# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 827 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.143 0.008 0.011 0.027 0.046 0.113 0.082 0.570 2 K 0.025 0.003 0.015 0.039 0.045 0.145 0.047 0.681 3 S 0.003 0.003 0.075 0.111 0.296 0.073 0.038 0.400 4 V 0.006 0.003 0.043 0.119 0.291 0.079 0.031 0.427 5 V 0.001 0.001 0.095 0.497 0.278 0.019 0.022 0.087 6 T 0.001 0.001 0.119 0.232 0.386 0.023 0.074 0.164 7 L 0.001 0.001 0.049 0.454 0.341 0.024 0.016 0.116 8 K 0.008 0.001 0.156 0.167 0.226 0.040 0.026 0.376 9 T 0.391 0.001 0.014 0.060 0.031 0.035 0.164 0.304 10 T 0.078 0.001 0.007 0.005 0.019 0.062 0.023 0.805 11 D 0.031 0.001 0.008 0.034 0.033 0.067 0.008 0.819 12 G 0.002 0.001 0.015 0.098 0.544 0.030 0.009 0.304 13 W 0.013 0.001 0.005 0.188 0.085 0.071 0.020 0.618 14 I 0.001 0.001 0.017 0.462 0.369 0.019 0.006 0.127 15 P 0.002 0.001 0.010 0.158 0.254 0.060 0.026 0.489 16 V 0.001 0.001 0.017 0.306 0.237 0.058 0.011 0.370 17 P 0.238 0.091 0.014 0.041 0.025 0.058 0.277 0.256 18 F 0.190 0.138 0.012 0.023 0.035 0.093 0.073 0.437 19 S 0.013 0.115 0.026 0.074 0.101 0.090 0.047 0.535 20 K 0.007 0.067 0.033 0.073 0.491 0.051 0.081 0.198 21 V 0.004 0.062 0.027 0.246 0.466 0.029 0.049 0.117 22 M 0.002 0.030 0.016 0.365 0.535 0.005 0.017 0.030 23 Y 0.003 0.011 0.022 0.335 0.468 0.009 0.088 0.063 24 L 0.003 0.002 0.029 0.433 0.431 0.010 0.050 0.043 25 E 0.019 0.001 0.038 0.404 0.365 0.023 0.043 0.107 26 A 0.296 0.001 0.013 0.091 0.111 0.046 0.071 0.371 27 K 0.286 0.001 0.008 0.013 0.025 0.087 0.066 0.515 28 D 0.015 0.001 0.009 0.005 0.017 0.137 0.010 0.806 29 K 0.003 0.001 0.040 0.074 0.154 0.117 0.023 0.589 30 K 0.001 0.001 0.091 0.172 0.298 0.064 0.077 0.297 31 T 0.001 0.002 0.136 0.258 0.417 0.022 0.051 0.114 32 Y 0.001 0.001 0.172 0.320 0.365 0.013 0.050 0.078 33 V 0.001 0.001 0.185 0.442 0.294 0.009 0.023 0.045 34 N 0.004 0.001 0.249 0.238 0.334 0.021 0.040 0.112 35 A 0.103 0.003 0.126 0.150 0.150 0.074 0.132 0.262 36 E 0.079 0.003 0.058 0.118 0.133 0.106 0.063 0.440 37 E 0.045 0.004 0.020 0.043 0.068 0.113 0.046 0.661 38 L 0.031 0.006 0.030 0.071 0.139 0.128 0.062 0.533 39 T 0.024 0.015 0.029 0.111 0.146 0.099 0.049 0.528 40 G 0.020 0.023 0.037 0.137 0.221 0.078 0.051 0.434 41 T 0.022 0.030 0.047 0.126 0.152 0.070 0.175 0.378 42 H 0.021 0.092 0.066 0.128 0.194 0.061 0.084 0.354 43 K 0.037 0.168 0.054 0.075 0.110 0.067 0.079 0.409 44 Y 0.013 0.277 0.070 0.125 0.119 0.054 0.052 0.290 45 S 0.012 0.879 0.006 0.006 0.010 0.010 0.016 0.061 46 L 0.034 0.888 0.004 0.003 0.003 0.007 0.030 0.030 47 Q 0.021 0.864 0.007 0.003 0.003 0.011 0.054 0.036 48 E 0.059 0.750 0.018 0.004 0.006 0.017 0.082 0.064 49 F 0.500 0.173 0.037 0.008 0.011 0.026 0.153 0.092 50 E 0.354 0.035 0.013 0.009 0.015 0.064 0.106 0.404 51 Y 0.015 0.004 0.002 0.002 0.003 0.090 0.010 0.873 52 L 0.004 0.004 0.005 0.005 0.007 0.130 0.010 0.835 53 L 0.023 0.005 0.007 0.006 0.007 0.155 0.033 0.765 54 P 0.524 0.062 0.002 0.002 0.001 0.033 0.161 0.215 55 K 0.163 0.097 0.004 0.002 0.004 0.102 0.042 0.586 56 D 0.030 0.095 0.038 0.009 0.025 0.122 0.056 0.625 57 S 0.022 0.107 0.093 0.051 0.174 0.105 0.156 0.294 58 F 0.010 0.087 0.121 0.120 0.234 0.048 0.105 0.276 59 I 0.015 0.058 0.074 0.321 0.292 0.029 0.065 0.146 60 R 0.019 0.030 0.171 0.163 0.218 0.041 0.176 0.181 61 C 0.026 0.033 0.101 0.188 0.266 0.060 0.115 0.211 62 H 0.058 0.087 0.072 0.136 0.166 0.092 0.092 0.298 63 R 0.019 0.055 0.067 0.116 0.247 0.087 0.136 0.273 64 S 0.012 0.059 0.081 0.088 0.266 0.062 0.177 0.257 65 F 0.013 0.123 0.105 0.180 0.252 0.049 0.104 0.174 66 I 0.011 0.116 0.096 0.166 0.123 0.048 0.248 0.191 67 V 0.007 0.200 0.085 0.113 0.155 0.041 0.170 0.228 68 N 0.031 0.836 0.010 0.010 0.016 0.010 0.045 0.043 69 V 0.053 0.788 0.009 0.010 0.012 0.013 0.044 0.072 70 N 0.016 0.712 0.018 0.014 0.019 0.022 0.042 0.157 71 H 0.095 0.488 0.040 0.016 0.036 0.041 0.108 0.175 72 I 0.271 0.074 0.043 0.020 0.022 0.052 0.307 0.212 73 K 0.080 0.046 0.019 0.033 0.039 0.118 0.085 0.580 74 A 0.012 0.014 0.016 0.016 0.049 0.119 0.029 0.744 75 I 0.018 0.006 0.037 0.048 0.051 0.130 0.066 0.644 76 Y 0.147 0.007 0.022 0.058 0.057 0.111 0.162 0.436 77 P 0.031 0.001 0.009 0.012 0.022 0.095 0.024 0.806 78 D 0.081 0.002 0.008 0.006 0.009 0.105 0.061 0.728 79 T 0.192 0.009 0.012 0.007 0.011 0.142 0.076 0.552 80 H 0.049 0.011 0.010 0.011 0.020 0.149 0.023 0.727 81 S 0.006 0.006 0.025 0.125 0.337 0.096 0.043 0.361 82 T 0.002 0.002 0.032 0.139 0.599 0.034 0.077 0.115 83 F 0.001 0.001 0.010 0.276 0.672 0.005 0.013 0.022 84 L 0.001 0.001 0.007 0.493 0.471 0.002 0.011 0.014 85 L 0.001 0.001 0.020 0.531 0.412 0.003 0.017 0.017 86 S 0.001 0.001 0.011 0.422 0.544 0.003 0.007 0.014 87 M 0.039 0.001 0.017 0.256 0.446 0.028 0.034 0.180 88 D 0.701 0.001 0.005 0.084 0.026 0.018 0.064 0.102 89 N 0.008 0.001 0.004 0.004 0.028 0.046 0.012 0.896 90 G 0.126 0.001 0.005 0.010 0.016 0.095 0.014 0.733 91 E 0.001 0.001 0.019 0.431 0.410 0.018 0.005 0.116 92 R 0.006 0.003 0.016 0.036 0.052 0.047 0.050 0.790 93 V 0.008 0.007 0.027 0.427 0.182 0.065 0.030 0.255 94 P 0.011 0.047 0.066 0.088 0.162 0.086 0.094 0.446 95 V 0.010 0.123 0.028 0.164 0.152 0.061 0.100 0.362 96 S 0.016 0.882 0.004 0.009 0.009 0.007 0.025 0.049 97 Q 0.033 0.680 0.006 0.003 0.004 0.015 0.188 0.070 98 S 0.003 0.810 0.003 0.002 0.002 0.007 0.136 0.038 99 Y 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 100 A 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 101 S 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 102 Y 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 103 F 0.017 0.919 0.009 0.001 0.001 0.003 0.040 0.011 104 R 0.170 0.165 0.104 0.002 0.001 0.023 0.452 0.083 105 K 0.667 0.037 0.010 0.002 0.002 0.027 0.019 0.236 106 L 0.061 0.004 0.005 0.001 0.001 0.054 0.011 0.864 107 L 0.008 0.002 0.006 0.001 0.001 0.195 0.007 0.780 108 G 0.010 0.003 0.008 0.002 0.006 0.102 0.018 0.852 109 F 0.029 0.003 0.016 0.007 0.006 0.126 0.033 0.779