# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 827 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.716 0.204 0.054 0.019 0.005 0.001 0.001 2 K 0.427 0.293 0.178 0.081 0.019 0.003 0.001 3 S 0.347 0.401 0.153 0.074 0.021 0.004 0.001 4 V 0.037 0.150 0.270 0.347 0.153 0.042 0.002 5 V 0.016 0.035 0.066 0.125 0.387 0.348 0.023 6 T 0.013 0.079 0.220 0.322 0.230 0.127 0.008 7 L 0.016 0.052 0.125 0.216 0.333 0.238 0.020 8 K 0.064 0.199 0.357 0.280 0.085 0.015 0.001 9 T 0.287 0.312 0.190 0.137 0.061 0.013 0.001 10 T 0.516 0.311 0.110 0.047 0.014 0.003 0.001 11 D 0.548 0.334 0.080 0.029 0.007 0.001 0.001 12 G 0.246 0.432 0.196 0.095 0.026 0.005 0.001 13 W 0.051 0.113 0.210 0.303 0.244 0.074 0.004 14 I 0.040 0.135 0.207 0.282 0.240 0.093 0.004 15 P 0.057 0.198 0.324 0.262 0.117 0.040 0.003 16 V 0.022 0.051 0.113 0.241 0.328 0.219 0.026 17 P 0.064 0.224 0.267 0.230 0.156 0.053 0.005 18 F 0.026 0.073 0.157 0.329 0.253 0.146 0.017 19 S 0.193 0.369 0.213 0.120 0.078 0.025 0.002 20 K 0.041 0.167 0.252 0.308 0.147 0.072 0.012 21 V 0.007 0.013 0.029 0.085 0.321 0.429 0.115 22 M 0.011 0.058 0.115 0.236 0.298 0.250 0.033 23 Y 0.015 0.038 0.082 0.144 0.264 0.341 0.117 24 L 0.004 0.015 0.033 0.059 0.193 0.508 0.189 25 E 0.023 0.095 0.221 0.340 0.217 0.088 0.016 26 A 0.024 0.074 0.155 0.263 0.327 0.145 0.013 27 K 0.268 0.363 0.190 0.111 0.053 0.014 0.001 28 D 0.333 0.381 0.167 0.075 0.031 0.012 0.001 29 K 0.075 0.188 0.299 0.309 0.100 0.027 0.002 30 K 0.023 0.104 0.268 0.350 0.180 0.070 0.005 31 T 0.003 0.007 0.010 0.031 0.206 0.615 0.127 32 Y 0.008 0.043 0.135 0.324 0.272 0.191 0.026 33 V 0.002 0.007 0.012 0.022 0.099 0.571 0.287 34 N 0.006 0.032 0.134 0.263 0.293 0.203 0.070 35 A 0.008 0.026 0.062 0.130 0.335 0.370 0.068 36 E 0.148 0.364 0.234 0.148 0.084 0.021 0.001 37 E 0.421 0.393 0.098 0.053 0.026 0.009 0.001 38 L 0.155 0.208 0.261 0.233 0.112 0.030 0.002 39 T 0.273 0.350 0.232 0.100 0.032 0.012 0.001 40 G 0.109 0.181 0.272 0.263 0.135 0.038 0.002 41 T 0.077 0.167 0.284 0.263 0.156 0.048 0.004 42 H 0.034 0.066 0.090 0.166 0.299 0.312 0.033 43 K 0.055 0.206 0.294 0.284 0.123 0.036 0.001 44 Y 0.154 0.335 0.232 0.176 0.080 0.022 0.001 45 S 0.045 0.163 0.292 0.299 0.152 0.045 0.003 46 L 0.016 0.029 0.068 0.192 0.397 0.282 0.017 47 Q 0.151 0.436 0.252 0.107 0.045 0.009 0.001 48 E 0.179 0.413 0.230 0.135 0.036 0.006 0.001 49 F 0.016 0.033 0.077 0.192 0.414 0.257 0.011 50 E 0.057 0.169 0.296 0.305 0.146 0.027 0.001 51 Y 0.294 0.482 0.168 0.043 0.012 0.002 0.001 52 L 0.104 0.267 0.364 0.221 0.039 0.004 0.001 53 L 0.077 0.095 0.226 0.352 0.229 0.020 0.001 54 P 0.628 0.323 0.038 0.008 0.003 0.001 0.001 55 K 0.760 0.223 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 56 D 0.469 0.370 0.118 0.038 0.005 0.001 0.001 57 S 0.079 0.235 0.385 0.251 0.042 0.007 0.001 58 F 0.031 0.039 0.100 0.198 0.357 0.242 0.031 59 I 0.018 0.033 0.064 0.142 0.262 0.398 0.083 60 R 0.028 0.063 0.133 0.191 0.210 0.267 0.109 61 C 0.008 0.015 0.033 0.069 0.149 0.313 0.412 62 H 0.003 0.007 0.015 0.026 0.090 0.332 0.527 63 R 0.012 0.038 0.079 0.144 0.220 0.257 0.250 64 S 0.026 0.056 0.069 0.117 0.221 0.307 0.203 65 F 0.007 0.018 0.030 0.066 0.206 0.469 0.204 66 I 0.014 0.022 0.052 0.137 0.193 0.353 0.229 67 V 0.016 0.038 0.080 0.156 0.260 0.291 0.159 68 N 0.014 0.035 0.063 0.084 0.215 0.400 0.190 69 V 0.021 0.066 0.142 0.275 0.266 0.192 0.038 70 N 0.192 0.416 0.186 0.120 0.064 0.020 0.002 71 H 0.016 0.070 0.185 0.336 0.265 0.118 0.010 72 I 0.009 0.017 0.036 0.098 0.371 0.421 0.047 73 K 0.051 0.254 0.324 0.245 0.103 0.022 0.001 74 A 0.079 0.281 0.317 0.232 0.076 0.016 0.001 75 I 0.014 0.030 0.074 0.180 0.408 0.284 0.011 76 Y 0.075 0.183 0.291 0.295 0.132 0.023 0.001 77 P 0.269 0.353 0.247 0.101 0.025 0.005 0.001 78 D 0.336 0.297 0.210 0.124 0.029 0.005 0.001 79 T 0.464 0.263 0.153 0.083 0.030 0.007 0.001 80 H 0.287 0.298 0.242 0.121 0.042 0.010 0.001 81 S 0.327 0.343 0.181 0.098 0.041 0.009 0.001 82 T 0.070 0.236 0.275 0.230 0.138 0.045 0.005 83 F 0.009 0.034 0.051 0.134 0.398 0.336 0.037 84 L 0.007 0.055 0.162 0.373 0.248 0.145 0.010 85 L 0.003 0.008 0.014 0.028 0.132 0.632 0.182 86 S 0.006 0.043 0.165 0.314 0.264 0.181 0.026 87 M 0.011 0.037 0.104 0.240 0.343 0.243 0.023 88 D 0.087 0.248 0.305 0.233 0.104 0.023 0.001 89 N 0.500 0.347 0.086 0.042 0.021 0.005 0.001 90 G 0.454 0.351 0.121 0.052 0.017 0.003 0.001 91 E 0.413 0.391 0.120 0.056 0.017 0.003 0.001 92 R 0.095 0.294 0.296 0.213 0.078 0.023 0.002 93 V 0.032 0.053 0.103 0.204 0.373 0.218 0.017 94 P 0.037 0.136 0.265 0.302 0.175 0.080 0.005 95 V 0.028 0.052 0.102 0.181 0.274 0.298 0.066 96 S 0.020 0.050 0.102 0.157 0.291 0.320 0.060 97 Q 0.083 0.197 0.269 0.250 0.150 0.046 0.005 98 S 0.190 0.376 0.220 0.127 0.066 0.020 0.002 99 Y 0.047 0.108 0.198 0.290 0.240 0.109 0.009 100 A 0.064 0.127 0.218 0.287 0.218 0.082 0.003 101 S 0.456 0.405 0.102 0.028 0.008 0.002 0.001 102 Y 0.111 0.228 0.313 0.265 0.068 0.014 0.001 103 F 0.058 0.053 0.084 0.169 0.377 0.243 0.016 104 R 0.085 0.208 0.314 0.294 0.082 0.016 0.001 105 K 0.514 0.394 0.061 0.020 0.008 0.002 0.001 106 L 0.092 0.151 0.261 0.335 0.123 0.037 0.002 107 L 0.187 0.139 0.200 0.252 0.173 0.047 0.002 108 G 0.626 0.281 0.068 0.018 0.005 0.002 0.001 109 F 0.507 0.191 0.133 0.110 0.044 0.013 0.002