# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1090 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.033 0.001 0.005 0.018 0.038 0.094 0.012 0.799 2 K 0.005 0.001 0.011 0.060 0.073 0.119 0.022 0.709 3 S 0.003 0.001 0.097 0.184 0.432 0.060 0.046 0.176 4 V 0.003 0.001 0.050 0.217 0.348 0.058 0.022 0.302 5 V 0.002 0.001 0.116 0.345 0.366 0.031 0.026 0.114 6 T 0.002 0.001 0.077 0.395 0.384 0.022 0.022 0.098 7 L 0.005 0.001 0.136 0.251 0.326 0.042 0.063 0.177 8 K 0.026 0.001 0.053 0.306 0.208 0.056 0.045 0.307 9 T 0.232 0.001 0.031 0.063 0.110 0.073 0.048 0.441 10 T 0.071 0.001 0.009 0.066 0.072 0.084 0.019 0.679 11 D 0.006 0.001 0.009 0.027 0.085 0.084 0.010 0.779 12 G 0.011 0.001 0.083 0.281 0.285 0.069 0.038 0.232 13 W 0.007 0.001 0.009 0.032 0.037 0.058 0.010 0.847 14 I 0.005 0.001 0.241 0.300 0.174 0.053 0.035 0.190 15 P 0.003 0.001 0.004 0.013 0.018 0.051 0.004 0.907 16 V 0.006 0.002 0.177 0.216 0.131 0.077 0.042 0.349 17 P 0.369 0.038 0.044 0.033 0.051 0.078 0.049 0.338 18 F 0.346 0.073 0.034 0.034 0.035 0.069 0.108 0.301 19 S 0.010 0.088 0.099 0.043 0.075 0.119 0.077 0.490 20 K 0.005 0.058 0.175 0.094 0.473 0.034 0.082 0.079 21 V 0.005 0.028 0.118 0.195 0.346 0.062 0.060 0.186 22 M 0.003 0.036 0.158 0.328 0.358 0.018 0.061 0.037 23 Y 0.006 0.019 0.083 0.254 0.485 0.018 0.060 0.075 24 L 0.002 0.003 0.158 0.439 0.252 0.016 0.091 0.040 25 E 0.019 0.002 0.090 0.238 0.365 0.043 0.083 0.159 26 A 0.286 0.002 0.049 0.086 0.174 0.064 0.083 0.257 27 K 0.070 0.002 0.015 0.023 0.042 0.138 0.034 0.677 28 D 0.005 0.001 0.003 0.023 0.037 0.123 0.012 0.797 29 K 0.004 0.002 0.022 0.104 0.265 0.107 0.043 0.454 30 K 0.002 0.001 0.079 0.239 0.420 0.048 0.060 0.151 31 T 0.001 0.001 0.074 0.351 0.363 0.031 0.033 0.145 32 Y 0.001 0.001 0.093 0.483 0.352 0.013 0.021 0.037 33 V 0.001 0.001 0.070 0.449 0.330 0.022 0.020 0.109 34 N 0.007 0.001 0.082 0.303 0.447 0.026 0.036 0.097 35 A 0.218 0.004 0.060 0.135 0.183 0.081 0.103 0.215 36 E 0.066 0.008 0.022 0.081 0.091 0.130 0.062 0.540 37 E 0.038 0.009 0.010 0.023 0.055 0.111 0.045 0.708 38 L 0.035 0.034 0.024 0.121 0.130 0.112 0.091 0.453 39 T 0.036 0.039 0.017 0.089 0.096 0.115 0.036 0.572 40 G 0.040 0.057 0.019 0.093 0.112 0.092 0.044 0.543 41 T 0.041 0.074 0.036 0.100 0.112 0.085 0.261 0.291 42 H 0.050 0.313 0.016 0.120 0.099 0.055 0.075 0.273 43 K 0.186 0.343 0.012 0.041 0.053 0.047 0.051 0.267 44 Y 0.022 0.434 0.019 0.062 0.050 0.050 0.053 0.311 45 S 0.036 0.830 0.005 0.006 0.016 0.012 0.032 0.064 46 L 0.079 0.844 0.002 0.006 0.003 0.007 0.033 0.028 47 Q 0.041 0.785 0.003 0.014 0.006 0.011 0.030 0.109 48 E 0.233 0.556 0.008 0.006 0.018 0.013 0.029 0.135 49 F 0.403 0.272 0.024 0.025 0.026 0.030 0.047 0.172 50 E 0.337 0.019 0.019 0.012 0.041 0.063 0.046 0.463 51 Y 0.028 0.012 0.010 0.016 0.041 0.102 0.009 0.781 52 L 0.009 0.010 0.024 0.015 0.043 0.124 0.016 0.758 53 L 0.135 0.010 0.025 0.025 0.015 0.131 0.083 0.576 54 P 0.384 0.030 0.006 0.004 0.004 0.065 0.067 0.441 55 K 0.046 0.017 0.018 0.002 0.004 0.116 0.027 0.770 56 D 0.024 0.044 0.014 0.007 0.012 0.123 0.035 0.741 57 S 0.013 0.088 0.049 0.053 0.108 0.149 0.084 0.457 58 F 0.012 0.071 0.088 0.087 0.176 0.088 0.088 0.390 59 I 0.009 0.088 0.124 0.219 0.220 0.039 0.172 0.130 60 R 0.015 0.042 0.186 0.229 0.187 0.042 0.171 0.128 61 C 0.030 0.052 0.096 0.201 0.269 0.049 0.088 0.216 62 H 0.090 0.102 0.079 0.110 0.208 0.063 0.113 0.236 63 R 0.035 0.067 0.095 0.112 0.135 0.113 0.144 0.299 64 S 0.007 0.104 0.092 0.105 0.203 0.083 0.120 0.286 65 F 0.013 0.172 0.155 0.124 0.260 0.044 0.054 0.178 66 I 0.005 0.039 0.181 0.253 0.146 0.064 0.183 0.128 67 V 0.003 0.050 0.250 0.164 0.118 0.069 0.124 0.222 68 N 0.168 0.646 0.017 0.012 0.022 0.013 0.070 0.051 69 V 0.209 0.587 0.006 0.008 0.004 0.021 0.070 0.094 70 N 0.024 0.541 0.012 0.015 0.014 0.042 0.076 0.277 71 H 0.146 0.339 0.045 0.015 0.045 0.048 0.131 0.232 72 I 0.271 0.123 0.041 0.052 0.047 0.053 0.119 0.295 73 K 0.063 0.022 0.037 0.035 0.082 0.087 0.061 0.611 74 A 0.006 0.011 0.045 0.038 0.132 0.106 0.033 0.628 75 I 0.010 0.004 0.070 0.062 0.100 0.112 0.038 0.603 76 Y 0.164 0.010 0.078 0.093 0.076 0.096 0.150 0.333 77 P 0.075 0.001 0.017 0.009 0.013 0.081 0.033 0.769 78 D 0.073 0.001 0.043 0.010 0.020 0.109 0.072 0.673 79 T 0.054 0.001 0.019 0.011 0.017 0.132 0.028 0.738 80 H 0.029 0.001 0.008 0.011 0.027 0.123 0.011 0.789 81 S 0.010 0.003 0.022 0.067 0.215 0.150 0.037 0.495 82 T 0.002 0.001 0.036 0.162 0.430 0.092 0.053 0.224 83 F 0.001 0.001 0.030 0.317 0.547 0.021 0.028 0.057 84 L 0.001 0.001 0.047 0.461 0.436 0.008 0.015 0.031 85 L 0.001 0.001 0.037 0.613 0.312 0.006 0.014 0.019 86 S 0.001 0.001 0.068 0.351 0.444 0.020 0.034 0.082 87 M 0.084 0.001 0.030 0.346 0.340 0.033 0.047 0.121 88 D 0.159 0.001 0.023 0.066 0.112 0.096 0.035 0.510 89 N 0.012 0.001 0.004 0.031 0.033 0.094 0.008 0.818 90 G 0.008 0.001 0.005 0.036 0.083 0.090 0.021 0.756 91 E 0.007 0.002 0.140 0.270 0.273 0.067 0.071 0.170 92 R 0.004 0.001 0.004 0.043 0.032 0.062 0.007 0.846 93 V 0.008 0.011 0.064 0.280 0.232 0.075 0.061 0.269 94 P 0.020 0.016 0.030 0.101 0.117 0.085 0.078 0.553 95 V 0.030 0.216 0.042 0.118 0.097 0.070 0.167 0.259 96 S 0.109 0.755 0.007 0.007 0.012 0.015 0.034 0.061 97 Q 0.064 0.451 0.012 0.025 0.011 0.028 0.323 0.087 98 S 0.008 0.610 0.013 0.005 0.009 0.028 0.202 0.125 99 Y 0.012 0.895 0.003 0.001 0.001 0.006 0.060 0.022 100 A 0.014 0.940 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.013 101 S 0.002 0.947 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.032 102 Y 0.008 0.957 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.018 103 F 0.041 0.765 0.011 0.004 0.002 0.007 0.139 0.029 104 R 0.145 0.143 0.069 0.022 0.006 0.034 0.407 0.174 105 K 0.464 0.027 0.005 0.002 0.003 0.019 0.026 0.453 106 L 0.200 0.004 0.033 0.002 0.004 0.061 0.029 0.667 107 L 0.023 0.004 0.057 0.005 0.007 0.117 0.012 0.774 108 G 0.012 0.002 0.005 0.002 0.003 0.085 0.005 0.886 109 F 0.019 0.004 0.037 0.021 0.015 0.130 0.026 0.748