# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 827 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.693 0.155 0.018 0.044 0.026 0.015 0.020 0.013 0.009 0.006 0.003 2 K 0.227 0.103 0.031 0.131 0.118 0.104 0.103 0.068 0.055 0.040 0.021 3 S 0.100 0.192 0.078 0.175 0.125 0.113 0.098 0.060 0.033 0.019 0.007 4 V 0.013 0.028 0.021 0.108 0.148 0.214 0.194 0.121 0.082 0.047 0.024 5 V 0.009 0.006 0.008 0.013 0.019 0.040 0.103 0.145 0.224 0.248 0.185 6 T 0.017 0.057 0.060 0.281 0.217 0.145 0.110 0.050 0.035 0.019 0.008 7 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.009 0.027 0.047 0.173 0.274 0.458 8 K 0.047 0.126 0.080 0.264 0.250 0.093 0.069 0.037 0.019 0.010 0.006 9 T 0.073 0.133 0.071 0.126 0.104 0.109 0.148 0.092 0.069 0.047 0.027 10 T 0.356 0.208 0.042 0.148 0.094 0.054 0.046 0.026 0.012 0.007 0.005 11 D 0.605 0.177 0.029 0.075 0.035 0.024 0.023 0.015 0.008 0.005 0.003 12 G 0.253 0.189 0.050 0.180 0.120 0.075 0.066 0.036 0.017 0.010 0.005 13 W 0.042 0.057 0.027 0.064 0.080 0.122 0.133 0.112 0.136 0.139 0.088 14 I 0.049 0.062 0.042 0.111 0.124 0.172 0.176 0.117 0.080 0.047 0.020 15 P 0.115 0.213 0.100 0.254 0.131 0.077 0.059 0.027 0.013 0.007 0.003 16 V 0.009 0.004 0.004 0.009 0.016 0.024 0.064 0.104 0.192 0.228 0.345 17 P 0.181 0.432 0.066 0.193 0.085 0.021 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 18 F 0.042 0.029 0.019 0.062 0.087 0.096 0.148 0.142 0.143 0.119 0.113 19 S 0.379 0.200 0.061 0.157 0.094 0.042 0.033 0.019 0.008 0.004 0.002 20 K 0.067 0.119 0.054 0.251 0.165 0.110 0.123 0.059 0.030 0.015 0.007 21 V 0.002 0.002 0.004 0.008 0.015 0.034 0.058 0.082 0.202 0.281 0.312 22 M 0.005 0.024 0.031 0.115 0.149 0.177 0.226 0.125 0.084 0.048 0.016 23 Y 0.002 0.005 0.023 0.038 0.049 0.111 0.156 0.127 0.193 0.188 0.108 24 L 0.001 0.001 0.003 0.004 0.010 0.025 0.060 0.080 0.205 0.269 0.342 25 E 0.006 0.011 0.021 0.070 0.112 0.126 0.207 0.153 0.145 0.103 0.045 26 A 0.004 0.009 0.018 0.023 0.041 0.071 0.143 0.136 0.194 0.207 0.155 27 K 0.028 0.102 0.073 0.200 0.182 0.135 0.144 0.067 0.037 0.021 0.011 28 D 0.329 0.167 0.077 0.147 0.081 0.069 0.063 0.033 0.016 0.011 0.005 29 K 0.138 0.128 0.071 0.168 0.126 0.119 0.123 0.068 0.032 0.018 0.009 30 K 0.048 0.086 0.042 0.179 0.174 0.145 0.138 0.087 0.049 0.032 0.019 31 T 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.013 0.036 0.066 0.199 0.299 0.373 32 Y 0.005 0.029 0.038 0.172 0.255 0.239 0.147 0.056 0.032 0.016 0.010 33 V 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.007 0.021 0.059 0.149 0.255 0.494 34 N 0.004 0.010 0.014 0.073 0.152 0.209 0.235 0.124 0.093 0.054 0.031 35 A 0.001 0.002 0.003 0.004 0.006 0.009 0.034 0.057 0.206 0.262 0.418 36 E 0.088 0.126 0.086 0.283 0.235 0.079 0.055 0.025 0.012 0.006 0.004 37 E 0.377 0.218 0.090 0.148 0.061 0.035 0.035 0.017 0.010 0.006 0.003 38 L 0.094 0.087 0.025 0.105 0.104 0.134 0.162 0.115 0.077 0.057 0.040 39 T 0.217 0.252 0.060 0.161 0.109 0.073 0.057 0.035 0.018 0.011 0.006 40 G 0.162 0.075 0.062 0.105 0.099 0.127 0.143 0.090 0.065 0.044 0.028 41 T 0.112 0.135 0.073 0.175 0.138 0.107 0.111 0.063 0.044 0.027 0.016 42 H 0.027 0.032 0.020 0.043 0.055 0.082 0.174 0.148 0.179 0.151 0.091 43 K 0.093 0.124 0.112 0.255 0.194 0.099 0.061 0.032 0.016 0.009 0.004 44 Y 0.157 0.059 0.084 0.116 0.108 0.120 0.157 0.100 0.053 0.033 0.014 45 S 0.046 0.230 0.088 0.259 0.157 0.083 0.072 0.037 0.016 0.008 0.004 46 L 0.002 0.004 0.004 0.007 0.016 0.034 0.107 0.131 0.233 0.224 0.238 47 Q 0.308 0.120 0.252 0.196 0.088 0.021 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 48 E 0.083 0.095 0.264 0.259 0.148 0.065 0.056 0.020 0.006 0.003 0.001 49 F 0.002 0.003 0.008 0.010 0.019 0.049 0.124 0.135 0.257 0.264 0.130 50 E 0.008 0.012 0.025 0.071 0.114 0.198 0.311 0.131 0.074 0.045 0.010 51 Y 0.006 0.027 0.793 0.122 0.033 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 52 L 0.010 0.017 0.064 0.082 0.119 0.247 0.305 0.098 0.037 0.016 0.004 53 L 0.002 0.004 0.003 0.004 0.006 0.015 0.068 0.112 0.231 0.311 0.243 54 P 0.078 0.352 0.241 0.194 0.090 0.023 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 55 K 0.605 0.121 0.119 0.088 0.038 0.013 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 56 D 0.581 0.125 0.045 0.077 0.046 0.039 0.046 0.023 0.010 0.005 0.002 57 S 0.067 0.119 0.037 0.142 0.136 0.145 0.176 0.096 0.050 0.022 0.011 58 F 0.006 0.008 0.018 0.026 0.041 0.065 0.105 0.131 0.198 0.202 0.199 59 I 0.009 0.017 0.054 0.071 0.096 0.144 0.202 0.136 0.126 0.091 0.052 60 R 0.010 0.026 0.085 0.141 0.140 0.149 0.182 0.111 0.080 0.051 0.026 61 C 0.002 0.002 0.007 0.011 0.023 0.035 0.087 0.131 0.220 0.227 0.255 62 H 0.005 0.008 0.020 0.039 0.062 0.068 0.151 0.160 0.194 0.168 0.125 63 R 0.011 0.025 0.074 0.122 0.133 0.133 0.186 0.114 0.102 0.066 0.036 64 S 0.018 0.032 0.062 0.080 0.091 0.110 0.176 0.139 0.135 0.100 0.057 65 F 0.007 0.014 0.016 0.039 0.055 0.086 0.194 0.192 0.177 0.143 0.079 66 I 0.017 0.014 0.025 0.042 0.053 0.059 0.109 0.142 0.165 0.190 0.184 67 V 0.008 0.009 0.021 0.031 0.063 0.087 0.141 0.153 0.183 0.172 0.132 68 N 0.002 0.017 0.027 0.039 0.071 0.058 0.141 0.175 0.188 0.166 0.115 69 V 0.005 0.005 0.013 0.033 0.074 0.121 0.222 0.156 0.171 0.122 0.079 70 N 0.344 0.155 0.248 0.157 0.049 0.021 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 71 H 0.009 0.020 0.033 0.122 0.176 0.148 0.258 0.142 0.054 0.025 0.013 72 I 0.001 0.002 0.003 0.004 0.006 0.011 0.031 0.054 0.183 0.338 0.368 73 K 0.025 0.070 0.232 0.266 0.208 0.101 0.061 0.022 0.009 0.004 0.002 74 A 0.032 0.064 0.395 0.245 0.124 0.065 0.041 0.020 0.008 0.004 0.002 75 I 0.002 0.003 0.004 0.006 0.010 0.033 0.080 0.091 0.217 0.272 0.281 76 Y 0.077 0.113 0.054 0.147 0.150 0.118 0.154 0.091 0.054 0.031 0.012 77 P 0.213 0.158 0.219 0.189 0.089 0.051 0.038 0.020 0.012 0.007 0.004 78 D 0.304 0.152 0.076 0.128 0.095 0.074 0.085 0.041 0.022 0.014 0.008 79 T 0.244 0.204 0.031 0.094 0.070 0.077 0.109 0.074 0.049 0.033 0.015 80 H 0.269 0.173 0.039 0.150 0.118 0.085 0.066 0.047 0.025 0.017 0.011 81 S 0.257 0.125 0.050 0.122 0.103 0.082 0.104 0.074 0.041 0.028 0.014 82 T 0.050 0.065 0.036 0.164 0.170 0.150 0.145 0.094 0.064 0.040 0.022 83 F 0.004 0.006 0.008 0.020 0.030 0.067 0.130 0.145 0.221 0.221 0.147 84 L 0.006 0.017 0.024 0.106 0.149 0.201 0.191 0.108 0.096 0.064 0.039 85 L 0.002 0.002 0.006 0.008 0.014 0.024 0.054 0.083 0.205 0.273 0.328 86 S 0.007 0.015 0.019 0.079 0.130 0.148 0.188 0.120 0.133 0.096 0.065 87 M 0.006 0.006 0.009 0.017 0.030 0.047 0.118 0.125 0.227 0.208 0.207 88 D 0.102 0.232 0.103 0.222 0.147 0.075 0.056 0.028 0.016 0.010 0.007 89 N 0.142 0.223 0.048 0.143 0.105 0.093 0.113 0.060 0.037 0.023 0.013 90 G 0.688 0.138 0.015 0.057 0.034 0.022 0.018 0.012 0.007 0.005 0.003 91 E 0.375 0.207 0.048 0.134 0.075 0.051 0.049 0.032 0.016 0.009 0.004 92 R 0.060 0.148 0.061 0.214 0.167 0.139 0.100 0.054 0.031 0.018 0.009 93 V 0.004 0.004 0.004 0.008 0.014 0.039 0.082 0.108 0.230 0.232 0.275 94 P 0.098 0.161 0.106 0.280 0.190 0.077 0.048 0.023 0.010 0.004 0.003 95 V 0.006 0.004 0.010 0.013 0.025 0.028 0.068 0.113 0.201 0.224 0.308 96 S 0.018 0.052 0.040 0.126 0.169 0.120 0.156 0.122 0.092 0.065 0.041 97 Q 0.099 0.061 0.086 0.161 0.148 0.130 0.158 0.073 0.049 0.024 0.011 98 S 0.291 0.159 0.157 0.207 0.095 0.039 0.028 0.014 0.005 0.003 0.002 99 Y 0.010 0.034 0.029 0.073 0.088 0.120 0.226 0.162 0.131 0.093 0.035 100 A 0.022 0.027 0.031 0.065 0.099 0.173 0.260 0.136 0.095 0.067 0.024 101 S 0.079 0.085 0.549 0.187 0.060 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 102 Y 0.036 0.044 0.121 0.171 0.163 0.181 0.190 0.061 0.021 0.009 0.004 103 F 0.001 0.002 0.004 0.003 0.005 0.008 0.031 0.063 0.217 0.306 0.361 104 R 0.008 0.018 0.073 0.125 0.215 0.202 0.189 0.090 0.044 0.027 0.010 105 K 0.012 0.048 0.708 0.158 0.046 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 106 L 0.006 0.010 0.026 0.040 0.069 0.185 0.317 0.169 0.093 0.060 0.026 107 L 0.007 0.007 0.007 0.010 0.014 0.036 0.098 0.133 0.259 0.245 0.185 108 G 0.195 0.186 0.189 0.210 0.116 0.041 0.034 0.016 0.007 0.003 0.002 109 F 0.081 0.035 0.082 0.078 0.108 0.098 0.177 0.128 0.095 0.068 0.051