# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1090 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.023 0.037 0.103 0.081 0.002 0.014 0.006 0.006 0.401 0.156 0.005 0.007 0.008 0.001 0.003 0.147 2 K 0.628 0.055 0.065 0.175 0.001 0.035 0.001 0.005 0.009 0.001 0.009 0.005 0.006 0.001 0.002 0.005 3 S 0.015 0.305 0.253 0.409 0.001 0.009 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 4 V 0.012 0.014 0.134 0.833 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 V 0.001 0.004 0.147 0.847 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 T 0.001 0.001 0.005 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.001 0.001 0.002 0.981 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 K 0.001 0.017 0.002 0.795 0.084 0.096 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 T 0.001 0.022 0.001 0.142 0.185 0.557 0.001 0.045 0.001 0.002 0.041 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 10 T 0.001 0.169 0.003 0.036 0.291 0.055 0.011 0.080 0.016 0.010 0.282 0.035 0.001 0.008 0.002 0.001 11 D 0.020 0.168 0.019 0.074 0.002 0.017 0.002 0.354 0.034 0.008 0.023 0.078 0.003 0.001 0.192 0.005 12 G 0.032 0.043 0.162 0.057 0.001 0.017 0.003 0.001 0.304 0.043 0.009 0.012 0.009 0.001 0.003 0.303 13 W 0.529 0.043 0.264 0.133 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.009 14 I 0.011 0.024 0.586 0.364 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 15 P 0.002 0.012 0.088 0.887 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 16 V 0.001 0.006 0.044 0.943 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 P 0.001 0.001 0.002 0.017 0.054 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 F 0.001 0.002 0.001 0.005 0.003 0.022 0.001 0.011 0.001 0.001 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 S 0.001 0.387 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.002 0.596 0.001 0.001 0.001 0.001 20 K 0.048 0.040 0.307 0.206 0.001 0.020 0.003 0.001 0.025 0.001 0.004 0.019 0.026 0.001 0.003 0.295 21 V 0.055 0.001 0.864 0.014 0.001 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.003 22 M 0.002 0.339 0.189 0.454 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 23 Y 0.001 0.002 0.008 0.977 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 24 L 0.002 0.014 0.179 0.774 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 25 E 0.001 0.009 0.010 0.850 0.034 0.087 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 26 A 0.001 0.011 0.003 0.088 0.765 0.067 0.013 0.011 0.001 0.001 0.027 0.002 0.003 0.008 0.001 0.001 27 K 0.001 0.065 0.005 0.052 0.125 0.045 0.012 0.562 0.007 0.005 0.048 0.021 0.004 0.013 0.033 0.002 28 D 0.009 0.060 0.013 0.031 0.006 0.023 0.017 0.133 0.317 0.125 0.055 0.033 0.019 0.008 0.108 0.044 29 K 0.158 0.311 0.119 0.067 0.001 0.003 0.002 0.013 0.137 0.006 0.007 0.013 0.005 0.001 0.015 0.143 30 K 0.326 0.022 0.507 0.115 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 31 T 0.021 0.003 0.905 0.066 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 Y 0.001 0.011 0.054 0.930 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 V 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 N 0.001 0.005 0.005 0.913 0.036 0.039 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 A 0.001 0.005 0.001 0.137 0.135 0.687 0.001 0.011 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 E 0.001 0.235 0.001 0.108 0.098 0.064 0.002 0.134 0.007 0.005 0.302 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 37 E 0.009 0.216 0.010 0.138 0.006 0.068 0.002 0.113 0.074 0.025 0.034 0.259 0.006 0.001 0.033 0.006 38 L 0.047 0.038 0.156 0.045 0.057 0.043 0.168 0.006 0.061 0.050 0.093 0.045 0.069 0.053 0.007 0.062 39 T 0.166 0.092 0.212 0.115 0.002 0.027 0.003 0.144 0.003 0.001 0.026 0.038 0.047 0.001 0.114 0.009 40 G 0.019 0.023 0.129 0.139 0.004 0.116 0.009 0.002 0.079 0.093 0.055 0.035 0.158 0.005 0.003 0.129 41 T 0.140 0.122 0.122 0.248 0.010 0.060 0.009 0.005 0.002 0.001 0.045 0.065 0.147 0.006 0.006 0.013 42 H 0.009 0.058 0.105 0.313 0.008 0.142 0.021 0.010 0.004 0.004 0.030 0.091 0.179 0.006 0.006 0.014 43 K 0.010 0.072 0.145 0.272 0.007 0.118 0.013 0.010 0.006 0.002 0.031 0.027 0.253 0.002 0.010 0.022 44 Y 0.011 0.071 0.118 0.592 0.002 0.017 0.003 0.005 0.003 0.003 0.028 0.034 0.098 0.001 0.002 0.013 45 S 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.843 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.024 0.115 0.001 0.001 0.001 46 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.005 0.052 0.001 0.001 0.001 47 Q 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.920 0.060 0.001 0.002 0.001 48 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.986 0.001 0.001 0.005 49 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 50 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.979 0.007 0.001 0.002 51 Y 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.006 0.008 0.012 52 L 0.002 0.016 0.077 0.041 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.290 0.026 0.009 0.527 53 L 0.078 0.012 0.373 0.070 0.002 0.025 0.033 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.241 0.008 0.028 0.122 54 P 0.007 0.008 0.051 0.004 0.029 0.676 0.024 0.004 0.001 0.001 0.042 0.003 0.108 0.027 0.003 0.013 55 K 0.006 0.058 0.002 0.008 0.006 0.019 0.004 0.018 0.001 0.001 0.786 0.031 0.020 0.029 0.009 0.004 56 D 0.003 0.072 0.014 0.007 0.001 0.010 0.007 0.006 0.010 0.003 0.017 0.740 0.032 0.004 0.062 0.013 57 S 0.025 0.023 0.244 0.021 0.001 0.009 0.009 0.001 0.008 0.002 0.029 0.032 0.278 0.002 0.016 0.301 58 F 0.170 0.021 0.413 0.071 0.001 0.017 0.010 0.001 0.004 0.001 0.014 0.049 0.156 0.005 0.003 0.066 59 I 0.015 0.032 0.642 0.148 0.001 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.003 0.012 0.114 0.001 0.007 0.007 60 R 0.002 0.006 0.068 0.405 0.033 0.280 0.018 0.002 0.001 0.002 0.011 0.004 0.153 0.005 0.001 0.010 61 C 0.008 0.028 0.015 0.300 0.021 0.126 0.009 0.033 0.002 0.001 0.185 0.039 0.217 0.010 0.004 0.003 62 H 0.002 0.104 0.007 0.168 0.005 0.127 0.007 0.025 0.021 0.008 0.061 0.265 0.179 0.005 0.011 0.006 63 R 0.013 0.023 0.022 0.054 0.002 0.019 0.008 0.005 0.008 0.006 0.129 0.047 0.636 0.006 0.008 0.014 64 S 0.018 0.038 0.080 0.079 0.002 0.020 0.006 0.003 0.003 0.001 0.022 0.109 0.579 0.009 0.011 0.020 65 F 0.014 0.013 0.144 0.186 0.001 0.014 0.008 0.001 0.002 0.001 0.026 0.044 0.493 0.002 0.009 0.044 66 I 0.005 0.007 0.087 0.082 0.024 0.030 0.099 0.001 0.001 0.001 0.009 0.017 0.598 0.022 0.003 0.015 67 V 0.002 0.025 0.060 0.294 0.016 0.023 0.020 0.041 0.001 0.001 0.023 0.008 0.450 0.016 0.013 0.006 68 N 0.001 0.005 0.004 0.025 0.005 0.391 0.011 0.009 0.009 0.021 0.026 0.040 0.436 0.007 0.004 0.008 69 V 0.005 0.009 0.003 0.009 0.002 0.011 0.006 0.004 0.003 0.001 0.616 0.033 0.280 0.011 0.005 0.003 70 N 0.007 0.068 0.011 0.016 0.001 0.005 0.004 0.006 0.003 0.001 0.023 0.563 0.248 0.003 0.029 0.012 71 H 0.006 0.009 0.071 0.023 0.001 0.007 0.009 0.001 0.004 0.001 0.005 0.025 0.640 0.004 0.008 0.187 72 I 0.020 0.002 0.062 0.009 0.001 0.101 0.018 0.001 0.001 0.001 0.028 0.014 0.719 0.011 0.003 0.011 73 K 0.002 0.346 0.051 0.044 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.009 0.030 0.481 0.003 0.013 0.012 74 A 0.008 0.011 0.038 0.520 0.002 0.021 0.012 0.001 0.008 0.001 0.006 0.012 0.223 0.015 0.004 0.121 75 I 0.009 0.013 0.822 0.059 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.069 0.001 0.005 0.013 76 Y 0.004 0.017 0.108 0.567 0.030 0.166 0.022 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.058 0.005 0.001 0.015 77 P 0.021 0.069 0.040 0.249 0.015 0.422 0.004 0.032 0.001 0.001 0.082 0.004 0.049 0.003 0.005 0.004 78 D 0.006 0.206 0.010 0.056 0.088 0.219 0.019 0.018 0.024 0.008 0.195 0.110 0.015 0.014 0.004 0.008 79 T 0.040 0.145 0.068 0.041 0.087 0.033 0.092 0.077 0.006 0.002 0.162 0.082 0.024 0.041 0.088 0.013 80 H 0.014 0.107 0.206 0.025 0.003 0.027 0.025 0.092 0.039 0.013 0.023 0.061 0.034 0.006 0.191 0.134 81 S 0.123 0.164 0.169 0.084 0.001 0.022 0.009 0.010 0.119 0.013 0.021 0.021 0.024 0.003 0.016 0.201 82 T 0.282 0.134 0.398 0.146 0.001 0.007 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.017 83 F 0.023 0.017 0.618 0.331 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 84 L 0.001 0.008 0.152 0.837 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 S 0.001 0.001 0.005 0.979 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 M 0.001 0.001 0.001 0.148 0.633 0.211 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 D 0.001 0.011 0.001 0.011 0.921 0.006 0.001 0.034 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 N 0.001 0.023 0.001 0.017 0.005 0.018 0.001 0.763 0.026 0.027 0.009 0.016 0.001 0.001 0.093 0.001 90 G 0.005 0.032 0.019 0.010 0.003 0.005 0.001 0.002 0.650 0.078 0.016 0.007 0.001 0.001 0.001 0.171 91 E 0.951 0.011 0.010 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 92 R 0.005 0.008 0.958 0.019 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 93 V 0.024 0.017 0.221 0.726 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 P 0.002 0.009 0.064 0.604 0.036 0.277 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 V 0.001 0.051 0.012 0.787 0.011 0.070 0.001 0.020 0.001 0.001 0.040 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 96 S 0.001 0.005 0.001 0.011 0.002 0.874 0.001 0.002 0.002 0.003 0.018 0.078 0.003 0.001 0.001 0.001 97 Q 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.018 0.012 0.001 0.001 0.001 98 S 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.963 0.016 0.001 0.001 0.001 99 Y 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.040 0.919 0.001 0.001 0.003 100 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.019 0.964 0.001 0.001 0.001 101 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.015 0.976 0.001 0.001 0.001 102 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.994 0.001 0.001 0.001 103 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 104 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 105 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 0.001 106 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.939 0.001 0.005 107 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.002 0.955 0.003 108 G 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.020 0.009 0.002 0.942 109 F 0.890 0.007 0.006 0.004 0.001 0.004 0.009 0.003 0.001 0.001 0.008 0.002 0.032 0.006 0.019 0.008