# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 827 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.050 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.057 0.162 0.629 2 K 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.038 0.137 0.706 3 S 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.010 0.004 0.006 0.004 0.002 0.002 0.610 0.041 0.060 0.237 4 V 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.004 0.005 0.002 0.021 0.018 0.014 0.010 0.218 0.066 0.086 0.533 5 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.013 0.004 0.866 0.032 0.008 0.049 6 T 0.003 0.001 0.001 0.002 0.015 0.111 0.174 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.020 0.012 0.314 0.058 0.021 0.225 7 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.513 0.332 0.051 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.006 0.002 0.012 8 K 0.012 0.001 0.011 0.002 0.365 0.006 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.292 0.059 0.025 0.214 9 T 0.822 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.023 0.010 0.118 10 T 0.113 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.015 0.070 0.783 11 D 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.006 0.052 0.889 12 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.585 0.135 0.037 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.008 0.021 0.118 13 W 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.159 0.260 0.078 0.002 0.008 0.001 0.001 0.002 0.040 0.025 0.041 0.378 14 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.033 0.003 0.375 0.098 0.015 0.004 0.207 0.026 0.043 0.182 15 P 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.082 0.065 0.008 0.067 0.016 0.076 0.620 16 V 0.024 0.003 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.030 0.009 0.241 0.048 0.132 0.476 17 P 0.363 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.101 0.097 0.320 18 F 0.314 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.071 0.090 0.407 19 S 0.008 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.210 0.040 0.114 0.607 20 K 0.004 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.747 0.027 0.037 0.151 21 V 0.005 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.008 0.014 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.457 0.080 0.061 0.305 22 M 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.002 0.001 0.901 0.025 0.007 0.036 23 Y 0.004 0.014 0.001 0.001 0.001 0.007 0.042 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.014 0.006 0.669 0.060 0.013 0.145 24 L 0.001 0.002 0.005 0.002 0.081 0.291 0.177 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.355 0.020 0.006 0.038 25 E 0.003 0.001 0.014 0.001 0.642 0.018 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.234 0.023 0.005 0.045 26 A 0.242 0.001 0.006 0.001 0.059 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.188 0.185 0.027 0.287 27 K 0.369 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.101 0.044 0.434 28 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.012 0.078 0.860 29 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.400 0.018 0.064 0.416 30 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.649 0.203 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.023 0.008 0.052 31 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.013 0.053 0.004 0.121 0.017 0.006 0.004 0.577 0.071 0.011 0.097 32 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.412 0.291 0.107 0.007 0.133 0.017 0.002 0.023 33 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.077 0.068 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.104 0.181 0.019 0.331 0.041 0.005 0.037 34 N 0.003 0.001 0.001 0.003 0.043 0.009 0.042 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.633 0.095 0.017 0.120 35 A 0.313 0.001 0.001 0.001 0.027 0.016 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.192 0.147 0.048 0.240 36 E 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.076 0.116 0.690 37 E 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.022 0.085 0.804 38 L 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.026 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.140 0.056 0.092 0.525 39 T 0.013 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.104 0.034 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.103 0.046 0.073 0.523 40 G 0.021 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.050 0.089 0.008 0.079 0.021 0.005 0.004 0.291 0.070 0.048 0.257 41 T 0.026 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.011 0.003 0.094 0.078 0.026 0.012 0.132 0.116 0.050 0.412 42 H 0.047 0.125 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 0.040 0.041 0.014 0.256 0.154 0.057 0.232 43 K 0.037 0.191 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.096 0.061 0.086 0.513 44 Y 0.020 0.372 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.205 0.051 0.052 0.289 45 S 0.017 0.868 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.021 0.014 0.068 46 L 0.048 0.893 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.008 0.025 47 Q 0.023 0.873 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.025 0.013 0.057 48 E 0.055 0.714 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.060 0.026 0.113 49 F 0.415 0.338 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.067 0.035 0.102 50 E 0.409 0.058 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.072 0.083 0.345 51 Y 0.026 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.037 0.086 0.808 52 L 0.010 0.009 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.021 0.152 0.759 53 L 0.141 0.015 0.024 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.110 0.131 0.540 54 P 0.270 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.060 0.098 0.533 55 K 0.082 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.019 0.094 0.763 56 D 0.038 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.049 0.113 0.682 57 S 0.030 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.227 0.112 0.101 0.430 58 F 0.021 0.035 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.007 0.015 0.001 0.007 0.003 0.002 0.002 0.296 0.132 0.081 0.380 59 I 0.009 0.022 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.009 0.005 0.002 0.504 0.057 0.073 0.292 60 R 0.014 0.016 0.008 0.001 0.005 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.007 0.002 0.549 0.060 0.064 0.257 61 C 0.029 0.019 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.368 0.071 0.127 0.373 62 H 0.254 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.232 0.066 0.091 0.324 63 R 0.025 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.206 0.032 0.140 0.577 64 S 0.008 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.506 0.057 0.059 0.351 65 F 0.009 0.020 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.551 0.050 0.077 0.265 66 I 0.009 0.017 0.004 0.001 0.010 0.005 0.004 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.482 0.035 0.071 0.347 67 V 0.024 0.050 0.010 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.002 0.001 0.413 0.079 0.070 0.326 68 N 0.309 0.272 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.120 0.052 0.194 69 V 0.265 0.206 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.072 0.100 0.308 70 N 0.026 0.087 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.053 0.125 0.584 71 H 0.063 0.080 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.196 0.068 0.110 0.433 72 I 0.099 0.036 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.180 0.110 0.154 0.384 73 K 0.032 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.004 0.002 0.001 0.241 0.081 0.136 0.475 74 A 0.010 0.006 0.002 0.001 0.002 0.005 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.194 0.043 0.103 0.609 75 I 0.009 0.005 0.009 0.001 0.033 0.046 0.036 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.181 0.028 0.152 0.489 76 Y 0.117 0.004 0.022 0.002 0.299 0.202 0.043 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.057 0.034 0.137 77 P 0.073 0.004 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.062 0.109 0.703 78 D 0.292 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.064 0.047 0.575 79 T 0.077 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.067 0.091 0.726 80 H 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.026 0.088 0.817 81 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.163 0.083 0.055 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.384 0.030 0.046 0.219 82 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.121 0.096 0.008 0.038 0.014 0.004 0.005 0.272 0.112 0.029 0.174 83 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.019 0.005 0.154 0.102 0.051 0.012 0.526 0.069 0.007 0.045 84 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.138 0.212 0.018 0.451 0.031 0.003 0.035 85 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.160 0.109 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.022 0.058 0.012 0.483 0.032 0.003 0.025 86 S 0.001 0.001 0.003 0.002 0.390 0.079 0.078 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.327 0.047 0.005 0.034 87 M 0.094 0.001 0.003 0.001 0.068 0.007 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.492 0.076 0.043 0.204 88 D 0.292 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.046 0.072 0.532 89 N 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.010 0.121 0.803 90 G 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.017 0.099 0.773 91 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.261 0.261 0.076 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.176 0.026 0.045 0.144 92 R 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.043 0.038 0.001 0.026 0.004 0.001 0.002 0.073 0.041 0.089 0.609 93 V 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.013 0.004 0.242 0.184 0.039 0.006 0.258 0.039 0.048 0.152 94 P 0.019 0.011 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.099 0.117 0.021 0.128 0.073 0.068 0.400 95 V 0.016 0.068 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.006 0.257 0.078 0.100 0.449 96 S 0.131 0.405 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.074 0.059 0.269 97 Q 0.129 0.209 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.306 0.048 0.256 98 S 0.012 0.518 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.144 0.044 0.261 99 Y 0.014 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.008 0.034 100 A 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.006 101 S 0.002 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.003 0.010 102 Y 0.005 0.960 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.002 0.010 103 F 0.083 0.887 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 0.007 104 R 0.092 0.134 0.168 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.400 0.036 0.160 105 K 0.824 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.144 106 L 0.080 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.038 0.138 0.730 107 L 0.019 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.034 0.174 0.761 108 G 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.143 0.844 109 F 0.025 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.009 0.177 0.768