# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1090 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.035 0.024 0.068 0.129 0.012 0.051 0.015 0.010 0.211 0.227 0.018 0.009 0.018 0.004 0.003 0.166 2 K 0.598 0.068 0.082 0.174 0.001 0.021 0.002 0.010 0.006 0.002 0.011 0.011 0.007 0.001 0.004 0.004 3 S 0.027 0.123 0.305 0.490 0.001 0.012 0.001 0.001 0.014 0.003 0.003 0.009 0.003 0.001 0.001 0.010 4 V 0.015 0.003 0.108 0.870 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 V 0.002 0.002 0.135 0.859 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 T 0.001 0.001 0.005 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.001 0.003 0.002 0.959 0.010 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 K 0.001 0.036 0.004 0.752 0.084 0.109 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 T 0.001 0.050 0.003 0.130 0.218 0.502 0.002 0.041 0.004 0.006 0.036 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 10 T 0.002 0.104 0.008 0.035 0.091 0.093 0.015 0.114 0.011 0.013 0.473 0.020 0.003 0.011 0.005 0.001 11 D 0.014 0.283 0.021 0.059 0.001 0.018 0.002 0.148 0.110 0.013 0.032 0.105 0.005 0.001 0.169 0.018 12 G 0.160 0.033 0.135 0.067 0.001 0.008 0.009 0.002 0.196 0.022 0.014 0.020 0.014 0.003 0.007 0.310 13 W 0.423 0.026 0.438 0.083 0.001 0.003 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.008 14 I 0.018 0.011 0.439 0.511 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 15 P 0.003 0.006 0.060 0.921 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 16 V 0.001 0.006 0.011 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 S 0.001 0.076 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 20 K 0.013 0.017 0.455 0.060 0.001 0.004 0.004 0.001 0.012 0.001 0.003 0.003 0.113 0.001 0.007 0.307 21 V 0.015 0.001 0.919 0.021 0.001 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 0.003 22 M 0.005 0.343 0.247 0.341 0.001 0.013 0.001 0.009 0.001 0.001 0.006 0.005 0.026 0.001 0.001 0.001 23 Y 0.001 0.002 0.006 0.975 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 24 L 0.004 0.006 0.222 0.744 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 25 E 0.001 0.007 0.019 0.873 0.033 0.058 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 26 A 0.001 0.006 0.002 0.048 0.666 0.250 0.005 0.007 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 27 K 0.001 0.076 0.002 0.016 0.162 0.029 0.008 0.465 0.004 0.004 0.196 0.007 0.003 0.019 0.008 0.001 28 D 0.005 0.038 0.004 0.017 0.002 0.025 0.004 0.306 0.227 0.071 0.031 0.057 0.006 0.002 0.188 0.018 29 K 0.172 0.083 0.044 0.019 0.001 0.002 0.002 0.003 0.300 0.023 0.008 0.010 0.007 0.001 0.012 0.314 30 K 0.779 0.005 0.165 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 31 T 0.023 0.006 0.875 0.092 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 Y 0.001 0.002 0.039 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 V 0.001 0.001 0.007 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 N 0.001 0.003 0.005 0.936 0.013 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 A 0.001 0.007 0.001 0.075 0.170 0.724 0.001 0.004 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 E 0.001 0.308 0.002 0.066 0.069 0.043 0.003 0.120 0.005 0.003 0.343 0.032 0.001 0.003 0.001 0.001 37 E 0.005 0.182 0.022 0.137 0.007 0.046 0.003 0.128 0.117 0.025 0.024 0.216 0.012 0.001 0.066 0.010 38 L 0.070 0.033 0.214 0.054 0.025 0.048 0.058 0.009 0.078 0.053 0.092 0.025 0.061 0.018 0.005 0.157 39 T 0.218 0.158 0.210 0.131 0.001 0.029 0.005 0.043 0.006 0.002 0.027 0.084 0.046 0.001 0.030 0.007 40 G 0.024 0.025 0.208 0.294 0.003 0.105 0.004 0.003 0.031 0.022 0.071 0.043 0.111 0.002 0.002 0.052 41 T 0.070 0.074 0.123 0.502 0.011 0.033 0.006 0.002 0.002 0.001 0.029 0.050 0.088 0.002 0.001 0.007 42 H 0.007 0.025 0.104 0.427 0.009 0.182 0.004 0.012 0.001 0.002 0.037 0.047 0.134 0.001 0.003 0.004 43 K 0.005 0.103 0.056 0.260 0.015 0.214 0.009 0.004 0.005 0.003 0.064 0.028 0.216 0.002 0.003 0.011 44 Y 0.012 0.128 0.035 0.466 0.001 0.019 0.001 0.011 0.002 0.002 0.070 0.060 0.185 0.001 0.004 0.006 45 S 0.001 0.003 0.003 0.008 0.001 0.739 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.055 0.180 0.001 0.001 0.002 46 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.589 0.014 0.357 0.001 0.001 0.001 47 Q 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.802 0.174 0.001 0.001 0.001 48 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.001 0.002 49 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 50 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.988 0.004 0.001 0.001 51 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.961 0.013 0.010 0.006 52 L 0.001 0.003 0.024 0.003 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.356 0.077 0.019 0.499 53 L 0.015 0.006 0.323 0.014 0.001 0.005 0.170 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.314 0.017 0.056 0.073 54 P 0.011 0.012 0.080 0.004 0.012 0.332 0.052 0.015 0.001 0.004 0.026 0.003 0.371 0.021 0.015 0.042 55 K 0.010 0.161 0.006 0.006 0.001 0.015 0.006 0.014 0.004 0.002 0.628 0.019 0.060 0.034 0.014 0.020 56 D 0.031 0.077 0.032 0.012 0.001 0.037 0.015 0.005 0.020 0.004 0.033 0.500 0.089 0.006 0.120 0.019 57 S 0.050 0.115 0.382 0.018 0.001 0.009 0.012 0.002 0.011 0.001 0.021 0.030 0.127 0.002 0.017 0.204 58 F 0.137 0.029 0.546 0.137 0.001 0.008 0.004 0.001 0.005 0.001 0.012 0.023 0.052 0.001 0.002 0.042 59 I 0.019 0.007 0.719 0.176 0.002 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.045 0.001 0.001 0.004 60 R 0.003 0.016 0.051 0.791 0.018 0.056 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.045 0.001 0.001 0.003 61 C 0.003 0.028 0.012 0.530 0.168 0.144 0.025 0.005 0.001 0.002 0.020 0.013 0.038 0.008 0.001 0.002 62 H 0.003 0.122 0.019 0.178 0.012 0.314 0.004 0.168 0.007 0.006 0.048 0.032 0.064 0.001 0.019 0.003 63 R 0.009 0.104 0.035 0.175 0.002 0.039 0.003 0.013 0.109 0.028 0.305 0.043 0.087 0.003 0.004 0.043 64 S 0.180 0.081 0.118 0.188 0.001 0.032 0.004 0.002 0.004 0.001 0.023 0.229 0.118 0.001 0.009 0.008 65 F 0.025 0.026 0.410 0.166 0.002 0.035 0.004 0.002 0.003 0.001 0.047 0.019 0.209 0.003 0.003 0.044 66 I 0.008 0.057 0.092 0.471 0.006 0.100 0.008 0.001 0.001 0.001 0.026 0.029 0.195 0.001 0.001 0.004 67 V 0.002 0.108 0.054 0.739 0.001 0.011 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.008 0.062 0.001 0.001 0.005 68 N 0.002 0.006 0.005 0.057 0.015 0.743 0.003 0.001 0.001 0.004 0.007 0.007 0.145 0.001 0.001 0.003 69 V 0.001 0.004 0.004 0.004 0.003 0.124 0.003 0.007 0.001 0.001 0.721 0.007 0.113 0.006 0.001 0.001 70 N 0.001 0.139 0.002 0.014 0.001 0.003 0.001 0.008 0.003 0.001 0.040 0.688 0.073 0.001 0.025 0.002 71 H 0.009 0.002 0.005 0.006 0.001 0.007 0.002 0.001 0.010 0.001 0.003 0.038 0.657 0.008 0.002 0.250 72 I 0.008 0.001 0.058 0.002 0.001 0.023 0.028 0.001 0.001 0.001 0.015 0.008 0.848 0.006 0.002 0.002 73 K 0.001 0.118 0.029 0.014 0.001 0.005 0.013 0.005 0.001 0.001 0.015 0.064 0.709 0.003 0.017 0.007 74 A 0.008 0.005 0.018 0.167 0.001 0.005 0.012 0.001 0.025 0.001 0.004 0.008 0.418 0.041 0.007 0.281 75 I 0.009 0.004 0.849 0.042 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.001 0.007 0.026 76 Y 0.013 0.009 0.350 0.206 0.028 0.153 0.095 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.080 0.016 0.002 0.039 77 P 0.023 0.062 0.038 0.186 0.031 0.349 0.011 0.067 0.001 0.002 0.152 0.005 0.054 0.005 0.008 0.005 78 D 0.004 0.271 0.008 0.032 0.048 0.152 0.012 0.033 0.033 0.014 0.232 0.098 0.031 0.016 0.004 0.015 79 T 0.040 0.094 0.067 0.027 0.026 0.020 0.087 0.073 0.014 0.005 0.240 0.111 0.053 0.042 0.087 0.015 80 H 0.018 0.066 0.181 0.029 0.001 0.064 0.018 0.068 0.032 0.014 0.025 0.056 0.039 0.003 0.319 0.067 81 S 0.133 0.112 0.125 0.052 0.001 0.006 0.003 0.002 0.092 0.005 0.010 0.005 0.009 0.001 0.006 0.439 82 T 0.477 0.046 0.318 0.136 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.008 83 F 0.006 0.009 0.810 0.171 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 L 0.001 0.001 0.064 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.001 0.001 0.008 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 S 0.001 0.001 0.002 0.984 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 M 0.001 0.002 0.001 0.143 0.511 0.341 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 D 0.001 0.018 0.001 0.017 0.840 0.024 0.003 0.037 0.001 0.001 0.054 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 89 N 0.001 0.024 0.001 0.006 0.001 0.013 0.001 0.823 0.014 0.007 0.011 0.012 0.001 0.001 0.088 0.001 90 G 0.005 0.013 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.719 0.080 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.160 91 E 0.957 0.004 0.016 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 92 R 0.011 0.012 0.917 0.044 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 93 V 0.017 0.009 0.128 0.829 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 94 P 0.008 0.013 0.076 0.669 0.020 0.202 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 95 V 0.003 0.091 0.011 0.703 0.009 0.092 0.001 0.010 0.001 0.002 0.068 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 96 S 0.001 0.009 0.001 0.016 0.002 0.856 0.001 0.004 0.002 0.004 0.017 0.079 0.009 0.001 0.001 0.001 97 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.011 0.022 0.001 0.001 0.001 98 S 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.947 0.033 0.001 0.001 0.001 99 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.023 0.960 0.001 0.001 0.002 100 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 0.980 0.001 0.001 0.001 101 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.981 0.001 0.001 0.001 102 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.983 0.001 0.001 0.001 103 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 104 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 105 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 0.001 106 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.929 0.002 0.003 107 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.154 0.002 0.821 0.005 108 G 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.143 0.038 0.002 0.771 109 F 0.705 0.018 0.018 0.006 0.002 0.004 0.025 0.007 0.001 0.001 0.020 0.007 0.107 0.029 0.036 0.016