# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1090 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.793 0.180 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 2 K 0.757 0.200 0.031 0.009 0.002 0.001 0.001 3 S 0.516 0.333 0.119 0.028 0.004 0.001 0.001 4 V 0.084 0.286 0.432 0.174 0.020 0.002 0.001 5 V 0.020 0.041 0.108 0.239 0.476 0.114 0.002 6 T 0.021 0.134 0.261 0.364 0.161 0.058 0.001 7 L 0.024 0.065 0.156 0.234 0.297 0.215 0.009 8 K 0.091 0.249 0.360 0.240 0.053 0.007 0.001 9 T 0.277 0.288 0.211 0.149 0.064 0.011 0.001 10 T 0.466 0.307 0.143 0.063 0.018 0.003 0.001 11 D 0.533 0.342 0.085 0.031 0.008 0.001 0.001 12 G 0.229 0.410 0.199 0.116 0.037 0.008 0.001 13 W 0.048 0.122 0.210 0.305 0.234 0.077 0.005 14 I 0.039 0.128 0.201 0.287 0.237 0.103 0.005 15 P 0.055 0.193 0.313 0.261 0.128 0.046 0.004 16 V 0.022 0.048 0.105 0.235 0.325 0.231 0.033 17 P 0.057 0.203 0.259 0.242 0.168 0.064 0.007 18 F 0.028 0.076 0.156 0.310 0.251 0.157 0.023 19 S 0.171 0.333 0.223 0.143 0.092 0.034 0.004 20 K 0.044 0.173 0.254 0.290 0.151 0.074 0.014 21 V 0.007 0.013 0.031 0.095 0.323 0.411 0.121 22 M 0.009 0.046 0.094 0.209 0.309 0.289 0.045 23 Y 0.012 0.035 0.076 0.142 0.247 0.357 0.131 24 L 0.004 0.015 0.037 0.072 0.212 0.483 0.176 25 E 0.020 0.090 0.211 0.325 0.235 0.101 0.018 26 A 0.022 0.073 0.155 0.261 0.327 0.147 0.015 27 K 0.245 0.362 0.203 0.121 0.053 0.014 0.001 28 D 0.322 0.373 0.181 0.080 0.032 0.012 0.001 29 K 0.067 0.169 0.293 0.332 0.108 0.029 0.002 30 K 0.024 0.119 0.275 0.329 0.177 0.071 0.006 31 T 0.003 0.009 0.014 0.046 0.246 0.575 0.107 32 Y 0.007 0.048 0.152 0.332 0.269 0.172 0.020 33 V 0.003 0.009 0.016 0.034 0.134 0.585 0.220 34 N 0.006 0.039 0.155 0.290 0.296 0.175 0.040 35 A 0.010 0.033 0.086 0.174 0.368 0.289 0.040 36 E 0.162 0.385 0.229 0.134 0.071 0.017 0.001 37 E 0.440 0.374 0.102 0.053 0.022 0.007 0.001 38 L 0.191 0.219 0.256 0.209 0.098 0.025 0.002 39 T 0.294 0.366 0.213 0.088 0.029 0.010 0.001 40 G 0.099 0.178 0.256 0.269 0.151 0.043 0.003 41 T 0.073 0.174 0.285 0.257 0.157 0.049 0.004 42 H 0.031 0.069 0.105 0.191 0.304 0.272 0.028 43 K 0.065 0.232 0.301 0.260 0.110 0.030 0.001 44 Y 0.155 0.338 0.241 0.178 0.069 0.018 0.001 45 S 0.043 0.159 0.300 0.305 0.149 0.041 0.003 46 L 0.015 0.027 0.065 0.188 0.402 0.285 0.019 47 Q 0.140 0.449 0.250 0.109 0.044 0.008 0.001 48 E 0.214 0.466 0.190 0.098 0.027 0.004 0.001 49 F 0.012 0.031 0.077 0.204 0.419 0.245 0.012 50 E 0.047 0.157 0.287 0.317 0.162 0.029 0.001 51 Y 0.276 0.500 0.170 0.041 0.012 0.002 0.001 52 L 0.097 0.272 0.374 0.212 0.041 0.004 0.001 53 L 0.053 0.075 0.223 0.358 0.263 0.027 0.001 54 P 0.553 0.366 0.060 0.015 0.005 0.001 0.001 55 K 0.732 0.245 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 56 D 0.433 0.383 0.131 0.045 0.007 0.001 0.001 57 S 0.072 0.223 0.368 0.268 0.058 0.010 0.001 58 F 0.021 0.036 0.101 0.194 0.350 0.259 0.038 59 I 0.013 0.028 0.060 0.139 0.269 0.399 0.091 60 R 0.023 0.069 0.154 0.222 0.220 0.229 0.084 61 C 0.007 0.016 0.035 0.076 0.167 0.340 0.358 62 H 0.004 0.011 0.025 0.047 0.134 0.358 0.422 63 R 0.012 0.047 0.097 0.169 0.235 0.250 0.189 64 S 0.026 0.060 0.081 0.130 0.241 0.299 0.165 65 F 0.007 0.022 0.039 0.086 0.219 0.448 0.178 66 I 0.014 0.021 0.052 0.150 0.202 0.350 0.211 67 V 0.013 0.038 0.080 0.155 0.275 0.289 0.150 68 N 0.011 0.033 0.059 0.086 0.236 0.388 0.187 69 V 0.014 0.063 0.140 0.278 0.269 0.197 0.041 70 N 0.128 0.358 0.219 0.166 0.093 0.032 0.003 71 H 0.009 0.045 0.163 0.335 0.298 0.136 0.014 72 I 0.005 0.011 0.022 0.067 0.331 0.491 0.074 73 K 0.030 0.191 0.326 0.293 0.128 0.030 0.001 74 A 0.057 0.235 0.312 0.266 0.103 0.025 0.001 75 I 0.011 0.029 0.072 0.162 0.398 0.314 0.014 76 Y 0.088 0.193 0.303 0.282 0.111 0.022 0.001 77 P 0.244 0.325 0.287 0.115 0.023 0.006 0.001 78 D 0.343 0.264 0.230 0.131 0.028 0.004 0.001 79 T 0.616 0.251 0.084 0.035 0.012 0.003 0.001 80 H 0.314 0.353 0.188 0.097 0.040 0.008 0.001 81 S 0.254 0.387 0.186 0.109 0.053 0.010 0.001 82 T 0.034 0.204 0.289 0.265 0.157 0.047 0.004 83 F 0.003 0.021 0.043 0.140 0.423 0.340 0.030 84 L 0.002 0.031 0.140 0.382 0.271 0.164 0.009 85 L 0.001 0.004 0.008 0.020 0.119 0.687 0.161 86 S 0.003 0.031 0.164 0.369 0.271 0.147 0.016 87 M 0.005 0.025 0.086 0.222 0.366 0.274 0.022 88 D 0.071 0.258 0.328 0.237 0.090 0.015 0.001 89 N 0.517 0.365 0.070 0.030 0.015 0.003 0.001 90 G 0.413 0.390 0.123 0.054 0.016 0.003 0.001 91 E 0.419 0.405 0.112 0.047 0.015 0.002 0.001 92 R 0.112 0.349 0.301 0.169 0.055 0.013 0.001 93 V 0.029 0.052 0.116 0.228 0.391 0.172 0.013 94 P 0.029 0.126 0.269 0.314 0.179 0.077 0.005 95 V 0.022 0.044 0.091 0.159 0.264 0.341 0.080 96 S 0.022 0.059 0.118 0.180 0.288 0.275 0.058 97 Q 0.075 0.186 0.248 0.252 0.172 0.059 0.008 98 S 0.149 0.339 0.233 0.150 0.094 0.031 0.003 99 Y 0.037 0.098 0.178 0.274 0.264 0.136 0.013 100 A 0.046 0.107 0.201 0.281 0.249 0.110 0.006 101 S 0.377 0.415 0.146 0.046 0.012 0.003 0.001 102 Y 0.094 0.198 0.331 0.285 0.074 0.016 0.001 103 F 0.040 0.039 0.060 0.137 0.375 0.319 0.030 104 R 0.061 0.180 0.299 0.340 0.099 0.021 0.001 105 K 0.471 0.440 0.059 0.019 0.008 0.002 0.001 106 L 0.066 0.154 0.248 0.352 0.138 0.039 0.002 107 L 0.113 0.101 0.196 0.288 0.230 0.068 0.004 108 G 0.555 0.313 0.098 0.025 0.007 0.002 0.001 109 F 0.532 0.199 0.127 0.093 0.037 0.011 0.001