# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 827 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.003 0.008 0.031 0.004 0.046 0.005 0.036 0.309 0.008 0.550 0.001 2 K 0.248 0.053 0.598 0.044 0.023 0.008 0.002 0.001 0.005 0.005 0.013 3 S 0.108 0.125 0.260 0.310 0.071 0.056 0.045 0.007 0.012 0.005 0.002 4 V 0.020 0.682 0.098 0.037 0.124 0.010 0.008 0.002 0.017 0.001 0.001 5 V 0.005 0.752 0.194 0.003 0.018 0.021 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 6 T 0.002 0.583 0.295 0.002 0.007 0.104 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 7 L 0.006 0.725 0.169 0.003 0.029 0.029 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 8 K 0.021 0.526 0.273 0.012 0.069 0.047 0.004 0.001 0.046 0.001 0.001 9 T 0.100 0.329 0.248 0.061 0.146 0.048 0.027 0.003 0.026 0.008 0.002 10 T 0.197 0.230 0.128 0.183 0.113 0.033 0.045 0.013 0.034 0.021 0.002 11 D 0.073 0.110 0.143 0.373 0.075 0.020 0.157 0.020 0.012 0.015 0.001 12 G 0.058 0.089 0.118 0.096 0.130 0.019 0.162 0.223 0.010 0.093 0.002 13 W 0.109 0.406 0.305 0.102 0.033 0.020 0.006 0.002 0.011 0.001 0.004 14 I 0.014 0.584 0.281 0.004 0.025 0.006 0.001 0.001 0.082 0.001 0.001 15 P 0.017 0.014 0.834 0.005 0.002 0.063 0.001 0.001 0.002 0.001 0.061 16 V 0.006 0.404 0.397 0.003 0.030 0.010 0.001 0.001 0.147 0.001 0.001 17 P 0.039 0.004 0.895 0.002 0.004 0.017 0.001 0.001 0.006 0.004 0.028 18 F 0.753 0.012 0.144 0.054 0.009 0.011 0.003 0.001 0.005 0.002 0.005 19 S 0.635 0.035 0.119 0.142 0.019 0.015 0.018 0.009 0.003 0.003 0.001 20 K 0.193 0.121 0.093 0.486 0.033 0.028 0.025 0.003 0.017 0.001 0.001 21 V 0.115 0.561 0.226 0.024 0.031 0.015 0.011 0.001 0.016 0.001 0.001 22 M 0.090 0.665 0.172 0.013 0.022 0.029 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 23 Y 0.052 0.783 0.094 0.008 0.031 0.020 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 24 L 0.030 0.778 0.104 0.006 0.045 0.018 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 25 E 0.026 0.743 0.127 0.008 0.040 0.034 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 26 A 0.040 0.372 0.433 0.011 0.038 0.072 0.004 0.001 0.030 0.001 0.001 27 K 0.497 0.158 0.168 0.079 0.033 0.018 0.017 0.002 0.021 0.005 0.002 28 D 0.108 0.034 0.057 0.262 0.055 0.022 0.375 0.055 0.009 0.023 0.001 29 K 0.058 0.100 0.119 0.273 0.056 0.013 0.310 0.047 0.015 0.007 0.001 30 K 0.011 0.465 0.356 0.027 0.065 0.014 0.036 0.004 0.019 0.002 0.001 31 T 0.003 0.742 0.202 0.005 0.026 0.014 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 32 Y 0.001 0.866 0.102 0.001 0.013 0.013 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 33 V 0.001 0.861 0.094 0.001 0.019 0.016 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 34 N 0.002 0.539 0.278 0.002 0.065 0.084 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 35 A 0.019 0.500 0.289 0.009 0.085 0.045 0.005 0.001 0.045 0.001 0.002 36 E 0.278 0.212 0.240 0.072 0.108 0.027 0.016 0.003 0.030 0.009 0.004 37 E 0.148 0.120 0.116 0.294 0.152 0.032 0.081 0.018 0.020 0.017 0.001 38 L 0.108 0.236 0.236 0.169 0.067 0.041 0.078 0.013 0.042 0.008 0.003 39 T 0.139 0.315 0.339 0.114 0.034 0.015 0.025 0.003 0.012 0.002 0.002 40 G 0.080 0.109 0.173 0.044 0.204 0.038 0.068 0.170 0.010 0.102 0.001 41 T 0.135 0.473 0.273 0.038 0.039 0.029 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 42 H 0.196 0.411 0.214 0.039 0.070 0.038 0.004 0.001 0.025 0.001 0.001 43 K 0.319 0.292 0.192 0.043 0.064 0.049 0.015 0.001 0.023 0.001 0.001 44 Y 0.349 0.189 0.181 0.112 0.100 0.036 0.012 0.002 0.017 0.002 0.001 45 S 0.282 0.180 0.260 0.056 0.062 0.084 0.009 0.001 0.064 0.003 0.001 46 L 0.961 0.004 0.022 0.006 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 Q 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 E 0.980 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 F 0.983 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 E 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 Y 0.934 0.003 0.001 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.703 0.019 0.038 0.218 0.004 0.004 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 53 L 0.123 0.115 0.446 0.022 0.012 0.019 0.012 0.001 0.249 0.002 0.001 54 P 0.414 0.002 0.521 0.015 0.001 0.023 0.002 0.001 0.003 0.001 0.019 55 K 0.797 0.008 0.071 0.104 0.003 0.011 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 56 D 0.570 0.028 0.100 0.217 0.014 0.023 0.030 0.009 0.005 0.002 0.001 57 S 0.540 0.059 0.091 0.186 0.027 0.018 0.059 0.008 0.008 0.002 0.001 58 F 0.416 0.268 0.124 0.105 0.034 0.021 0.014 0.001 0.016 0.001 0.001 59 I 0.185 0.565 0.176 0.019 0.024 0.015 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 60 R 0.149 0.481 0.198 0.029 0.070 0.051 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 61 C 0.176 0.512 0.144 0.035 0.055 0.028 0.002 0.001 0.048 0.001 0.001 62 H 0.229 0.262 0.318 0.057 0.056 0.042 0.008 0.001 0.026 0.001 0.001 63 R 0.480 0.104 0.170 0.084 0.061 0.033 0.041 0.006 0.015 0.005 0.001 64 S 0.353 0.245 0.122 0.139 0.086 0.016 0.021 0.003 0.013 0.001 0.001 65 F 0.192 0.465 0.110 0.077 0.085 0.032 0.010 0.002 0.027 0.001 0.001 66 I 0.161 0.476 0.219 0.027 0.025 0.073 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 67 V 0.234 0.395 0.164 0.076 0.054 0.049 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 68 N 0.139 0.107 0.340 0.039 0.076 0.168 0.027 0.001 0.094 0.008 0.001 69 V 0.953 0.004 0.018 0.017 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 N 0.928 0.002 0.005 0.050 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 71 H 0.797 0.041 0.011 0.124 0.008 0.006 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 72 I 0.925 0.029 0.027 0.010 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 73 K 0.925 0.034 0.010 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 74 A 0.765 0.041 0.041 0.103 0.026 0.007 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 75 I 0.477 0.189 0.135 0.150 0.009 0.016 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 76 Y 0.052 0.244 0.356 0.008 0.026 0.019 0.009 0.001 0.284 0.002 0.001 77 P 0.324 0.003 0.590 0.026 0.002 0.021 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 78 D 0.336 0.085 0.178 0.232 0.039 0.043 0.039 0.027 0.015 0.005 0.001 79 T 0.302 0.124 0.161 0.296 0.029 0.025 0.027 0.007 0.022 0.006 0.002 80 H 0.080 0.076 0.120 0.286 0.063 0.022 0.259 0.049 0.014 0.031 0.001 81 S 0.047 0.096 0.152 0.139 0.101 0.035 0.184 0.171 0.018 0.055 0.002 82 T 0.025 0.542 0.231 0.076 0.084 0.012 0.009 0.003 0.013 0.002 0.002 83 F 0.004 0.749 0.121 0.009 0.093 0.010 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 84 L 0.001 0.852 0.103 0.001 0.020 0.020 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 85 L 0.001 0.913 0.050 0.001 0.019 0.012 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 86 S 0.001 0.763 0.131 0.001 0.017 0.081 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 87 M 0.003 0.737 0.167 0.002 0.026 0.050 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 88 D 0.085 0.530 0.163 0.030 0.063 0.065 0.021 0.001 0.036 0.004 0.002 89 N 0.033 0.040 0.083 0.230 0.081 0.020 0.447 0.020 0.013 0.032 0.001 90 G 0.005 0.010 0.014 0.012 0.031 0.002 0.091 0.703 0.001 0.129 0.001 91 E 0.059 0.385 0.459 0.038 0.033 0.010 0.006 0.001 0.006 0.002 0.002 92 R 0.095 0.351 0.395 0.053 0.025 0.042 0.012 0.001 0.016 0.001 0.009 93 V 0.022 0.483 0.316 0.004 0.036 0.006 0.001 0.001 0.130 0.001 0.001 94 P 0.009 0.008 0.896 0.002 0.002 0.055 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 95 V 0.059 0.487 0.365 0.024 0.028 0.018 0.001 0.001 0.016 0.001 0.002 96 S 0.071 0.288 0.293 0.015 0.231 0.045 0.005 0.002 0.041 0.008 0.001 97 Q 0.903 0.014 0.037 0.019 0.015 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 98 S 0.888 0.007 0.013 0.069 0.011 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 99 Y 0.623 0.053 0.043 0.227 0.011 0.028 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 100 A 0.980 0.003 0.009 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 Y 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 K 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 L 0.988 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 L 0.469 0.002 0.008 0.509 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 108 G 0.149 0.002 0.013 0.032 0.007 0.003 0.384 0.363 0.001 0.047 0.001 109 F 0.265 0.128 0.343 0.187 0.015 0.037 0.013 0.001 0.010 0.001 0.001