# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 827 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.110 0.015 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.037 0.117 0.639 2 K 0.050 0.003 0.041 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.007 0.055 0.810 3 S 0.017 0.002 0.003 0.001 0.012 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.230 0.003 0.114 0.605 4 V 0.081 0.001 0.009 0.001 0.028 0.009 0.020 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.268 0.008 0.110 0.456 5 V 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.008 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.004 0.853 0.001 0.020 0.065 6 T 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.080 0.089 0.022 0.485 0.001 0.045 0.232 7 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.260 0.422 0.053 0.012 0.188 0.001 0.005 0.044 8 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 0.034 0.006 0.071 0.010 0.002 0.002 0.643 0.001 0.050 0.142 9 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.530 0.239 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.001 0.029 0.114 10 T 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.283 0.001 0.179 0.442 11 D 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.013 0.304 0.565 12 G 0.534 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.139 0.133 0.157 13 W 0.042 0.010 0.023 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.009 0.206 0.658 14 I 0.004 0.001 0.001 0.003 0.611 0.096 0.047 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.170 0.001 0.018 0.041 15 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 16 V 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.038 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.825 0.001 0.025 0.077 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.993 18 F 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.170 0.001 0.016 0.809 19 S 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.002 0.348 0.503 20 K 0.635 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.007 0.119 0.144 21 V 0.191 0.057 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.422 0.002 0.071 0.247 22 M 0.005 0.015 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.912 0.001 0.019 0.035 23 Y 0.016 0.054 0.002 0.001 0.001 0.008 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.049 0.021 0.021 0.447 0.003 0.104 0.258 24 L 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.093 0.490 0.135 0.013 0.241 0.001 0.002 0.013 25 E 0.004 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.050 0.010 0.332 0.068 0.006 0.003 0.292 0.003 0.034 0.159 26 A 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.243 0.477 0.084 0.004 0.016 0.002 0.001 0.001 0.096 0.002 0.008 0.057 27 K 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.409 0.015 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.262 0.003 0.053 0.238 28 D 0.018 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.015 0.259 0.558 29 K 0.419 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.205 0.081 0.236 30 K 0.109 0.005 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.135 0.018 0.308 0.406 31 T 0.006 0.001 0.010 0.003 0.229 0.013 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.502 0.003 0.049 0.164 32 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.133 0.543 0.093 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.003 0.136 0.001 0.009 0.048 33 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.018 0.082 0.019 0.001 0.001 0.003 0.003 0.111 0.209 0.112 0.045 0.294 0.001 0.015 0.077 34 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.005 0.005 0.029 0.023 0.009 0.007 0.816 0.001 0.017 0.078 35 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.206 0.155 0.134 0.012 0.032 0.014 0.004 0.008 0.252 0.001 0.035 0.146 36 E 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.008 0.005 0.007 0.001 0.004 0.002 0.001 0.509 0.001 0.108 0.312 37 E 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.007 0.352 0.498 38 L 0.378 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.140 0.108 0.325 39 T 0.072 0.032 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.016 0.287 0.512 40 G 0.026 0.009 0.029 0.003 0.189 0.020 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.018 0.107 0.499 41 T 0.027 0.013 0.006 0.002 0.047 0.211 0.042 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.007 0.112 0.423 42 H 0.033 0.017 0.006 0.001 0.018 0.058 0.055 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.286 0.006 0.111 0.390 43 K 0.023 0.030 0.003 0.001 0.002 0.006 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.211 0.006 0.120 0.586 44 Y 0.054 0.052 0.009 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.300 0.013 0.132 0.429 45 S 0.032 0.066 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.007 0.393 0.445 46 L 0.033 0.121 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.190 0.011 0.068 0.570 47 Q 0.011 0.104 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 0.232 0.632 48 E 0.038 0.124 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.664 0.165 49 F 0.040 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.046 50 E 0.011 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.027 51 Y 0.083 0.840 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.003 0.050 52 L 0.332 0.569 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.001 0.034 53 L 0.317 0.486 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.055 0.005 0.092 54 P 0.002 0.006 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.969 55 K 0.010 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.019 0.944 56 D 0.164 0.034 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.022 0.053 0.695 57 S 0.467 0.020 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.049 0.090 0.326 58 F 0.238 0.026 0.042 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.162 0.012 0.169 0.338 59 I 0.021 0.025 0.004 0.006 0.010 0.015 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.644 0.003 0.060 0.195 60 R 0.017 0.039 0.002 0.002 0.027 0.043 0.048 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.472 0.004 0.058 0.263 61 C 0.014 0.051 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.003 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.555 0.004 0.047 0.294 62 H 0.016 0.072 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.546 0.006 0.079 0.255 63 R 0.029 0.079 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.299 0.010 0.142 0.432 64 S 0.074 0.084 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.263 0.023 0.121 0.423 65 F 0.093 0.087 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.476 0.017 0.082 0.232 66 I 0.054 0.162 0.012 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.351 0.012 0.160 0.235 67 V 0.035 0.149 0.017 0.003 0.005 0.004 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.560 0.009 0.047 0.158 68 N 0.024 0.230 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.228 0.012 0.117 0.369 69 V 0.021 0.087 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.457 0.014 0.035 0.379 70 N 0.008 0.037 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.006 0.349 0.565 71 H 0.101 0.056 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.647 0.169 72 I 0.075 0.839 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.026 0.051 73 K 0.040 0.836 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.004 0.014 0.048 74 A 0.219 0.598 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.003 0.018 0.037 0.007 0.102 75 I 0.338 0.465 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.029 0.065 0.004 0.075 76 Y 0.083 0.226 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.033 0.004 0.043 0.136 0.048 0.004 0.028 0.038 0.040 0.295 77 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 78 D 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.143 0.039 0.003 0.007 0.002 0.001 0.001 0.081 0.006 0.167 0.483 79 T 0.291 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.017 0.046 0.528 80 H 0.081 0.027 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.009 0.222 0.598 81 S 0.160 0.005 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.062 0.208 0.502 82 T 0.142 0.004 0.009 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.016 0.281 0.414 83 F 0.016 0.001 0.010 0.002 0.104 0.020 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.496 0.004 0.107 0.215 84 L 0.003 0.001 0.001 0.001 0.096 0.113 0.084 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.007 0.546 0.001 0.029 0.078 85 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.025 0.057 0.022 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.141 0.056 0.023 0.571 0.001 0.014 0.067 86 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 0.293 0.202 0.027 0.009 0.406 0.001 0.006 0.035 87 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.103 0.020 0.004 0.022 0.003 0.002 0.003 0.672 0.001 0.024 0.135 88 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.653 0.035 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.187 0.001 0.030 0.085 89 N 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.271 0.001 0.206 0.505 90 G 0.055 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.151 0.039 0.213 0.534 91 E 0.470 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.061 0.250 0.146 92 R 0.004 0.002 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.033 0.930 93 V 0.002 0.001 0.001 0.003 0.678 0.136 0.054 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.001 0.012 0.033 94 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 95 V 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.554 0.002 0.058 0.366 96 S 0.015 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.002 0.413 0.513 97 Q 0.086 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.004 0.112 0.693 98 S 0.050 0.084 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.004 0.299 0.544 99 Y 0.113 0.296 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.011 0.291 0.275 100 A 0.032 0.812 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.037 0.109 101 S 0.007 0.859 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.014 0.112 102 Y 0.013 0.879 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.089 103 F 0.009 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 104 R 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 105 K 0.006 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.014 106 L 0.026 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 0.014 107 L 0.090 0.756 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.001 0.019 108 G 0.389 0.108 0.159 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.245 0.004 0.085 109 F 0.012 0.006 0.918 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.045