# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1090 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.036 0.126 0.737 2 K 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.034 0.153 0.656 3 S 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.021 0.024 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.538 0.066 0.051 0.257 4 V 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.020 0.004 0.038 0.014 0.005 0.005 0.431 0.067 0.049 0.350 5 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.026 0.028 0.009 0.741 0.021 0.022 0.130 6 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.050 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.017 0.025 0.016 0.705 0.040 0.020 0.082 7 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.077 0.327 0.130 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.223 0.047 0.027 0.145 8 K 0.006 0.001 0.005 0.002 0.341 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.404 0.055 0.031 0.138 9 T 0.553 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.095 0.039 0.267 10 T 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.045 0.085 0.765 11 D 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.013 0.101 0.859 12 G 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.035 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.301 0.073 0.061 0.390 13 W 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.337 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.022 0.055 0.448 14 I 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.067 0.005 0.183 0.037 0.011 0.004 0.306 0.025 0.046 0.297 15 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.057 0.192 0.040 0.008 0.009 0.007 0.055 0.620 16 V 0.001 0.002 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.035 0.116 0.009 0.335 0.014 0.072 0.391 17 P 0.591 0.098 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.036 0.096 0.023 0.144 18 F 0.323 0.101 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.182 0.073 0.091 0.226 19 S 0.008 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.029 0.169 0.638 20 K 0.004 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.793 0.041 0.033 0.100 21 V 0.022 0.074 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.020 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.442 0.106 0.084 0.217 22 M 0.003 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.878 0.023 0.011 0.051 23 Y 0.010 0.036 0.002 0.001 0.002 0.032 0.049 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.011 0.012 0.013 0.598 0.086 0.020 0.104 24 L 0.004 0.010 0.007 0.003 0.089 0.177 0.058 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.418 0.107 0.023 0.090 25 E 0.011 0.001 0.024 0.003 0.370 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.405 0.050 0.025 0.097 26 A 0.531 0.001 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.104 0.032 0.207 27 K 0.121 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.083 0.102 0.565 28 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.013 0.170 0.780 29 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.518 0.036 0.066 0.289 30 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.278 0.319 0.035 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.139 0.038 0.038 0.147 31 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.024 0.003 0.072 0.011 0.004 0.002 0.674 0.032 0.021 0.148 32 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.229 0.267 0.106 0.028 0.291 0.027 0.009 0.033 33 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.056 0.053 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.064 0.097 0.022 0.450 0.051 0.024 0.129 34 N 0.008 0.001 0.001 0.001 0.027 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.774 0.058 0.021 0.085 35 A 0.254 0.003 0.001 0.001 0.008 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.191 0.201 0.076 0.258 36 E 0.035 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.148 0.068 0.122 0.622 37 E 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.046 0.125 0.754 38 L 0.014 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.173 0.089 0.117 0.564 39 T 0.025 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.096 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.059 0.111 0.500 40 G 0.017 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.014 0.051 0.006 0.031 0.009 0.003 0.003 0.230 0.055 0.078 0.465 41 T 0.028 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.004 0.052 0.075 0.032 0.010 0.183 0.138 0.088 0.363 42 H 0.017 0.062 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.040 0.045 0.009 0.254 0.063 0.070 0.417 43 K 0.047 0.092 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.143 0.025 0.087 0.592 44 Y 0.007 0.081 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.368 0.020 0.108 0.408 45 S 0.031 0.826 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.020 0.021 0.078 46 L 0.063 0.880 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 0.009 0.025 47 Q 0.025 0.811 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.017 0.018 0.107 48 E 0.065 0.696 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.066 0.026 0.112 49 F 0.296 0.404 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.095 0.030 0.107 50 E 0.290 0.045 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.067 0.057 0.517 51 Y 0.028 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.052 0.906 52 L 0.006 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.018 0.141 0.816 53 L 0.289 0.026 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.094 0.120 0.443 54 P 0.156 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.041 0.090 0.676 55 K 0.067 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.010 0.107 0.758 56 D 0.029 0.094 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.027 0.126 0.638 57 S 0.030 0.151 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.218 0.078 0.096 0.394 58 F 0.041 0.117 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 0.005 0.009 0.003 0.010 0.003 0.005 0.004 0.339 0.136 0.058 0.253 59 I 0.023 0.144 0.003 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.010 0.005 0.442 0.085 0.046 0.218 60 R 0.014 0.049 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.002 0.632 0.114 0.032 0.142 61 C 0.017 0.092 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.435 0.086 0.076 0.281 62 H 0.084 0.176 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.292 0.139 0.064 0.238 63 R 0.059 0.257 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.220 0.070 0.066 0.324 64 S 0.019 0.096 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.288 0.208 0.058 0.326 65 F 0.021 0.257 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.406 0.105 0.041 0.158 66 I 0.029 0.175 0.003 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.333 0.122 0.067 0.252 67 V 0.005 0.078 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.453 0.060 0.061 0.326 68 N 0.140 0.661 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.041 0.025 0.083 69 V 0.090 0.721 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.034 0.038 0.084 70 N 0.043 0.332 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.058 0.088 0.391 71 H 0.143 0.321 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.089 0.073 0.246 72 I 0.276 0.159 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.125 0.068 0.257 73 K 0.079 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.148 0.041 0.098 0.587 74 A 0.015 0.013 0.001 0.001 0.004 0.016 0.065 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.039 0.098 0.648 75 I 0.007 0.005 0.003 0.002 0.007 0.055 0.099 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.053 0.163 0.536 76 Y 0.087 0.021 0.009 0.004 0.053 0.224 0.055 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.133 0.087 0.274 77 P 0.045 0.006 0.009 0.002 0.049 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.066 0.096 0.704 78 D 0.234 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.066 0.059 0.619 79 T 0.107 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.075 0.082 0.701 80 H 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.041 0.158 0.730 81 S 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.022 0.076 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.370 0.041 0.087 0.341 82 T 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.088 0.099 0.015 0.006 0.006 0.004 0.004 0.293 0.054 0.093 0.281 83 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.032 0.006 0.075 0.047 0.026 0.009 0.665 0.033 0.017 0.085 84 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.092 0.204 0.205 0.055 0.357 0.022 0.008 0.036 85 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.153 0.105 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.036 0.094 0.029 0.490 0.019 0.007 0.032 86 S 0.002 0.001 0.002 0.001 0.372 0.101 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.411 0.037 0.009 0.040 87 M 0.113 0.001 0.004 0.001 0.101 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.498 0.065 0.035 0.178 88 D 0.369 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.096 0.060 0.401 89 N 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.020 0.156 0.780 90 G 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.021 0.101 0.793 91 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.499 0.292 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.016 0.018 0.099 92 R 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.086 0.091 0.004 0.013 0.002 0.001 0.001 0.051 0.025 0.075 0.607 93 V 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.342 0.173 0.037 0.004 0.161 0.027 0.033 0.197 94 P 0.011 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.308 0.210 0.027 0.085 0.052 0.047 0.201 95 V 0.009 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.018 0.006 0.437 0.069 0.055 0.345 96 S 0.119 0.349 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.066 0.050 0.281 97 Q 0.077 0.114 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.211 0.286 0.063 0.242 98 S 0.015 0.455 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.160 0.050 0.274 99 Y 0.012 0.918 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.006 0.039 100 A 0.016 0.945 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 0.017 101 S 0.014 0.910 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.006 0.030 102 Y 0.021 0.919 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.005 0.022 103 F 0.054 0.800 0.051 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.046 0.009 0.035 104 R 0.042 0.049 0.218 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.469 0.013 0.200 105 K 0.505 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.045 0.425 106 L 0.107 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.066 0.075 0.734 107 L 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.017 0.149 0.807 108 G 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.053 0.928 109 F 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.013 0.143 0.807