# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1090 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.494 0.253 0.145 0.057 0.028 0.013 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 2 K 0.321 0.235 0.168 0.108 0.086 0.043 0.019 0.010 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 3 S 0.133 0.125 0.115 0.159 0.177 0.115 0.073 0.039 0.028 0.016 0.014 0.003 0.002 0.001 4 V 0.026 0.033 0.050 0.093 0.153 0.132 0.146 0.147 0.100 0.057 0.035 0.017 0.006 0.004 5 V 0.007 0.004 0.007 0.016 0.026 0.054 0.074 0.224 0.155 0.163 0.134 0.075 0.051 0.011 6 T 0.010 0.013 0.020 0.046 0.073 0.088 0.108 0.153 0.136 0.125 0.082 0.090 0.035 0.022 7 L 0.013 0.006 0.009 0.017 0.029 0.050 0.064 0.117 0.154 0.215 0.155 0.115 0.043 0.013 8 K 0.037 0.052 0.091 0.145 0.153 0.142 0.131 0.078 0.080 0.039 0.030 0.014 0.005 0.004 9 T 0.099 0.080 0.094 0.136 0.143 0.153 0.093 0.055 0.065 0.040 0.028 0.008 0.002 0.002 10 T 0.245 0.201 0.173 0.140 0.115 0.055 0.029 0.016 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 11 D 0.429 0.264 0.133 0.082 0.040 0.021 0.013 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 12 G 0.357 0.255 0.173 0.085 0.066 0.031 0.016 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 13 W 0.167 0.130 0.148 0.123 0.153 0.104 0.082 0.055 0.020 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 14 I 0.118 0.077 0.086 0.133 0.175 0.153 0.118 0.068 0.032 0.022 0.011 0.004 0.002 0.001 15 P 0.114 0.092 0.121 0.142 0.183 0.117 0.089 0.064 0.039 0.020 0.010 0.006 0.002 0.001 16 V 0.079 0.032 0.050 0.084 0.121 0.140 0.110 0.129 0.087 0.086 0.034 0.028 0.016 0.003 17 P 0.103 0.105 0.123 0.210 0.162 0.105 0.080 0.046 0.034 0.016 0.008 0.005 0.002 0.001 18 F 0.046 0.037 0.051 0.114 0.146 0.194 0.127 0.083 0.083 0.067 0.033 0.013 0.004 0.002 19 S 0.131 0.150 0.141 0.162 0.131 0.102 0.080 0.047 0.028 0.012 0.010 0.003 0.002 0.001 20 K 0.079 0.109 0.137 0.144 0.160 0.127 0.093 0.053 0.042 0.025 0.020 0.006 0.002 0.002 21 V 0.012 0.014 0.023 0.053 0.111 0.147 0.146 0.157 0.146 0.085 0.059 0.025 0.016 0.006 22 M 0.018 0.015 0.026 0.053 0.071 0.100 0.165 0.148 0.143 0.097 0.077 0.047 0.023 0.015 23 Y 0.009 0.008 0.015 0.025 0.054 0.078 0.097 0.215 0.167 0.143 0.090 0.051 0.034 0.014 24 L 0.028 0.015 0.018 0.030 0.052 0.068 0.066 0.116 0.131 0.145 0.120 0.108 0.079 0.024 25 E 0.037 0.052 0.077 0.191 0.175 0.121 0.121 0.063 0.071 0.051 0.021 0.012 0.004 0.004 26 A 0.023 0.027 0.040 0.101 0.138 0.181 0.135 0.105 0.135 0.064 0.034 0.010 0.004 0.002 27 K 0.056 0.117 0.157 0.214 0.171 0.123 0.069 0.043 0.030 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 28 D 0.131 0.204 0.175 0.152 0.131 0.072 0.055 0.043 0.020 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 29 K 0.044 0.097 0.142 0.157 0.198 0.148 0.085 0.051 0.038 0.020 0.015 0.003 0.002 0.001 30 K 0.019 0.031 0.047 0.101 0.150 0.163 0.165 0.112 0.094 0.055 0.035 0.015 0.006 0.006 31 T 0.003 0.003 0.006 0.013 0.026 0.048 0.102 0.174 0.199 0.163 0.129 0.080 0.040 0.014 32 Y 0.002 0.005 0.009 0.020 0.037 0.054 0.081 0.236 0.157 0.134 0.130 0.065 0.047 0.022 33 V 0.003 0.001 0.002 0.003 0.006 0.013 0.019 0.047 0.092 0.176 0.192 0.249 0.132 0.066 34 N 0.005 0.006 0.010 0.028 0.050 0.053 0.096 0.151 0.195 0.178 0.092 0.079 0.032 0.026 35 A 0.006 0.006 0.009 0.021 0.034 0.072 0.089 0.131 0.174 0.153 0.171 0.077 0.041 0.017 36 E 0.051 0.078 0.105 0.141 0.139 0.152 0.127 0.072 0.059 0.029 0.027 0.010 0.004 0.003 37 E 0.177 0.171 0.148 0.121 0.133 0.079 0.061 0.042 0.034 0.017 0.012 0.003 0.001 0.001 38 L 0.142 0.149 0.156 0.154 0.150 0.108 0.062 0.038 0.022 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 39 T 0.262 0.202 0.167 0.122 0.103 0.061 0.036 0.023 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 40 G 0.223 0.113 0.104 0.130 0.152 0.099 0.070 0.052 0.029 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 41 T 0.216 0.149 0.138 0.128 0.120 0.088 0.071 0.050 0.022 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 42 H 0.067 0.050 0.067 0.118 0.166 0.185 0.136 0.082 0.056 0.041 0.021 0.008 0.003 0.001 43 K 0.163 0.141 0.180 0.148 0.148 0.095 0.059 0.030 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 44 Y 0.381 0.136 0.123 0.112 0.098 0.062 0.032 0.026 0.013 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 45 S 0.108 0.126 0.113 0.227 0.182 0.114 0.064 0.030 0.024 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 46 L 0.026 0.025 0.044 0.101 0.157 0.210 0.152 0.106 0.118 0.042 0.013 0.003 0.001 0.001 47 Q 0.489 0.269 0.126 0.072 0.026 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 E 0.463 0.307 0.160 0.040 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 F 0.016 0.016 0.034 0.100 0.240 0.256 0.162 0.109 0.052 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 50 E 0.114 0.189 0.217 0.243 0.142 0.045 0.030 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 51 Y 0.794 0.161 0.035 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.134 0.163 0.185 0.218 0.196 0.066 0.024 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 L 0.069 0.054 0.114 0.194 0.228 0.159 0.105 0.051 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 54 P 0.570 0.227 0.104 0.053 0.026 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 K 0.616 0.206 0.096 0.048 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 D 0.349 0.248 0.160 0.103 0.074 0.036 0.016 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 57 S 0.188 0.129 0.136 0.119 0.146 0.131 0.075 0.044 0.018 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 58 F 0.050 0.038 0.044 0.097 0.203 0.188 0.147 0.091 0.064 0.037 0.021 0.011 0.005 0.003 59 I 0.056 0.037 0.052 0.100 0.109 0.139 0.153 0.103 0.089 0.067 0.049 0.028 0.013 0.005 60 R 0.082 0.064 0.091 0.114 0.140 0.133 0.112 0.091 0.072 0.041 0.029 0.019 0.007 0.005 61 C 0.041 0.019 0.027 0.045 0.065 0.101 0.104 0.136 0.132 0.122 0.092 0.072 0.034 0.010 62 H 0.036 0.037 0.049 0.106 0.127 0.135 0.148 0.132 0.104 0.066 0.029 0.020 0.007 0.004 63 R 0.038 0.044 0.059 0.094 0.121 0.127 0.136 0.113 0.097 0.081 0.049 0.025 0.009 0.007 64 S 0.042 0.037 0.055 0.079 0.113 0.135 0.142 0.114 0.121 0.071 0.049 0.022 0.011 0.008 65 F 0.022 0.017 0.032 0.061 0.100 0.134 0.138 0.119 0.123 0.104 0.067 0.037 0.024 0.022 66 I 0.030 0.015 0.022 0.037 0.072 0.086 0.117 0.136 0.156 0.119 0.080 0.073 0.040 0.019 67 V 0.029 0.020 0.025 0.052 0.058 0.095 0.116 0.179 0.129 0.109 0.089 0.048 0.041 0.009 68 N 0.031 0.036 0.046 0.105 0.148 0.149 0.153 0.085 0.102 0.062 0.044 0.023 0.007 0.008 69 V 0.027 0.032 0.048 0.087 0.133 0.149 0.141 0.108 0.107 0.081 0.059 0.018 0.007 0.003 70 N 0.148 0.140 0.153 0.145 0.123 0.099 0.074 0.052 0.036 0.013 0.010 0.003 0.002 0.001 71 H 0.040 0.052 0.083 0.136 0.193 0.149 0.119 0.095 0.071 0.037 0.015 0.006 0.002 0.002 72 I 0.019 0.020 0.034 0.066 0.126 0.160 0.157 0.182 0.110 0.076 0.029 0.012 0.007 0.001 73 K 0.244 0.184 0.156 0.155 0.100 0.061 0.048 0.024 0.013 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 74 A 0.151 0.113 0.158 0.150 0.165 0.096 0.071 0.043 0.028 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 75 I 0.046 0.027 0.044 0.088 0.158 0.202 0.153 0.144 0.069 0.042 0.016 0.007 0.004 0.001 76 Y 0.151 0.149 0.167 0.215 0.156 0.077 0.045 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 77 P 0.443 0.138 0.112 0.117 0.094 0.047 0.023 0.010 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 78 D 0.288 0.221 0.164 0.171 0.091 0.035 0.016 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 79 T 0.446 0.241 0.157 0.075 0.036 0.023 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 H 0.299 0.205 0.185 0.113 0.104 0.049 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 81 S 0.261 0.158 0.141 0.132 0.122 0.082 0.047 0.024 0.012 0.008 0.009 0.001 0.001 0.001 82 T 0.070 0.093 0.091 0.145 0.188 0.123 0.095 0.071 0.060 0.034 0.018 0.008 0.003 0.002 83 F 0.007 0.005 0.010 0.025 0.040 0.071 0.118 0.247 0.164 0.145 0.087 0.049 0.024 0.007 84 L 0.005 0.011 0.019 0.040 0.075 0.094 0.111 0.218 0.136 0.112 0.083 0.056 0.026 0.015 85 L 0.005 0.002 0.004 0.008 0.012 0.030 0.039 0.071 0.104 0.207 0.198 0.191 0.091 0.037 86 S 0.015 0.020 0.041 0.089 0.137 0.116 0.142 0.126 0.134 0.081 0.041 0.033 0.011 0.012 87 M 0.016 0.012 0.016 0.041 0.058 0.122 0.113 0.128 0.145 0.136 0.125 0.053 0.025 0.010 88 D 0.091 0.129 0.144 0.203 0.166 0.106 0.071 0.035 0.035 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 89 N 0.280 0.227 0.146 0.147 0.085 0.045 0.028 0.015 0.013 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 90 G 0.475 0.279 0.152 0.047 0.023 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 E 0.428 0.254 0.136 0.075 0.050 0.029 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 R 0.211 0.182 0.165 0.124 0.163 0.070 0.043 0.021 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 93 V 0.073 0.055 0.078 0.115 0.162 0.163 0.132 0.110 0.048 0.035 0.019 0.006 0.003 0.001 94 P 0.156 0.087 0.092 0.119 0.140 0.116 0.101 0.073 0.051 0.028 0.019 0.013 0.003 0.002 95 V 0.047 0.030 0.039 0.081 0.107 0.123 0.108 0.138 0.111 0.101 0.059 0.036 0.014 0.004 96 S 0.078 0.059 0.060 0.109 0.126 0.144 0.120 0.090 0.097 0.053 0.033 0.020 0.007 0.003 97 Q 0.260 0.157 0.143 0.133 0.093 0.074 0.059 0.031 0.021 0.012 0.013 0.003 0.001 0.001 98 S 0.340 0.208 0.174 0.103 0.074 0.045 0.028 0.013 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 99 Y 0.071 0.072 0.122 0.156 0.195 0.171 0.100 0.054 0.039 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 100 A 0.093 0.105 0.159 0.194 0.211 0.115 0.056 0.035 0.019 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 101 S 0.676 0.203 0.068 0.030 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 Y 0.173 0.209 0.195 0.195 0.127 0.052 0.027 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 F 0.018 0.014 0.031 0.082 0.159 0.231 0.215 0.147 0.081 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 104 R 0.233 0.277 0.221 0.163 0.066 0.022 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 K 0.801 0.160 0.031 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 L 0.064 0.077 0.105 0.191 0.283 0.151 0.073 0.035 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 107 L 0.038 0.041 0.086 0.136 0.196 0.191 0.186 0.087 0.024 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 108 G 0.563 0.228 0.116 0.043 0.025 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 F 0.225 0.111 0.132 0.160 0.143 0.104 0.065 0.025 0.016 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001