# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 827 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.124 0.009 0.004 0.043 0.022 0.046 0.077 0.004 0.001 0.007 0.665 2 K 0.019 0.003 0.009 0.040 0.019 0.027 0.028 0.001 0.001 0.002 0.851 3 S 0.017 0.002 0.001 0.132 0.188 0.174 0.117 0.001 0.001 0.006 0.362 4 V 0.061 0.004 0.010 0.168 0.060 0.103 0.103 0.001 0.001 0.008 0.483 5 V 0.010 0.002 0.001 0.502 0.234 0.170 0.029 0.001 0.001 0.001 0.051 6 T 0.005 0.002 0.001 0.294 0.169 0.225 0.055 0.001 0.001 0.006 0.244 7 L 0.007 0.002 0.001 0.333 0.225 0.330 0.015 0.001 0.001 0.001 0.087 8 K 0.001 0.001 0.001 0.264 0.206 0.342 0.042 0.001 0.001 0.002 0.141 9 T 0.004 0.002 0.001 0.105 0.172 0.235 0.085 0.001 0.001 0.008 0.388 10 T 0.011 0.001 0.001 0.050 0.048 0.070 0.158 0.001 0.001 0.007 0.653 11 D 0.054 0.001 0.002 0.013 0.023 0.015 0.183 0.001 0.001 0.077 0.633 12 G 0.467 0.001 0.007 0.018 0.008 0.008 0.276 0.001 0.001 0.029 0.186 13 W 0.058 0.003 0.006 0.036 0.027 0.046 0.226 0.001 0.001 0.015 0.582 14 I 0.009 0.002 0.003 0.127 0.269 0.380 0.090 0.001 0.001 0.006 0.115 15 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 16 V 0.004 0.001 0.001 0.090 0.198 0.543 0.038 0.001 0.001 0.001 0.125 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 18 F 0.009 0.001 0.001 0.039 0.059 0.175 0.039 0.001 0.001 0.001 0.676 19 S 0.033 0.004 0.001 0.037 0.041 0.059 0.115 0.001 0.001 0.005 0.706 20 K 0.194 0.009 0.001 0.034 0.037 0.077 0.226 0.001 0.001 0.007 0.415 21 V 0.308 0.036 0.001 0.063 0.090 0.127 0.045 0.001 0.001 0.003 0.328 22 M 0.018 0.052 0.004 0.073 0.372 0.380 0.018 0.001 0.001 0.005 0.078 23 Y 0.009 0.071 0.005 0.060 0.243 0.280 0.026 0.002 0.001 0.001 0.303 24 L 0.012 0.009 0.001 0.033 0.368 0.517 0.003 0.001 0.001 0.001 0.056 25 E 0.005 0.039 0.001 0.020 0.359 0.447 0.024 0.002 0.001 0.003 0.102 26 A 0.021 0.014 0.001 0.015 0.426 0.421 0.008 0.001 0.001 0.001 0.094 27 K 0.013 0.077 0.001 0.033 0.210 0.363 0.050 0.004 0.001 0.006 0.243 28 D 0.061 0.020 0.003 0.017 0.115 0.131 0.098 0.009 0.001 0.021 0.524 29 K 0.301 0.007 0.016 0.019 0.042 0.045 0.112 0.003 0.001 0.042 0.414 30 K 0.242 0.003 0.042 0.036 0.065 0.062 0.244 0.002 0.001 0.046 0.259 31 T 0.012 0.002 0.012 0.088 0.310 0.297 0.117 0.001 0.001 0.010 0.151 32 Y 0.002 0.001 0.001 0.146 0.272 0.461 0.032 0.001 0.001 0.002 0.083 33 V 0.002 0.001 0.001 0.140 0.283 0.471 0.018 0.001 0.001 0.001 0.084 34 N 0.001 0.001 0.001 0.164 0.274 0.489 0.015 0.001 0.001 0.001 0.056 35 A 0.002 0.001 0.001 0.094 0.263 0.375 0.035 0.001 0.001 0.001 0.229 36 E 0.002 0.001 0.001 0.117 0.131 0.216 0.127 0.001 0.001 0.005 0.400 37 E 0.019 0.001 0.001 0.035 0.052 0.080 0.297 0.001 0.001 0.030 0.485 38 L 0.212 0.003 0.003 0.039 0.028 0.053 0.177 0.001 0.001 0.033 0.450 39 T 0.082 0.006 0.005 0.030 0.050 0.075 0.199 0.001 0.001 0.018 0.535 40 G 0.039 0.007 0.005 0.035 0.084 0.120 0.083 0.001 0.001 0.010 0.616 41 T 0.026 0.016 0.006 0.041 0.100 0.159 0.121 0.001 0.001 0.005 0.525 42 H 0.027 0.021 0.002 0.048 0.119 0.233 0.102 0.001 0.001 0.003 0.443 43 K 0.038 0.034 0.001 0.048 0.057 0.141 0.071 0.001 0.001 0.003 0.606 44 Y 0.064 0.061 0.005 0.051 0.071 0.099 0.131 0.001 0.001 0.004 0.513 45 S 0.057 0.089 0.003 0.023 0.025 0.063 0.280 0.003 0.001 0.007 0.450 46 L 0.058 0.217 0.007 0.026 0.038 0.067 0.075 0.002 0.001 0.004 0.506 47 Q 0.010 0.213 0.002 0.006 0.011 0.017 0.189 0.001 0.001 0.002 0.549 48 E 0.044 0.181 0.003 0.004 0.004 0.006 0.491 0.003 0.001 0.003 0.261 49 F 0.045 0.878 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.061 50 E 0.014 0.933 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 0.003 0.001 0.001 0.033 51 Y 0.046 0.896 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.001 0.001 0.036 52 L 0.214 0.689 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.051 0.001 0.001 0.033 53 L 0.327 0.432 0.047 0.003 0.004 0.004 0.011 0.095 0.001 0.001 0.077 54 P 0.003 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.975 55 K 0.006 0.007 0.006 0.004 0.002 0.007 0.016 0.003 0.001 0.001 0.948 56 D 0.100 0.016 0.003 0.009 0.009 0.010 0.106 0.004 0.001 0.009 0.735 57 S 0.395 0.021 0.024 0.019 0.011 0.015 0.150 0.002 0.001 0.010 0.354 58 F 0.162 0.075 0.015 0.099 0.047 0.077 0.144 0.002 0.001 0.008 0.370 59 I 0.056 0.064 0.007 0.125 0.284 0.254 0.046 0.001 0.001 0.004 0.158 60 R 0.026 0.077 0.002 0.126 0.136 0.177 0.053 0.002 0.001 0.003 0.397 61 C 0.057 0.052 0.001 0.100 0.182 0.281 0.025 0.001 0.001 0.001 0.300 62 H 0.020 0.096 0.001 0.062 0.159 0.364 0.058 0.005 0.001 0.008 0.227 63 R 0.054 0.058 0.017 0.071 0.107 0.183 0.065 0.004 0.001 0.005 0.435 64 S 0.033 0.064 0.008 0.085 0.082 0.137 0.176 0.003 0.001 0.009 0.403 65 F 0.121 0.041 0.013 0.119 0.099 0.196 0.130 0.004 0.001 0.017 0.259 66 I 0.053 0.140 0.005 0.116 0.115 0.145 0.071 0.001 0.001 0.005 0.349 67 V 0.028 0.114 0.026 0.318 0.115 0.144 0.055 0.001 0.001 0.005 0.195 68 N 0.034 0.167 0.005 0.118 0.050 0.145 0.110 0.005 0.001 0.005 0.362 69 V 0.037 0.227 0.009 0.119 0.042 0.133 0.055 0.003 0.001 0.003 0.371 70 N 0.010 0.146 0.001 0.022 0.022 0.030 0.147 0.003 0.001 0.003 0.616 71 H 0.126 0.118 0.007 0.019 0.008 0.024 0.246 0.009 0.001 0.013 0.430 72 I 0.174 0.586 0.003 0.013 0.016 0.021 0.033 0.004 0.001 0.003 0.147 73 K 0.060 0.633 0.011 0.015 0.048 0.041 0.032 0.005 0.001 0.003 0.151 74 A 0.095 0.471 0.020 0.022 0.022 0.028 0.036 0.020 0.001 0.003 0.283 75 I 0.407 0.240 0.010 0.026 0.035 0.062 0.016 0.015 0.001 0.003 0.187 76 Y 0.103 0.239 0.024 0.030 0.091 0.081 0.070 0.020 0.001 0.006 0.336 77 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 78 D 0.016 0.010 0.002 0.034 0.081 0.194 0.161 0.003 0.001 0.009 0.490 79 T 0.343 0.007 0.005 0.013 0.009 0.013 0.078 0.001 0.001 0.012 0.519 80 H 0.095 0.016 0.003 0.015 0.043 0.040 0.208 0.001 0.001 0.012 0.567 81 S 0.270 0.004 0.009 0.017 0.045 0.043 0.167 0.001 0.001 0.084 0.362 82 T 0.224 0.004 0.010 0.028 0.064 0.075 0.271 0.001 0.001 0.027 0.296 83 F 0.011 0.002 0.005 0.052 0.340 0.449 0.063 0.001 0.001 0.006 0.071 84 L 0.001 0.001 0.001 0.022 0.398 0.546 0.008 0.001 0.001 0.001 0.021 85 L 0.001 0.001 0.001 0.011 0.490 0.481 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 86 S 0.001 0.001 0.001 0.006 0.369 0.598 0.002 0.001 0.001 0.001 0.023 87 M 0.001 0.001 0.001 0.012 0.470 0.492 0.003 0.001 0.001 0.001 0.023 88 D 0.001 0.001 0.001 0.013 0.438 0.446 0.024 0.001 0.001 0.002 0.076 89 N 0.006 0.001 0.001 0.028 0.134 0.365 0.112 0.001 0.001 0.015 0.337 90 G 0.093 0.001 0.004 0.015 0.055 0.047 0.234 0.001 0.001 0.127 0.425 91 E 0.319 0.001 0.027 0.006 0.012 0.011 0.426 0.001 0.001 0.067 0.132 92 R 0.005 0.001 0.001 0.010 0.008 0.023 0.069 0.001 0.001 0.006 0.878 93 V 0.005 0.001 0.001 0.040 0.293 0.514 0.042 0.001 0.001 0.003 0.099 94 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.991 95 V 0.015 0.002 0.001 0.044 0.144 0.381 0.065 0.001 0.001 0.001 0.348 96 S 0.032 0.010 0.001 0.062 0.089 0.233 0.149 0.001 0.001 0.004 0.420 97 Q 0.028 0.014 0.001 0.019 0.036 0.047 0.058 0.001 0.001 0.002 0.796 98 S 0.011 0.050 0.001 0.011 0.006 0.010 0.375 0.001 0.001 0.002 0.533 99 Y 0.079 0.053 0.001 0.005 0.003 0.009 0.598 0.002 0.001 0.005 0.244 100 A 0.142 0.568 0.001 0.004 0.003 0.009 0.079 0.003 0.001 0.003 0.188 101 S 0.024 0.641 0.003 0.001 0.002 0.003 0.060 0.002 0.001 0.001 0.263 102 Y 0.019 0.690 0.002 0.001 0.001 0.001 0.036 0.002 0.001 0.001 0.248 103 F 0.027 0.913 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.045 104 R 0.008 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.018 105 K 0.006 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.013 106 L 0.034 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.008 107 L 0.028 0.954 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.005 108 G 0.174 0.472 0.044 0.003 0.002 0.004 0.012 0.173 0.001 0.001 0.115 109 F 0.099 0.129 0.679 0.007 0.003 0.005 0.005 0.017 0.001 0.002 0.055