# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1090 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.091 0.063 0.087 0.176 0.092 0.066 0.061 0.042 0.053 0.205 0.065 2 K 0.161 0.212 0.086 0.036 0.218 0.022 0.026 0.024 0.035 0.105 0.076 3 S 0.132 0.211 0.030 0.010 0.445 0.026 0.071 0.012 0.012 0.023 0.028 4 V 0.374 0.041 0.002 0.001 0.555 0.002 0.006 0.001 0.002 0.002 0.014 5 V 0.172 0.086 0.005 0.001 0.720 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 6 T 0.277 0.035 0.002 0.001 0.667 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 7 L 0.284 0.125 0.010 0.003 0.475 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.095 8 K 0.196 0.198 0.085 0.044 0.356 0.027 0.019 0.003 0.002 0.014 0.057 9 T 0.080 0.104 0.352 0.147 0.078 0.036 0.046 0.047 0.046 0.029 0.035 10 T 0.017 0.022 0.044 0.242 0.016 0.160 0.169 0.133 0.136 0.047 0.014 11 D 0.010 0.108 0.085 0.451 0.023 0.101 0.055 0.020 0.035 0.099 0.014 12 G 0.026 0.031 0.030 0.121 0.030 0.020 0.016 0.024 0.049 0.420 0.231 13 W 0.116 0.310 0.052 0.004 0.445 0.002 0.006 0.007 0.015 0.020 0.023 14 I 0.139 0.176 0.018 0.003 0.615 0.008 0.012 0.004 0.006 0.005 0.015 15 P 0.409 0.123 0.022 0.007 0.309 0.004 0.005 0.003 0.003 0.011 0.105 16 V 0.066 0.440 0.185 0.014 0.248 0.012 0.008 0.002 0.002 0.007 0.014 17 P 0.101 0.479 0.198 0.004 0.200 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 18 F 0.059 0.039 0.009 0.010 0.066 0.012 0.036 0.252 0.453 0.030 0.033 19 S 0.018 0.041 0.028 0.041 0.026 0.123 0.150 0.303 0.174 0.082 0.015 20 K 0.090 0.068 0.016 0.010 0.180 0.012 0.040 0.107 0.053 0.369 0.056 21 V 0.564 0.026 0.002 0.001 0.329 0.002 0.003 0.020 0.008 0.006 0.041 22 M 0.105 0.194 0.024 0.006 0.481 0.045 0.069 0.040 0.013 0.010 0.011 23 Y 0.434 0.022 0.001 0.001 0.509 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.025 24 L 0.211 0.125 0.018 0.010 0.514 0.009 0.008 0.018 0.007 0.015 0.065 25 E 0.301 0.113 0.027 0.013 0.384 0.020 0.043 0.021 0.006 0.016 0.055 26 A 0.168 0.104 0.158 0.116 0.136 0.043 0.029 0.056 0.059 0.064 0.066 27 K 0.024 0.043 0.031 0.136 0.032 0.139 0.261 0.173 0.123 0.027 0.011 28 D 0.058 0.045 0.059 0.112 0.049 0.051 0.041 0.030 0.053 0.426 0.078 29 K 0.098 0.194 0.064 0.025 0.236 0.029 0.050 0.035 0.036 0.149 0.083 30 K 0.269 0.115 0.009 0.002 0.520 0.006 0.023 0.009 0.008 0.012 0.026 31 T 0.205 0.070 0.004 0.002 0.695 0.003 0.007 0.002 0.002 0.002 0.009 32 Y 0.263 0.042 0.002 0.001 0.671 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 33 V 0.302 0.070 0.005 0.001 0.594 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 34 N 0.228 0.172 0.027 0.013 0.400 0.008 0.006 0.003 0.001 0.019 0.121 35 A 0.189 0.170 0.115 0.047 0.273 0.016 0.011 0.027 0.026 0.038 0.088 36 E 0.023 0.058 0.036 0.054 0.046 0.102 0.144 0.253 0.202 0.067 0.015 37 E 0.058 0.106 0.068 0.033 0.093 0.025 0.040 0.117 0.091 0.321 0.047 38 L 0.114 0.114 0.054 0.018 0.168 0.020 0.027 0.137 0.087 0.167 0.094 39 T 0.096 0.248 0.078 0.021 0.171 0.034 0.048 0.130 0.074 0.055 0.045 40 G 0.133 0.166 0.053 0.021 0.217 0.030 0.051 0.130 0.068 0.070 0.063 41 T 0.232 0.122 0.026 0.013 0.356 0.013 0.021 0.106 0.040 0.034 0.036 42 H 0.151 0.139 0.026 0.014 0.357 0.032 0.025 0.125 0.052 0.036 0.044 43 K 0.186 0.094 0.037 0.016 0.172 0.032 0.042 0.146 0.068 0.115 0.091 44 Y 0.036 0.268 0.142 0.013 0.131 0.020 0.055 0.213 0.052 0.053 0.017 45 S 0.087 0.508 0.091 0.004 0.145 0.002 0.005 0.080 0.013 0.035 0.031 46 L 0.007 0.006 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.695 0.268 0.007 0.004 47 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.868 0.116 0.001 0.001 48 E 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.904 0.063 0.021 0.001 49 F 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.815 0.144 0.017 0.003 50 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.496 0.491 0.005 0.001 51 Y 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.092 0.641 0.227 0.027 0.001 52 L 0.014 0.038 0.027 0.002 0.037 0.004 0.194 0.226 0.222 0.226 0.009 53 L 0.061 0.383 0.242 0.007 0.190 0.005 0.008 0.015 0.018 0.045 0.026 54 P 0.024 0.543 0.257 0.004 0.081 0.005 0.012 0.038 0.026 0.005 0.005 55 K 0.002 0.007 0.002 0.001 0.003 0.005 0.134 0.324 0.471 0.048 0.003 56 D 0.047 0.133 0.046 0.005 0.081 0.009 0.045 0.182 0.128 0.271 0.052 57 S 0.044 0.072 0.013 0.004 0.075 0.013 0.036 0.187 0.099 0.351 0.106 58 F 0.167 0.104 0.016 0.005 0.260 0.010 0.055 0.188 0.077 0.072 0.046 59 I 0.192 0.129 0.015 0.005 0.516 0.015 0.014 0.053 0.022 0.018 0.020 60 R 0.260 0.089 0.012 0.005 0.535 0.007 0.012 0.031 0.008 0.011 0.030 61 C 0.285 0.115 0.032 0.017 0.290 0.029 0.022 0.043 0.023 0.046 0.099 62 H 0.167 0.157 0.113 0.037 0.308 0.035 0.034 0.045 0.020 0.048 0.034 63 R 0.103 0.083 0.027 0.016 0.124 0.026 0.055 0.212 0.171 0.129 0.056 64 S 0.080 0.260 0.061 0.011 0.217 0.019 0.046 0.140 0.077 0.061 0.028 65 F 0.148 0.140 0.019 0.006 0.376 0.013 0.036 0.121 0.055 0.043 0.045 66 I 0.336 0.081 0.008 0.003 0.404 0.006 0.015 0.073 0.020 0.015 0.039 67 V 0.121 0.199 0.045 0.020 0.330 0.062 0.040 0.073 0.020 0.039 0.053 68 N 0.207 0.279 0.105 0.007 0.337 0.003 0.003 0.012 0.003 0.012 0.031 69 V 0.015 0.017 0.004 0.003 0.028 0.012 0.016 0.452 0.409 0.038 0.008 70 N 0.014 0.017 0.011 0.007 0.022 0.017 0.078 0.606 0.171 0.053 0.005 71 H 0.035 0.030 0.008 0.003 0.036 0.004 0.013 0.517 0.123 0.207 0.024 72 I 0.107 0.022 0.005 0.005 0.069 0.007 0.017 0.474 0.198 0.052 0.044 73 K 0.010 0.032 0.015 0.011 0.023 0.068 0.072 0.475 0.258 0.031 0.005 74 A 0.078 0.036 0.011 0.007 0.123 0.008 0.074 0.230 0.116 0.279 0.038 75 I 0.132 0.176 0.074 0.012 0.292 0.010 0.031 0.058 0.057 0.098 0.060 76 Y 0.103 0.297 0.158 0.005 0.393 0.004 0.005 0.009 0.004 0.007 0.014 77 P 0.091 0.290 0.051 0.014 0.173 0.022 0.053 0.111 0.110 0.044 0.039 78 D 0.093 0.101 0.165 0.062 0.110 0.050 0.123 0.125 0.080 0.062 0.030 79 T 0.051 0.029 0.025 0.037 0.045 0.055 0.130 0.265 0.220 0.101 0.041 80 H 0.065 0.114 0.109 0.135 0.077 0.071 0.053 0.046 0.057 0.235 0.038 81 S 0.059 0.067 0.057 0.078 0.094 0.060 0.069 0.071 0.079 0.284 0.084 82 T 0.190 0.224 0.025 0.011 0.339 0.015 0.061 0.014 0.020 0.055 0.045 83 F 0.250 0.046 0.003 0.002 0.671 0.005 0.010 0.001 0.001 0.002 0.009 84 L 0.274 0.031 0.002 0.001 0.677 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 85 L 0.217 0.049 0.004 0.001 0.721 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 86 S 0.216 0.088 0.003 0.001 0.642 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.045 87 M 0.371 0.096 0.067 0.031 0.144 0.006 0.006 0.006 0.005 0.021 0.247 88 D 0.008 0.008 0.032 0.214 0.009 0.341 0.234 0.087 0.046 0.014 0.007 89 N 0.008 0.363 0.120 0.327 0.027 0.039 0.053 0.016 0.022 0.021 0.005 90 G 0.008 0.003 0.009 0.044 0.004 0.010 0.002 0.006 0.010 0.677 0.228 91 E 0.005 0.705 0.149 0.002 0.124 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.002 92 R 0.428 0.085 0.016 0.004 0.328 0.007 0.009 0.006 0.013 0.012 0.093 93 V 0.062 0.419 0.188 0.054 0.189 0.024 0.015 0.015 0.010 0.008 0.015 94 P 0.220 0.294 0.055 0.005 0.328 0.003 0.007 0.026 0.007 0.010 0.047 95 V 0.136 0.242 0.087 0.015 0.162 0.024 0.018 0.083 0.069 0.091 0.074 96 S 0.085 0.384 0.108 0.007 0.315 0.006 0.005 0.051 0.017 0.011 0.011 97 Q 0.008 0.009 0.002 0.001 0.012 0.007 0.014 0.621 0.300 0.022 0.003 98 S 0.002 0.006 0.003 0.001 0.004 0.002 0.017 0.894 0.058 0.011 0.002 99 Y 0.007 0.026 0.005 0.001 0.008 0.001 0.004 0.755 0.069 0.115 0.010 100 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.927 0.062 0.003 0.001 101 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.044 0.001 0.001 102 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.019 0.002 0.001 103 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.028 0.001 0.001 104 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.064 0.001 0.001 105 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.921 0.066 0.002 0.001 106 L 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.124 0.761 0.059 0.035 0.006 107 L 0.014 0.603 0.108 0.013 0.056 0.012 0.054 0.075 0.021 0.034 0.010 108 G 0.026 0.008 0.011 0.048 0.010 0.026 0.024 0.082 0.039 0.430 0.297 109 F 0.044 0.337 0.168 0.030 0.184 0.010 0.022 0.068 0.050 0.064 0.023