# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1090 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.005 0.032 0.913 2 K 0.027 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.057 0.891 3 S 0.014 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.004 0.040 0.821 4 V 0.015 0.001 0.002 0.003 0.104 0.018 0.014 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.149 0.002 0.047 0.633 5 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.019 0.019 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.013 0.822 0.001 0.016 0.034 6 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.020 0.035 0.019 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.034 0.116 0.048 0.241 0.001 0.031 0.421 7 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.304 0.448 0.160 0.017 0.048 0.001 0.002 0.011 8 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.050 0.005 0.055 0.018 0.007 0.003 0.538 0.001 0.059 0.241 9 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.795 0.157 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.005 0.011 10 T 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.302 0.003 0.095 0.528 11 D 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.015 0.220 0.746 12 G 0.695 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.130 0.061 0.080 13 W 0.071 0.009 0.035 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.009 0.282 0.512 14 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.913 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.001 0.008 0.005 15 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.017 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.953 16 V 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.021 0.013 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.778 0.001 0.078 0.078 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.982 18 F 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.497 0.001 0.024 0.466 19 S 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.258 0.001 0.364 0.359 20 K 0.487 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.178 0.011 0.144 0.174 21 V 0.311 0.033 0.040 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.241 0.007 0.081 0.278 22 M 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.001 0.006 0.017 23 Y 0.005 0.014 0.002 0.001 0.017 0.006 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.045 0.088 0.042 0.592 0.004 0.046 0.116 24 L 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.081 0.342 0.149 0.024 0.344 0.001 0.005 0.036 25 E 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.002 0.622 0.169 0.013 0.005 0.127 0.001 0.007 0.015 26 A 0.005 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.467 0.087 0.005 0.022 0.005 0.002 0.002 0.218 0.005 0.024 0.074 27 K 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.652 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.003 0.049 0.148 28 D 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.019 0.163 0.745 29 K 0.183 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.094 0.071 0.577 30 K 0.278 0.001 0.025 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.015 0.366 0.221 31 T 0.003 0.001 0.001 0.008 0.106 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.515 0.003 0.044 0.310 32 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.457 0.232 0.094 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.005 0.133 0.001 0.026 0.020 33 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.034 0.053 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.087 0.159 0.042 0.427 0.001 0.022 0.118 34 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.002 0.009 0.002 0.024 0.020 0.012 0.010 0.837 0.001 0.035 0.040 35 A 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.169 0.036 0.006 0.021 0.008 0.008 0.005 0.452 0.001 0.037 0.172 36 E 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.003 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.238 0.001 0.241 0.464 37 E 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.006 0.262 0.640 38 L 0.411 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.062 0.074 0.401 39 T 0.059 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.016 0.342 0.512 40 G 0.041 0.009 0.007 0.003 0.094 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.131 0.021 0.109 0.572 41 T 0.019 0.019 0.006 0.003 0.080 0.245 0.055 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.170 0.009 0.113 0.263 42 H 0.024 0.039 0.005 0.001 0.021 0.031 0.042 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.342 0.009 0.075 0.392 43 K 0.023 0.050 0.005 0.001 0.003 0.006 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.321 0.007 0.084 0.472 44 Y 0.032 0.036 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.356 0.008 0.122 0.429 45 S 0.043 0.031 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.009 0.228 0.608 46 L 0.080 0.080 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.290 0.008 0.065 0.469 47 Q 0.006 0.095 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.002 0.161 0.709 48 E 0.059 0.155 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.248 0.515 49 F 0.032 0.871 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.086 50 E 0.056 0.881 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.006 0.049 51 Y 0.074 0.798 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.020 0.006 0.089 52 L 0.342 0.464 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.111 0.001 0.075 53 L 0.302 0.435 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.046 0.005 0.160 54 P 0.002 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.974 55 K 0.005 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.050 0.922 56 D 0.372 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.016 0.041 0.523 57 S 0.338 0.073 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.032 0.085 0.396 58 F 0.113 0.125 0.036 0.003 0.014 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.145 0.017 0.163 0.369 59 I 0.035 0.101 0.010 0.002 0.015 0.123 0.016 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.003 0.385 0.010 0.058 0.223 60 R 0.023 0.134 0.005 0.001 0.012 0.023 0.021 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.011 0.004 0.004 0.469 0.012 0.060 0.194 61 C 0.020 0.114 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.334 0.008 0.043 0.454 62 H 0.017 0.141 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.599 0.009 0.058 0.149 63 R 0.030 0.105 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.346 0.010 0.066 0.438 64 S 0.030 0.098 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.294 0.024 0.100 0.446 65 F 0.255 0.159 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.282 0.056 0.052 0.180 66 I 0.089 0.322 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.298 0.017 0.068 0.181 67 V 0.020 0.153 0.015 0.001 0.012 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.589 0.014 0.036 0.145 68 N 0.038 0.258 0.015 0.001 0.002 0.005 0.003 0.002 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.175 0.020 0.098 0.368 69 V 0.033 0.122 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.278 0.010 0.047 0.502 70 N 0.003 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.005 0.420 0.478 71 H 0.147 0.063 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.043 0.479 0.247 72 I 0.054 0.724 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.005 0.019 0.166 73 K 0.081 0.628 0.005 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.135 0.009 0.022 0.109 74 A 0.140 0.501 0.004 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.021 0.009 0.050 0.040 0.010 0.191 75 I 0.275 0.329 0.013 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.021 0.012 0.009 0.064 0.083 0.006 0.171 76 Y 0.043 0.052 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.042 0.014 0.200 0.343 0.124 0.024 0.013 0.017 0.009 0.101 77 P 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.002 0.007 0.010 0.005 0.001 0.003 0.001 0.003 0.940 78 D 0.006 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.158 0.322 0.123 0.004 0.015 0.003 0.001 0.001 0.019 0.005 0.114 0.219 79 T 0.227 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.139 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.014 0.061 0.504 80 H 0.037 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.027 0.272 0.601 81 S 0.379 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.155 0.120 0.293 82 T 0.099 0.002 0.022 0.008 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.011 0.404 0.363 83 F 0.003 0.001 0.001 0.006 0.243 0.017 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.521 0.004 0.062 0.121 84 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.220 0.271 0.205 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.008 0.167 0.001 0.028 0.055 85 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.016 0.086 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.082 0.098 0.034 0.560 0.001 0.016 0.058 86 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.022 0.003 0.332 0.197 0.061 0.017 0.314 0.001 0.014 0.028 87 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.278 0.017 0.002 0.016 0.005 0.004 0.003 0.582 0.001 0.011 0.070 88 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.757 0.014 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.001 0.053 0.043 89 N 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.196 0.001 0.110 0.680 90 G 0.086 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.099 0.080 0.605 91 E 0.384 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.011 0.405 0.142 92 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.001 0.027 0.926 93 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.635 0.241 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.001 0.047 0.007 94 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996 95 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.609 0.001 0.162 0.210 96 S 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.001 0.151 0.739 97 Q 0.113 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.207 0.002 0.100 0.567 98 S 0.021 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.001 0.283 0.620 99 Y 0.108 0.066 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.006 0.432 0.345 100 A 0.048 0.606 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.006 0.047 0.270 101 S 0.013 0.751 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.019 0.201 102 Y 0.018 0.855 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.007 0.112 103 F 0.012 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.044 104 R 0.013 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 105 K 0.028 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.030 106 L 0.098 0.835 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.033 107 L 0.133 0.773 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.049 0.003 0.032 108 G 0.287 0.281 0.047 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.158 0.019 0.193 109 F 0.177 0.061 0.465 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.029 0.035 0.203