# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1090 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.522 0.193 0.028 0.088 0.060 0.034 0.035 0.019 0.011 0.006 0.004 2 K 0.324 0.238 0.034 0.128 0.117 0.059 0.042 0.025 0.017 0.010 0.006 3 S 0.271 0.226 0.041 0.142 0.110 0.078 0.071 0.029 0.017 0.009 0.005 4 V 0.055 0.076 0.032 0.201 0.220 0.163 0.123 0.068 0.036 0.017 0.009 5 V 0.003 0.006 0.008 0.017 0.026 0.040 0.109 0.223 0.223 0.197 0.147 6 T 0.012 0.057 0.053 0.215 0.215 0.116 0.145 0.088 0.052 0.034 0.013 7 L 0.001 0.003 0.007 0.009 0.008 0.017 0.050 0.092 0.227 0.296 0.290 8 K 0.034 0.069 0.060 0.246 0.237 0.110 0.112 0.049 0.040 0.029 0.014 9 T 0.066 0.109 0.049 0.131 0.107 0.112 0.144 0.096 0.084 0.061 0.041 10 T 0.255 0.216 0.039 0.174 0.137 0.066 0.052 0.026 0.017 0.011 0.007 11 D 0.576 0.223 0.029 0.071 0.043 0.017 0.017 0.010 0.007 0.004 0.002 12 G 0.324 0.170 0.034 0.175 0.112 0.069 0.056 0.026 0.018 0.010 0.005 13 W 0.054 0.067 0.029 0.109 0.096 0.119 0.155 0.108 0.126 0.082 0.054 14 I 0.034 0.073 0.032 0.104 0.119 0.185 0.208 0.107 0.072 0.043 0.023 15 P 0.139 0.159 0.077 0.251 0.151 0.085 0.069 0.029 0.019 0.012 0.007 16 V 0.009 0.007 0.005 0.012 0.017 0.030 0.075 0.161 0.216 0.213 0.255 17 P 0.115 0.514 0.061 0.167 0.090 0.021 0.016 0.006 0.004 0.003 0.001 18 F 0.050 0.036 0.019 0.085 0.085 0.121 0.163 0.138 0.120 0.086 0.096 19 S 0.456 0.211 0.069 0.147 0.071 0.020 0.012 0.005 0.004 0.003 0.001 20 K 0.045 0.120 0.036 0.249 0.238 0.123 0.111 0.042 0.023 0.009 0.004 21 V 0.002 0.003 0.005 0.009 0.013 0.024 0.061 0.096 0.230 0.282 0.275 22 M 0.003 0.014 0.036 0.144 0.197 0.222 0.217 0.084 0.049 0.024 0.010 23 Y 0.002 0.018 0.102 0.100 0.087 0.083 0.153 0.152 0.154 0.100 0.049 24 L 0.001 0.002 0.008 0.008 0.012 0.022 0.099 0.166 0.233 0.242 0.206 25 E 0.012 0.025 0.082 0.128 0.124 0.101 0.180 0.122 0.109 0.075 0.041 26 A 0.004 0.011 0.033 0.048 0.047 0.102 0.166 0.135 0.160 0.166 0.128 27 K 0.060 0.107 0.096 0.261 0.199 0.107 0.099 0.033 0.021 0.012 0.006 28 D 0.460 0.173 0.060 0.127 0.085 0.032 0.029 0.016 0.010 0.006 0.003 29 K 0.150 0.127 0.052 0.168 0.135 0.135 0.113 0.046 0.035 0.025 0.014 30 K 0.087 0.108 0.048 0.177 0.152 0.139 0.134 0.066 0.052 0.023 0.014 31 T 0.002 0.003 0.006 0.010 0.013 0.030 0.096 0.134 0.230 0.257 0.219 32 Y 0.009 0.043 0.051 0.229 0.221 0.165 0.142 0.061 0.043 0.023 0.013 33 V 0.001 0.003 0.006 0.005 0.006 0.011 0.041 0.115 0.211 0.283 0.317 34 N 0.009 0.026 0.034 0.115 0.133 0.098 0.171 0.136 0.112 0.100 0.066 35 A 0.001 0.003 0.007 0.011 0.010 0.025 0.062 0.113 0.199 0.255 0.315 36 E 0.069 0.126 0.094 0.309 0.252 0.067 0.043 0.018 0.010 0.008 0.003 37 E 0.293 0.218 0.074 0.153 0.112 0.049 0.047 0.025 0.015 0.011 0.004 38 L 0.093 0.091 0.031 0.120 0.101 0.128 0.137 0.093 0.088 0.073 0.045 39 T 0.268 0.237 0.066 0.163 0.101 0.061 0.054 0.023 0.015 0.008 0.004 40 G 0.237 0.122 0.079 0.130 0.107 0.088 0.102 0.059 0.039 0.025 0.012 41 T 0.104 0.134 0.075 0.176 0.146 0.114 0.102 0.052 0.048 0.034 0.014 42 H 0.011 0.022 0.021 0.035 0.033 0.065 0.152 0.158 0.196 0.173 0.133 43 K 0.046 0.079 0.091 0.260 0.227 0.129 0.094 0.037 0.020 0.012 0.005 44 Y 0.257 0.099 0.171 0.125 0.095 0.066 0.074 0.042 0.032 0.025 0.015 45 S 0.054 0.275 0.095 0.239 0.158 0.079 0.063 0.016 0.012 0.007 0.002 46 L 0.002 0.002 0.004 0.008 0.011 0.038 0.133 0.188 0.253 0.182 0.182 47 Q 0.219 0.075 0.310 0.254 0.085 0.030 0.015 0.006 0.003 0.002 0.001 48 E 0.016 0.060 0.260 0.325 0.190 0.086 0.045 0.011 0.005 0.002 0.001 49 F 0.001 0.002 0.006 0.005 0.006 0.017 0.083 0.112 0.237 0.254 0.276 50 E 0.002 0.005 0.030 0.061 0.097 0.221 0.342 0.115 0.078 0.035 0.014 51 Y 0.012 0.022 0.794 0.105 0.040 0.014 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 52 L 0.005 0.016 0.061 0.079 0.127 0.219 0.315 0.104 0.044 0.021 0.008 53 L 0.007 0.007 0.009 0.010 0.011 0.025 0.108 0.183 0.220 0.242 0.179 54 P 0.161 0.304 0.211 0.155 0.077 0.041 0.026 0.012 0.006 0.005 0.002 55 K 0.354 0.265 0.170 0.120 0.056 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 56 D 0.558 0.126 0.031 0.074 0.072 0.045 0.045 0.021 0.015 0.009 0.004 57 S 0.096 0.145 0.043 0.187 0.195 0.140 0.119 0.039 0.024 0.009 0.004 58 F 0.012 0.019 0.048 0.057 0.062 0.077 0.164 0.142 0.186 0.134 0.099 59 I 0.005 0.013 0.037 0.059 0.094 0.134 0.233 0.155 0.141 0.082 0.046 60 R 0.009 0.041 0.123 0.185 0.181 0.119 0.140 0.082 0.064 0.037 0.018 61 C 0.005 0.007 0.024 0.024 0.028 0.049 0.131 0.157 0.206 0.203 0.165 62 H 0.013 0.015 0.042 0.053 0.060 0.081 0.159 0.152 0.179 0.145 0.102 63 R 0.012 0.020 0.065 0.095 0.100 0.124 0.169 0.136 0.133 0.101 0.046 64 S 0.014 0.022 0.062 0.099 0.126 0.149 0.211 0.119 0.107 0.064 0.026 65 F 0.014 0.023 0.052 0.070 0.090 0.107 0.200 0.144 0.147 0.102 0.052 66 I 0.016 0.017 0.044 0.046 0.038 0.059 0.128 0.113 0.182 0.188 0.168 67 V 0.005 0.009 0.034 0.037 0.039 0.056 0.146 0.176 0.196 0.177 0.124 68 N 0.003 0.020 0.045 0.044 0.042 0.068 0.182 0.159 0.195 0.143 0.099 69 V 0.008 0.017 0.036 0.105 0.127 0.206 0.251 0.105 0.072 0.046 0.026 70 N 0.364 0.089 0.228 0.153 0.069 0.034 0.031 0.012 0.009 0.007 0.003 71 H 0.009 0.029 0.029 0.130 0.169 0.178 0.230 0.116 0.065 0.030 0.015 72 I 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.004 0.018 0.039 0.159 0.301 0.470 73 K 0.004 0.013 0.105 0.259 0.410 0.109 0.071 0.016 0.007 0.004 0.001 74 A 0.020 0.076 0.440 0.220 0.124 0.059 0.034 0.012 0.008 0.004 0.002 75 I 0.003 0.003 0.005 0.007 0.011 0.027 0.125 0.222 0.228 0.197 0.173 76 Y 0.073 0.085 0.062 0.087 0.067 0.097 0.196 0.135 0.101 0.067 0.028 77 P 0.131 0.119 0.204 0.198 0.120 0.071 0.062 0.037 0.026 0.022 0.010 78 D 0.291 0.150 0.073 0.123 0.102 0.097 0.088 0.037 0.022 0.011 0.006 79 T 0.325 0.204 0.031 0.097 0.075 0.056 0.081 0.043 0.041 0.030 0.018 80 H 0.316 0.174 0.032 0.101 0.100 0.077 0.079 0.048 0.035 0.020 0.019 81 S 0.153 0.144 0.062 0.160 0.135 0.135 0.103 0.048 0.032 0.017 0.010 82 T 0.044 0.078 0.056 0.213 0.198 0.173 0.118 0.050 0.037 0.023 0.011 83 F 0.002 0.005 0.006 0.018 0.034 0.076 0.161 0.286 0.182 0.129 0.101 84 L 0.004 0.021 0.044 0.160 0.156 0.173 0.150 0.115 0.077 0.070 0.031 85 L 0.001 0.001 0.004 0.004 0.005 0.010 0.042 0.177 0.230 0.286 0.240 86 S 0.005 0.027 0.059 0.150 0.151 0.110 0.160 0.120 0.099 0.090 0.030 87 M 0.001 0.001 0.005 0.007 0.007 0.020 0.059 0.109 0.220 0.312 0.259 88 D 0.058 0.166 0.072 0.247 0.197 0.097 0.077 0.033 0.025 0.019 0.008 89 N 0.203 0.339 0.045 0.126 0.090 0.056 0.061 0.030 0.023 0.017 0.010 90 G 0.696 0.174 0.011 0.052 0.033 0.013 0.009 0.005 0.003 0.002 0.001 91 E 0.370 0.295 0.032 0.117 0.081 0.039 0.035 0.015 0.010 0.006 0.002 92 R 0.137 0.193 0.041 0.230 0.175 0.082 0.069 0.036 0.022 0.010 0.005 93 V 0.006 0.007 0.006 0.015 0.025 0.072 0.159 0.198 0.208 0.176 0.130 94 P 0.098 0.184 0.135 0.324 0.135 0.067 0.032 0.011 0.006 0.005 0.002 95 V 0.003 0.006 0.009 0.013 0.017 0.029 0.088 0.203 0.215 0.234 0.183 96 S 0.025 0.056 0.052 0.113 0.131 0.111 0.144 0.103 0.104 0.112 0.049 97 Q 0.068 0.048 0.116 0.134 0.124 0.138 0.158 0.079 0.059 0.051 0.024 98 S 0.189 0.101 0.229 0.243 0.118 0.051 0.033 0.017 0.009 0.006 0.002 99 Y 0.006 0.020 0.021 0.032 0.034 0.074 0.193 0.153 0.219 0.171 0.078 100 A 0.008 0.022 0.032 0.089 0.118 0.175 0.268 0.131 0.086 0.050 0.021 101 S 0.372 0.065 0.402 0.104 0.025 0.015 0.009 0.004 0.002 0.002 0.001 102 Y 0.009 0.022 0.095 0.219 0.237 0.217 0.151 0.034 0.012 0.004 0.001 103 F 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.006 0.040 0.049 0.197 0.301 0.397 104 R 0.001 0.003 0.045 0.095 0.197 0.273 0.264 0.062 0.036 0.015 0.008 105 K 0.005 0.015 0.779 0.113 0.062 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 106 L 0.004 0.013 0.039 0.046 0.068 0.166 0.332 0.182 0.081 0.049 0.022 107 L 0.009 0.005 0.011 0.008 0.007 0.017 0.081 0.190 0.230 0.249 0.195 108 G 0.242 0.192 0.247 0.174 0.077 0.030 0.017 0.010 0.005 0.004 0.001 109 F 0.103 0.080 0.165 0.128 0.093 0.128 0.116 0.059 0.061 0.043 0.025