# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 827 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.088 0.002 0.002 0.010 0.045 0.036 0.090 0.002 0.001 0.028 0.698 2 K 0.009 0.001 0.001 0.014 0.093 0.094 0.147 0.001 0.001 0.051 0.592 3 S 0.001 0.001 0.001 0.078 0.171 0.353 0.066 0.001 0.001 0.035 0.295 4 V 0.002 0.001 0.001 0.047 0.158 0.271 0.065 0.001 0.001 0.024 0.433 5 V 0.001 0.001 0.001 0.057 0.442 0.325 0.023 0.001 0.001 0.018 0.135 6 T 0.001 0.001 0.001 0.059 0.279 0.460 0.017 0.001 0.001 0.038 0.144 7 L 0.001 0.001 0.001 0.021 0.307 0.426 0.049 0.001 0.001 0.017 0.177 8 K 0.047 0.001 0.001 0.053 0.181 0.258 0.052 0.001 0.001 0.047 0.359 9 T 0.233 0.001 0.001 0.013 0.037 0.041 0.053 0.001 0.001 0.038 0.582 10 T 0.046 0.001 0.001 0.010 0.022 0.016 0.057 0.001 0.001 0.015 0.832 11 D 0.012 0.001 0.001 0.004 0.040 0.026 0.048 0.001 0.001 0.008 0.860 12 G 0.003 0.001 0.001 0.025 0.313 0.138 0.052 0.001 0.001 0.009 0.461 13 W 0.009 0.001 0.001 0.010 0.097 0.073 0.047 0.001 0.001 0.019 0.745 14 I 0.001 0.001 0.001 0.007 0.333 0.357 0.060 0.001 0.001 0.003 0.240 15 P 0.004 0.001 0.001 0.015 0.023 0.047 0.049 0.001 0.001 0.014 0.848 16 V 0.001 0.001 0.001 0.015 0.370 0.151 0.113 0.001 0.001 0.007 0.341 17 P 0.362 0.125 0.001 0.023 0.010 0.026 0.054 0.008 0.001 0.018 0.374 18 F 0.579 0.084 0.001 0.008 0.012 0.013 0.043 0.003 0.001 0.028 0.229 19 S 0.012 0.153 0.003 0.080 0.021 0.079 0.137 0.001 0.001 0.045 0.468 20 K 0.007 0.039 0.002 0.101 0.092 0.574 0.030 0.001 0.001 0.050 0.104 21 V 0.018 0.024 0.001 0.121 0.223 0.359 0.059 0.001 0.001 0.050 0.145 22 M 0.001 0.009 0.001 0.016 0.424 0.488 0.007 0.001 0.001 0.009 0.046 23 Y 0.002 0.005 0.001 0.018 0.248 0.632 0.008 0.001 0.001 0.024 0.062 24 L 0.004 0.001 0.001 0.025 0.511 0.379 0.012 0.001 0.001 0.027 0.039 25 E 0.029 0.001 0.002 0.017 0.440 0.374 0.014 0.001 0.001 0.029 0.091 26 A 0.330 0.002 0.003 0.020 0.105 0.114 0.049 0.003 0.001 0.073 0.302 27 K 0.104 0.001 0.003 0.010 0.030 0.035 0.104 0.001 0.001 0.052 0.661 28 D 0.008 0.001 0.001 0.014 0.035 0.047 0.101 0.001 0.001 0.029 0.763 29 K 0.003 0.001 0.001 0.025 0.242 0.151 0.076 0.001 0.001 0.029 0.472 30 K 0.001 0.001 0.001 0.022 0.278 0.408 0.065 0.001 0.001 0.030 0.196 31 T 0.001 0.001 0.001 0.063 0.344 0.453 0.014 0.001 0.001 0.021 0.105 32 Y 0.001 0.001 0.001 0.073 0.358 0.428 0.011 0.001 0.001 0.023 0.106 33 V 0.001 0.001 0.001 0.013 0.440 0.481 0.011 0.001 0.001 0.007 0.047 34 N 0.014 0.001 0.001 0.072 0.319 0.426 0.014 0.001 0.001 0.036 0.116 35 A 0.262 0.001 0.001 0.070 0.107 0.115 0.055 0.002 0.001 0.107 0.279 36 E 0.024 0.001 0.001 0.036 0.032 0.042 0.113 0.001 0.001 0.026 0.724 37 E 0.033 0.001 0.001 0.009 0.030 0.025 0.054 0.001 0.001 0.020 0.826 38 L 0.019 0.002 0.001 0.016 0.171 0.088 0.089 0.001 0.001 0.049 0.564 39 T 0.008 0.009 0.001 0.014 0.117 0.151 0.078 0.001 0.001 0.068 0.552 40 G 0.009 0.009 0.001 0.026 0.225 0.287 0.053 0.001 0.001 0.035 0.355 41 T 0.011 0.015 0.001 0.038 0.173 0.205 0.047 0.001 0.001 0.094 0.415 42 H 0.011 0.060 0.001 0.037 0.245 0.249 0.041 0.002 0.001 0.043 0.311 43 K 0.054 0.182 0.001 0.044 0.075 0.070 0.049 0.002 0.001 0.165 0.358 44 Y 0.008 0.261 0.002 0.035 0.069 0.079 0.082 0.004 0.001 0.074 0.386 45 S 0.013 0.804 0.001 0.004 0.006 0.012 0.013 0.006 0.001 0.065 0.075 46 L 0.017 0.937 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.005 0.001 0.016 0.016 47 Q 0.006 0.950 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.014 0.020 48 E 0.029 0.921 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.004 0.007 0.020 49 F 0.249 0.456 0.062 0.002 0.003 0.005 0.013 0.090 0.038 0.027 0.055 50 E 0.607 0.036 0.024 0.001 0.003 0.005 0.019 0.015 0.023 0.052 0.215 51 Y 0.070 0.022 0.004 0.003 0.006 0.005 0.073 0.001 0.001 0.029 0.787 52 L 0.004 0.009 0.005 0.002 0.002 0.004 0.087 0.001 0.001 0.022 0.863 53 L 0.098 0.010 0.011 0.007 0.004 0.007 0.202 0.009 0.006 0.066 0.580 54 P 0.298 0.014 0.002 0.005 0.002 0.002 0.067 0.005 0.002 0.026 0.576 55 K 0.050 0.016 0.001 0.010 0.002 0.004 0.054 0.002 0.001 0.011 0.852 56 D 0.017 0.016 0.001 0.014 0.005 0.014 0.102 0.001 0.001 0.033 0.797 57 S 0.011 0.023 0.001 0.175 0.022 0.049 0.119 0.001 0.001 0.066 0.532 58 F 0.009 0.027 0.001 0.178 0.032 0.075 0.088 0.001 0.001 0.128 0.460 59 I 0.014 0.049 0.001 0.237 0.117 0.121 0.061 0.001 0.001 0.073 0.326 60 R 0.023 0.049 0.004 0.199 0.074 0.133 0.051 0.002 0.001 0.187 0.278 61 C 0.023 0.046 0.004 0.147 0.090 0.174 0.084 0.002 0.001 0.162 0.267 62 H 0.110 0.146 0.003 0.083 0.069 0.119 0.074 0.005 0.001 0.111 0.279 63 R 0.023 0.115 0.002 0.058 0.116 0.241 0.092 0.003 0.001 0.074 0.275 64 S 0.008 0.143 0.002 0.036 0.054 0.161 0.074 0.001 0.001 0.160 0.360 65 F 0.017 0.278 0.001 0.123 0.185 0.192 0.034 0.003 0.001 0.050 0.117 66 I 0.012 0.062 0.003 0.092 0.107 0.184 0.044 0.002 0.001 0.303 0.190 67 V 0.006 0.072 0.009 0.266 0.192 0.141 0.052 0.002 0.001 0.111 0.148 68 N 0.148 0.588 0.003 0.010 0.035 0.049 0.017 0.013 0.001 0.032 0.104 69 V 0.282 0.461 0.003 0.007 0.021 0.023 0.028 0.007 0.001 0.065 0.102 70 N 0.012 0.389 0.013 0.010 0.021 0.056 0.076 0.003 0.002 0.059 0.359 71 H 0.107 0.247 0.021 0.036 0.047 0.213 0.053 0.016 0.003 0.093 0.164 72 I 0.293 0.075 0.006 0.044 0.055 0.085 0.081 0.025 0.007 0.068 0.261 73 K 0.043 0.015 0.003 0.017 0.214 0.205 0.056 0.001 0.001 0.048 0.397 74 A 0.004 0.006 0.001 0.025 0.070 0.261 0.075 0.001 0.001 0.036 0.522 75 I 0.021 0.005 0.003 0.033 0.140 0.123 0.126 0.001 0.001 0.092 0.456 76 Y 0.148 0.007 0.007 0.041 0.155 0.123 0.082 0.007 0.003 0.113 0.314 77 P 0.128 0.004 0.002 0.011 0.021 0.030 0.092 0.002 0.001 0.047 0.661 78 D 0.193 0.002 0.003 0.012 0.013 0.018 0.080 0.002 0.001 0.056 0.621 79 T 0.061 0.003 0.003 0.018 0.015 0.020 0.131 0.001 0.001 0.048 0.699 80 H 0.017 0.003 0.001 0.013 0.017 0.023 0.106 0.001 0.001 0.034 0.785 81 S 0.016 0.004 0.001 0.036 0.173 0.152 0.092 0.001 0.001 0.068 0.456 82 T 0.002 0.002 0.001 0.049 0.192 0.343 0.069 0.001 0.001 0.084 0.259 83 F 0.001 0.001 0.001 0.049 0.344 0.490 0.018 0.001 0.001 0.024 0.074 84 L 0.001 0.001 0.001 0.023 0.336 0.553 0.009 0.001 0.001 0.018 0.060 85 L 0.001 0.001 0.001 0.012 0.452 0.473 0.007 0.001 0.001 0.014 0.041 86 S 0.002 0.001 0.001 0.010 0.304 0.611 0.009 0.001 0.001 0.023 0.041 87 M 0.094 0.001 0.001 0.027 0.213 0.263 0.046 0.001 0.001 0.059 0.297 88 D 0.222 0.001 0.001 0.013 0.037 0.037 0.048 0.001 0.001 0.042 0.598 89 N 0.013 0.001 0.001 0.009 0.030 0.012 0.043 0.001 0.001 0.010 0.881 90 G 0.025 0.001 0.001 0.004 0.048 0.015 0.038 0.001 0.001 0.016 0.853 91 E 0.001 0.001 0.001 0.013 0.495 0.195 0.064 0.001 0.001 0.010 0.222 92 R 0.001 0.001 0.001 0.010 0.043 0.080 0.052 0.001 0.001 0.017 0.797 93 V 0.001 0.001 0.001 0.011 0.469 0.294 0.044 0.001 0.001 0.005 0.178 94 P 0.020 0.006 0.001 0.080 0.072 0.117 0.041 0.001 0.001 0.049 0.613 95 V 0.002 0.003 0.001 0.014 0.175 0.096 0.127 0.001 0.001 0.048 0.534 96 S 0.047 0.531 0.001 0.028 0.007 0.015 0.039 0.005 0.001 0.031 0.297 97 Q 0.065 0.198 0.001 0.028 0.008 0.010 0.036 0.002 0.001 0.512 0.140 98 S 0.003 0.443 0.002 0.040 0.002 0.008 0.060 0.004 0.001 0.265 0.172 99 Y 0.012 0.918 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.038 0.018 100 A 0.008 0.955 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.023 0.004 101 S 0.002 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.045 0.012 102 Y 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 103 F 0.045 0.863 0.022 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 0.015 0.011 0.010 104 R 0.229 0.054 0.243 0.001 0.001 0.001 0.009 0.042 0.326 0.037 0.058 105 K 0.725 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 0.005 0.009 0.220 106 L 0.040 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.057 0.002 0.002 0.009 0.879 107 L 0.007 0.005 0.002 0.005 0.002 0.003 0.123 0.001 0.001 0.009 0.844 108 G 0.017 0.006 0.001 0.006 0.001 0.003 0.073 0.001 0.001 0.008 0.883 109 F 0.016 0.003 0.001 0.017 0.010 0.008 0.128 0.001 0.001 0.013 0.804