# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1090 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.004 0.007 0.045 0.046 0.090 0.003 0.264 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.017 0.061 0.211 0.066 0.147 0.002 2 K 0.007 0.015 0.065 0.035 0.257 0.001 0.046 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.004 0.003 0.028 0.096 0.043 0.039 0.094 0.253 0.004 3 S 0.033 0.087 0.266 0.176 0.093 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.026 0.012 0.139 0.011 0.015 0.020 0.028 0.040 0.019 4 V 0.073 0.122 0.016 0.019 0.417 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.047 0.023 0.034 0.018 0.017 0.140 0.002 0.003 0.016 0.005 0.045 5 V 0.150 0.180 0.153 0.106 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.025 0.145 0.032 0.131 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.021 6 T 0.120 0.194 0.011 0.029 0.309 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.033 0.053 0.027 0.011 0.068 0.001 0.002 0.004 0.002 0.059 7 L 0.257 0.232 0.099 0.099 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.021 0.082 0.025 0.088 0.006 0.001 0.001 0.004 0.002 0.025 8 K 0.251 0.198 0.037 0.072 0.331 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 0.025 0.010 0.016 0.016 0.004 0.002 0.006 0.004 0.008 9 T 0.150 0.110 0.167 0.180 0.129 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.015 0.008 0.125 0.011 0.019 0.007 0.018 0.029 0.005 10 T 0.035 0.029 0.045 0.092 0.342 0.001 0.030 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.004 0.002 0.049 0.020 0.205 0.010 0.024 0.102 0.001 11 D 0.013 0.018 0.023 0.014 0.303 0.001 0.436 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.019 0.026 0.027 0.047 0.014 0.048 0.001 12 G 0.023 0.054 0.298 0.353 0.023 0.002 0.046 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.002 0.035 0.006 0.017 0.064 0.019 0.038 0.004 13 W 0.021 0.024 0.005 0.003 0.847 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.007 0.001 0.002 0.041 0.002 0.005 0.022 0.006 0.004 14 I 0.038 0.034 0.569 0.179 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.012 0.001 0.136 0.001 0.002 0.001 0.004 0.009 0.002 15 P 0.018 0.023 0.001 0.007 0.820 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 0.005 0.001 0.002 0.064 0.002 0.005 0.019 0.003 0.010 16 V 0.028 0.023 0.426 0.181 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.018 0.002 0.271 0.001 0.002 0.002 0.010 0.025 0.001 17 P 0.007 0.022 0.009 0.028 0.454 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.003 0.005 0.075 0.324 0.002 18 F 0.009 0.008 0.315 0.042 0.021 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.045 0.001 0.500 0.025 0.007 0.016 0.001 19 S 0.016 0.052 0.031 0.026 0.112 0.045 0.581 0.029 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.006 0.062 0.006 0.004 0.018 0.001 20 K 0.118 0.262 0.059 0.207 0.086 0.003 0.167 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.003 0.019 0.005 0.009 0.013 0.009 0.016 0.002 21 V 0.251 0.336 0.016 0.028 0.252 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.017 0.009 0.036 0.004 0.004 0.012 0.003 0.006 0.008 0.003 0.008 22 M 0.512 0.294 0.068 0.044 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.011 0.031 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 23 Y 0.436 0.344 0.015 0.022 0.079 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.013 0.032 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 24 L 0.353 0.491 0.023 0.042 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.032 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 25 E 0.317 0.494 0.021 0.062 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.019 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 26 A 0.407 0.351 0.043 0.062 0.090 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.012 0.002 0.007 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.005 27 K 0.224 0.192 0.085 0.128 0.186 0.001 0.020 0.002 0.005 0.007 0.002 0.003 0.008 0.002 0.038 0.006 0.061 0.004 0.005 0.019 0.003 28 D 0.067 0.076 0.044 0.066 0.450 0.001 0.137 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.004 0.001 0.014 0.011 0.028 0.017 0.014 0.059 0.002 29 K 0.068 0.113 0.176 0.124 0.200 0.002 0.086 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.009 0.003 0.028 0.013 0.030 0.082 0.013 0.039 0.004 30 K 0.167 0.251 0.094 0.094 0.212 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.014 0.010 0.029 0.010 0.026 0.017 0.007 0.006 0.014 0.014 0.027 31 T 0.241 0.357 0.036 0.026 0.181 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.019 0.051 0.011 0.017 0.008 0.001 0.001 0.005 0.002 0.023 32 Y 0.313 0.378 0.052 0.061 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.018 0.066 0.009 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 33 V 0.293 0.319 0.017 0.025 0.080 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.026 0.062 0.009 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 34 N 0.315 0.397 0.027 0.035 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.018 0.083 0.014 0.029 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 35 A 0.312 0.354 0.038 0.128 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.014 0.036 0.010 0.009 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.014 36 E 0.208 0.178 0.058 0.088 0.323 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.015 0.006 0.035 0.014 0.030 0.005 0.006 0.012 0.004 37 E 0.086 0.111 0.069 0.092 0.251 0.002 0.145 0.007 0.002 0.002 0.003 0.004 0.011 0.007 0.069 0.017 0.049 0.017 0.018 0.037 0.003 38 L 0.067 0.055 0.140 0.166 0.173 0.003 0.082 0.009 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.004 0.044 0.012 0.055 0.060 0.031 0.081 0.002 39 T 0.054 0.045 0.080 0.062 0.364 0.003 0.056 0.018 0.002 0.001 0.006 0.005 0.011 0.003 0.022 0.023 0.074 0.043 0.053 0.070 0.004 40 G 0.075 0.114 0.124 0.142 0.232 0.003 0.040 0.022 0.001 0.001 0.005 0.006 0.016 0.003 0.040 0.014 0.040 0.028 0.041 0.049 0.004 41 T 0.102 0.108 0.087 0.109 0.308 0.002 0.025 0.028 0.002 0.001 0.009 0.007 0.016 0.003 0.023 0.016 0.037 0.028 0.050 0.030 0.007 42 H 0.101 0.093 0.113 0.165 0.164 0.004 0.021 0.049 0.002 0.001 0.007 0.008 0.018 0.003 0.051 0.014 0.063 0.012 0.054 0.051 0.008 43 K 0.066 0.071 0.029 0.060 0.349 0.003 0.055 0.072 0.002 0.001 0.006 0.006 0.012 0.003 0.047 0.022 0.096 0.031 0.039 0.027 0.004 44 Y 0.047 0.047 0.134 0.194 0.057 0.002 0.038 0.088 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 0.002 0.092 0.010 0.097 0.021 0.042 0.111 0.002 45 S 0.013 0.023 0.014 0.036 0.341 0.002 0.030 0.091 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.008 0.033 0.032 0.041 0.120 0.203 0.002 46 L 0.002 0.002 0.051 0.008 0.011 0.001 0.004 0.150 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.002 0.694 0.020 0.011 0.009 0.001 47 Q 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.010 0.056 0.866 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.047 0.001 0.001 0.003 0.001 48 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.005 0.048 0.887 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.033 0.004 0.002 0.005 0.001 49 F 0.001 0.002 0.001 0.005 0.010 0.002 0.038 0.799 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.087 0.024 0.007 0.006 0.001 50 E 0.002 0.001 0.009 0.004 0.004 0.004 0.065 0.617 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.246 0.004 0.006 0.005 0.001 51 Y 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.119 0.310 0.422 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.064 0.013 0.006 0.017 0.001 52 L 0.001 0.002 0.003 0.009 0.030 0.006 0.263 0.051 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.440 0.080 0.056 0.028 0.001 53 L 0.001 0.001 0.017 0.016 0.007 0.001 0.025 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.004 0.054 0.066 0.301 0.478 0.001 54 P 0.001 0.001 0.002 0.002 0.029 0.002 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.054 0.034 0.081 0.755 0.001 55 K 0.001 0.001 0.019 0.002 0.004 0.001 0.028 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.736 0.071 0.029 0.083 0.001 56 D 0.001 0.001 0.010 0.005 0.013 0.013 0.579 0.081 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.067 0.032 0.105 0.078 0.001 57 S 0.004 0.006 0.068 0.024 0.031 0.014 0.213 0.198 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.018 0.027 0.128 0.122 0.086 0.047 0.002 58 F 0.016 0.031 0.033 0.035 0.122 0.008 0.064 0.247 0.003 0.001 0.003 0.006 0.018 0.019 0.040 0.084 0.114 0.058 0.060 0.035 0.004 59 I 0.039 0.045 0.085 0.069 0.052 0.007 0.045 0.317 0.003 0.001 0.009 0.012 0.020 0.031 0.102 0.018 0.078 0.015 0.027 0.020 0.005 60 R 0.041 0.045 0.040 0.088 0.066 0.014 0.050 0.336 0.007 0.002 0.006 0.010 0.020 0.036 0.083 0.032 0.056 0.016 0.022 0.025 0.005 61 C 0.066 0.037 0.029 0.067 0.167 0.004 0.036 0.141 0.016 0.002 0.009 0.011 0.026 0.021 0.088 0.027 0.188 0.011 0.027 0.023 0.004 62 H 0.028 0.028 0.058 0.051 0.072 0.005 0.069 0.334 0.009 0.002 0.006 0.006 0.008 0.010 0.073 0.025 0.088 0.026 0.047 0.052 0.004 63 R 0.023 0.021 0.038 0.037 0.052 0.007 0.034 0.305 0.010 0.002 0.002 0.003 0.005 0.006 0.044 0.013 0.328 0.029 0.015 0.024 0.002 64 S 0.017 0.045 0.017 0.022 0.053 0.015 0.105 0.546 0.005 0.003 0.001 0.003 0.006 0.012 0.028 0.025 0.048 0.014 0.014 0.017 0.001 65 F 0.042 0.041 0.034 0.054 0.018 0.008 0.027 0.609 0.004 0.001 0.002 0.004 0.009 0.018 0.032 0.008 0.060 0.012 0.008 0.008 0.002 66 I 0.049 0.032 0.017 0.021 0.023 0.008 0.026 0.671 0.006 0.001 0.003 0.008 0.009 0.027 0.015 0.013 0.047 0.008 0.009 0.004 0.003 67 V 0.064 0.050 0.027 0.075 0.015 0.012 0.046 0.406 0.014 0.004 0.003 0.012 0.033 0.072 0.050 0.009 0.081 0.007 0.009 0.009 0.002 68 N 0.019 0.034 0.010 0.039 0.047 0.008 0.054 0.477 0.026 0.008 0.003 0.007 0.009 0.039 0.033 0.026 0.054 0.024 0.036 0.041 0.005 69 V 0.003 0.002 0.010 0.004 0.008 0.001 0.005 0.315 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.600 0.009 0.005 0.005 0.001 70 N 0.001 0.003 0.001 0.002 0.005 0.021 0.086 0.815 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.040 0.005 0.001 0.004 0.001 71 H 0.001 0.004 0.006 0.009 0.006 0.011 0.082 0.741 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.004 0.081 0.012 0.004 0.009 0.001 72 I 0.005 0.006 0.006 0.011 0.021 0.006 0.047 0.620 0.020 0.007 0.001 0.002 0.002 0.007 0.013 0.012 0.141 0.029 0.030 0.013 0.001 73 K 0.004 0.005 0.020 0.013 0.010 0.024 0.121 0.478 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.023 0.005 0.236 0.008 0.006 0.020 0.001 74 A 0.005 0.010 0.012 0.040 0.048 0.057 0.261 0.228 0.021 0.009 0.001 0.001 0.002 0.009 0.044 0.018 0.102 0.059 0.023 0.048 0.001 75 I 0.013 0.012 0.023 0.047 0.112 0.004 0.088 0.031 0.012 0.003 0.005 0.004 0.011 0.013 0.054 0.031 0.166 0.100 0.165 0.103 0.004 76 Y 0.009 0.005 0.063 0.066 0.038 0.001 0.015 0.012 0.004 0.001 0.003 0.003 0.003 0.005 0.029 0.011 0.046 0.052 0.343 0.289 0.003 77 P 0.002 0.002 0.011 0.011 0.270 0.003 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.036 0.351 0.052 0.075 0.141 0.001 78 D 0.003 0.004 0.074 0.062 0.052 0.014 0.162 0.021 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.009 0.181 0.081 0.115 0.144 0.001 79 T 0.004 0.004 0.054 0.063 0.086 0.005 0.085 0.006 0.006 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.013 0.286 0.079 0.099 0.184 0.001 80 H 0.005 0.013 0.039 0.058 0.219 0.003 0.268 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.019 0.087 0.068 0.039 0.161 0.001 81 S 0.031 0.100 0.124 0.154 0.219 0.001 0.113 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.014 0.011 0.040 0.085 0.017 0.075 0.002 82 T 0.119 0.316 0.057 0.085 0.305 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.019 0.003 0.013 0.013 0.005 0.006 0.011 0.013 0.010 83 F 0.298 0.504 0.027 0.022 0.084 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 0.027 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 84 L 0.467 0.404 0.020 0.014 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.008 0.029 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 85 L 0.401 0.454 0.011 0.013 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.008 0.022 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 86 S 0.324 0.568 0.006 0.012 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.033 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 87 M 0.359 0.530 0.018 0.054 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 88 D 0.361 0.313 0.046 0.056 0.164 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.011 0.002 0.011 0.006 0.009 0.001 0.002 0.003 0.004 89 N 0.082 0.101 0.048 0.116 0.243 0.001 0.143 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.002 0.068 0.012 0.064 0.003 0.011 0.093 0.002 90 G 0.022 0.025 0.027 0.016 0.369 0.001 0.246 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.008 0.014 0.009 0.211 0.014 0.027 0.001 91 E 0.025 0.025 0.554 0.234 0.018 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.028 0.005 0.013 0.008 0.015 0.059 0.001 92 R 0.025 0.024 0.007 0.009 0.810 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.009 0.001 0.003 0.014 0.008 0.012 0.052 0.007 0.005 93 V 0.017 0.023 0.379 0.174 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.007 0.001 0.252 0.004 0.005 0.004 0.022 0.078 0.002 94 P 0.014 0.027 0.017 0.074 0.477 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.009 0.005 0.008 0.002 0.010 0.040 0.018 0.021 0.127 0.137 0.006 95 V 0.017 0.021 0.125 0.146 0.064 0.002 0.010 0.008 0.001 0.001 0.006 0.004 0.010 0.003 0.218 0.031 0.118 0.039 0.056 0.119 0.002 96 S 0.011 0.014 0.024 0.052 0.127 0.003 0.042 0.060 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.012 0.022 0.023 0.012 0.176 0.409 0.003 97 Q 0.003 0.001 0.024 0.007 0.021 0.001 0.006 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.003 0.806 0.031 0.015 0.016 0.001 98 S 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.009 0.114 0.790 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.051 0.004 0.006 0.009 0.001 99 Y 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.003 0.103 0.768 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.055 0.022 0.016 0.009 0.001 100 A 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.005 0.811 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.157 0.003 0.006 0.002 0.001 101 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 102 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 103 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.004 0.001 0.002 0.001 104 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.895 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.001 0.001 0.001 0.001 105 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.051 0.869 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 106 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.199 0.172 0.095 0.134 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.350 0.016 0.007 0.008 0.001 107 L 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.011 0.426 0.052 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.011 0.085 0.055 0.091 0.228 0.001 108 G 0.001 0.001 0.005 0.002 0.013 0.007 0.158 0.029 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.011 0.090 0.539 0.063 0.063 0.001 109 F 0.001 0.002 0.048 0.016 0.038 0.004 0.047 0.041 0.008 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.040 0.092 0.146 0.070 0.172 0.263 0.002