# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1090 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.001 0.010 0.772 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.122 0.024 0.029 0.020 2 K 0.001 0.006 0.851 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.054 0.011 0.009 0.034 3 S 0.006 0.010 0.539 0.026 0.002 0.001 0.003 0.002 0.141 0.110 0.011 0.112 0.035 4 V 0.046 0.008 0.143 0.022 0.003 0.001 0.039 0.032 0.349 0.022 0.004 0.033 0.300 5 V 0.115 0.002 0.017 0.015 0.001 0.001 0.084 0.093 0.378 0.002 0.001 0.237 0.056 6 T 0.205 0.002 0.009 0.008 0.001 0.001 0.155 0.133 0.232 0.001 0.001 0.051 0.202 7 L 0.234 0.004 0.032 0.010 0.001 0.001 0.101 0.097 0.174 0.003 0.001 0.221 0.123 8 K 0.117 0.010 0.143 0.020 0.001 0.001 0.055 0.036 0.209 0.014 0.004 0.136 0.255 9 T 0.035 0.014 0.368 0.024 0.010 0.001 0.011 0.008 0.068 0.100 0.068 0.094 0.199 10 T 0.003 0.006 0.202 0.040 0.018 0.001 0.002 0.002 0.019 0.193 0.455 0.028 0.031 11 D 0.002 0.005 0.080 0.044 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.348 0.458 0.009 0.015 12 G 0.007 0.029 0.267 0.010 0.027 0.004 0.002 0.002 0.018 0.281 0.186 0.151 0.016 13 W 0.021 0.031 0.268 0.011 0.040 0.005 0.010 0.005 0.011 0.054 0.034 0.004 0.506 14 I 0.004 0.003 0.027 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.025 0.019 0.004 0.903 0.003 15 P 0.006 0.045 0.080 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.013 0.012 0.012 0.002 0.821 16 V 0.001 0.027 0.111 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.027 0.001 0.812 0.003 17 P 0.001 0.006 0.557 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.026 0.001 0.001 0.402 18 F 0.004 0.012 0.210 0.062 0.344 0.061 0.002 0.001 0.004 0.103 0.153 0.022 0.024 19 S 0.006 0.002 0.040 0.090 0.424 0.057 0.001 0.001 0.005 0.042 0.300 0.016 0.016 20 K 0.103 0.004 0.103 0.024 0.237 0.036 0.010 0.004 0.014 0.091 0.085 0.089 0.201 21 V 0.477 0.002 0.043 0.014 0.012 0.018 0.043 0.024 0.057 0.010 0.007 0.032 0.262 22 M 0.754 0.001 0.004 0.032 0.001 0.006 0.033 0.007 0.005 0.003 0.001 0.136 0.017 23 Y 0.751 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.035 0.006 0.007 0.001 0.001 0.023 0.169 24 L 0.860 0.001 0.003 0.009 0.001 0.002 0.033 0.004 0.003 0.001 0.001 0.047 0.038 25 E 0.716 0.001 0.008 0.004 0.001 0.005 0.029 0.003 0.006 0.001 0.001 0.120 0.104 26 A 0.314 0.002 0.057 0.007 0.003 0.004 0.007 0.002 0.007 0.006 0.008 0.157 0.426 27 K 0.078 0.002 0.113 0.116 0.011 0.004 0.003 0.001 0.005 0.100 0.267 0.193 0.106 28 D 0.006 0.001 0.032 0.021 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.193 0.687 0.017 0.033 29 K 0.033 0.003 0.087 0.031 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.364 0.277 0.143 0.055 30 K 0.323 0.006 0.105 0.012 0.001 0.001 0.021 0.005 0.010 0.041 0.016 0.106 0.353 31 T 0.549 0.002 0.014 0.008 0.001 0.001 0.106 0.028 0.022 0.004 0.001 0.151 0.113 32 Y 0.698 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.114 0.027 0.009 0.001 0.001 0.071 0.064 33 V 0.681 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.157 0.024 0.016 0.001 0.001 0.059 0.059 34 N 0.603 0.002 0.010 0.011 0.001 0.001 0.135 0.029 0.023 0.001 0.001 0.080 0.105 35 A 0.206 0.004 0.127 0.009 0.001 0.001 0.021 0.006 0.042 0.015 0.005 0.188 0.375 36 E 0.050 0.004 0.148 0.046 0.012 0.003 0.006 0.002 0.016 0.137 0.323 0.087 0.169 37 E 0.014 0.004 0.089 0.030 0.028 0.003 0.002 0.001 0.002 0.210 0.555 0.028 0.034 38 L 0.022 0.009 0.162 0.016 0.023 0.008 0.002 0.001 0.004 0.371 0.230 0.100 0.052 39 T 0.143 0.020 0.218 0.009 0.024 0.017 0.008 0.002 0.004 0.066 0.048 0.053 0.389 40 G 0.192 0.018 0.099 0.016 0.011 0.034 0.022 0.003 0.011 0.028 0.016 0.438 0.112 41 T 0.231 0.013 0.064 0.042 0.014 0.026 0.029 0.003 0.008 0.012 0.012 0.094 0.450 42 H 0.193 0.010 0.089 0.045 0.021 0.039 0.021 0.002 0.014 0.029 0.033 0.369 0.135 43 K 0.101 0.014 0.150 0.038 0.031 0.078 0.010 0.001 0.010 0.049 0.092 0.052 0.374 44 Y 0.042 0.016 0.317 0.007 0.014 0.060 0.003 0.001 0.009 0.109 0.040 0.274 0.107 45 S 0.010 0.011 0.598 0.004 0.012 0.092 0.001 0.001 0.004 0.064 0.027 0.020 0.156 46 L 0.001 0.002 0.052 0.001 0.023 0.898 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 0.003 0.002 47 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 48 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.038 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 49 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 50 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 51 Y 0.001 0.001 0.005 0.001 0.039 0.820 0.001 0.001 0.001 0.002 0.132 0.001 0.001 52 L 0.001 0.002 0.013 0.001 0.040 0.762 0.001 0.001 0.001 0.016 0.164 0.001 0.002 53 L 0.001 0.009 0.337 0.001 0.010 0.156 0.001 0.001 0.001 0.247 0.229 0.006 0.004 54 P 0.001 0.005 0.719 0.001 0.018 0.028 0.001 0.001 0.001 0.082 0.140 0.002 0.004 55 K 0.001 0.002 0.094 0.001 0.101 0.069 0.001 0.001 0.001 0.077 0.652 0.001 0.001 56 D 0.001 0.003 0.112 0.004 0.230 0.087 0.001 0.001 0.003 0.144 0.413 0.002 0.002 57 S 0.003 0.010 0.169 0.014 0.243 0.136 0.001 0.002 0.019 0.155 0.210 0.018 0.020 58 F 0.036 0.031 0.164 0.015 0.086 0.134 0.019 0.015 0.112 0.073 0.074 0.036 0.206 59 I 0.104 0.030 0.129 0.037 0.049 0.129 0.035 0.028 0.090 0.050 0.031 0.174 0.114 60 R 0.127 0.025 0.093 0.026 0.031 0.088 0.025 0.019 0.072 0.033 0.036 0.156 0.269 61 C 0.100 0.020 0.171 0.043 0.024 0.059 0.021 0.014 0.072 0.055 0.050 0.104 0.268 62 H 0.030 0.009 0.347 0.129 0.017 0.087 0.009 0.003 0.038 0.138 0.086 0.052 0.056 63 R 0.025 0.007 0.205 0.048 0.037 0.161 0.007 0.003 0.043 0.184 0.162 0.047 0.070 64 S 0.064 0.005 0.176 0.056 0.056 0.147 0.011 0.021 0.030 0.122 0.101 0.069 0.142 65 F 0.159 0.004 0.034 0.008 0.042 0.176 0.075 0.059 0.119 0.040 0.029 0.136 0.119 66 I 0.184 0.016 0.039 0.021 0.041 0.205 0.075 0.084 0.082 0.023 0.040 0.029 0.161 67 V 0.178 0.031 0.076 0.035 0.026 0.101 0.048 0.037 0.079 0.044 0.030 0.257 0.059 68 N 0.024 0.016 0.447 0.012 0.012 0.092 0.006 0.006 0.035 0.111 0.025 0.014 0.201 69 V 0.003 0.002 0.091 0.006 0.067 0.745 0.001 0.001 0.002 0.037 0.033 0.005 0.007 70 N 0.002 0.001 0.019 0.012 0.308 0.512 0.001 0.001 0.002 0.014 0.120 0.004 0.004 71 H 0.006 0.003 0.023 0.002 0.322 0.559 0.001 0.001 0.002 0.013 0.049 0.006 0.012 72 I 0.014 0.004 0.036 0.004 0.158 0.700 0.002 0.002 0.009 0.012 0.036 0.005 0.018 73 K 0.028 0.007 0.038 0.017 0.110 0.549 0.002 0.001 0.005 0.018 0.188 0.021 0.017 74 A 0.030 0.017 0.073 0.005 0.070 0.378 0.002 0.001 0.014 0.025 0.297 0.044 0.044 75 I 0.054 0.030 0.148 0.009 0.060 0.230 0.004 0.003 0.015 0.094 0.063 0.018 0.271 76 Y 0.011 0.010 0.433 0.003 0.003 0.014 0.001 0.001 0.017 0.085 0.017 0.381 0.022 77 P 0.007 0.029 0.334 0.003 0.027 0.015 0.001 0.001 0.009 0.074 0.222 0.011 0.267 78 D 0.001 0.008 0.312 0.003 0.020 0.005 0.001 0.001 0.003 0.160 0.436 0.040 0.011 79 T 0.001 0.002 0.083 0.003 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.234 0.619 0.007 0.025 80 H 0.001 0.002 0.042 0.007 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.215 0.699 0.010 0.012 81 S 0.010 0.005 0.116 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.456 0.277 0.071 0.036 82 T 0.201 0.011 0.184 0.011 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.047 0.022 0.085 0.429 83 F 0.592 0.001 0.011 0.005 0.001 0.001 0.015 0.001 0.002 0.002 0.001 0.272 0.099 84 L 0.794 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.086 85 L 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.025 86 S 0.918 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.041 87 M 0.600 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.014 0.001 0.003 0.001 0.001 0.135 0.232 88 D 0.182 0.001 0.095 0.049 0.002 0.001 0.006 0.001 0.005 0.048 0.121 0.280 0.208 89 N 0.004 0.001 0.033 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.778 0.023 0.036 90 G 0.001 0.002 0.075 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.403 0.494 0.011 0.008 91 E 0.015 0.039 0.347 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.124 0.020 0.414 0.026 92 R 0.013 0.079 0.174 0.001 0.004 0.002 0.004 0.001 0.005 0.019 0.015 0.003 0.681 93 V 0.008 0.014 0.099 0.014 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 0.029 0.003 0.817 0.006 94 P 0.010 0.019 0.171 0.005 0.001 0.002 0.002 0.001 0.007 0.016 0.005 0.012 0.749 95 V 0.033 0.041 0.217 0.020 0.015 0.017 0.008 0.001 0.011 0.046 0.017 0.483 0.091 96 S 0.013 0.015 0.500 0.018 0.025 0.075 0.003 0.001 0.012 0.052 0.033 0.024 0.228 97 Q 0.003 0.004 0.042 0.002 0.051 0.787 0.001 0.001 0.001 0.031 0.061 0.009 0.008 98 S 0.001 0.004 0.028 0.001 0.053 0.811 0.001 0.001 0.001 0.013 0.076 0.004 0.007 99 Y 0.001 0.001 0.030 0.001 0.032 0.912 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.001 0.003 100 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 105 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 106 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 107 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.801 0.001 0.001 0.001 0.006 0.187 0.001 0.001 108 G 0.001 0.002 0.109 0.001 0.011 0.151 0.001 0.001 0.001 0.029 0.695 0.001 0.001 109 F 0.001 0.003 0.915 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.006 0.056 0.007 0.002 0.001