# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1090 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.002 0.008 0.601 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.007 0.194 0.080 0.044 0.046 2 K 0.005 0.013 0.571 0.022 0.026 0.002 0.001 0.001 0.010 0.157 0.083 0.021 0.089 3 S 0.012 0.010 0.350 0.057 0.022 0.003 0.004 0.001 0.029 0.120 0.058 0.279 0.054 4 V 0.089 0.006 0.143 0.030 0.011 0.002 0.029 0.007 0.063 0.017 0.010 0.023 0.569 5 V 0.266 0.003 0.042 0.021 0.001 0.001 0.046 0.019 0.100 0.005 0.001 0.452 0.045 6 T 0.365 0.003 0.019 0.006 0.001 0.001 0.106 0.021 0.051 0.002 0.001 0.049 0.376 7 L 0.349 0.006 0.032 0.027 0.001 0.001 0.110 0.022 0.049 0.004 0.001 0.237 0.160 8 K 0.233 0.005 0.083 0.016 0.001 0.001 0.021 0.012 0.071 0.014 0.004 0.201 0.337 9 T 0.059 0.016 0.193 0.051 0.009 0.003 0.010 0.004 0.036 0.107 0.115 0.116 0.280 10 T 0.007 0.004 0.136 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.005 0.170 0.568 0.051 0.042 11 D 0.003 0.004 0.054 0.016 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.273 0.624 0.007 0.010 12 G 0.004 0.028 0.154 0.004 0.013 0.002 0.001 0.001 0.005 0.366 0.217 0.188 0.016 13 W 0.040 0.021 0.282 0.007 0.006 0.001 0.007 0.001 0.015 0.032 0.007 0.006 0.576 14 I 0.011 0.004 0.037 0.008 0.001 0.001 0.004 0.001 0.012 0.007 0.001 0.909 0.006 15 P 0.016 0.005 0.039 0.002 0.001 0.001 0.011 0.001 0.009 0.005 0.002 0.003 0.907 16 V 0.014 0.013 0.182 0.011 0.001 0.001 0.005 0.001 0.022 0.021 0.001 0.715 0.014 17 P 0.003 0.002 0.657 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.016 0.001 0.012 0.289 18 F 0.002 0.002 0.229 0.043 0.331 0.079 0.001 0.001 0.008 0.028 0.183 0.023 0.070 19 S 0.010 0.002 0.075 0.154 0.420 0.047 0.001 0.001 0.010 0.048 0.176 0.027 0.029 20 K 0.086 0.003 0.077 0.031 0.250 0.075 0.003 0.001 0.015 0.087 0.086 0.105 0.183 21 V 0.244 0.005 0.080 0.016 0.010 0.032 0.024 0.008 0.043 0.011 0.027 0.037 0.462 22 M 0.551 0.002 0.008 0.009 0.001 0.007 0.069 0.008 0.013 0.001 0.003 0.282 0.046 23 Y 0.908 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.003 0.002 0.001 0.001 0.029 0.032 24 L 0.825 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.038 0.002 0.002 0.001 0.001 0.055 0.064 25 E 0.655 0.001 0.005 0.015 0.001 0.002 0.015 0.003 0.005 0.001 0.001 0.161 0.135 26 A 0.276 0.002 0.026 0.015 0.002 0.003 0.008 0.001 0.005 0.008 0.014 0.113 0.527 27 K 0.106 0.002 0.077 0.101 0.007 0.002 0.002 0.001 0.004 0.061 0.302 0.192 0.144 28 D 0.025 0.001 0.032 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.173 0.660 0.044 0.035 29 K 0.041 0.003 0.112 0.030 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.317 0.334 0.076 0.076 30 K 0.205 0.006 0.153 0.032 0.003 0.001 0.016 0.001 0.011 0.059 0.031 0.146 0.336 31 T 0.762 0.001 0.010 0.009 0.001 0.001 0.031 0.005 0.016 0.001 0.001 0.054 0.110 32 Y 0.713 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.109 0.008 0.007 0.001 0.001 0.093 0.060 33 V 0.662 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.158 0.012 0.007 0.001 0.001 0.058 0.094 34 N 0.638 0.001 0.006 0.008 0.001 0.001 0.059 0.018 0.022 0.001 0.001 0.130 0.117 35 A 0.338 0.002 0.048 0.021 0.001 0.001 0.028 0.011 0.041 0.010 0.005 0.123 0.371 36 E 0.101 0.004 0.143 0.053 0.010 0.002 0.010 0.002 0.020 0.086 0.174 0.194 0.202 37 E 0.038 0.005 0.102 0.046 0.013 0.002 0.001 0.001 0.008 0.217 0.448 0.050 0.069 38 L 0.035 0.009 0.150 0.010 0.015 0.003 0.001 0.001 0.004 0.364 0.211 0.135 0.063 39 T 0.100 0.019 0.213 0.020 0.012 0.010 0.006 0.001 0.010 0.092 0.076 0.056 0.386 40 G 0.262 0.019 0.073 0.021 0.012 0.021 0.024 0.002 0.012 0.028 0.025 0.360 0.140 41 T 0.418 0.007 0.046 0.017 0.007 0.017 0.026 0.003 0.010 0.010 0.011 0.067 0.360 42 H 0.249 0.007 0.058 0.025 0.010 0.032 0.028 0.002 0.012 0.018 0.017 0.411 0.131 43 K 0.142 0.010 0.144 0.021 0.010 0.066 0.017 0.002 0.019 0.052 0.053 0.073 0.391 44 Y 0.063 0.022 0.278 0.011 0.008 0.087 0.004 0.001 0.017 0.190 0.040 0.206 0.074 45 S 0.014 0.008 0.639 0.002 0.005 0.057 0.001 0.001 0.007 0.072 0.009 0.028 0.160 46 L 0.001 0.001 0.064 0.003 0.030 0.841 0.001 0.001 0.001 0.012 0.033 0.002 0.012 47 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.040 0.935 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 48 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.071 0.911 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.006 49 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.002 50 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.108 0.848 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.003 51 Y 0.002 0.001 0.006 0.001 0.081 0.748 0.001 0.001 0.001 0.005 0.143 0.003 0.009 52 L 0.004 0.009 0.072 0.002 0.033 0.566 0.001 0.001 0.003 0.041 0.239 0.010 0.022 53 L 0.001 0.015 0.502 0.001 0.012 0.111 0.001 0.001 0.003 0.215 0.108 0.020 0.010 54 P 0.001 0.002 0.733 0.001 0.011 0.040 0.001 0.001 0.001 0.101 0.103 0.002 0.005 55 K 0.001 0.006 0.141 0.002 0.083 0.134 0.001 0.001 0.001 0.118 0.514 0.001 0.001 56 D 0.001 0.008 0.284 0.003 0.123 0.096 0.001 0.001 0.002 0.256 0.220 0.003 0.005 57 S 0.001 0.013 0.273 0.006 0.180 0.215 0.001 0.001 0.015 0.146 0.129 0.006 0.014 58 F 0.011 0.046 0.244 0.009 0.074 0.267 0.006 0.004 0.057 0.075 0.111 0.019 0.076 59 I 0.061 0.060 0.146 0.017 0.040 0.283 0.020 0.013 0.054 0.041 0.037 0.081 0.148 60 R 0.122 0.026 0.055 0.013 0.026 0.267 0.023 0.017 0.051 0.031 0.031 0.243 0.096 61 C 0.075 0.016 0.065 0.036 0.020 0.260 0.029 0.010 0.029 0.020 0.072 0.034 0.334 62 H 0.074 0.006 0.127 0.228 0.028 0.203 0.007 0.005 0.031 0.054 0.071 0.126 0.040 63 R 0.051 0.005 0.112 0.056 0.035 0.254 0.008 0.003 0.032 0.095 0.176 0.041 0.132 64 S 0.072 0.007 0.163 0.048 0.043 0.253 0.018 0.012 0.062 0.065 0.095 0.043 0.121 65 F 0.145 0.009 0.061 0.017 0.025 0.276 0.054 0.029 0.052 0.037 0.032 0.210 0.052 66 I 0.218 0.018 0.053 0.009 0.018 0.149 0.081 0.074 0.060 0.020 0.030 0.033 0.237 67 V 0.237 0.022 0.095 0.018 0.012 0.148 0.040 0.031 0.036 0.041 0.027 0.248 0.044 68 N 0.106 0.015 0.296 0.016 0.012 0.121 0.006 0.009 0.061 0.065 0.027 0.039 0.229 69 V 0.011 0.003 0.156 0.030 0.058 0.493 0.002 0.001 0.009 0.048 0.135 0.018 0.037 70 N 0.018 0.004 0.083 0.036 0.139 0.408 0.001 0.001 0.010 0.077 0.175 0.014 0.032 71 H 0.041 0.006 0.087 0.013 0.169 0.430 0.002 0.001 0.012 0.060 0.062 0.048 0.070 72 I 0.035 0.009 0.149 0.020 0.113 0.292 0.005 0.002 0.025 0.026 0.118 0.009 0.196 73 K 0.035 0.006 0.082 0.038 0.115 0.338 0.014 0.003 0.019 0.036 0.097 0.190 0.027 74 A 0.211 0.017 0.066 0.008 0.039 0.116 0.025 0.024 0.077 0.032 0.046 0.057 0.281 75 I 0.159 0.038 0.257 0.022 0.007 0.047 0.021 0.010 0.036 0.074 0.031 0.135 0.163 76 Y 0.023 0.013 0.601 0.010 0.004 0.007 0.002 0.002 0.026 0.056 0.011 0.184 0.062 77 P 0.002 0.011 0.520 0.005 0.027 0.015 0.001 0.001 0.011 0.078 0.154 0.011 0.166 78 D 0.001 0.006 0.240 0.011 0.036 0.006 0.001 0.001 0.003 0.119 0.541 0.020 0.015 79 T 0.001 0.006 0.128 0.003 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.364 0.435 0.016 0.016 80 H 0.001 0.005 0.109 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.335 0.501 0.012 0.023 81 S 0.010 0.013 0.155 0.016 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.275 0.400 0.070 0.052 82 T 0.144 0.008 0.177 0.027 0.003 0.001 0.003 0.001 0.007 0.037 0.031 0.104 0.458 83 F 0.648 0.001 0.012 0.010 0.001 0.001 0.019 0.001 0.007 0.001 0.001 0.123 0.178 84 L 0.824 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.059 85 L 0.855 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.046 86 S 0.827 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.058 0.097 87 M 0.490 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.088 0.400 88 D 0.176 0.003 0.041 0.116 0.002 0.001 0.005 0.001 0.005 0.055 0.193 0.302 0.100 89 N 0.003 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.899 0.012 0.007 90 G 0.007 0.011 0.100 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.486 0.343 0.010 0.034 91 E 0.003 0.012 0.131 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.052 0.009 0.769 0.016 92 R 0.029 0.015 0.041 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.005 0.003 0.003 0.895 93 V 0.007 0.002 0.053 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.901 0.008 94 P 0.009 0.003 0.112 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.008 0.002 0.012 0.842 95 V 0.031 0.023 0.302 0.010 0.016 0.051 0.009 0.001 0.013 0.039 0.019 0.324 0.163 96 S 0.008 0.004 0.565 0.009 0.030 0.132 0.001 0.001 0.008 0.062 0.027 0.052 0.101 97 Q 0.002 0.002 0.022 0.002 0.269 0.601 0.001 0.001 0.001 0.025 0.060 0.004 0.012 98 S 0.001 0.002 0.025 0.001 0.087 0.797 0.001 0.001 0.001 0.014 0.065 0.002 0.006 99 Y 0.001 0.001 0.011 0.001 0.027 0.941 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.001 0.002 100 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 101 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 102 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 103 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 104 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 105 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 106 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.902 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 107 L 0.001 0.004 0.022 0.001 0.013 0.567 0.001 0.001 0.001 0.024 0.366 0.001 0.002 108 G 0.001 0.002 0.144 0.001 0.005 0.056 0.001 0.001 0.002 0.055 0.733 0.001 0.001 109 F 0.001 0.008 0.742 0.001 0.005 0.017 0.001 0.001 0.003 0.164 0.056 0.001 0.002