# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1090 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.012 0.007 0.026 0.010 0.068 0.004 0.074 0.544 0.003 0.252 0.001 2 K 0.089 0.152 0.523 0.103 0.064 0.018 0.019 0.005 0.015 0.009 0.002 3 S 0.062 0.263 0.465 0.084 0.045 0.026 0.023 0.007 0.015 0.005 0.006 4 V 0.013 0.765 0.136 0.015 0.046 0.009 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 5 V 0.003 0.816 0.128 0.003 0.035 0.006 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 6 T 0.005 0.551 0.362 0.003 0.020 0.030 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 7 L 0.007 0.610 0.295 0.004 0.024 0.025 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 8 K 0.018 0.697 0.177 0.008 0.051 0.034 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 9 T 0.048 0.504 0.228 0.030 0.124 0.033 0.005 0.002 0.019 0.006 0.001 10 T 0.239 0.222 0.147 0.154 0.102 0.036 0.046 0.015 0.020 0.017 0.001 11 D 0.049 0.048 0.079 0.466 0.034 0.016 0.257 0.021 0.021 0.008 0.001 12 G 0.034 0.026 0.047 0.026 0.064 0.006 0.182 0.522 0.006 0.087 0.001 13 W 0.069 0.372 0.374 0.096 0.031 0.030 0.007 0.001 0.015 0.001 0.003 14 I 0.007 0.614 0.308 0.003 0.025 0.009 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 15 P 0.040 0.022 0.743 0.013 0.002 0.094 0.006 0.001 0.016 0.001 0.062 16 V 0.004 0.604 0.217 0.002 0.049 0.006 0.001 0.001 0.118 0.001 0.001 17 P 0.024 0.005 0.918 0.001 0.002 0.022 0.001 0.001 0.004 0.001 0.024 18 F 0.706 0.027 0.188 0.040 0.007 0.015 0.002 0.002 0.003 0.002 0.006 19 S 0.637 0.051 0.075 0.152 0.042 0.009 0.018 0.005 0.005 0.003 0.002 20 K 0.245 0.177 0.107 0.239 0.069 0.024 0.116 0.010 0.010 0.001 0.001 21 V 0.057 0.425 0.470 0.018 0.007 0.009 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 22 M 0.109 0.607 0.154 0.018 0.058 0.036 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 23 Y 0.013 0.860 0.034 0.006 0.062 0.012 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 24 L 0.014 0.879 0.048 0.003 0.031 0.015 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 25 E 0.025 0.788 0.068 0.005 0.050 0.042 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 26 A 0.075 0.579 0.156 0.034 0.087 0.040 0.003 0.001 0.022 0.002 0.001 27 K 0.202 0.272 0.102 0.205 0.100 0.036 0.050 0.006 0.021 0.006 0.001 28 D 0.025 0.036 0.045 0.199 0.058 0.018 0.493 0.093 0.015 0.019 0.001 29 K 0.063 0.168 0.141 0.249 0.068 0.013 0.222 0.055 0.012 0.009 0.001 30 K 0.016 0.533 0.262 0.062 0.057 0.019 0.024 0.005 0.021 0.001 0.001 31 T 0.002 0.872 0.082 0.003 0.032 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 32 Y 0.002 0.850 0.088 0.002 0.031 0.017 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 33 V 0.001 0.887 0.070 0.001 0.026 0.006 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 34 N 0.007 0.536 0.259 0.005 0.053 0.081 0.001 0.001 0.055 0.001 0.001 35 A 0.056 0.471 0.276 0.013 0.112 0.042 0.003 0.001 0.020 0.006 0.001 36 E 0.419 0.224 0.140 0.078 0.076 0.031 0.009 0.003 0.011 0.007 0.002 37 E 0.123 0.151 0.131 0.260 0.103 0.028 0.144 0.018 0.026 0.015 0.001 38 L 0.161 0.117 0.145 0.145 0.087 0.044 0.184 0.077 0.017 0.023 0.001 39 T 0.099 0.469 0.229 0.112 0.040 0.016 0.012 0.001 0.023 0.001 0.001 40 G 0.054 0.094 0.112 0.025 0.311 0.032 0.073 0.179 0.011 0.108 0.001 41 T 0.085 0.441 0.249 0.046 0.080 0.070 0.007 0.001 0.019 0.001 0.001 42 H 0.134 0.479 0.203 0.048 0.062 0.050 0.006 0.001 0.016 0.002 0.001 43 K 0.233 0.294 0.204 0.091 0.063 0.064 0.016 0.001 0.031 0.002 0.002 44 Y 0.148 0.387 0.188 0.093 0.109 0.044 0.008 0.002 0.020 0.001 0.001 45 S 0.111 0.202 0.444 0.027 0.079 0.084 0.004 0.001 0.046 0.003 0.001 46 L 0.961 0.002 0.027 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 Q 0.987 0.002 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 E 0.962 0.002 0.003 0.028 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 F 0.987 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 E 0.990 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 Y 0.952 0.003 0.003 0.036 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.611 0.013 0.025 0.331 0.001 0.008 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 53 L 0.041 0.065 0.551 0.027 0.006 0.014 0.011 0.001 0.285 0.001 0.001 54 P 0.173 0.002 0.804 0.005 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 55 K 0.817 0.006 0.107 0.053 0.003 0.005 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 56 D 0.537 0.033 0.088 0.273 0.010 0.018 0.018 0.011 0.009 0.002 0.001 57 S 0.548 0.061 0.071 0.212 0.021 0.016 0.053 0.008 0.007 0.002 0.001 58 F 0.347 0.274 0.156 0.103 0.049 0.028 0.022 0.003 0.016 0.001 0.001 59 I 0.147 0.533 0.241 0.016 0.020 0.023 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 60 R 0.155 0.381 0.197 0.022 0.027 0.155 0.007 0.001 0.055 0.001 0.001 61 C 0.174 0.318 0.236 0.141 0.040 0.055 0.006 0.001 0.029 0.001 0.001 62 H 0.147 0.267 0.232 0.168 0.097 0.034 0.021 0.001 0.029 0.003 0.001 63 R 0.370 0.149 0.175 0.099 0.081 0.028 0.058 0.016 0.013 0.009 0.001 64 S 0.127 0.509 0.142 0.104 0.092 0.009 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001 65 F 0.042 0.640 0.124 0.030 0.123 0.020 0.012 0.002 0.007 0.001 0.001 66 I 0.032 0.640 0.235 0.010 0.011 0.041 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 67 V 0.033 0.707 0.172 0.017 0.026 0.026 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 68 N 0.036 0.162 0.430 0.015 0.045 0.177 0.008 0.001 0.124 0.002 0.001 69 V 0.889 0.010 0.071 0.011 0.002 0.010 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 70 N 0.879 0.011 0.018 0.058 0.010 0.006 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 71 H 0.684 0.057 0.041 0.139 0.027 0.018 0.025 0.003 0.005 0.001 0.001 72 I 0.711 0.105 0.125 0.021 0.003 0.019 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 73 K 0.855 0.035 0.033 0.053 0.006 0.012 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 74 A 0.422 0.132 0.048 0.254 0.075 0.019 0.036 0.005 0.009 0.001 0.001 75 I 0.264 0.342 0.224 0.097 0.015 0.029 0.008 0.001 0.020 0.001 0.001 76 Y 0.048 0.195 0.348 0.005 0.025 0.046 0.007 0.001 0.324 0.001 0.001 77 P 0.410 0.008 0.508 0.033 0.002 0.024 0.002 0.001 0.002 0.001 0.008 78 D 0.279 0.107 0.147 0.304 0.027 0.045 0.045 0.018 0.026 0.003 0.001 79 T 0.381 0.109 0.142 0.234 0.034 0.022 0.040 0.014 0.015 0.008 0.001 80 H 0.076 0.062 0.088 0.501 0.034 0.018 0.185 0.015 0.011 0.009 0.001 81 S 0.076 0.143 0.177 0.174 0.116 0.017 0.122 0.107 0.014 0.052 0.001 82 T 0.036 0.514 0.230 0.085 0.082 0.013 0.018 0.002 0.017 0.002 0.001 83 F 0.004 0.730 0.157 0.013 0.075 0.008 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 84 L 0.001 0.857 0.110 0.001 0.017 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 85 L 0.001 0.914 0.054 0.001 0.022 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 86 S 0.001 0.886 0.063 0.001 0.029 0.013 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 87 M 0.013 0.495 0.338 0.004 0.054 0.052 0.002 0.001 0.038 0.002 0.001 88 D 0.205 0.343 0.204 0.073 0.080 0.033 0.016 0.007 0.026 0.011 0.003 89 N 0.017 0.032 0.077 0.380 0.022 0.021 0.414 0.013 0.019 0.004 0.001 90 G 0.005 0.002 0.007 0.005 0.019 0.001 0.047 0.822 0.001 0.090 0.001 91 E 0.074 0.429 0.343 0.081 0.037 0.014 0.009 0.001 0.008 0.003 0.001 92 R 0.037 0.339 0.342 0.080 0.040 0.108 0.012 0.002 0.027 0.001 0.011 93 V 0.004 0.596 0.258 0.002 0.042 0.007 0.002 0.001 0.087 0.001 0.001 94 P 0.035 0.008 0.866 0.005 0.001 0.039 0.001 0.001 0.006 0.001 0.037 95 V 0.070 0.531 0.248 0.056 0.039 0.035 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 96 S 0.072 0.245 0.477 0.011 0.113 0.041 0.002 0.001 0.033 0.007 0.001 97 Q 0.923 0.004 0.050 0.010 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 98 S 0.932 0.007 0.014 0.032 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 99 Y 0.891 0.017 0.020 0.054 0.006 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 100 A 0.991 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 S 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 Y 0.987 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 F 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 K 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 L 0.954 0.002 0.003 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 L 0.493 0.008 0.035 0.426 0.001 0.005 0.026 0.001 0.005 0.001 0.001 108 G 0.157 0.005 0.025 0.079 0.025 0.006 0.429 0.238 0.002 0.035 0.001 109 F 0.292 0.135 0.278 0.219 0.023 0.020 0.014 0.004 0.013 0.001 0.001