# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 827 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.089 0.008 0.028 0.030 0.043 0.067 0.014 0.722 2 K 0.028 0.003 0.023 0.033 0.031 0.058 0.006 0.818 3 S 0.032 0.002 0.028 0.082 0.081 0.094 0.005 0.676 4 V 0.030 0.002 0.062 0.124 0.267 0.049 0.003 0.461 5 V 0.011 0.001 0.106 0.379 0.355 0.035 0.001 0.110 6 T 0.005 0.001 0.097 0.288 0.381 0.028 0.001 0.198 7 L 0.002 0.001 0.072 0.382 0.451 0.008 0.001 0.083 8 K 0.002 0.001 0.081 0.306 0.437 0.030 0.001 0.141 9 T 0.004 0.001 0.036 0.347 0.294 0.089 0.004 0.225 10 T 0.012 0.004 0.049 0.086 0.163 0.191 0.007 0.487 11 D 0.028 0.002 0.018 0.038 0.056 0.184 0.030 0.645 12 G 0.384 0.001 0.020 0.011 0.014 0.354 0.049 0.168 13 W 0.135 0.003 0.039 0.053 0.056 0.090 0.019 0.604 14 I 0.010 0.001 0.119 0.335 0.372 0.110 0.001 0.052 15 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.993 16 V 0.003 0.001 0.081 0.132 0.711 0.023 0.001 0.050 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 18 F 0.009 0.001 0.082 0.037 0.215 0.063 0.002 0.592 19 S 0.016 0.001 0.016 0.021 0.020 0.276 0.006 0.644 20 K 0.693 0.001 0.010 0.010 0.009 0.071 0.047 0.159 21 V 0.254 0.034 0.143 0.106 0.109 0.112 0.008 0.235 22 M 0.007 0.008 0.149 0.373 0.340 0.079 0.001 0.043 23 Y 0.007 0.014 0.068 0.174 0.511 0.059 0.002 0.165 24 L 0.004 0.006 0.087 0.253 0.607 0.006 0.001 0.035 25 E 0.004 0.016 0.032 0.360 0.451 0.021 0.002 0.113 26 A 0.011 0.020 0.057 0.247 0.434 0.057 0.007 0.168 27 K 0.022 0.028 0.043 0.260 0.295 0.094 0.016 0.243 28 D 0.074 0.024 0.022 0.065 0.096 0.129 0.035 0.555 29 K 0.290 0.011 0.022 0.060 0.076 0.105 0.069 0.367 30 K 0.249 0.005 0.077 0.060 0.061 0.240 0.021 0.286 31 T 0.018 0.001 0.114 0.259 0.239 0.114 0.003 0.252 32 Y 0.001 0.001 0.160 0.252 0.503 0.026 0.001 0.057 33 V 0.002 0.001 0.179 0.305 0.309 0.029 0.001 0.176 34 N 0.001 0.001 0.316 0.209 0.408 0.019 0.001 0.048 35 A 0.001 0.001 0.133 0.248 0.320 0.053 0.001 0.244 36 E 0.002 0.001 0.186 0.098 0.190 0.190 0.004 0.329 37 E 0.023 0.002 0.068 0.081 0.103 0.314 0.024 0.385 38 L 0.159 0.008 0.061 0.080 0.121 0.160 0.033 0.378 39 T 0.053 0.008 0.037 0.098 0.138 0.190 0.011 0.464 40 G 0.037 0.006 0.038 0.121 0.222 0.125 0.007 0.444 41 T 0.032 0.007 0.042 0.224 0.337 0.079 0.004 0.275 42 H 0.028 0.011 0.036 0.213 0.258 0.064 0.004 0.386 43 K 0.019 0.019 0.059 0.124 0.374 0.031 0.004 0.372 44 Y 0.038 0.025 0.121 0.159 0.238 0.076 0.007 0.335 45 S 0.034 0.031 0.031 0.049 0.077 0.225 0.013 0.540 46 L 0.042 0.069 0.104 0.039 0.281 0.063 0.007 0.395 47 Q 0.004 0.053 0.010 0.009 0.025 0.180 0.003 0.716 48 E 0.024 0.052 0.006 0.004 0.011 0.652 0.009 0.242 49 F 0.058 0.762 0.004 0.004 0.012 0.047 0.003 0.109 50 E 0.029 0.899 0.002 0.004 0.008 0.014 0.002 0.042 51 Y 0.063 0.841 0.002 0.005 0.007 0.011 0.015 0.055 52 L 0.223 0.645 0.003 0.005 0.009 0.003 0.063 0.050 53 L 0.247 0.568 0.007 0.015 0.016 0.007 0.031 0.109 54 P 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.991 55 K 0.012 0.008 0.013 0.006 0.007 0.031 0.006 0.917 56 D 0.255 0.022 0.021 0.008 0.013 0.051 0.017 0.614 57 S 0.393 0.025 0.060 0.016 0.018 0.126 0.018 0.344 58 F 0.144 0.035 0.210 0.048 0.044 0.115 0.009 0.395 59 I 0.027 0.023 0.218 0.224 0.255 0.054 0.003 0.195 60 R 0.018 0.051 0.132 0.131 0.209 0.066 0.004 0.390 61 C 0.025 0.070 0.208 0.082 0.211 0.045 0.005 0.354 62 H 0.031 0.083 0.125 0.160 0.255 0.057 0.009 0.282 63 R 0.029 0.053 0.084 0.082 0.089 0.070 0.011 0.582 64 S 0.035 0.079 0.065 0.064 0.105 0.085 0.013 0.554 65 F 0.196 0.123 0.111 0.050 0.092 0.073 0.018 0.336 66 I 0.085 0.193 0.160 0.095 0.126 0.078 0.010 0.252 67 V 0.027 0.085 0.357 0.141 0.190 0.035 0.004 0.160 68 N 0.028 0.200 0.055 0.060 0.123 0.103 0.007 0.425 69 V 0.050 0.201 0.120 0.042 0.202 0.091 0.007 0.287 70 N 0.007 0.092 0.019 0.016 0.022 0.312 0.008 0.525 71 H 0.209 0.079 0.020 0.012 0.018 0.288 0.067 0.307 72 I 0.138 0.654 0.015 0.012 0.018 0.046 0.008 0.109 73 K 0.015 0.780 0.016 0.021 0.024 0.029 0.003 0.113 74 A 0.049 0.638 0.019 0.020 0.050 0.025 0.016 0.182 75 I 0.176 0.473 0.052 0.040 0.096 0.014 0.034 0.115 76 Y 0.102 0.218 0.068 0.153 0.141 0.044 0.020 0.252 77 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 78 D 0.025 0.009 0.086 0.061 0.131 0.175 0.010 0.502 79 T 0.159 0.014 0.025 0.021 0.029 0.092 0.022 0.640 80 H 0.229 0.011 0.032 0.033 0.043 0.195 0.030 0.425 81 S 0.264 0.007 0.036 0.107 0.076 0.130 0.028 0.352 82 T 0.082 0.006 0.066 0.212 0.228 0.140 0.010 0.256 83 F 0.012 0.002 0.044 0.384 0.446 0.041 0.002 0.069 84 L 0.001 0.001 0.047 0.379 0.545 0.006 0.001 0.022 85 L 0.001 0.001 0.026 0.505 0.450 0.002 0.001 0.015 86 S 0.001 0.001 0.031 0.336 0.613 0.002 0.001 0.017 87 M 0.001 0.001 0.027 0.473 0.464 0.004 0.001 0.029 88 D 0.001 0.001 0.011 0.501 0.373 0.045 0.002 0.066 89 N 0.009 0.002 0.024 0.087 0.208 0.116 0.009 0.544 90 G 0.060 0.002 0.015 0.030 0.086 0.296 0.067 0.444 91 E 0.570 0.001 0.015 0.015 0.018 0.282 0.034 0.066 92 R 0.006 0.001 0.006 0.006 0.009 0.044 0.002 0.925 93 V 0.005 0.001 0.063 0.261 0.523 0.090 0.001 0.058 94 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 95 V 0.005 0.001 0.096 0.078 0.399 0.082 0.001 0.338 96 S 0.021 0.003 0.035 0.027 0.063 0.158 0.002 0.690 97 Q 0.029 0.012 0.049 0.012 0.033 0.051 0.004 0.811 98 S 0.013 0.019 0.018 0.005 0.010 0.383 0.003 0.549 99 Y 0.131 0.070 0.021 0.004 0.010 0.327 0.014 0.422 100 A 0.064 0.526 0.011 0.002 0.011 0.081 0.006 0.298 101 S 0.013 0.600 0.005 0.001 0.007 0.057 0.003 0.315 102 Y 0.011 0.779 0.002 0.001 0.002 0.018 0.003 0.186 103 F 0.010 0.937 0.001 0.001 0.001 0.019 0.003 0.029 104 R 0.018 0.947 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.018 105 K 0.031 0.941 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.017 106 L 0.085 0.886 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.013 107 L 0.136 0.748 0.008 0.001 0.001 0.003 0.076 0.026 108 G 0.408 0.206 0.064 0.006 0.003 0.011 0.197 0.104 109 F 0.194 0.121 0.294 0.017 0.009 0.051 0.041 0.272