# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1090 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.021 0.091 0.837 2 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.022 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.018 0.138 0.671 3 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.012 0.002 0.003 0.001 0.004 0.001 0.627 0.041 0.047 0.243 4 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.017 0.006 0.044 0.039 0.048 0.011 0.274 0.066 0.053 0.434 5 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.042 0.079 0.029 0.721 0.026 0.012 0.071 6 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.044 0.053 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.050 0.037 0.584 0.048 0.018 0.133 7 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.229 0.152 0.064 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.385 0.034 0.018 0.093 8 K 0.018 0.001 0.001 0.001 0.087 0.007 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.519 0.074 0.046 0.239 9 T 0.502 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.138 0.034 0.255 10 T 0.084 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.032 0.093 0.756 11 D 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.007 0.100 0.857 12 G 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.257 0.073 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.157 0.029 0.076 0.386 13 W 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.114 0.032 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.031 0.008 0.089 0.638 14 I 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.007 0.062 0.004 0.187 0.045 0.035 0.003 0.252 0.012 0.069 0.312 15 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.077 0.039 0.004 0.020 0.007 0.072 0.731 16 V 0.009 0.003 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.092 0.004 0.232 0.038 0.139 0.465 17 P 0.346 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.036 0.096 0.052 0.448 18 F 0.264 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.057 0.093 0.495 19 S 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.013 0.171 0.680 20 K 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.784 0.048 0.032 0.120 21 V 0.005 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.456 0.113 0.068 0.284 22 M 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 0.007 0.006 0.005 0.851 0.037 0.010 0.050 23 Y 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.007 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.018 0.018 0.013 0.704 0.066 0.014 0.095 24 L 0.004 0.004 0.004 0.002 0.050 0.135 0.067 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.539 0.083 0.016 0.068 25 E 0.014 0.002 0.011 0.002 0.301 0.024 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.375 0.092 0.029 0.134 26 A 0.342 0.002 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 0.135 0.051 0.302 27 K 0.125 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.051 0.098 0.673 28 D 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.011 0.144 0.752 29 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.318 0.040 0.106 0.463 30 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.253 0.127 0.048 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.246 0.064 0.038 0.218 31 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.025 0.007 0.050 0.011 0.009 0.005 0.680 0.055 0.019 0.124 32 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.211 0.141 0.094 0.021 0.407 0.029 0.009 0.074 33 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.057 0.056 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.029 0.091 0.024 0.572 0.038 0.010 0.059 34 N 0.003 0.001 0.001 0.001 0.067 0.017 0.022 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.673 0.044 0.024 0.133 35 A 0.221 0.005 0.001 0.001 0.022 0.003 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.265 0.266 0.038 0.167 36 E 0.108 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.153 0.095 0.114 0.516 37 E 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.044 0.145 0.725 38 L 0.020 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.200 0.077 0.126 0.485 39 T 0.017 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.133 0.106 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.055 0.090 0.468 40 G 0.029 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.040 0.107 0.006 0.050 0.008 0.003 0.002 0.256 0.050 0.052 0.343 41 T 0.023 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.014 0.006 0.098 0.133 0.023 0.005 0.092 0.071 0.071 0.433 42 H 0.025 0.077 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.019 0.061 0.029 0.009 0.318 0.077 0.052 0.315 43 K 0.039 0.198 0.003 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.004 0.112 0.062 0.076 0.480 44 Y 0.013 0.236 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.197 0.070 0.076 0.400 45 S 0.022 0.877 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.049 0.005 0.039 46 L 0.027 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.002 0.017 47 Q 0.010 0.869 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.038 0.006 0.065 48 E 0.098 0.658 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.076 0.011 0.106 49 F 0.234 0.392 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.181 0.036 0.123 50 E 0.307 0.060 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.053 0.085 0.486 51 Y 0.014 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.060 0.888 52 L 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.024 0.168 0.786 53 L 0.092 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.155 0.229 0.486 54 P 0.321 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.051 0.087 0.527 55 K 0.115 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.032 0.107 0.722 56 D 0.021 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.041 0.145 0.705 57 S 0.016 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.303 0.065 0.084 0.493 58 F 0.019 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.011 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.306 0.075 0.086 0.462 59 I 0.008 0.015 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.017 0.005 0.005 0.563 0.045 0.049 0.272 60 R 0.008 0.021 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.008 0.006 0.622 0.086 0.043 0.183 61 C 0.013 0.047 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.475 0.090 0.075 0.285 62 H 0.128 0.162 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.295 0.104 0.054 0.250 63 R 0.054 0.258 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.279 0.052 0.070 0.282 64 S 0.009 0.070 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.420 0.125 0.084 0.283 65 F 0.020 0.147 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.551 0.098 0.031 0.130 66 I 0.036 0.129 0.021 0.002 0.011 0.006 0.012 0.003 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.412 0.092 0.058 0.203 67 V 0.006 0.103 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.512 0.050 0.048 0.258 68 N 0.141 0.696 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.082 0.009 0.045 69 V 0.131 0.733 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.026 0.018 0.072 70 N 0.019 0.534 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.025 0.046 0.332 71 H 0.163 0.389 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.089 0.047 0.223 72 I 0.307 0.117 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.205 0.073 0.226 73 K 0.172 0.023 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.086 0.038 0.086 0.579 74 A 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 0.003 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.025 0.099 0.713 75 I 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.024 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.032 0.134 0.688 76 Y 0.110 0.010 0.002 0.001 0.021 0.155 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.163 0.127 0.332 77 P 0.053 0.002 0.003 0.001 0.017 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.031 0.093 0.779 78 D 0.441 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.134 0.052 0.352 79 T 0.087 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.028 0.112 0.750 80 H 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.009 0.153 0.802 81 S 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.017 0.042 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.347 0.040 0.136 0.365 82 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.113 0.044 0.007 0.004 0.005 0.003 0.002 0.317 0.077 0.063 0.309 83 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.034 0.008 0.065 0.025 0.013 0.009 0.668 0.072 0.014 0.081 84 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.108 0.181 0.119 0.045 0.426 0.041 0.007 0.057 85 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.154 0.032 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.011 0.058 0.022 0.620 0.040 0.003 0.017 86 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.425 0.023 0.012 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.432 0.037 0.007 0.050 87 M 0.131 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.577 0.133 0.022 0.117 88 D 0.304 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.119 0.052 0.448 89 N 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.006 0.076 0.865 90 G 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.011 0.100 0.829 91 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.470 0.264 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.008 0.036 0.127 92 R 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.021 0.022 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.075 0.009 0.079 0.770 93 V 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.295 0.240 0.095 0.004 0.069 0.014 0.032 0.228 94 P 0.013 0.012 0.001 0.001 0.005 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.114 0.157 0.017 0.068 0.041 0.078 0.469 95 V 0.010 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.004 0.152 0.075 0.097 0.582 96 S 0.208 0.613 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.060 0.011 0.087 97 Q 0.086 0.339 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.420 0.021 0.107 98 S 0.004 0.588 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.193 0.034 0.161 99 Y 0.009 0.943 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.003 0.016 100 A 0.014 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.008 101 S 0.009 0.913 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 0.003 0.033 102 Y 0.011 0.946 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.018 103 F 0.031 0.797 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.015 0.030 104 R 0.072 0.228 0.078 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.395 0.030 0.195 105 K 0.646 0.035 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.013 0.285 106 L 0.072 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.027 0.081 0.794 107 L 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.031 0.207 0.735 108 G 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.012 0.102 0.850 109 F 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.014 0.110 0.825