# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 827 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.075 0.106 0.149 0.109 0.110 0.026 0.018 0.031 0.043 0.241 0.091 2 K 0.125 0.192 0.088 0.023 0.235 0.021 0.047 0.065 0.107 0.056 0.041 3 S 0.072 0.196 0.099 0.041 0.155 0.061 0.104 0.070 0.063 0.089 0.050 4 V 0.246 0.176 0.022 0.005 0.463 0.006 0.015 0.012 0.010 0.019 0.025 5 V 0.175 0.062 0.005 0.001 0.747 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 6 T 0.270 0.048 0.004 0.001 0.651 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 7 L 0.232 0.173 0.025 0.003 0.466 0.004 0.005 0.005 0.003 0.010 0.073 8 K 0.216 0.194 0.082 0.028 0.297 0.021 0.024 0.017 0.008 0.027 0.086 9 T 0.101 0.155 0.236 0.111 0.105 0.051 0.031 0.060 0.032 0.066 0.051 10 T 0.016 0.078 0.075 0.356 0.028 0.198 0.095 0.061 0.048 0.033 0.013 11 D 0.023 0.134 0.095 0.252 0.035 0.101 0.079 0.030 0.036 0.178 0.036 12 G 0.029 0.144 0.101 0.087 0.068 0.027 0.018 0.025 0.058 0.298 0.145 13 W 0.232 0.189 0.030 0.007 0.385 0.011 0.019 0.012 0.025 0.041 0.048 14 I 0.061 0.412 0.149 0.011 0.321 0.011 0.007 0.003 0.004 0.007 0.013 15 P 0.326 0.096 0.036 0.004 0.450 0.004 0.007 0.002 0.004 0.017 0.053 16 V 0.004 0.553 0.409 0.005 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 17 P 0.007 0.646 0.304 0.002 0.028 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.004 18 F 0.015 0.013 0.003 0.001 0.011 0.002 0.016 0.169 0.735 0.021 0.013 19 S 0.005 0.022 0.016 0.043 0.014 0.164 0.196 0.262 0.184 0.088 0.007 20 K 0.102 0.127 0.031 0.005 0.216 0.005 0.014 0.109 0.027 0.308 0.055 21 V 0.303 0.054 0.005 0.001 0.459 0.003 0.012 0.057 0.062 0.010 0.033 22 M 0.177 0.074 0.014 0.008 0.429 0.059 0.052 0.113 0.030 0.014 0.029 23 Y 0.349 0.091 0.007 0.001 0.413 0.003 0.007 0.055 0.009 0.022 0.042 24 L 0.196 0.137 0.013 0.002 0.573 0.004 0.010 0.034 0.006 0.008 0.019 25 E 0.270 0.117 0.027 0.005 0.441 0.007 0.011 0.030 0.007 0.012 0.073 26 A 0.254 0.083 0.063 0.037 0.157 0.049 0.034 0.127 0.034 0.062 0.101 27 K 0.015 0.052 0.057 0.318 0.025 0.238 0.186 0.060 0.022 0.019 0.008 28 D 0.057 0.072 0.088 0.319 0.058 0.056 0.034 0.027 0.021 0.215 0.053 29 K 0.035 0.193 0.121 0.130 0.079 0.057 0.042 0.026 0.042 0.194 0.080 30 K 0.159 0.321 0.051 0.015 0.349 0.009 0.014 0.005 0.006 0.029 0.043 31 T 0.232 0.089 0.005 0.001 0.666 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 32 Y 0.294 0.027 0.002 0.001 0.665 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 33 V 0.268 0.098 0.013 0.002 0.573 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.037 34 N 0.334 0.114 0.021 0.004 0.428 0.004 0.004 0.002 0.001 0.011 0.077 35 A 0.184 0.280 0.103 0.017 0.289 0.009 0.007 0.013 0.013 0.026 0.059 36 E 0.067 0.132 0.059 0.071 0.104 0.087 0.136 0.123 0.130 0.051 0.039 37 E 0.100 0.109 0.082 0.063 0.120 0.040 0.051 0.089 0.067 0.220 0.059 38 L 0.108 0.171 0.072 0.035 0.176 0.031 0.043 0.097 0.084 0.120 0.063 39 T 0.120 0.168 0.068 0.044 0.183 0.048 0.053 0.086 0.054 0.104 0.072 40 G 0.155 0.193 0.072 0.023 0.300 0.019 0.021 0.065 0.033 0.064 0.054 41 T 0.242 0.122 0.024 0.007 0.399 0.011 0.019 0.059 0.029 0.043 0.044 42 H 0.170 0.201 0.052 0.012 0.351 0.018 0.024 0.066 0.030 0.034 0.043 43 K 0.170 0.106 0.041 0.019 0.232 0.021 0.030 0.158 0.055 0.068 0.100 44 Y 0.065 0.284 0.111 0.022 0.168 0.025 0.032 0.179 0.041 0.046 0.027 45 S 0.068 0.294 0.060 0.006 0.133 0.006 0.014 0.251 0.068 0.059 0.042 46 L 0.017 0.011 0.002 0.001 0.014 0.001 0.005 0.784 0.133 0.018 0.014 47 Q 0.001 0.006 0.002 0.002 0.003 0.008 0.017 0.892 0.064 0.005 0.001 48 E 0.004 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.864 0.022 0.087 0.002 49 F 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.485 0.492 0.008 0.002 50 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.537 0.423 0.003 0.001 51 Y 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.129 0.594 0.250 0.018 0.001 52 L 0.018 0.082 0.081 0.002 0.035 0.005 0.286 0.124 0.081 0.263 0.022 53 L 0.046 0.519 0.238 0.006 0.104 0.005 0.004 0.010 0.006 0.042 0.020 54 P 0.033 0.377 0.357 0.020 0.077 0.008 0.015 0.040 0.031 0.025 0.018 55 K 0.013 0.034 0.023 0.009 0.024 0.009 0.044 0.358 0.420 0.056 0.009 56 D 0.016 0.066 0.031 0.016 0.045 0.023 0.069 0.369 0.233 0.118 0.014 57 S 0.061 0.083 0.043 0.013 0.095 0.017 0.030 0.201 0.147 0.231 0.080 58 F 0.210 0.145 0.015 0.002 0.351 0.005 0.015 0.113 0.042 0.062 0.040 59 I 0.205 0.124 0.017 0.006 0.529 0.013 0.016 0.037 0.012 0.017 0.023 60 R 0.229 0.166 0.034 0.007 0.467 0.009 0.011 0.025 0.009 0.012 0.030 61 C 0.248 0.137 0.024 0.007 0.347 0.014 0.038 0.063 0.034 0.031 0.058 62 H 0.267 0.080 0.036 0.016 0.323 0.021 0.027 0.058 0.034 0.054 0.083 63 R 0.103 0.125 0.043 0.026 0.180 0.047 0.076 0.162 0.127 0.046 0.065 64 S 0.131 0.140 0.042 0.018 0.226 0.036 0.072 0.123 0.059 0.100 0.055 65 F 0.124 0.263 0.024 0.003 0.459 0.005 0.010 0.043 0.018 0.031 0.020 66 I 0.340 0.034 0.003 0.001 0.551 0.003 0.005 0.027 0.006 0.010 0.020 67 V 0.081 0.336 0.095 0.028 0.307 0.033 0.029 0.045 0.009 0.012 0.025 68 N 0.200 0.249 0.072 0.007 0.306 0.005 0.007 0.056 0.022 0.025 0.050 69 V 0.010 0.009 0.002 0.001 0.010 0.002 0.008 0.639 0.297 0.011 0.011 70 N 0.003 0.005 0.004 0.008 0.003 0.025 0.065 0.687 0.182 0.014 0.003 71 H 0.017 0.037 0.003 0.001 0.019 0.001 0.004 0.637 0.028 0.246 0.008 72 I 0.023 0.011 0.001 0.001 0.017 0.001 0.010 0.629 0.272 0.023 0.012 73 K 0.003 0.002 0.001 0.003 0.004 0.014 0.065 0.670 0.231 0.005 0.002 74 A 0.022 0.016 0.005 0.001 0.028 0.002 0.044 0.721 0.100 0.056 0.005 75 I 0.099 0.157 0.045 0.002 0.176 0.005 0.068 0.228 0.056 0.130 0.034 76 Y 0.097 0.316 0.139 0.016 0.224 0.013 0.016 0.076 0.029 0.032 0.041 77 P 0.077 0.130 0.053 0.019 0.114 0.021 0.056 0.304 0.141 0.054 0.032 78 D 0.055 0.045 0.082 0.040 0.062 0.028 0.100 0.259 0.139 0.157 0.032 79 T 0.053 0.081 0.064 0.072 0.074 0.070 0.105 0.188 0.134 0.131 0.029 80 H 0.058 0.095 0.078 0.180 0.077 0.089 0.074 0.069 0.051 0.177 0.052 81 S 0.064 0.099 0.115 0.094 0.116 0.037 0.023 0.032 0.034 0.299 0.087 82 T 0.155 0.306 0.042 0.009 0.403 0.006 0.013 0.008 0.008 0.022 0.029 83 F 0.286 0.070 0.006 0.002 0.616 0.003 0.005 0.002 0.001 0.002 0.008 84 L 0.241 0.046 0.003 0.001 0.701 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 85 L 0.193 0.039 0.002 0.001 0.762 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 86 S 0.282 0.057 0.003 0.001 0.611 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.042 87 M 0.312 0.148 0.098 0.016 0.237 0.009 0.005 0.005 0.002 0.014 0.154 88 D 0.019 0.030 0.050 0.419 0.020 0.324 0.046 0.037 0.014 0.021 0.019 89 N 0.009 0.273 0.134 0.343 0.023 0.072 0.109 0.010 0.010 0.015 0.003 90 G 0.013 0.012 0.022 0.091 0.010 0.019 0.005 0.007 0.032 0.631 0.158 91 E 0.035 0.562 0.100 0.007 0.204 0.008 0.015 0.014 0.021 0.018 0.017 92 R 0.394 0.094 0.015 0.006 0.380 0.006 0.010 0.006 0.008 0.030 0.050 93 V 0.029 0.512 0.262 0.027 0.115 0.016 0.010 0.004 0.004 0.008 0.013 94 P 0.178 0.213 0.075 0.006 0.455 0.006 0.008 0.017 0.010 0.010 0.022 95 V 0.090 0.367 0.082 0.010 0.201 0.015 0.021 0.042 0.044 0.086 0.042 96 S 0.024 0.559 0.256 0.007 0.107 0.002 0.003 0.016 0.009 0.007 0.009 97 Q 0.003 0.007 0.002 0.001 0.004 0.002 0.008 0.537 0.420 0.011 0.004 98 S 0.003 0.020 0.009 0.003 0.007 0.004 0.025 0.748 0.135 0.043 0.003 99 Y 0.007 0.017 0.003 0.001 0.008 0.001 0.006 0.733 0.122 0.095 0.008 100 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.943 0.039 0.008 0.002 101 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.035 0.001 0.001 102 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.005 0.009 0.001 103 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.857 0.136 0.004 0.001 104 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.839 0.159 0.001 0.001 105 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.838 0.144 0.001 0.001 106 L 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.351 0.508 0.093 0.039 0.001 107 L 0.006 0.792 0.104 0.003 0.023 0.005 0.014 0.026 0.007 0.016 0.005 108 G 0.039 0.010 0.009 0.021 0.017 0.009 0.007 0.021 0.022 0.441 0.403 109 F 0.108 0.284 0.083 0.006 0.267 0.006 0.029 0.070 0.045 0.070 0.031