# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1090 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.020 0.001 0.001 0.019 0.008 0.027 0.134 0.001 0.001 0.026 0.762 2 K 0.008 0.001 0.001 0.028 0.032 0.046 0.175 0.001 0.001 0.045 0.663 3 S 0.002 0.001 0.001 0.217 0.122 0.228 0.080 0.001 0.001 0.069 0.281 4 V 0.002 0.001 0.001 0.187 0.116 0.285 0.032 0.001 0.001 0.123 0.253 5 V 0.001 0.001 0.001 0.236 0.361 0.289 0.010 0.001 0.001 0.038 0.065 6 T 0.001 0.001 0.001 0.252 0.251 0.291 0.013 0.001 0.001 0.082 0.111 7 L 0.001 0.001 0.001 0.282 0.259 0.223 0.023 0.001 0.001 0.048 0.162 8 K 0.031 0.001 0.001 0.149 0.150 0.163 0.064 0.002 0.002 0.097 0.340 9 T 0.353 0.001 0.001 0.021 0.016 0.024 0.084 0.004 0.001 0.063 0.432 10 T 0.061 0.001 0.001 0.008 0.005 0.013 0.116 0.002 0.001 0.028 0.765 11 D 0.007 0.001 0.001 0.005 0.006 0.014 0.109 0.001 0.001 0.014 0.843 12 G 0.011 0.001 0.001 0.019 0.102 0.107 0.121 0.001 0.001 0.048 0.590 13 W 0.006 0.001 0.001 0.010 0.074 0.087 0.077 0.001 0.001 0.049 0.696 14 I 0.004 0.001 0.001 0.038 0.230 0.215 0.068 0.001 0.001 0.032 0.411 15 P 0.007 0.001 0.001 0.026 0.079 0.156 0.077 0.001 0.001 0.048 0.605 16 V 0.004 0.002 0.001 0.055 0.118 0.091 0.097 0.001 0.001 0.023 0.609 17 P 0.450 0.045 0.001 0.028 0.030 0.039 0.051 0.009 0.001 0.076 0.272 18 F 0.139 0.044 0.001 0.017 0.031 0.048 0.107 0.007 0.001 0.066 0.540 19 S 0.012 0.029 0.001 0.032 0.033 0.058 0.131 0.001 0.001 0.030 0.673 20 K 0.006 0.026 0.001 0.080 0.131 0.504 0.042 0.002 0.001 0.052 0.156 21 V 0.010 0.030 0.001 0.051 0.206 0.218 0.065 0.002 0.001 0.095 0.321 22 M 0.004 0.015 0.001 0.103 0.257 0.509 0.012 0.001 0.001 0.029 0.070 23 Y 0.018 0.020 0.001 0.063 0.240 0.336 0.032 0.002 0.001 0.060 0.229 24 L 0.006 0.005 0.004 0.113 0.317 0.363 0.026 0.002 0.003 0.045 0.116 25 E 0.040 0.005 0.009 0.052 0.209 0.327 0.048 0.002 0.010 0.077 0.222 26 A 0.302 0.002 0.002 0.024 0.051 0.087 0.061 0.004 0.002 0.054 0.409 27 K 0.139 0.001 0.001 0.012 0.019 0.028 0.099 0.002 0.001 0.024 0.677 28 D 0.004 0.001 0.001 0.010 0.003 0.020 0.132 0.001 0.001 0.008 0.822 29 K 0.002 0.001 0.001 0.048 0.113 0.237 0.096 0.001 0.001 0.032 0.470 30 K 0.001 0.001 0.001 0.071 0.216 0.352 0.028 0.001 0.001 0.073 0.258 31 T 0.001 0.001 0.001 0.121 0.337 0.360 0.015 0.001 0.001 0.043 0.122 32 Y 0.001 0.001 0.001 0.219 0.306 0.316 0.010 0.001 0.001 0.050 0.098 33 V 0.001 0.001 0.001 0.166 0.456 0.287 0.008 0.001 0.001 0.018 0.065 34 N 0.003 0.002 0.001 0.238 0.269 0.321 0.019 0.001 0.001 0.038 0.108 35 A 0.244 0.006 0.002 0.071 0.136 0.148 0.045 0.007 0.002 0.163 0.176 36 E 0.054 0.006 0.002 0.035 0.069 0.090 0.100 0.004 0.001 0.073 0.566 37 E 0.028 0.005 0.001 0.011 0.011 0.030 0.133 0.001 0.001 0.039 0.742 38 L 0.013 0.013 0.001 0.037 0.078 0.129 0.144 0.003 0.001 0.075 0.508 39 T 0.016 0.024 0.001 0.030 0.106 0.144 0.087 0.003 0.001 0.054 0.536 40 G 0.009 0.032 0.002 0.044 0.223 0.344 0.053 0.002 0.001 0.031 0.260 41 T 0.016 0.058 0.003 0.036 0.123 0.158 0.064 0.002 0.001 0.134 0.407 42 H 0.035 0.156 0.003 0.039 0.132 0.126 0.058 0.005 0.001 0.065 0.378 43 K 0.039 0.189 0.002 0.032 0.064 0.100 0.071 0.004 0.001 0.060 0.439 44 Y 0.008 0.226 0.004 0.034 0.096 0.081 0.062 0.001 0.001 0.034 0.452 45 S 0.016 0.903 0.001 0.002 0.008 0.004 0.006 0.005 0.001 0.016 0.040 46 L 0.031 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.004 0.007 47 Q 0.024 0.902 0.004 0.001 0.004 0.002 0.005 0.002 0.001 0.024 0.031 48 E 0.079 0.759 0.023 0.003 0.002 0.005 0.010 0.008 0.004 0.027 0.080 49 F 0.360 0.386 0.043 0.003 0.003 0.004 0.019 0.083 0.010 0.026 0.061 50 E 0.391 0.049 0.008 0.006 0.008 0.013 0.043 0.011 0.004 0.083 0.384 51 Y 0.023 0.008 0.001 0.007 0.005 0.010 0.061 0.001 0.001 0.019 0.865 52 L 0.006 0.008 0.001 0.017 0.006 0.016 0.116 0.001 0.001 0.026 0.802 53 L 0.150 0.011 0.007 0.008 0.025 0.014 0.160 0.004 0.001 0.087 0.531 54 P 0.231 0.037 0.001 0.007 0.006 0.005 0.105 0.006 0.001 0.063 0.538 55 K 0.082 0.064 0.001 0.007 0.002 0.005 0.089 0.007 0.001 0.026 0.716 56 D 0.062 0.119 0.003 0.017 0.014 0.021 0.144 0.005 0.001 0.060 0.557 57 S 0.027 0.113 0.002 0.062 0.061 0.093 0.125 0.004 0.001 0.107 0.404 58 F 0.030 0.058 0.002 0.098 0.047 0.144 0.112 0.006 0.001 0.107 0.395 59 I 0.016 0.036 0.002 0.138 0.183 0.241 0.059 0.002 0.001 0.070 0.252 60 R 0.021 0.022 0.004 0.084 0.151 0.226 0.074 0.002 0.001 0.096 0.320 61 C 0.019 0.020 0.006 0.111 0.098 0.149 0.105 0.005 0.002 0.103 0.381 62 H 0.118 0.026 0.006 0.060 0.067 0.114 0.127 0.011 0.002 0.128 0.341 63 R 0.027 0.026 0.002 0.052 0.072 0.218 0.106 0.005 0.001 0.049 0.441 64 S 0.010 0.017 0.001 0.049 0.068 0.234 0.088 0.002 0.001 0.073 0.458 65 F 0.008 0.008 0.001 0.120 0.264 0.287 0.045 0.001 0.001 0.040 0.225 66 I 0.005 0.008 0.001 0.079 0.153 0.259 0.090 0.001 0.001 0.039 0.364 67 V 0.002 0.028 0.002 0.124 0.245 0.129 0.060 0.001 0.001 0.024 0.383 68 N 0.232 0.666 0.001 0.003 0.008 0.008 0.006 0.023 0.001 0.023 0.030 69 V 0.116 0.693 0.001 0.003 0.006 0.006 0.021 0.014 0.001 0.036 0.104 70 N 0.036 0.469 0.013 0.005 0.017 0.014 0.034 0.003 0.002 0.087 0.319 71 H 0.238 0.328 0.014 0.022 0.020 0.064 0.042 0.025 0.004 0.086 0.157 72 I 0.314 0.162 0.014 0.016 0.016 0.027 0.067 0.039 0.005 0.091 0.249 73 K 0.117 0.030 0.006 0.029 0.054 0.070 0.061 0.004 0.001 0.061 0.566 74 A 0.019 0.009 0.001 0.026 0.014 0.044 0.130 0.001 0.001 0.040 0.714 75 I 0.010 0.007 0.002 0.049 0.039 0.093 0.170 0.005 0.001 0.107 0.516 76 Y 0.055 0.008 0.004 0.025 0.062 0.066 0.141 0.005 0.003 0.127 0.503 77 P 0.102 0.005 0.002 0.017 0.017 0.027 0.102 0.004 0.002 0.080 0.642 78 D 0.164 0.003 0.001 0.013 0.009 0.017 0.092 0.003 0.001 0.069 0.628 79 T 0.061 0.002 0.001 0.006 0.011 0.019 0.108 0.002 0.001 0.024 0.766 80 H 0.016 0.001 0.001 0.005 0.008 0.023 0.187 0.001 0.001 0.012 0.748 81 S 0.002 0.001 0.001 0.026 0.163 0.490 0.068 0.001 0.001 0.016 0.233 82 T 0.001 0.001 0.001 0.013 0.150 0.517 0.030 0.001 0.001 0.039 0.248 83 F 0.001 0.001 0.001 0.010 0.438 0.479 0.007 0.001 0.001 0.012 0.052 84 L 0.001 0.001 0.001 0.022 0.389 0.416 0.010 0.001 0.001 0.040 0.121 85 L 0.001 0.001 0.001 0.009 0.578 0.392 0.002 0.001 0.001 0.004 0.015 86 S 0.001 0.001 0.001 0.020 0.328 0.480 0.013 0.001 0.001 0.049 0.107 87 M 0.091 0.001 0.001 0.028 0.335 0.259 0.031 0.004 0.001 0.066 0.184 88 D 0.482 0.001 0.001 0.005 0.026 0.018 0.035 0.002 0.001 0.040 0.391 89 N 0.006 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.092 0.001 0.001 0.005 0.878 90 G 0.005 0.001 0.001 0.006 0.015 0.027 0.094 0.001 0.001 0.022 0.829 91 E 0.003 0.001 0.001 0.015 0.458 0.255 0.050 0.001 0.001 0.022 0.195 92 R 0.003 0.001 0.001 0.018 0.094 0.169 0.052 0.001 0.001 0.041 0.621 93 V 0.004 0.002 0.001 0.030 0.385 0.218 0.038 0.001 0.001 0.019 0.304 94 P 0.007 0.007 0.001 0.095 0.153 0.298 0.076 0.001 0.001 0.056 0.306 95 V 0.005 0.041 0.002 0.038 0.113 0.071 0.071 0.002 0.001 0.080 0.576 96 S 0.098 0.765 0.001 0.005 0.009 0.007 0.008 0.018 0.001 0.027 0.062 97 Q 0.034 0.397 0.001 0.005 0.015 0.014 0.029 0.003 0.001 0.368 0.134 98 S 0.003 0.673 0.004 0.002 0.008 0.005 0.014 0.001 0.001 0.177 0.113 99 Y 0.010 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.013 0.009 100 A 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.004 101 S 0.002 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.030 0.016 102 Y 0.007 0.957 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.017 103 F 0.038 0.890 0.013 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.003 0.019 0.008 104 R 0.080 0.142 0.263 0.004 0.002 0.002 0.031 0.010 0.219 0.123 0.124 105 K 0.624 0.027 0.004 0.002 0.002 0.002 0.035 0.005 0.003 0.015 0.282 106 L 0.052 0.007 0.002 0.007 0.001 0.002 0.065 0.003 0.001 0.018 0.842 107 L 0.056 0.003 0.004 0.014 0.003 0.004 0.129 0.001 0.001 0.015 0.773 108 G 0.008 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 0.063 0.001 0.001 0.011 0.907 109 F 0.028 0.002 0.001 0.004 0.006 0.002 0.103 0.001 0.001 0.009 0.845