# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1090 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.053 0.002 0.008 0.013 0.028 0.074 0.024 0.798 2 K 0.014 0.001 0.020 0.029 0.055 0.133 0.032 0.717 3 S 0.005 0.001 0.121 0.102 0.303 0.064 0.057 0.347 4 V 0.004 0.001 0.071 0.152 0.263 0.036 0.037 0.436 5 V 0.002 0.001 0.168 0.373 0.243 0.026 0.017 0.171 6 T 0.002 0.001 0.130 0.238 0.325 0.031 0.056 0.217 7 L 0.004 0.001 0.116 0.251 0.240 0.054 0.049 0.285 8 K 0.042 0.001 0.088 0.082 0.098 0.096 0.060 0.534 9 T 0.307 0.002 0.016 0.021 0.021 0.060 0.043 0.531 10 T 0.176 0.003 0.015 0.014 0.035 0.094 0.036 0.627 11 D 0.014 0.001 0.019 0.019 0.079 0.093 0.019 0.757 12 G 0.007 0.001 0.046 0.155 0.430 0.062 0.027 0.273 13 W 0.003 0.001 0.027 0.160 0.179 0.034 0.018 0.578 14 I 0.002 0.001 0.051 0.442 0.276 0.034 0.010 0.186 15 P 0.002 0.001 0.034 0.055 0.086 0.049 0.012 0.762 16 V 0.026 0.003 0.098 0.203 0.097 0.091 0.051 0.431 17 P 0.253 0.034 0.040 0.041 0.043 0.052 0.049 0.488 18 F 0.346 0.080 0.027 0.022 0.040 0.080 0.065 0.339 19 S 0.020 0.045 0.076 0.065 0.172 0.083 0.034 0.504 20 K 0.017 0.031 0.050 0.102 0.313 0.083 0.044 0.361 21 V 0.009 0.029 0.072 0.192 0.341 0.058 0.034 0.265 22 M 0.005 0.014 0.071 0.301 0.511 0.018 0.015 0.065 23 Y 0.006 0.008 0.050 0.374 0.447 0.014 0.027 0.074 24 L 0.002 0.002 0.088 0.459 0.330 0.014 0.036 0.069 25 E 0.057 0.002 0.055 0.273 0.379 0.030 0.072 0.132 26 A 0.426 0.001 0.016 0.041 0.053 0.037 0.057 0.369 27 K 0.062 0.001 0.009 0.013 0.035 0.076 0.017 0.788 28 D 0.006 0.001 0.010 0.009 0.047 0.085 0.017 0.826 29 K 0.002 0.001 0.042 0.106 0.238 0.107 0.028 0.477 30 K 0.001 0.001 0.099 0.227 0.369 0.034 0.033 0.236 31 T 0.001 0.001 0.158 0.416 0.327 0.008 0.019 0.070 32 Y 0.001 0.001 0.247 0.354 0.299 0.008 0.017 0.074 33 V 0.001 0.001 0.388 0.316 0.194 0.008 0.015 0.077 34 N 0.017 0.003 0.276 0.242 0.270 0.023 0.035 0.134 35 A 0.156 0.006 0.113 0.131 0.160 0.050 0.105 0.278 36 E 0.028 0.006 0.035 0.084 0.151 0.094 0.047 0.555 37 E 0.013 0.003 0.022 0.031 0.100 0.086 0.045 0.699 38 L 0.018 0.014 0.025 0.167 0.223 0.091 0.092 0.371 39 T 0.010 0.022 0.036 0.115 0.232 0.071 0.044 0.470 40 G 0.025 0.023 0.047 0.180 0.331 0.064 0.033 0.296 41 T 0.012 0.022 0.051 0.216 0.238 0.042 0.148 0.272 42 H 0.029 0.183 0.049 0.111 0.139 0.058 0.175 0.255 43 K 0.043 0.315 0.036 0.080 0.113 0.052 0.076 0.284 44 Y 0.017 0.290 0.036 0.108 0.080 0.059 0.054 0.356 45 S 0.022 0.846 0.007 0.009 0.015 0.012 0.034 0.056 46 L 0.028 0.918 0.005 0.003 0.003 0.005 0.019 0.019 47 Q 0.012 0.902 0.007 0.007 0.005 0.006 0.025 0.036 48 E 0.045 0.764 0.030 0.007 0.007 0.011 0.075 0.060 49 F 0.363 0.459 0.018 0.007 0.008 0.016 0.072 0.056 50 E 0.501 0.047 0.038 0.012 0.009 0.031 0.111 0.252 51 Y 0.024 0.015 0.004 0.005 0.005 0.048 0.028 0.871 52 L 0.009 0.005 0.006 0.003 0.004 0.067 0.013 0.893 53 L 0.080 0.005 0.009 0.007 0.005 0.151 0.042 0.702 54 P 0.307 0.019 0.004 0.003 0.002 0.066 0.044 0.556 55 K 0.165 0.038 0.005 0.001 0.003 0.080 0.021 0.687 56 D 0.032 0.033 0.032 0.008 0.024 0.162 0.046 0.663 57 S 0.015 0.036 0.124 0.058 0.104 0.091 0.073 0.499 58 F 0.008 0.034 0.159 0.079 0.163 0.080 0.096 0.381 59 I 0.013 0.031 0.260 0.155 0.161 0.052 0.074 0.253 60 R 0.014 0.017 0.217 0.241 0.213 0.046 0.114 0.136 61 C 0.015 0.022 0.161 0.062 0.104 0.086 0.203 0.347 62 H 0.081 0.084 0.099 0.087 0.130 0.087 0.160 0.271 63 R 0.064 0.071 0.042 0.079 0.151 0.094 0.080 0.419 64 S 0.008 0.048 0.061 0.073 0.209 0.072 0.120 0.409 65 F 0.007 0.139 0.109 0.187 0.305 0.039 0.080 0.133 66 I 0.010 0.076 0.131 0.198 0.198 0.046 0.113 0.227 67 V 0.012 0.083 0.239 0.264 0.114 0.038 0.110 0.141 68 N 0.105 0.658 0.024 0.021 0.033 0.018 0.068 0.073 69 V 0.141 0.447 0.046 0.017 0.024 0.040 0.060 0.225 70 N 0.028 0.238 0.080 0.093 0.082 0.064 0.082 0.333 71 H 0.102 0.235 0.046 0.029 0.052 0.060 0.130 0.345 72 I 0.298 0.108 0.046 0.056 0.061 0.061 0.102 0.268 73 K 0.108 0.031 0.023 0.069 0.074 0.068 0.047 0.581 74 A 0.010 0.005 0.011 0.020 0.046 0.069 0.026 0.813 75 I 0.017 0.004 0.030 0.098 0.109 0.122 0.057 0.564 76 Y 0.097 0.004 0.023 0.149 0.123 0.092 0.079 0.433 77 P 0.055 0.001 0.008 0.018 0.033 0.079 0.031 0.775 78 D 0.121 0.001 0.010 0.019 0.028 0.091 0.035 0.695 79 T 0.110 0.001 0.007 0.009 0.019 0.089 0.026 0.740 80 H 0.028 0.002 0.016 0.010 0.030 0.107 0.017 0.790 81 S 0.013 0.002 0.061 0.068 0.238 0.122 0.030 0.465 82 T 0.001 0.001 0.046 0.176 0.396 0.041 0.037 0.301 83 F 0.001 0.001 0.100 0.365 0.462 0.008 0.014 0.051 84 L 0.001 0.001 0.050 0.495 0.413 0.003 0.007 0.032 85 L 0.001 0.001 0.067 0.540 0.342 0.005 0.008 0.037 86 S 0.002 0.001 0.157 0.305 0.434 0.011 0.022 0.069 87 M 0.182 0.001 0.052 0.145 0.195 0.045 0.042 0.338 88 D 0.409 0.001 0.012 0.019 0.021 0.037 0.022 0.479 89 N 0.023 0.001 0.011 0.012 0.070 0.098 0.006 0.781 90 G 0.002 0.001 0.031 0.022 0.145 0.089 0.014 0.697 91 E 0.001 0.001 0.063 0.415 0.330 0.032 0.014 0.144 92 R 0.001 0.001 0.068 0.184 0.166 0.025 0.024 0.531 93 V 0.006 0.009 0.155 0.324 0.147 0.029 0.039 0.290 94 P 0.016 0.025 0.337 0.151 0.109 0.032 0.113 0.218 95 V 0.030 0.233 0.145 0.091 0.066 0.032 0.197 0.205 96 S 0.067 0.764 0.026 0.007 0.013 0.011 0.051 0.061 97 Q 0.065 0.533 0.014 0.015 0.015 0.022 0.229 0.106 98 S 0.010 0.550 0.011 0.008 0.009 0.030 0.231 0.152 99 Y 0.008 0.935 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 0.019 100 A 0.016 0.935 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 0.016 101 S 0.007 0.939 0.003 0.002 0.002 0.005 0.020 0.022 102 Y 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 103 F 0.076 0.856 0.020 0.001 0.001 0.004 0.027 0.014 104 R 0.181 0.190 0.218 0.014 0.005 0.026 0.263 0.104 105 K 0.521 0.070 0.030 0.002 0.002 0.025 0.029 0.321 106 L 0.328 0.006 0.048 0.002 0.002 0.048 0.033 0.534 107 L 0.013 0.002 0.009 0.002 0.003 0.092 0.013 0.868 108 G 0.008 0.001 0.002 0.001 0.002 0.039 0.007 0.940 109 F 0.026 0.005 0.009 0.007 0.006 0.122 0.022 0.803