# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1090 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.025 0.004 0.012 0.021 0.036 0.070 0.008 0.823 2 K 0.016 0.002 0.012 0.016 0.019 0.050 0.006 0.880 3 S 0.027 0.002 0.030 0.047 0.036 0.078 0.011 0.769 4 V 0.030 0.001 0.028 0.019 0.038 0.062 0.003 0.819 5 V 0.021 0.001 0.263 0.292 0.271 0.036 0.002 0.115 6 T 0.004 0.001 0.096 0.202 0.230 0.022 0.001 0.446 7 L 0.002 0.001 0.232 0.224 0.391 0.012 0.001 0.138 8 K 0.005 0.001 0.161 0.243 0.354 0.086 0.001 0.148 9 T 0.009 0.001 0.066 0.165 0.318 0.086 0.003 0.353 10 T 0.014 0.003 0.062 0.050 0.145 0.120 0.006 0.599 11 D 0.027 0.002 0.022 0.035 0.031 0.174 0.014 0.695 12 G 0.179 0.002 0.027 0.034 0.038 0.234 0.044 0.441 13 W 0.283 0.003 0.035 0.022 0.075 0.169 0.010 0.403 14 I 0.023 0.002 0.176 0.456 0.246 0.026 0.004 0.069 15 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 16 V 0.004 0.001 0.247 0.211 0.433 0.016 0.001 0.088 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 18 F 0.004 0.001 0.021 0.032 0.326 0.041 0.001 0.575 19 S 0.049 0.001 0.020 0.023 0.026 0.182 0.003 0.697 20 K 0.285 0.002 0.013 0.018 0.021 0.212 0.016 0.432 21 V 0.409 0.017 0.149 0.078 0.089 0.119 0.008 0.130 22 M 0.027 0.014 0.213 0.356 0.329 0.034 0.003 0.025 23 Y 0.004 0.007 0.055 0.183 0.370 0.020 0.001 0.361 24 L 0.002 0.004 0.174 0.358 0.441 0.006 0.001 0.015 25 E 0.006 0.021 0.053 0.384 0.432 0.025 0.002 0.078 26 A 0.006 0.010 0.064 0.276 0.589 0.012 0.005 0.040 27 K 0.030 0.008 0.052 0.180 0.351 0.094 0.014 0.270 28 D 0.067 0.007 0.031 0.099 0.105 0.089 0.071 0.531 29 K 0.218 0.005 0.042 0.076 0.055 0.125 0.080 0.398 30 K 0.260 0.002 0.052 0.077 0.151 0.291 0.020 0.147 31 T 0.023 0.001 0.080 0.331 0.350 0.072 0.004 0.140 32 Y 0.003 0.001 0.082 0.381 0.479 0.013 0.001 0.041 33 V 0.001 0.001 0.073 0.380 0.440 0.007 0.001 0.098 34 N 0.001 0.001 0.107 0.326 0.522 0.007 0.001 0.036 35 A 0.002 0.001 0.064 0.325 0.488 0.017 0.001 0.103 36 E 0.004 0.001 0.056 0.156 0.460 0.091 0.002 0.231 37 E 0.015 0.002 0.029 0.064 0.154 0.204 0.008 0.524 38 L 0.093 0.005 0.033 0.053 0.068 0.168 0.023 0.558 39 T 0.103 0.003 0.024 0.041 0.057 0.223 0.011 0.537 40 G 0.031 0.006 0.035 0.099 0.089 0.071 0.009 0.660 41 T 0.056 0.007 0.065 0.114 0.260 0.090 0.003 0.405 42 H 0.016 0.011 0.050 0.167 0.245 0.061 0.002 0.448 43 K 0.018 0.026 0.052 0.125 0.279 0.055 0.003 0.441 44 Y 0.038 0.039 0.056 0.126 0.185 0.163 0.006 0.387 45 S 0.051 0.078 0.017 0.047 0.080 0.226 0.007 0.494 46 L 0.061 0.146 0.028 0.022 0.132 0.042 0.007 0.562 47 Q 0.024 0.101 0.009 0.007 0.021 0.309 0.007 0.521 48 E 0.080 0.175 0.002 0.002 0.006 0.462 0.009 0.264 49 F 0.033 0.904 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.055 50 E 0.005 0.937 0.001 0.002 0.005 0.006 0.002 0.043 51 Y 0.046 0.867 0.002 0.004 0.003 0.003 0.016 0.059 52 L 0.314 0.493 0.009 0.005 0.006 0.003 0.094 0.076 53 L 0.239 0.475 0.031 0.040 0.048 0.011 0.032 0.124 54 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 55 K 0.006 0.011 0.009 0.013 0.022 0.045 0.006 0.887 56 D 0.369 0.011 0.015 0.006 0.004 0.036 0.038 0.520 57 S 0.542 0.009 0.044 0.014 0.010 0.119 0.020 0.243 58 F 0.090 0.014 0.237 0.069 0.063 0.098 0.007 0.422 59 I 0.022 0.017 0.269 0.192 0.218 0.062 0.003 0.218 60 R 0.015 0.019 0.142 0.187 0.240 0.063 0.003 0.331 61 C 0.010 0.021 0.180 0.129 0.208 0.063 0.003 0.387 62 H 0.007 0.060 0.114 0.222 0.280 0.074 0.004 0.240 63 R 0.017 0.045 0.072 0.066 0.182 0.105 0.013 0.499 64 S 0.051 0.075 0.049 0.059 0.084 0.198 0.013 0.473 65 F 0.189 0.132 0.079 0.094 0.079 0.121 0.042 0.264 66 I 0.138 0.215 0.146 0.105 0.121 0.073 0.020 0.182 67 V 0.042 0.144 0.197 0.173 0.217 0.064 0.011 0.151 68 N 0.019 0.268 0.056 0.147 0.175 0.042 0.007 0.287 69 V 0.026 0.154 0.099 0.071 0.222 0.050 0.015 0.363 70 N 0.023 0.111 0.027 0.052 0.065 0.321 0.013 0.390 71 H 0.151 0.135 0.015 0.024 0.050 0.231 0.027 0.368 72 I 0.121 0.578 0.026 0.035 0.051 0.061 0.009 0.119 73 K 0.031 0.650 0.036 0.098 0.071 0.025 0.016 0.073 74 A 0.103 0.311 0.026 0.059 0.097 0.031 0.045 0.328 75 I 0.198 0.185 0.088 0.083 0.174 0.031 0.055 0.186 76 Y 0.039 0.099 0.041 0.196 0.146 0.060 0.010 0.410 77 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 78 D 0.016 0.010 0.015 0.062 0.134 0.153 0.007 0.602 79 T 0.270 0.008 0.008 0.015 0.015 0.116 0.028 0.540 80 H 0.140 0.014 0.015 0.035 0.029 0.246 0.034 0.487 81 S 0.208 0.015 0.035 0.064 0.041 0.183 0.051 0.401 82 T 0.183 0.004 0.036 0.053 0.076 0.361 0.018 0.269 83 F 0.084 0.001 0.035 0.268 0.391 0.156 0.005 0.059 84 L 0.016 0.001 0.013 0.282 0.649 0.024 0.001 0.015 85 L 0.001 0.001 0.008 0.454 0.529 0.002 0.001 0.006 86 S 0.001 0.001 0.011 0.401 0.570 0.003 0.001 0.014 87 M 0.001 0.001 0.013 0.497 0.476 0.002 0.001 0.011 88 D 0.001 0.001 0.016 0.225 0.614 0.041 0.001 0.100 89 N 0.009 0.001 0.019 0.074 0.226 0.142 0.010 0.518 90 G 0.076 0.003 0.019 0.042 0.034 0.194 0.039 0.591 91 E 0.291 0.001 0.017 0.021 0.040 0.458 0.018 0.154 92 R 0.009 0.001 0.007 0.016 0.019 0.031 0.002 0.915 93 V 0.037 0.002 0.070 0.302 0.399 0.059 0.002 0.129 94 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 95 V 0.003 0.001 0.043 0.078 0.436 0.063 0.001 0.376 96 S 0.035 0.022 0.030 0.090 0.162 0.111 0.002 0.548 97 Q 0.062 0.027 0.012 0.018 0.078 0.060 0.004 0.739 98 S 0.068 0.026 0.006 0.005 0.010 0.499 0.003 0.383 99 Y 0.163 0.127 0.004 0.002 0.006 0.366 0.009 0.324 100 A 0.054 0.725 0.005 0.002 0.006 0.032 0.005 0.171 101 S 0.012 0.700 0.002 0.002 0.004 0.037 0.005 0.238 102 Y 0.031 0.726 0.002 0.001 0.001 0.019 0.006 0.214 103 F 0.025 0.909 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.055 104 R 0.005 0.960 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.025 105 K 0.009 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.024 106 L 0.034 0.926 0.005 0.001 0.001 0.002 0.011 0.021 107 L 0.041 0.906 0.005 0.003 0.002 0.001 0.017 0.025 108 G 0.295 0.334 0.051 0.010 0.008 0.015 0.116 0.173 109 F 0.133 0.247 0.247 0.022 0.019 0.032 0.035 0.266