# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1090 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.019 0.001 0.001 0.008 0.013 0.023 0.045 0.001 0.001 0.002 0.887 2 K 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.033 0.001 0.001 0.001 0.954 3 S 0.033 0.001 0.001 0.027 0.046 0.048 0.119 0.001 0.001 0.002 0.723 4 V 0.060 0.001 0.001 0.021 0.022 0.043 0.056 0.001 0.001 0.001 0.795 5 V 0.039 0.001 0.001 0.158 0.346 0.392 0.018 0.001 0.001 0.002 0.043 6 T 0.006 0.001 0.001 0.096 0.108 0.146 0.062 0.001 0.001 0.001 0.580 7 L 0.006 0.001 0.001 0.102 0.273 0.541 0.008 0.001 0.001 0.001 0.068 8 K 0.007 0.004 0.001 0.118 0.281 0.317 0.089 0.001 0.001 0.002 0.181 9 T 0.005 0.003 0.001 0.031 0.170 0.252 0.070 0.001 0.001 0.002 0.465 10 T 0.016 0.003 0.001 0.036 0.095 0.270 0.100 0.001 0.001 0.003 0.476 11 D 0.040 0.001 0.001 0.011 0.023 0.034 0.213 0.001 0.001 0.013 0.663 12 G 0.197 0.007 0.003 0.035 0.111 0.098 0.125 0.001 0.001 0.032 0.393 13 W 0.126 0.005 0.012 0.017 0.030 0.073 0.134 0.001 0.001 0.006 0.595 14 I 0.056 0.002 0.001 0.093 0.427 0.344 0.015 0.001 0.001 0.002 0.060 15 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.985 16 V 0.012 0.001 0.001 0.061 0.306 0.590 0.005 0.001 0.001 0.001 0.026 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.986 18 F 0.003 0.001 0.001 0.014 0.147 0.676 0.004 0.001 0.001 0.001 0.157 19 S 0.007 0.004 0.001 0.089 0.131 0.192 0.171 0.001 0.001 0.008 0.398 20 K 0.333 0.004 0.001 0.038 0.084 0.117 0.109 0.001 0.001 0.018 0.297 21 V 0.268 0.049 0.003 0.093 0.152 0.178 0.059 0.001 0.001 0.013 0.184 22 M 0.011 0.008 0.001 0.070 0.470 0.387 0.026 0.001 0.001 0.002 0.024 23 Y 0.007 0.007 0.002 0.048 0.277 0.524 0.017 0.001 0.001 0.001 0.117 24 L 0.005 0.005 0.001 0.035 0.309 0.613 0.004 0.001 0.001 0.001 0.028 25 E 0.002 0.010 0.001 0.028 0.477 0.422 0.014 0.001 0.001 0.001 0.046 26 A 0.001 0.007 0.001 0.015 0.420 0.499 0.008 0.001 0.001 0.001 0.050 27 K 0.007 0.006 0.001 0.026 0.203 0.540 0.043 0.001 0.001 0.002 0.174 28 D 0.085 0.006 0.002 0.032 0.114 0.191 0.091 0.002 0.001 0.015 0.463 29 K 0.116 0.008 0.004 0.025 0.108 0.185 0.133 0.002 0.001 0.013 0.405 30 K 0.163 0.005 0.012 0.052 0.109 0.126 0.141 0.002 0.001 0.015 0.375 31 T 0.043 0.003 0.007 0.061 0.297 0.321 0.056 0.001 0.001 0.003 0.207 32 Y 0.012 0.001 0.001 0.060 0.283 0.564 0.014 0.001 0.001 0.001 0.066 33 V 0.004 0.001 0.001 0.066 0.358 0.490 0.012 0.001 0.001 0.001 0.067 34 N 0.002 0.001 0.001 0.071 0.328 0.534 0.014 0.001 0.001 0.001 0.049 35 A 0.002 0.002 0.001 0.050 0.260 0.534 0.024 0.001 0.001 0.001 0.128 36 E 0.004 0.004 0.001 0.059 0.165 0.355 0.132 0.001 0.001 0.005 0.275 37 E 0.033 0.005 0.001 0.022 0.056 0.100 0.334 0.001 0.001 0.015 0.435 38 L 0.248 0.022 0.003 0.030 0.081 0.151 0.162 0.001 0.001 0.019 0.284 39 T 0.080 0.018 0.007 0.020 0.061 0.090 0.161 0.002 0.001 0.007 0.554 40 G 0.048 0.018 0.006 0.029 0.225 0.277 0.042 0.001 0.001 0.006 0.348 41 T 0.039 0.020 0.005 0.029 0.173 0.335 0.071 0.001 0.001 0.003 0.323 42 H 0.035 0.025 0.001 0.037 0.246 0.361 0.054 0.001 0.001 0.002 0.238 43 K 0.044 0.047 0.001 0.054 0.114 0.285 0.071 0.002 0.001 0.002 0.380 44 Y 0.042 0.060 0.006 0.050 0.134 0.141 0.090 0.002 0.001 0.004 0.472 45 S 0.011 0.027 0.003 0.013 0.017 0.043 0.361 0.001 0.001 0.002 0.522 46 L 0.060 0.078 0.005 0.079 0.017 0.096 0.035 0.001 0.001 0.006 0.622 47 Q 0.005 0.190 0.002 0.006 0.013 0.016 0.318 0.001 0.001 0.005 0.445 48 E 0.076 0.156 0.001 0.002 0.001 0.003 0.572 0.001 0.001 0.006 0.182 49 F 0.063 0.902 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.029 50 E 0.006 0.972 0.003 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 51 Y 0.029 0.911 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.043 52 L 0.280 0.509 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.175 0.001 0.001 0.032 53 L 0.470 0.323 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.154 0.001 0.001 0.029 54 P 0.005 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.017 0.001 0.001 0.964 55 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.038 0.002 0.001 0.001 0.957 56 D 0.255 0.020 0.005 0.011 0.007 0.008 0.173 0.001 0.001 0.014 0.506 57 S 0.278 0.033 0.007 0.024 0.022 0.016 0.253 0.001 0.001 0.026 0.341 58 F 0.151 0.033 0.026 0.114 0.065 0.083 0.244 0.001 0.001 0.011 0.272 59 I 0.067 0.039 0.003 0.371 0.146 0.194 0.052 0.001 0.001 0.004 0.124 60 R 0.012 0.055 0.001 0.228 0.259 0.236 0.046 0.001 0.001 0.002 0.160 61 C 0.008 0.087 0.001 0.271 0.149 0.184 0.030 0.002 0.001 0.002 0.267 62 H 0.007 0.042 0.001 0.162 0.223 0.432 0.039 0.001 0.001 0.002 0.091 63 R 0.041 0.048 0.002 0.081 0.111 0.230 0.054 0.003 0.001 0.006 0.424 64 S 0.071 0.049 0.014 0.087 0.077 0.113 0.141 0.003 0.001 0.011 0.434 65 F 0.141 0.036 0.007 0.152 0.198 0.193 0.079 0.002 0.001 0.008 0.185 66 I 0.052 0.076 0.011 0.201 0.155 0.200 0.047 0.002 0.001 0.003 0.252 67 V 0.037 0.063 0.009 0.202 0.217 0.253 0.030 0.001 0.001 0.005 0.182 68 N 0.013 0.072 0.002 0.095 0.197 0.300 0.096 0.002 0.001 0.001 0.221 69 V 0.011 0.084 0.002 0.149 0.070 0.284 0.020 0.002 0.001 0.002 0.377 70 N 0.005 0.047 0.002 0.023 0.049 0.090 0.354 0.001 0.001 0.005 0.424 71 H 0.261 0.054 0.003 0.017 0.011 0.023 0.405 0.002 0.001 0.021 0.202 72 I 0.252 0.555 0.009 0.015 0.011 0.025 0.014 0.005 0.001 0.003 0.109 73 K 0.041 0.410 0.019 0.035 0.180 0.113 0.042 0.004 0.001 0.007 0.151 74 A 0.110 0.188 0.020 0.024 0.041 0.055 0.029 0.021 0.001 0.003 0.509 75 I 0.294 0.163 0.011 0.039 0.039 0.174 0.018 0.033 0.001 0.003 0.227 76 Y 0.143 0.079 0.019 0.054 0.102 0.076 0.060 0.019 0.001 0.002 0.446 77 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.993 78 D 0.021 0.003 0.001 0.038 0.092 0.306 0.051 0.001 0.001 0.001 0.487 79 T 0.177 0.004 0.001 0.026 0.017 0.025 0.085 0.001 0.001 0.005 0.659 80 H 0.067 0.007 0.002 0.029 0.051 0.064 0.203 0.001 0.001 0.014 0.562 81 S 0.166 0.005 0.002 0.035 0.054 0.058 0.158 0.001 0.001 0.024 0.498 82 T 0.073 0.001 0.003 0.018 0.047 0.049 0.189 0.001 0.001 0.005 0.614 83 F 0.029 0.001 0.001 0.024 0.358 0.458 0.037 0.001 0.001 0.003 0.088 84 L 0.014 0.001 0.001 0.030 0.242 0.590 0.035 0.001 0.001 0.001 0.085 85 L 0.002 0.001 0.001 0.011 0.473 0.499 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 86 S 0.001 0.001 0.001 0.006 0.302 0.669 0.002 0.001 0.001 0.001 0.019 87 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.454 0.533 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 88 D 0.001 0.001 0.001 0.007 0.325 0.483 0.042 0.001 0.001 0.001 0.140 89 N 0.004 0.001 0.001 0.011 0.249 0.373 0.051 0.001 0.001 0.006 0.304 90 G 0.026 0.001 0.001 0.011 0.054 0.122 0.346 0.001 0.001 0.043 0.396 91 E 0.453 0.001 0.002 0.021 0.046 0.041 0.171 0.001 0.001 0.023 0.241 92 R 0.008 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 0.045 0.001 0.001 0.001 0.929 93 V 0.059 0.001 0.002 0.054 0.295 0.446 0.034 0.001 0.001 0.001 0.108 94 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.983 95 V 0.009 0.001 0.001 0.028 0.177 0.525 0.018 0.001 0.001 0.001 0.243 96 S 0.009 0.008 0.001 0.044 0.037 0.081 0.212 0.001 0.001 0.002 0.606 97 Q 0.034 0.012 0.001 0.029 0.021 0.068 0.091 0.001 0.001 0.009 0.736 98 S 0.014 0.054 0.001 0.008 0.005 0.008 0.349 0.001 0.001 0.005 0.555 99 Y 0.127 0.224 0.003 0.007 0.004 0.012 0.333 0.001 0.001 0.007 0.282 100 A 0.039 0.807 0.003 0.004 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.130 101 S 0.006 0.845 0.002 0.001 0.003 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.126 102 Y 0.026 0.799 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.001 0.001 0.156 103 F 0.025 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.033 104 R 0.004 0.984 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 105 K 0.005 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.016 106 L 0.074 0.883 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.015 107 L 0.109 0.823 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.022 108 G 0.274 0.311 0.081 0.006 0.002 0.004 0.010 0.150 0.001 0.002 0.160 109 F 0.153 0.148 0.275 0.022 0.005 0.005 0.029 0.038 0.001 0.001 0.326