# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1090 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.002 0.004 0.028 0.035 0.151 0.001 0.164 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.024 0.072 0.167 0.156 0.171 0.001 2 K 0.006 0.005 0.066 0.039 0.213 0.001 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.089 0.062 0.062 0.150 0.210 0.001 3 S 0.018 0.023 0.288 0.141 0.072 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.004 0.130 0.028 0.024 0.028 0.099 0.107 0.005 4 V 0.043 0.046 0.019 0.016 0.410 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.014 0.011 0.029 0.026 0.040 0.247 0.007 0.019 0.024 0.012 0.027 5 V 0.110 0.110 0.274 0.136 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.023 0.021 0.039 0.029 0.202 0.019 0.001 0.001 0.005 0.003 0.014 6 T 0.171 0.189 0.012 0.018 0.266 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.031 0.072 0.040 0.017 0.107 0.001 0.002 0.002 0.001 0.034 7 L 0.222 0.186 0.123 0.158 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.038 0.071 0.028 0.093 0.009 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 8 K 0.191 0.202 0.032 0.074 0.325 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.016 0.044 0.014 0.023 0.045 0.002 0.002 0.004 0.004 0.007 9 T 0.128 0.082 0.152 0.298 0.114 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 0.018 0.004 0.090 0.019 0.008 0.004 0.022 0.037 0.003 10 T 0.044 0.059 0.050 0.155 0.390 0.001 0.025 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.008 0.003 0.025 0.017 0.098 0.021 0.035 0.058 0.002 11 D 0.039 0.034 0.067 0.052 0.264 0.005 0.254 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.001 0.031 0.038 0.080 0.038 0.022 0.061 0.002 12 G 0.027 0.047 0.180 0.307 0.047 0.003 0.089 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.038 0.005 0.034 0.078 0.056 0.071 0.005 13 W 0.018 0.018 0.009 0.008 0.742 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.008 0.001 0.005 0.092 0.007 0.014 0.035 0.017 0.003 14 I 0.008 0.006 0.678 0.236 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.052 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.001 15 P 0.003 0.003 0.001 0.001 0.908 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.001 0.005 0.005 0.005 0.001 16 V 0.004 0.002 0.496 0.264 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.133 0.001 0.001 0.001 0.039 0.053 0.001 17 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.323 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.012 0.004 0.092 0.523 0.001 18 F 0.001 0.001 0.016 0.011 0.008 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.418 0.004 0.508 0.005 0.008 0.010 0.001 19 S 0.005 0.006 0.015 0.016 0.019 0.004 0.542 0.114 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.010 0.007 0.198 0.010 0.006 0.036 0.001 20 K 0.050 0.074 0.036 0.039 0.078 0.017 0.460 0.083 0.001 0.001 0.003 0.002 0.013 0.005 0.012 0.011 0.035 0.051 0.013 0.014 0.003 21 V 0.094 0.221 0.010 0.013 0.354 0.001 0.025 0.036 0.001 0.001 0.005 0.010 0.016 0.045 0.016 0.116 0.006 0.011 0.005 0.009 0.005 22 M 0.363 0.422 0.064 0.043 0.016 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.006 0.004 0.023 0.010 0.031 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 23 Y 0.364 0.415 0.009 0.013 0.048 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.023 0.016 0.041 0.029 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 24 L 0.369 0.419 0.016 0.021 0.026 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.015 0.019 0.046 0.029 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 25 E 0.242 0.432 0.037 0.059 0.059 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.018 0.017 0.041 0.029 0.020 0.014 0.002 0.003 0.004 0.002 0.015 26 A 0.253 0.239 0.036 0.073 0.204 0.001 0.004 0.003 0.005 0.001 0.013 0.013 0.030 0.016 0.027 0.034 0.014 0.005 0.011 0.009 0.007 27 K 0.118 0.146 0.113 0.204 0.135 0.001 0.030 0.002 0.006 0.003 0.005 0.006 0.017 0.009 0.078 0.017 0.050 0.011 0.016 0.029 0.004 28 D 0.094 0.124 0.051 0.083 0.350 0.001 0.081 0.001 0.004 0.003 0.003 0.002 0.007 0.002 0.018 0.030 0.046 0.038 0.020 0.040 0.003 29 K 0.124 0.158 0.153 0.120 0.172 0.002 0.049 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.012 0.004 0.034 0.030 0.022 0.043 0.024 0.036 0.006 30 K 0.206 0.328 0.063 0.044 0.158 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.013 0.009 0.033 0.012 0.028 0.034 0.003 0.011 0.007 0.005 0.036 31 T 0.381 0.379 0.038 0.016 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.017 0.039 0.014 0.014 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 32 Y 0.380 0.426 0.022 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.019 0.047 0.015 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 33 V 0.438 0.344 0.004 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.037 0.077 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 34 N 0.376 0.455 0.009 0.021 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.024 0.055 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 35 A 0.376 0.368 0.014 0.062 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.021 0.039 0.007 0.009 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 36 E 0.243 0.221 0.063 0.159 0.169 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 0.025 0.007 0.048 0.011 0.017 0.003 0.003 0.008 0.003 37 E 0.115 0.115 0.048 0.086 0.334 0.003 0.108 0.004 0.002 0.001 0.007 0.006 0.021 0.002 0.020 0.026 0.021 0.027 0.016 0.034 0.004 38 L 0.084 0.080 0.193 0.159 0.171 0.002 0.052 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.007 0.001 0.036 0.009 0.032 0.074 0.035 0.051 0.003 39 T 0.092 0.100 0.096 0.081 0.360 0.003 0.030 0.009 0.001 0.001 0.008 0.004 0.014 0.002 0.021 0.027 0.036 0.035 0.031 0.045 0.007 40 G 0.134 0.204 0.189 0.198 0.083 0.003 0.011 0.012 0.001 0.001 0.014 0.008 0.022 0.004 0.032 0.007 0.012 0.015 0.020 0.020 0.009 41 T 0.183 0.211 0.047 0.054 0.275 0.001 0.007 0.015 0.001 0.001 0.031 0.016 0.048 0.008 0.021 0.030 0.012 0.007 0.011 0.008 0.014 42 H 0.170 0.199 0.152 0.231 0.058 0.001 0.006 0.016 0.001 0.001 0.020 0.015 0.039 0.006 0.039 0.005 0.009 0.004 0.008 0.011 0.009 43 K 0.127 0.195 0.027 0.052 0.317 0.002 0.012 0.056 0.001 0.001 0.019 0.018 0.037 0.008 0.015 0.027 0.034 0.014 0.012 0.015 0.011 44 Y 0.094 0.102 0.138 0.177 0.047 0.012 0.022 0.146 0.002 0.001 0.011 0.011 0.042 0.006 0.040 0.008 0.062 0.016 0.020 0.039 0.004 45 S 0.014 0.021 0.007 0.014 0.516 0.002 0.027 0.163 0.005 0.001 0.003 0.003 0.006 0.002 0.006 0.044 0.031 0.040 0.038 0.058 0.001 46 L 0.006 0.006 0.029 0.031 0.011 0.002 0.012 0.280 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.002 0.475 0.009 0.022 0.030 0.001 47 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.018 0.013 0.822 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.132 0.001 0.001 0.003 0.001 48 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.065 0.899 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 49 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.012 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.004 0.001 0.003 0.001 50 E 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.018 0.081 0.773 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.090 0.004 0.002 0.003 0.001 51 Y 0.002 0.003 0.006 0.010 0.006 0.115 0.199 0.495 0.090 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.008 0.004 0.007 0.001 52 L 0.002 0.001 0.002 0.004 0.049 0.010 0.332 0.072 0.033 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.308 0.100 0.029 0.020 0.001 53 L 0.001 0.001 0.017 0.010 0.008 0.001 0.047 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.037 0.112 0.272 0.471 0.001 54 P 0.001 0.001 0.003 0.001 0.027 0.001 0.009 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.181 0.074 0.154 0.519 0.001 55 K 0.001 0.001 0.010 0.008 0.009 0.003 0.076 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.006 0.663 0.024 0.062 0.098 0.001 56 D 0.001 0.001 0.007 0.005 0.020 0.005 0.526 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.172 0.064 0.057 0.079 0.001 57 S 0.004 0.005 0.051 0.028 0.044 0.010 0.229 0.050 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.006 0.044 0.054 0.093 0.210 0.095 0.066 0.002 58 F 0.017 0.028 0.027 0.020 0.248 0.001 0.037 0.054 0.001 0.001 0.006 0.008 0.014 0.036 0.061 0.212 0.040 0.048 0.059 0.075 0.006 59 I 0.130 0.146 0.179 0.100 0.047 0.003 0.014 0.040 0.001 0.001 0.014 0.012 0.035 0.027 0.162 0.019 0.024 0.007 0.013 0.014 0.011 60 R 0.163 0.170 0.044 0.072 0.119 0.006 0.008 0.060 0.003 0.001 0.042 0.034 0.064 0.076 0.036 0.043 0.015 0.008 0.010 0.009 0.018 61 C 0.146 0.254 0.031 0.043 0.173 0.001 0.013 0.032 0.002 0.001 0.012 0.020 0.057 0.080 0.055 0.035 0.016 0.006 0.006 0.007 0.012 62 H 0.117 0.136 0.073 0.103 0.067 0.001 0.018 0.034 0.005 0.002 0.023 0.021 0.041 0.075 0.156 0.042 0.023 0.014 0.021 0.021 0.008 63 R 0.099 0.135 0.033 0.058 0.116 0.005 0.030 0.028 0.008 0.002 0.010 0.014 0.034 0.066 0.066 0.042 0.177 0.019 0.011 0.034 0.015 64 S 0.085 0.123 0.023 0.032 0.105 0.012 0.162 0.069 0.006 0.002 0.022 0.017 0.044 0.055 0.041 0.090 0.028 0.033 0.019 0.021 0.013 65 F 0.111 0.171 0.097 0.069 0.086 0.005 0.025 0.051 0.003 0.001 0.013 0.010 0.048 0.057 0.083 0.034 0.045 0.040 0.016 0.019 0.018 66 I 0.119 0.138 0.044 0.030 0.085 0.004 0.018 0.122 0.003 0.001 0.042 0.035 0.074 0.071 0.041 0.055 0.026 0.014 0.024 0.014 0.038 67 V 0.123 0.123 0.081 0.057 0.046 0.003 0.017 0.078 0.002 0.001 0.015 0.020 0.098 0.093 0.112 0.031 0.038 0.013 0.010 0.019 0.018 68 N 0.039 0.058 0.024 0.048 0.214 0.001 0.010 0.095 0.019 0.002 0.021 0.015 0.013 0.020 0.039 0.094 0.023 0.025 0.091 0.145 0.002 69 V 0.003 0.002 0.006 0.009 0.005 0.001 0.002 0.037 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.051 0.002 0.858 0.004 0.004 0.007 0.001 70 N 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.055 0.082 0.780 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.003 0.001 0.002 0.001 71 H 0.003 0.004 0.002 0.003 0.009 0.038 0.136 0.721 0.009 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.036 0.022 0.004 0.004 0.001 72 I 0.004 0.012 0.003 0.005 0.068 0.002 0.042 0.678 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.009 0.015 0.088 0.030 0.010 0.019 0.001 73 K 0.019 0.021 0.032 0.027 0.024 0.059 0.127 0.498 0.026 0.005 0.002 0.002 0.004 0.003 0.018 0.005 0.090 0.016 0.005 0.015 0.001 74 A 0.026 0.038 0.030 0.065 0.062 0.090 0.121 0.256 0.114 0.030 0.004 0.002 0.008 0.003 0.007 0.006 0.059 0.030 0.017 0.028 0.004 75 I 0.015 0.017 0.014 0.023 0.277 0.004 0.110 0.054 0.016 0.012 0.002 0.003 0.004 0.004 0.023 0.025 0.199 0.065 0.057 0.072 0.003 76 Y 0.005 0.006 0.118 0.085 0.021 0.003 0.025 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.007 0.055 0.041 0.173 0.400 0.001 77 P 0.002 0.003 0.008 0.008 0.250 0.004 0.029 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.043 0.244 0.075 0.069 0.232 0.001 78 D 0.004 0.003 0.099 0.086 0.053 0.005 0.205 0.028 0.005 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.045 0.010 0.153 0.048 0.115 0.131 0.001 79 T 0.007 0.006 0.072 0.070 0.117 0.002 0.096 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 0.229 0.066 0.121 0.179 0.001 80 H 0.013 0.016 0.056 0.056 0.238 0.002 0.138 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.017 0.189 0.075 0.050 0.122 0.001 81 S 0.058 0.123 0.106 0.134 0.185 0.002 0.171 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.007 0.003 0.023 0.014 0.057 0.054 0.018 0.032 0.004 82 T 0.268 0.376 0.059 0.048 0.149 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.015 0.003 0.010 0.015 0.003 0.007 0.004 0.004 0.011 83 F 0.314 0.518 0.046 0.036 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.021 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 84 L 0.399 0.524 0.003 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.008 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 85 L 0.454 0.471 0.010 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.009 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 86 S 0.416 0.501 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.013 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 87 M 0.434 0.435 0.016 0.061 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 88 D 0.397 0.240 0.028 0.098 0.170 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.024 0.001 0.006 0.005 0.004 0.001 0.002 0.004 0.002 89 N 0.128 0.167 0.041 0.180 0.298 0.001 0.048 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.008 0.001 0.013 0.006 0.037 0.014 0.012 0.031 0.003 90 G 0.019 0.023 0.019 0.017 0.420 0.001 0.306 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.033 0.024 0.087 0.014 0.018 0.001 91 E 0.014 0.011 0.534 0.263 0.014 0.002 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 0.001 0.007 0.024 0.040 0.042 0.001 92 R 0.007 0.006 0.006 0.006 0.842 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.031 0.007 0.021 0.034 0.027 0.002 93 V 0.014 0.011 0.473 0.274 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.108 0.002 0.004 0.003 0.040 0.052 0.001 94 P 0.016 0.016 0.015 0.024 0.494 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 0.006 0.008 0.006 0.010 0.143 0.045 0.017 0.062 0.124 0.003 95 V 0.019 0.019 0.097 0.088 0.107 0.002 0.052 0.030 0.001 0.001 0.008 0.010 0.027 0.016 0.242 0.036 0.113 0.032 0.043 0.053 0.004 96 S 0.014 0.019 0.039 0.056 0.099 0.002 0.075 0.208 0.001 0.001 0.005 0.006 0.014 0.011 0.058 0.041 0.077 0.033 0.114 0.125 0.002 97 Q 0.007 0.006 0.028 0.024 0.025 0.004 0.020 0.136 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.047 0.006 0.633 0.014 0.012 0.029 0.001 98 S 0.002 0.003 0.003 0.005 0.011 0.019 0.120 0.746 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.055 0.007 0.004 0.013 0.001 99 Y 0.002 0.002 0.003 0.004 0.022 0.005 0.107 0.667 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.091 0.046 0.016 0.018 0.001 100 A 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.020 0.779 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.154 0.006 0.007 0.015 0.001 101 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.016 0.845 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.002 0.001 0.002 0.001 102 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.038 0.935 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 103 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.915 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.004 0.001 0.002 0.001 104 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.019 0.922 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.002 0.001 0.002 0.001 105 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.094 0.787 0.043 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 106 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.180 0.053 0.236 0.191 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.277 0.034 0.007 0.002 0.001 107 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.010 0.507 0.042 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.086 0.099 0.074 0.158 0.001 108 G 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.008 0.078 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.084 0.664 0.069 0.056 0.001 109 F 0.001 0.001 0.011 0.005 0.025 0.005 0.048 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.057 0.110 0.052 0.347 0.293 0.001