# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 827 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.564 0.184 0.094 0.070 0.040 0.020 0.016 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 2 K 0.154 0.129 0.142 0.199 0.139 0.109 0.072 0.029 0.016 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 3 S 0.076 0.068 0.102 0.135 0.175 0.152 0.133 0.075 0.051 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 4 V 0.019 0.017 0.031 0.062 0.117 0.144 0.171 0.171 0.108 0.067 0.051 0.025 0.013 0.004 5 V 0.007 0.007 0.009 0.011 0.024 0.041 0.064 0.104 0.152 0.209 0.190 0.110 0.057 0.016 6 T 0.013 0.014 0.026 0.058 0.099 0.094 0.110 0.171 0.137 0.121 0.078 0.049 0.021 0.009 7 L 0.005 0.007 0.009 0.014 0.027 0.036 0.049 0.085 0.155 0.234 0.188 0.105 0.062 0.025 8 K 0.043 0.059 0.088 0.148 0.151 0.143 0.137 0.097 0.067 0.033 0.019 0.010 0.004 0.002 9 T 0.059 0.080 0.102 0.132 0.139 0.135 0.135 0.075 0.062 0.042 0.022 0.009 0.005 0.003 10 T 0.191 0.176 0.130 0.127 0.126 0.088 0.075 0.038 0.030 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 11 D 0.390 0.267 0.140 0.084 0.053 0.026 0.019 0.008 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 12 G 0.312 0.192 0.146 0.125 0.091 0.053 0.036 0.018 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 13 W 0.095 0.070 0.104 0.140 0.188 0.160 0.120 0.066 0.034 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 14 I 0.075 0.069 0.081 0.116 0.147 0.158 0.137 0.101 0.054 0.034 0.018 0.007 0.003 0.001 15 P 0.112 0.114 0.122 0.154 0.177 0.109 0.069 0.063 0.038 0.021 0.012 0.005 0.003 0.001 16 V 0.085 0.050 0.058 0.085 0.130 0.140 0.108 0.113 0.096 0.054 0.041 0.027 0.011 0.003 17 P 0.061 0.072 0.121 0.178 0.186 0.145 0.121 0.064 0.029 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 18 F 0.032 0.024 0.035 0.079 0.123 0.145 0.137 0.154 0.125 0.087 0.038 0.014 0.005 0.003 19 S 0.161 0.203 0.160 0.192 0.099 0.080 0.047 0.025 0.016 0.008 0.005 0.003 0.001 0.001 20 K 0.101 0.145 0.183 0.162 0.138 0.107 0.071 0.038 0.028 0.013 0.006 0.003 0.004 0.001 21 V 0.010 0.010 0.021 0.033 0.085 0.136 0.192 0.204 0.150 0.077 0.042 0.025 0.012 0.002 22 M 0.030 0.035 0.045 0.088 0.146 0.140 0.134 0.154 0.103 0.068 0.032 0.014 0.007 0.003 23 Y 0.067 0.039 0.046 0.079 0.094 0.103 0.116 0.140 0.097 0.096 0.066 0.035 0.014 0.009 24 L 0.049 0.042 0.043 0.051 0.083 0.082 0.083 0.107 0.132 0.119 0.096 0.066 0.034 0.014 25 E 0.066 0.051 0.086 0.185 0.168 0.168 0.118 0.075 0.045 0.019 0.011 0.006 0.002 0.001 26 A 0.030 0.032 0.059 0.110 0.165 0.170 0.167 0.111 0.072 0.052 0.017 0.009 0.003 0.003 27 K 0.148 0.179 0.167 0.220 0.113 0.084 0.039 0.022 0.015 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 28 D 0.325 0.237 0.158 0.112 0.057 0.041 0.042 0.010 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 29 K 0.039 0.057 0.109 0.148 0.169 0.166 0.135 0.078 0.063 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 30 K 0.017 0.023 0.044 0.085 0.153 0.163 0.187 0.147 0.084 0.045 0.028 0.014 0.008 0.003 31 T 0.004 0.005 0.007 0.010 0.024 0.045 0.089 0.125 0.161 0.204 0.160 0.092 0.054 0.020 32 Y 0.009 0.009 0.013 0.027 0.055 0.058 0.073 0.131 0.169 0.160 0.130 0.093 0.049 0.026 33 V 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.010 0.019 0.039 0.107 0.204 0.244 0.210 0.106 0.047 34 N 0.006 0.009 0.015 0.029 0.048 0.069 0.097 0.145 0.150 0.150 0.128 0.084 0.045 0.026 35 A 0.005 0.009 0.014 0.026 0.050 0.065 0.094 0.124 0.166 0.185 0.130 0.072 0.037 0.024 36 E 0.053 0.089 0.101 0.147 0.147 0.126 0.109 0.078 0.067 0.036 0.024 0.014 0.004 0.004 37 E 0.147 0.197 0.158 0.128 0.115 0.078 0.073 0.037 0.036 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 38 L 0.058 0.086 0.121 0.155 0.169 0.145 0.106 0.074 0.050 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 39 T 0.200 0.192 0.167 0.140 0.126 0.076 0.045 0.024 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 40 G 0.217 0.108 0.122 0.125 0.136 0.111 0.075 0.050 0.031 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 41 T 0.149 0.120 0.114 0.152 0.171 0.117 0.074 0.051 0.030 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 42 H 0.072 0.049 0.058 0.092 0.143 0.161 0.143 0.127 0.074 0.046 0.021 0.010 0.003 0.001 43 K 0.107 0.129 0.141 0.181 0.183 0.108 0.064 0.039 0.024 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 44 Y 0.333 0.135 0.107 0.107 0.100 0.080 0.051 0.039 0.025 0.011 0.006 0.003 0.002 0.001 45 S 0.078 0.090 0.122 0.189 0.202 0.141 0.096 0.046 0.023 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 46 L 0.030 0.021 0.038 0.081 0.163 0.178 0.163 0.163 0.096 0.047 0.013 0.005 0.002 0.001 47 Q 0.380 0.267 0.156 0.103 0.045 0.028 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 E 0.347 0.298 0.171 0.092 0.046 0.024 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 F 0.025 0.018 0.036 0.092 0.220 0.219 0.163 0.144 0.054 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 50 E 0.090 0.130 0.189 0.270 0.165 0.096 0.030 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 51 Y 0.763 0.142 0.048 0.025 0.010 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.189 0.129 0.169 0.212 0.152 0.084 0.041 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 53 L 0.098 0.063 0.131 0.197 0.198 0.159 0.100 0.034 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 54 P 0.584 0.205 0.102 0.050 0.029 0.013 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 K 0.624 0.179 0.086 0.055 0.031 0.013 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 D 0.422 0.179 0.130 0.122 0.069 0.038 0.023 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 57 S 0.196 0.151 0.179 0.154 0.129 0.086 0.056 0.024 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 58 F 0.058 0.033 0.055 0.089 0.160 0.190 0.165 0.125 0.064 0.032 0.017 0.006 0.003 0.001 59 I 0.034 0.039 0.045 0.076 0.140 0.135 0.128 0.132 0.105 0.083 0.049 0.019 0.009 0.004 60 R 0.086 0.060 0.073 0.108 0.121 0.121 0.112 0.111 0.079 0.057 0.037 0.021 0.010 0.005 61 C 0.021 0.015 0.018 0.023 0.039 0.062 0.083 0.109 0.131 0.142 0.147 0.140 0.051 0.021 62 H 0.017 0.015 0.023 0.040 0.063 0.111 0.151 0.189 0.151 0.110 0.075 0.031 0.016 0.008 63 R 0.022 0.025 0.036 0.069 0.109 0.125 0.151 0.147 0.134 0.086 0.049 0.023 0.014 0.010 64 S 0.030 0.036 0.049 0.081 0.126 0.137 0.142 0.135 0.114 0.071 0.040 0.020 0.010 0.008 65 F 0.012 0.014 0.025 0.049 0.074 0.124 0.199 0.155 0.118 0.100 0.070 0.039 0.014 0.007 66 I 0.036 0.029 0.041 0.054 0.088 0.117 0.131 0.156 0.144 0.092 0.058 0.031 0.014 0.008 67 V 0.064 0.059 0.068 0.076 0.114 0.137 0.134 0.122 0.098 0.057 0.036 0.020 0.010 0.004 68 N 0.032 0.030 0.044 0.091 0.128 0.177 0.184 0.161 0.081 0.042 0.019 0.008 0.003 0.002 69 V 0.032 0.045 0.062 0.115 0.180 0.159 0.150 0.103 0.078 0.042 0.020 0.008 0.003 0.003 70 N 0.282 0.217 0.186 0.133 0.071 0.048 0.033 0.013 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 71 H 0.036 0.053 0.127 0.199 0.215 0.175 0.097 0.052 0.028 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 72 I 0.017 0.016 0.030 0.054 0.118 0.182 0.220 0.194 0.101 0.047 0.014 0.004 0.002 0.001 73 K 0.182 0.239 0.194 0.148 0.100 0.065 0.034 0.019 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 74 A 0.252 0.248 0.175 0.127 0.085 0.047 0.029 0.017 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 75 I 0.027 0.024 0.050 0.086 0.189 0.187 0.171 0.126 0.069 0.041 0.015 0.009 0.004 0.001 76 Y 0.098 0.116 0.157 0.213 0.179 0.116 0.060 0.035 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 77 P 0.515 0.196 0.095 0.074 0.050 0.029 0.021 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 78 D 0.313 0.200 0.146 0.145 0.094 0.051 0.029 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 79 T 0.318 0.186 0.150 0.128 0.094 0.058 0.039 0.013 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 80 H 0.259 0.175 0.142 0.144 0.110 0.073 0.052 0.022 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 81 S 0.204 0.131 0.122 0.136 0.131 0.101 0.076 0.043 0.032 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 82 T 0.065 0.066 0.080 0.126 0.166 0.148 0.129 0.094 0.064 0.028 0.018 0.008 0.005 0.002 83 F 0.010 0.009 0.015 0.024 0.046 0.082 0.132 0.157 0.151 0.138 0.115 0.075 0.034 0.010 84 L 0.017 0.017 0.027 0.065 0.114 0.109 0.121 0.174 0.127 0.096 0.068 0.039 0.017 0.009 85 L 0.006 0.005 0.007 0.008 0.015 0.026 0.043 0.080 0.122 0.230 0.217 0.143 0.072 0.025 86 S 0.021 0.028 0.047 0.087 0.124 0.130 0.123 0.156 0.117 0.080 0.048 0.022 0.011 0.005 87 M 0.026 0.028 0.040 0.076 0.111 0.138 0.143 0.135 0.110 0.093 0.057 0.026 0.012 0.006 88 D 0.123 0.121 0.125 0.160 0.143 0.118 0.109 0.048 0.029 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 89 N 0.270 0.203 0.161 0.138 0.093 0.054 0.039 0.017 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 90 G 0.467 0.197 0.112 0.109 0.052 0.028 0.018 0.006 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 91 E 0.414 0.212 0.154 0.102 0.049 0.030 0.025 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 R 0.130 0.106 0.140 0.155 0.165 0.134 0.089 0.042 0.025 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 93 V 0.035 0.032 0.056 0.081 0.141 0.171 0.188 0.137 0.072 0.043 0.025 0.012 0.005 0.002 94 P 0.116 0.075 0.091 0.119 0.146 0.116 0.090 0.088 0.069 0.044 0.026 0.012 0.006 0.003 95 V 0.040 0.027 0.040 0.066 0.115 0.111 0.087 0.108 0.123 0.111 0.081 0.057 0.026 0.010 96 S 0.026 0.030 0.041 0.055 0.096 0.139 0.156 0.149 0.119 0.107 0.048 0.020 0.011 0.005 97 Q 0.150 0.166 0.156 0.157 0.113 0.089 0.064 0.040 0.032 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 98 S 0.484 0.260 0.096 0.062 0.043 0.020 0.017 0.007 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 99 Y 0.026 0.032 0.067 0.150 0.205 0.216 0.161 0.078 0.040 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 100 A 0.024 0.053 0.135 0.228 0.231 0.163 0.095 0.042 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 101 S 0.763 0.186 0.038 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 Y 0.139 0.253 0.233 0.188 0.111 0.049 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 F 0.016 0.010 0.022 0.057 0.155 0.223 0.252 0.176 0.065 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 104 R 0.096 0.250 0.279 0.228 0.099 0.036 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 K 0.779 0.175 0.033 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 L 0.037 0.065 0.138 0.212 0.241 0.174 0.081 0.036 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 107 L 0.077 0.042 0.059 0.107 0.211 0.184 0.165 0.099 0.041 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 108 G 0.577 0.248 0.093 0.040 0.020 0.009 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 F 0.265 0.068 0.109 0.180 0.189 0.092 0.038 0.027 0.018 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001