# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1090 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.017 0.001 0.001 0.015 0.025 0.054 0.099 0.001 0.001 0.022 0.766 2 K 0.005 0.001 0.001 0.014 0.045 0.065 0.176 0.001 0.001 0.028 0.665 3 S 0.003 0.001 0.001 0.084 0.140 0.396 0.078 0.001 0.001 0.032 0.265 4 V 0.002 0.001 0.001 0.080 0.175 0.410 0.041 0.001 0.001 0.028 0.264 5 V 0.001 0.001 0.001 0.167 0.316 0.379 0.019 0.001 0.001 0.020 0.098 6 T 0.001 0.001 0.001 0.152 0.236 0.441 0.021 0.001 0.001 0.026 0.123 7 L 0.002 0.001 0.001 0.139 0.264 0.326 0.070 0.001 0.001 0.045 0.153 8 K 0.015 0.001 0.001 0.087 0.189 0.386 0.058 0.001 0.001 0.035 0.228 9 T 0.255 0.006 0.001 0.028 0.060 0.114 0.105 0.001 0.001 0.035 0.395 10 T 0.168 0.002 0.001 0.019 0.033 0.104 0.064 0.001 0.001 0.018 0.593 11 D 0.008 0.001 0.001 0.012 0.025 0.050 0.158 0.001 0.001 0.011 0.735 12 G 0.011 0.001 0.001 0.022 0.060 0.419 0.060 0.001 0.001 0.015 0.412 13 W 0.005 0.001 0.001 0.007 0.105 0.088 0.073 0.001 0.001 0.016 0.706 14 I 0.004 0.001 0.001 0.073 0.281 0.206 0.049 0.001 0.001 0.009 0.378 15 P 0.001 0.001 0.001 0.024 0.064 0.129 0.172 0.001 0.001 0.027 0.582 16 V 0.009 0.015 0.002 0.041 0.200 0.169 0.131 0.001 0.001 0.036 0.397 17 P 0.504 0.130 0.002 0.019 0.034 0.071 0.041 0.007 0.001 0.023 0.169 18 F 0.391 0.120 0.001 0.015 0.021 0.042 0.040 0.005 0.001 0.047 0.318 19 S 0.008 0.048 0.001 0.033 0.031 0.056 0.137 0.001 0.001 0.058 0.626 20 K 0.008 0.141 0.004 0.129 0.078 0.326 0.067 0.002 0.001 0.071 0.173 21 V 0.005 0.030 0.002 0.070 0.352 0.267 0.044 0.003 0.001 0.053 0.173 22 M 0.003 0.010 0.001 0.097 0.339 0.447 0.017 0.002 0.001 0.038 0.047 23 Y 0.004 0.014 0.001 0.208 0.300 0.305 0.028 0.001 0.001 0.029 0.109 24 L 0.005 0.012 0.004 0.183 0.329 0.323 0.027 0.001 0.001 0.024 0.091 25 E 0.061 0.008 0.009 0.068 0.137 0.299 0.082 0.005 0.004 0.069 0.257 26 A 0.298 0.006 0.006 0.025 0.071 0.107 0.061 0.006 0.002 0.056 0.363 27 K 0.158 0.001 0.001 0.014 0.025 0.035 0.090 0.001 0.001 0.033 0.642 28 D 0.007 0.001 0.001 0.014 0.016 0.031 0.092 0.001 0.001 0.018 0.821 29 K 0.002 0.001 0.001 0.025 0.070 0.176 0.135 0.001 0.001 0.028 0.563 30 K 0.001 0.001 0.001 0.050 0.191 0.367 0.075 0.001 0.001 0.051 0.263 31 T 0.001 0.001 0.001 0.106 0.355 0.368 0.037 0.001 0.001 0.023 0.109 32 Y 0.001 0.001 0.001 0.208 0.246 0.421 0.022 0.001 0.001 0.026 0.075 33 V 0.001 0.002 0.001 0.233 0.291 0.364 0.023 0.001 0.001 0.019 0.066 34 N 0.008 0.008 0.001 0.126 0.220 0.501 0.023 0.001 0.001 0.031 0.082 35 A 0.124 0.017 0.001 0.071 0.132 0.221 0.048 0.003 0.001 0.141 0.241 36 E 0.060 0.014 0.001 0.062 0.088 0.112 0.092 0.001 0.001 0.068 0.500 37 E 0.035 0.015 0.001 0.028 0.035 0.074 0.112 0.001 0.001 0.061 0.638 38 L 0.025 0.020 0.001 0.020 0.062 0.106 0.092 0.002 0.001 0.059 0.613 39 T 0.013 0.036 0.001 0.018 0.115 0.116 0.100 0.001 0.001 0.043 0.557 40 G 0.022 0.066 0.001 0.024 0.124 0.254 0.062 0.002 0.001 0.053 0.393 41 T 0.027 0.041 0.001 0.023 0.149 0.158 0.074 0.002 0.001 0.125 0.399 42 H 0.030 0.139 0.002 0.031 0.122 0.157 0.084 0.002 0.001 0.068 0.362 43 K 0.037 0.268 0.002 0.025 0.067 0.093 0.054 0.002 0.001 0.054 0.397 44 Y 0.031 0.462 0.004 0.014 0.053 0.061 0.051 0.005 0.002 0.050 0.267 45 S 0.030 0.835 0.002 0.003 0.008 0.014 0.014 0.005 0.001 0.015 0.073 46 L 0.061 0.850 0.002 0.002 0.003 0.004 0.010 0.004 0.001 0.020 0.043 47 Q 0.046 0.772 0.008 0.004 0.006 0.007 0.014 0.006 0.003 0.047 0.086 48 E 0.103 0.586 0.022 0.005 0.007 0.012 0.028 0.012 0.010 0.064 0.152 49 F 0.379 0.242 0.030 0.005 0.012 0.018 0.027 0.036 0.012 0.045 0.194 50 E 0.275 0.033 0.005 0.009 0.018 0.025 0.058 0.015 0.005 0.053 0.503 51 Y 0.024 0.010 0.003 0.022 0.022 0.034 0.082 0.003 0.002 0.026 0.770 52 L 0.007 0.013 0.004 0.013 0.020 0.015 0.147 0.002 0.001 0.017 0.762 53 L 0.116 0.018 0.007 0.013 0.017 0.025 0.141 0.014 0.004 0.108 0.537 54 P 0.317 0.030 0.004 0.012 0.008 0.008 0.122 0.007 0.002 0.058 0.432 55 K 0.062 0.053 0.001 0.020 0.011 0.016 0.083 0.003 0.001 0.023 0.726 56 D 0.030 0.034 0.001 0.033 0.020 0.045 0.103 0.003 0.001 0.051 0.682 57 S 0.024 0.044 0.002 0.086 0.070 0.202 0.083 0.004 0.001 0.076 0.408 58 F 0.012 0.024 0.002 0.054 0.147 0.253 0.081 0.004 0.001 0.052 0.371 59 I 0.012 0.047 0.001 0.066 0.327 0.188 0.040 0.002 0.001 0.044 0.271 60 R 0.011 0.028 0.002 0.065 0.216 0.232 0.073 0.001 0.001 0.135 0.237 61 C 0.010 0.041 0.012 0.056 0.138 0.158 0.109 0.002 0.002 0.131 0.341 62 H 0.118 0.103 0.008 0.057 0.098 0.188 0.085 0.009 0.003 0.101 0.231 63 R 0.075 0.113 0.002 0.066 0.105 0.183 0.095 0.004 0.001 0.101 0.255 64 S 0.004 0.076 0.003 0.160 0.121 0.186 0.070 0.002 0.001 0.087 0.290 65 F 0.008 0.064 0.002 0.271 0.128 0.316 0.029 0.004 0.001 0.070 0.108 66 I 0.006 0.034 0.003 0.259 0.156 0.163 0.067 0.003 0.001 0.152 0.156 67 V 0.006 0.125 0.015 0.159 0.150 0.070 0.111 0.006 0.004 0.116 0.237 68 N 0.085 0.830 0.003 0.008 0.010 0.010 0.006 0.012 0.002 0.012 0.022 69 V 0.425 0.464 0.002 0.005 0.006 0.006 0.008 0.012 0.002 0.031 0.039 70 N 0.020 0.553 0.020 0.013 0.017 0.020 0.030 0.004 0.005 0.050 0.269 71 H 0.173 0.276 0.026 0.013 0.021 0.085 0.057 0.035 0.012 0.122 0.182 72 I 0.218 0.111 0.021 0.013 0.073 0.064 0.060 0.035 0.007 0.071 0.327 73 K 0.052 0.022 0.003 0.032 0.118 0.083 0.082 0.006 0.002 0.051 0.549 74 A 0.010 0.010 0.002 0.040 0.101 0.166 0.075 0.003 0.001 0.036 0.555 75 I 0.013 0.004 0.002 0.029 0.077 0.064 0.107 0.003 0.001 0.041 0.660 76 Y 0.105 0.006 0.005 0.041 0.054 0.095 0.140 0.006 0.003 0.083 0.462 77 P 0.083 0.005 0.001 0.018 0.017 0.021 0.099 0.002 0.001 0.031 0.722 78 D 0.117 0.005 0.001 0.016 0.015 0.020 0.119 0.002 0.001 0.063 0.642 79 T 0.081 0.004 0.001 0.011 0.010 0.020 0.120 0.001 0.001 0.053 0.700 80 H 0.018 0.005 0.001 0.015 0.015 0.026 0.123 0.001 0.001 0.031 0.768 81 S 0.007 0.003 0.001 0.030 0.119 0.300 0.086 0.001 0.001 0.027 0.427 82 T 0.002 0.001 0.001 0.026 0.169 0.509 0.051 0.001 0.001 0.037 0.204 83 F 0.001 0.001 0.001 0.059 0.387 0.481 0.017 0.001 0.001 0.012 0.042 84 L 0.001 0.001 0.001 0.079 0.365 0.481 0.018 0.001 0.001 0.013 0.043 85 L 0.001 0.001 0.001 0.078 0.386 0.491 0.008 0.001 0.001 0.010 0.026 86 S 0.006 0.001 0.001 0.055 0.229 0.599 0.039 0.001 0.001 0.025 0.046 87 M 0.141 0.003 0.001 0.053 0.203 0.359 0.023 0.001 0.001 0.050 0.167 88 D 0.187 0.001 0.001 0.031 0.051 0.065 0.104 0.001 0.001 0.028 0.530 89 N 0.014 0.002 0.001 0.012 0.024 0.069 0.070 0.001 0.001 0.011 0.799 90 G 0.011 0.001 0.001 0.007 0.037 0.084 0.138 0.001 0.001 0.022 0.701 91 E 0.011 0.002 0.001 0.025 0.151 0.323 0.064 0.001 0.001 0.020 0.404 92 R 0.004 0.002 0.001 0.008 0.111 0.112 0.063 0.001 0.001 0.015 0.684 93 V 0.011 0.019 0.001 0.033 0.265 0.189 0.071 0.001 0.001 0.036 0.375 94 P 0.014 0.033 0.001 0.029 0.073 0.185 0.111 0.001 0.001 0.112 0.443 95 V 0.027 0.232 0.001 0.018 0.071 0.098 0.061 0.002 0.001 0.112 0.377 96 S 0.065 0.750 0.001 0.005 0.016 0.020 0.016 0.002 0.001 0.020 0.105 97 Q 0.054 0.668 0.001 0.005 0.007 0.014 0.017 0.002 0.001 0.109 0.123 98 S 0.007 0.801 0.002 0.003 0.003 0.003 0.016 0.002 0.001 0.065 0.098 99 Y 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 100 A 0.010 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 101 S 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 102 Y 0.004 0.972 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 103 F 0.040 0.806 0.039 0.001 0.001 0.002 0.006 0.007 0.015 0.059 0.024 104 R 0.239 0.218 0.156 0.004 0.006 0.009 0.025 0.018 0.075 0.100 0.149 105 K 0.422 0.054 0.018 0.003 0.005 0.010 0.059 0.013 0.014 0.052 0.350 106 L 0.168 0.005 0.004 0.005 0.004 0.007 0.057 0.005 0.003 0.038 0.704 107 L 0.032 0.002 0.001 0.013 0.005 0.007 0.142 0.001 0.001 0.014 0.783 108 G 0.012 0.002 0.001 0.009 0.004 0.015 0.080 0.001 0.001 0.009 0.867 109 F 0.009 0.003 0.001 0.008 0.014 0.008 0.182 0.001 0.001 0.015 0.760