.014 0.012 0.036 0.018 0.001 0.002 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.277 0.017 0.006 0.596 53 L 0.019 0.004 0.611 0.015 0.001 0.016 0.162 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.133 0.006 0.013 0.018 54 P 0.002 0.019 0.064 0.007 0.018 0.676 0.030 0.013 0.001 0.001 0.030 0.004 0.099 0.021 0.006 0.009 55 K 0.004 0.071 0.003 0.010 0.005 0.018 0.003 0.026 0.003 0.002 0.768 0.030 0.022 0.012 0.015 0.008 56 D 0.009 0.062 0.015 0.011 0.001 0.016 0.004 0.006 0.022 0.003 0.032 0.695 0.058 0.006 0.043 0.017 57 S 0.072 0.112 0.223 0.033 0.001 0.012 0.010 0.002 0.008 0.002 0.031 0.029 0.220 0.002 0.029 0.216 58 F 0.083 0.033 0.631 0.099 0.001 0.011 0.006 0.001 0.002 0.001 0.008 0.018 0.071 0.001 0.005 0.031 59 I 0.015 0.014 0.682 0.227 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.034 0.001 0.001 0.006 60 R 0.003 0.015 0.178 0.679 0.029 0.053 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.027 0.001 0.001 0.003 61 C 0.002 0.034 0.028 0.721 0.017 0.138 0.003 0.012 0.001 0.001 0.010 0.004 0.027 0.001 0.001 0.001 62 H 0.003 0.170 0.016 0.369 0.013 0.290 0.004 0.016 0.015 0.006 0.031 0.017 0.042 0.001 0.002 0.007 63 R 0.043 0.104 0.036 0.434 0.005 0.036 0.004 0.013 0.015 0.007 0.147 0.083 0.058 0.001 0.005 0.008 64 S 0.032 0.087 0.230 0.312 0.005 0.063 0.005 0.005 0.008 0.003 0.016 0.138 0.075 0.003 0.004 0.013 65 F 0.023 0.023 0.171 0.549 0.005 0.048 0.004 0.004 0.002 0.001 0.031 0.014 0.105 0.001 0.005 0.014 66 I 0.014 0.047 0.184 0.614 0.013 0.032 0.007 0.002 0.002 0.001 0.007 0.022 0.039 0.003 0.001 0.012 67 V 0.004 0.055 0.087 0.805 0.004 0.010 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 0.001 0.001 0.006 68 N 0.001 0.001 0.003 0.013 0.006 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 69 V 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.969 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 70 N 0.001 0.080 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.012 0.871 0.007 0.001 0.011 0.001 71 H 0.009 0.014 0.066 0.017 0.001 0.005 0.011 0.001 0.019 0.003 0.004 0.014 0.261 0.002 0.004 0.570 72 I 0.057 0.001 0.172 0.005 0.003 0.118 0.062 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.534 0.021 0.006 0.004 73 K 0.004 0.506 0.077 0.030 0.001 0.016 0.001 0.044 0.002 0.001 0.073 0.021 0.167 0.001 0.049 0.009 74 A 0.012 0.041 0.022 0.508 0.001 0.019 0.005 0.001 0.034 0.006 0.003 0.032 0.071 0.002 0.001 0.244 75 I 0.027 0.003 0.891 0.047 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.002 76 Y 0.002 0.020 0.243 0.420 0.018 0.215 0.021 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.039 0.004 0.001 0.005 77 P 0.008 0.114 0.032 0.232 0.098 0.242 0.007 0.073 0.003 0.003 0.115 0.005 0.044 0.008 0.006 0.009 78 D 0.004 0.072 0.009 0.068 0.241 0.174 0.024 0.040 0.025 0.009 0.138 0.118 0.019 0.040 0.008 0.009 79 T 0.025 0.110 0.049 0.034 0.036 0.041 0.052 0.145 0.015 0.005 0.217 0.043 0.033 0.034 0.139 0.023 80 H 0.027 0.258 0.113 0.051 0.004 0.017 0.010 0.042 0.127 0.017 0.014 0.032 0.014 0.004 0.117 0.157 81 S 0.326 0.088 0.248 0.106 0.001 0.017 0.009 0.002 0.036 0.006 0.003 0.005 0.007 0.001 0.006 0.141 82 T 0.097 0.151 0.611 0.123 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 83 F 0.007 0.029 0.332 0.625 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 L 0.001 0.005 0.099 0.895 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.001 0.001 0.016 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 S 0.001 0.005 0.004 0.928 0.048 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 M 0.001 0.007 0.001 0.110 0.428 0.444 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 D 0.001 0.036 0.001 0.006 0.832 0.018 0.005 0.056 0.001 0.002 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 N 0.001 0.023 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.894 0.025 0.004 0.002 0.005 0.001 0.001 0.040 0.001 90 G 0.002 0.006 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.815 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 91 E 0.976 0.002 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 R 0.003 0.009 0.944 0.035 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 V 0.002 0.006 0.067 0.908 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 P 0.001 0.015 0.015 0.808 0.011 0.146 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 V 0.001 0.062 0.006 0.895 0.003 0.011 0.001 0.004 0.001 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 96 S 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 97 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.001 0.001 0.001 99 Y 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.030 0.925 0.001 0.002 0.005 100 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.024 0.966 0.001 0.001 0.001 101 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 102 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.985 0.001 0.001 0.002 103 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 104 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 105 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.002 106 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.950 0.001 0.002 107 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.972 0.001 108 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.015 0.021 0.001 0.001 0.013 0.016 0.001 0.919 109 F 0.945 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.001 0.012 0.004